BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-229K08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 94,383,708 - 94,515,006
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc25a26
Upstream geneLOC665831, Magi1, LOC100043262, LOC665856
Downstream geneLrig1, LOC625941, EG665865, LOC100043276, LOC100043680, Kbtbd8, LOC435912, Suclg2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-229K08.bB6Ng01-229K08.g
ACCGA042729GA042730
length989927
definitionB6Ng01-229K08.b B6Ng01-229K08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,514,021 - 94,515,006)(94,383,708 - 94,384,629)
sequence
gaattctcctccttaagaaataagaataaggatcagcaggatatctcagc
aggtaagatgtctgctaccagcctcggcaacctgagcttgatcacagggg
cccaaaatggaggaaaatgagaactgactacataagttgtcctctaaccc
ccacccaccccgtccccacccccacccccgccacacacactaagaaatgt
taaaacaatttcaaataaaattaaaattttaaatatatatataagaaagt
aatatctattataacagtaaatggcaaaaacaaactaacaaaaagcccag
actgtacctttgatagagactggggacatgggcaagctgttctgagttct
atccagtgttcaccacttctattcagcgttagactggagagctgagccag
agaagccaagcaagaaagaaataaggcgactgcataatggagcgggaaag
ctcagagttgtgaagactggcaatacctgtcactggcaaggacatggagc
aactagagccctcaaatggctgggaaagatctagtgtgaccaagtcactc
agggaagttgtttttgttttgttgttttgttttttaaacaaagcttcccc
gtgtagcaaccctcagactcagcctcccaagcgctagaatttcaggcacc
atggctgtccagtttacataccatattaaccactttactccactaggtac
tttacaacaaatatctatagaaagattgtagaaaaatgggacagggttgc
tttactaacctgggcccgaagctgacagcccaaatgtctacctgtggggg
gacagatgagccaatgggtcacatcttactcaactaaacaccacttaaca
acctaaggaagaggcaactgttgcatgtgtgactgattccaaacaatgtg
tgaagccgagaaagatgcagagtttaagcagcagttctcaacctattggg
taccacccctgtgggggtcgggatgaacctttcacaggg

gaattcaatgttgtctctatcaaaatttcaatgatattcttcataaaact
agatatcaaaaatccccaaattcatatgtacagtggttatatttaactat
taatttgacaggatttagtatcatgaaggagacaagctctgggcctgggt
gtacctgtggagggctctcctgagaggtttaactaaaatataaagagccc
acctgaacattgctgtgtgagactcagatctgctttgggaggggctgtgg
tctagatgtggcttgtcattgtgtttatgtgttaggagcttggtccaggt
gtcagggttaggagctgatagaattttaaagagtaaagccagtgtcatgt
ccttgggtcagcatgggcttgctctcagaaggcattaaggtatttgtggt
tagttcttgaaaaaagactgtgccaaaaacctgggttgggggctggagag
atggctcagtggttaagagcactgactgctagtccagtagatcatgagtt
caattcctaaccaccacatggtggctcacaatcatctgcaatgggatctg
atgctctcttcaggtctgtctgaagacagctatagtgtacttacaaataa
ataaatctttattaaaaaaaaaacctgggtttggtcccattccagactct
cttcctgttttgatattaagctacccatctgccatgaggtcctcagcttg
agcccagaggcttcgcttgataacgtttagttagcttaaatatgaataat
tacatagattcggaagtgatcattactaaagtttgtgagataacctttac
accataaactggcatactctggggacatgtatggcagaagcccccataca
aactacagggttttttttcccttcttctctctccttctagtttgctgatt
ctaagtagctttggacctagtgaagat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_94514021_94515006
seq2: B6Ng01-229K08.b_47_1035 (reverse)

seq1  CCCTGTGAAAGGGTCAT-CCGA-CCCCACAGGGGTTGTAACCCATAGGTT  48
      |||||||||||| |||| |||| |||||||||||| ||| || |||||||
seq2  CCCTGTGAAAGGTTCATCCCGACCCCCACAGGGGTGGTACCCAATAGGTT  50

seq1  GAGAACTGCTGCTTAAACTCTTGCATCTTTCTTCGGCTTCACACATTGTT  98
      |||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GAGAACTGCTGCTTAAACTC-TGCATCTTTC-TCGGCTTCACACATTGTT  98

seq1  TGGATTCAGTCACACATGCAACAGTTGCCTCTTCCTTTAGGTTGTTAAGT  148
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGGAATCAGTCACACATGCAACAGTTGCCTCTTCC-TTAGGTTGTTAAGT  147

seq1  GGTGTTTAGTTGAGTAAGATGTGA-CCATTGGCTCATCTGTCCCCCCACA  197
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTTAGTTGAGTAAGATGTGACCCATTGGCTCATCTGTCCCCCCACA  197

seq1  GGTAGACATTTGGGCTGTCAGCTTCGGGCCCAGGTTAGTAAAGCAACCCT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGACATTTGGGCTGTCAGCTTCGGGCCCAGGTTAGTAAAGCAACCCT  247

seq1  GT-CCATTTTTCTACAATCTTTCTATAGATATTTGTTGT-AAGTACCTAG  295
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GTCCCATTTTTCTACAATCTTTCTATAGATATTTGTTGTAAAGTACCTAG  297

seq1  TGGAGT-AAGTGGTTAATATGGTATGTAAACTGGACAGCCATGGTGCCTG  344
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTAAAGTGGTTAATATGGTATGTAAACTGGACAGCCATGGTGCCTG  347

seq1  AAATTCTAGCGCTTGGGAGGCTGAGTCTGAGGGTTGCTACACGGGGAAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTCTAGCGCTTGGGAGGCTGAGTCTGAGGGTTGCTACACGGGGAAGC  397

seq1  TTTGTTTAAAAAACAAAACAACAAAACAAAAACAACTTCCCTGAGTGACT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTAAAAAACAAAACAACAAAACAAAAACAACTTCCCTGAGTGACT  447

seq1  TGGTCACACTAGATCTTTCCCAGCCATTTGAGGGCTCTAGTTGCTCCATG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCACACTAGATCTTTCCCAGCCATTTGAGGGCTCTAGTTGCTCCATG  497

seq1  TCCTTGCCAGTGACAGGTATTGCCAGTCTTCACAACTCTGAGCTTTCCCG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCCAGTGACAGGTATTGCCAGTCTTCACAACTCTGAGCTTTCCCG  547

seq1  CTCCATTATGCAGTCGCCTTATTTCTTTCTTGCTTGGCTTCTCTGGCTCA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATTATGCAGTCGCCTTATTTCTTTCTTGCTTGGCTTCTCTGGCTCA  597

seq1  GCTCTCCAGTCTAACGCTGAATAGAAGTGGTGAACACTGGATAGAACTCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCCAGTCTAACGCTGAATAGAAGTGGTGAACACTGGATAGAACTCA  647

seq1  GAACAGCTTGCCCATGTCCCCAGTCTCTATCAAAGGTACAGTCTGGGCTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAGCTTGCCCATGTCCCCAGTCTCTATCAAAGGTACAGTCTGGGCTT  697

seq1  TTTGTTAGTTTGTTTTTGCCATTTACTGTTATAATAGATATTACTTTCTT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTAGTTTGTTTTTGCCATTTACTGTTATAATAGATATTACTTTCTT  747

seq1  ATATATATATTTAAAATTTTAATTTTATTTGAAATTGTTTTAACATTTCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATTTAAAATTTTAATTTTATTTGAAATTGTTTTAACATTTCT  797

seq1  TAGTGTGTGTGGCGGGGGTGGGGGTGGGGACGGGGTGGGTGGGGGTTAGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGTGTGTGGCGGGGGTGGGGGTGGGGACGGGGTGGGTGGGGGTTAGA  847

seq1  GGACAACTTATGTAGTCAGTTCTCATTTTCCTCCATTTTGGGCCCCTGTG  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACTTATGTAGTCAGTTCTCATTTTCCTCCATTTTGGGCCCCTGTG  897

seq1  ATCAAGCTCAGGTTGCCGAGGCTGGTAGCAGACATCTTACCTGCTGAGAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGCTCAGGTTGCCGAGGCTGGTAGCAGACATCTTACCTGCTGAGAT  947

seq1  ATCCTGCTGATCCTTATTCTTATTTCTTAAGGAGGAGAATTC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGCTGATCCTTATTCTTATTTCTTAAGGAGGAGAATTC  989


seq1: chr6_94383708_94384629
seq2: B6Ng01-229K08.g_69_995

seq1  GAATTCAATGTTGTCTCTATCAAAATTTCAATGATATTCTTCATAAAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATGTTGTCTCTATCAAAATTTCAATGATATTCTTCATAAAACT  50

seq1  AGATATCAAAAATCCCCAAATTCATATGTACAGTGGTTATATTTAACTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATATCAAAAATCCCCAAATTCATATGTACAGTGGTTATATTTAACTAT  100

seq1  TAATTTGACAGGATTTAGTATCATGAAGGAGACAAGCTCTGGGCCTGGGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTGACAGGATTTAGTATCATGAAGGAGACAAGCTCTGGGCCTGGGT  150

seq1  GTACCTGTGGAGGGCTCTCCTGAGAGGTTTAACTAAAATATAAAGAGCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCTGTGGAGGGCTCTCCTGAGAGGTTTAACTAAAATATAAAGAGCCC  200

seq1  ACCTGAACATTGCTGTGTGAGACTCAGATCTGCTTTGGGAGGGGCTGTGG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGAACATTGCTGTGTGAGACTCAGATCTGCTTTGGGAGGGGCTGTGG  250

seq1  TCTAGATGTGGCTTGTCATTGTGTTTATGTGTTAGGAGCTTGGTCCAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATGTGGCTTGTCATTGTGTTTATGTGTTAGGAGCTTGGTCCAGGT  300

seq1  GTCAGGGTTAGGAGCTGATAGAATTTTAAAGAGTAAAGCCAGTGTCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGGGTTAGGAGCTGATAGAATTTTAAAGAGTAAAGCCAGTGTCATGT  350

seq1  CCTTGGGTCAGCATGGGCTTGCTCTCAGAAGGCATTAAGGTATTTGTGGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGGGTCAGCATGGGCTTGCTCTCAGAAGGCATTAAGGTATTTGTGGT  400

seq1  TAGTTCTTGAAAAAAGACTGTGCCAAAAACCTGGGTTGGGGGCTGGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCTTGAAAAAAGACTGTGCCAAAAACCTGGGTTGGGGGCTGGAGAG  450

seq1  ATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTAGTCCAGTAGATCATGAGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGCTAGTCCAGTAGATCATGAGTT  500

seq1  CAATTCCTAACCACCACATGGTGGCTCACAATCATCTGCAATGGGATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTCCTAACCACCACATGGTGGCTCACAATCATCTGCAATGGGATCTG  550

seq1  ATGCTCTCTTCAGGTCTGTCTGAAGACAGCTATAGTGTACTTACAAATAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTCTCTTCAGGTCTGTCTGAAGACAGCTATAGTGTACTTACAAATAA  600

seq1  ATAAATCTTTATTAAAAAAAAAACCTGGG-TTGGTCCCATTCCAGACTCT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  ATAAATCTTTATTAAAAAAAAAACCTGGGTTTGGTCCCATTCCAGACTCT  650

seq1  CTTCCTGTTTTGATATTAAGCTA-CCATCTGCCATGAGGTCCTCAGCTTG  698
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGTTTTGATATTAAGCTACCCATCTGCCATGAGGTCCTCAGCTTG  700

seq1  AGCCCAGAGGCTTCGCTTGATAACG-TTAGTTAGCTTAAATATGAATAAT  747
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCAGAGGCTTCGCTTGATAACGTTTAGTTAGCTTAAATATGAATAAT  750

seq1  TACATAGATTCGGAAGTGATCATTACTAAAGTTTGTGAGATAACCTTTAC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAGATTCGGAAGTGATCATTACTAAAGTTTGTGAGATAACCTTTAC  800

seq1  ACCATAAACTGGCATACTCTGGGACAATGTAT-GCAGAAGCCCCCATACA  846
      |||||||||||||||||||||||   |||||| |||||||||||||||||
seq2  ACCATAAACTGGCATACTCTGGGGACATGTATGGCAGAAGCCCCCATACA  850

seq1  AACTACAGGGTTTTTTTTCCCTTC-TCTCTCTCCTTCTAGTTTGCTGATT  895
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTACAGGGTTTTTTTTCCCTTCTTCTCTCTCCTTCTAGTTTGCTGATT  900

seq1  CTAAGTAGCTTTGACCCTAGTGAAGAT  922
      |||||||||||||  ||||||||||||
seq2  CTAAGTAGCTTTGGACCTAGTGAAGAT  927


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |