BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-228N07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,479,059 - 99,622,162
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEif4e3
Upstream geneLOC665963, LOC665979, Foxp1
Downstream geneGpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp, Shq1, LOC625221
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-228N07.bB6Ng01-228N07.g
ACCGA042142GA042143
length829975
definitionB6Ng01-228N07.b B6Ng01-228N07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,479,059 - 99,479,884)(99,621,197 - 99,622,162)
sequence
gaattcaaaataagattttgcatgtagagcaaagttctgatggtaatctc
agagaagtgccttggcttatgtttccgagacacaagtgccagctcagcat
tacaataggcattgtgagaaggctggagacagaatgtgtttgtggaagag
cagcaggcaggtctgcccaccttcaggaacaggaggccctgtgttccaag
aagagtttaggaggatgggggatggacgagccaacatttttattgattag
aacaactgaacatgggattgtttgttgttgtttaaataatgtctacagaa
taactatcaagggaagcttcctcatttccgtctaccctcccctggaggta
ttcttgacctattattaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagcttta
caaacatccaaatctgatttgccaaaggctcagtcctgtggtattagatc
ggaatggaaggtattcatgtggacactcttcttaaaattgacagacccaa
gataaataaatacagaaaccatcccagatgtatggacacaggagagctga
tatgcaaacacacttcctagctctgtccactggtgcaggtgagaagcaac
aacattcttgtatcagtgaacacgcccagcaccccaaacttacttttcgc
agtacctttctccaataaagaaaagagggcttcatgaggagctggtttgt
tctgcagaatggagaaggatgcctggagcatctcacagtgtaagggacag
aggaaggaggagcctttaggggaagcacacacgatttacttcccaaggtt
aagtgttctttcatgggaaaagaaacaga
gaattcagacttcatcctatgagaggcagccactggagccttgaacaaag
aaggagtaaatcaaaggacacagtagggccgacatgcggtccatggacaa
gaggaggagtggacacaggaagcaaggcagtccacaggactcgggtaccc
ttgtcagttccttaccaaatcttgctccttaccaatccagcaggtggcag
acctctgaagggtgctgcaacagagacatgggaccagatattccagtgtg
tatgatggagtgcagggggtgtactgtagattcacaaagcttgtgacata
gactctgaaagaaataatcaggaggggtcatttgacattcaagtggaagc
ttggagcaagagacagagccagctatgaggagcagagggactcatttctt
tattggcccgtcaataaagaaacagctacacggttgccctgtggccctgg
agaagttatgaggacaggaaaagaggcagctctgggatggacaggcacaa
ggaacttaggtcctgttggctgccagaaagagtgtagcttgtcctgagag
taacaagaagtctgaagggccgtagagcatggtagagtcagtgcttggct
actgtgtcagctgtttagaagataggtttgaagaaagggagactggctaa
gagagtgtgttcccatggtgtcctttgctgagactcaagcaatgaggagc
aggggtaggtggtattctcatgaaagaaggaagaccaactcagaaggtat
ggggaagacaggacaaggcccacgtgggcaagtgggtggctatggagttc
aggagcccgttaagatcctgggtcagtaacactgggttgaaacttttact
tatgtgcaaacgtataaagaagggtagtcctaccaaaggcagatttatct
caccttctccctgtccttggtgaagaatttggggctcaacaaatttattg
tcccgtgtattgcagattaaagctt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99479059_99479884
seq2: B6Ng01-228N07.b_53_881

seq1  GAATTCAAAATAAGATTTTGCATGTAGAGCAAAGTTCTGATGGTAATCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAATAAGATTTTGCATGTAGAGCAAAGTTCTGATGGTAATCTC  50

seq1  AGAGAAGTGCCTTGGCTTATGTTTCCGAGACACAAGTGCCAGCTCAGCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTGCCTTGGCTTATGTTTCCGAGACACAAGTGCCAGCTCAGCAT  100

seq1  TACAATAGGCATTGTGAGAAGGCTGGAGACAGAATGTGTTTGTGGAAGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATAGGCATTGTGAGAAGGCTGGAGACAGAATGTGTTTGTGGAAGAG  150

seq1  CAGCAGGCAGGTCTGCCCACCTTCAGGAACAGGAGGCCCTGTGTTCCAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGCAGGTCTGCCCACCTTCAGGAACAGGAGGCCCTGTGTTCCAAG  200

seq1  AAGAGTTTAGGAGGATGGGGGATGGACGAGCCAACATTTTTATTGATTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTTTAGGAGGATGGGGGATGGACGAGCCAACATTTTTATTGATTAG  250

seq1  AACAACTGAACATGGGATTGTTTGTTGTTGTTTAAATAATGTCTACAGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACTGAACATGGGATTGTTTGTTGTTGTTTAAATAATGTCTACAGAA  300

seq1  TAACTATCAAGGGAAGCTTCCTCATTTCCGTCTACCCTCCCCTGGAGGTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTATCAAGGGAAGCTTCCTCATTTCCGTCTACCCTCCCCTGGAGGTA  350

seq1  TTCTTGACCTATTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGACCTATTATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTTA  400

seq1  CAAACATCCAAATCTGATTTGCCAAAGGCTCAGTCCTGTGGTATTAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACATCCAAATCTGATTTGCCAAAGGCTCAGTCCTGTGGTATTAGATC  450

seq1  GGAATGGAAGGTATTCATGTGGACACTCTTCTTAAAATTGACAGACCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATGGAAGGTATTCATGTGGACACTCTTCTTAAAATTGACAGACCCAA  500

seq1  GATAAATAAATACAGAAACCATCCCAGATGTATGGACACAGGAGAGCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATAAATACAGAAACCATCCCAGATGTATGGACACAGGAGAGCTGA  550

seq1  TATGCAAACACACTTCCTAGCTCTGTCCACTGGTGCAGGTGAGAAGCAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAACACACTTCCTAGCTCTGTCCACTGGTGCAGGTGAGAAGCAAC  600

seq1  AACATTCTTGTATCAGTGAACACGCCCAGCACCCCAAACTTAC-TTTCGC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AACATTCTTGTATCAGTGAACACGCCCAGCACCCCAAACTTACTTTTCGC  650

seq1  AGTACCTTTCTCCAATAAAGAAAAGAGGGCTTCATGAGGAGCTGGTTTGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTTTCTCCAATAAAGAAAAGAGGGCTTCATGAGGAGCTGGTTTGT  700

seq1  TCTGCAGAATGGAGAAGGATGCCTGGAGCATCTCACAGTGT-AGGGACAG  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTGCAGAATGGAGAAGGATGCCTGGAGCATCTCACAGTGTAAGGGACAG  750

seq1  AGGAAGGAGGAGCC-TTAGGGGAAGCACACACGATCTACATCCCAAGGTT  797
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||
seq2  AGGAAGGAGGAGCCTTTAGGGGAAGCACACACGATTTACTTCCCAAGGTT  800

seq1  AAGTGGTCTTCAGTGGAAAAAGAAACAGA  826
      ||||| ||||   ||| ||||||||||||
seq2  AAGTGTTCTTTCATGGGAAAAGAAACAGA  829

seq1: chr6_99621197_99622162
seq2: B6Ng01-228N07.g_69_1043 (reverse)

seq1  AAGCTTTAA-CTGCAATCCAC-GGACAATAAATTTGTTGAGCCCCAAATT  48
      ||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTTTAATCTGCAATACACGGGACAATAAATTTGTTGAGCCCCAAATT  50

seq1  CCTCACCCAAGACAAGGAGATGGTGAGAT-AATCTGCCTTTGGTAGGACT  97
      | ||||| | |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACCAAGGACAGGGAGAAGGTGAGATAAATCTGCCTTTGGTAGGACT  100

seq1  ACCCTCTTTTATACG-TTGCACAT-AGTAAAAG-TTCAA-CCAGTGTTAC  143
      |||||  |||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||||||
seq2  ACCCTTCTTTATACGTTTGCACATAAGTAAAAGTTTCAACCCAGTGTTAC  150

seq1  TGACCCAGGATC-TAAC-GGCTCCTGAACTCCATAGCCACCCACTTGCCC  191
      |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGGATCTTAACGGGCTCCTGAACTCCATAGCCACCCACTTGCCC  200

seq1  ACGTGGGCCTTGTCCTGTCTTCCCCATACCTTCTGAGTTGGTCTTCCTTC  241
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTGGGCCTTGTCCTGTCTTCCCCATACCTTCTGAGTTGGTCTTCCTTC  250

seq1  TTTCATGAGAATACCACCTACCCCTGCTCCTCATTGCTTGAGTCTCAGCA  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGAGAATACCACCTACCCCTGCTCCTCATTGCTTGAGTCTCAGCA  300

seq1  AAGGACACCATGGGAACACACTCTCTTAGCCAGTCTCCCTTTCTTCAAAC  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGACACCATGGGAACACACTCTCTTAGCCAGTCTCCCTTTCTTCAAAC  350

seq1  CTATCTTCTAAACAGCTGACACAGTAGCCAAGCACTGACTCTACCATGCT  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCTAAACAGCTGACACAGTAGCCAAGCACTGACTCTACCATGCT  400

seq1  CTACGGCCCTTCAGACTTCTTGTTACTCTCAGGACAAGCTACACTCTTTC  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACGGCCCTTCAGACTTCTTGTTACTCTCAGGACAAGCTACACTCTTTC  450

seq1  TGGCAGCCAACAGGACCTAAGTTCCTTGTGCCTGTCCATCCCAGAGCTGC  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCAGCCAACAGGACCTAAGTTCCTTGTGCCTGTCCATCCCAGAGCTGC  500

seq1  CTCTTTTCCTGTCCTCATAACTTCTCCAGGGCCACAGGGCAACCGTGTAG  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTTCCTGTCCTCATAACTTCTCCAGGGCCACAGGGCAACCGTGTAG  550

seq1  CTGTTTCTTTATTGACGGGCCAATAAAGAAATGAGTCCCTCTGCTCCTCA  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTTTATTGACGGGCCAATAAAGAAATGAGTCCCTCTGCTCCTCA  600

seq1  TAGCTGGCTCTGTCTCTTGCTCCAAGCTTCCACTTGAATGTCAAATGACC  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTGGCTCTGTCTCTTGCTCCAAGCTTCCACTTGAATGTCAAATGACC  650

seq1  CCTCCTGATTATTTCTTTCAGAGTCTATGTCACAAGCTTTGTGAATCTAC  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGATTATTTCTTTCAGAGTCTATGTCACAAGCTTTGTGAATCTAC  700

seq1  AGTACACCCCCTGCACTCCATCATACACACTGGAATATCTGGTCCCATGT  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACACCCCCTGCACTCCATCATACACACTGGAATATCTGGTCCCATGT  750

seq1  CTCTGTTGCAGCACCCTTCAGAGGTCTGCCACCTGCTGGATTGGTAAGGA  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTTGCAGCACCCTTCAGAGGTCTGCCACCTGCTGGATTGGTAAGGA  800

seq1  GCAAGATTTGGTAAGGAACTGACAAGGGTACCCGAGTCCTGTGGACTGCC  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGATTTGGTAAGGAACTGACAAGGGTACCCGAGTCCTGTGGACTGCC  850

seq1  TTGCTTCCTGTGTCCACTCCTCCTCTTGTCCATGGACCGCATGTCGGCCC  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCCTGTGTCCACTCCTCCTCTTGTCCATGGACCGCATGTCGGCCC  900

seq1  TACTGTGTCCTTTGATTTACTCCTTCTTTGTTCAAGGCTCCAGTGGCTGC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTGTCCTTTGATTTACTCCTTCTTTGTTCAAGGCTCCAGTGGCTGC  950

seq1  CTCTCATAGGATGAAGTCTGAATTC  966
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCATAGGATGAAGTCTGAATTC  975