BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-231D21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 53,295,358 - 53,445,467
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh, Tax1bp1, Jazf1, LOC666259, LOC666516, D430007I03
Downstream geneCreb5, LOC384386, 1200009O22Rik, Cpvl, LOC666305, Chn2, LOC100042056, Prr15, EG640926, Wipf3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-231D21.bB6Ng01-231D21.g
ACCGA043895GA043896
length1,166924
definitionB6Ng01-231D21.b B6Ng01-231D21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(53,295,358 - 53,296,529)(53,444,544 - 53,445,467)
sequence
gaattcctttgttcatgctggttatctaacctacagaggcagttgttcat
ccgatgtacaattttgtttcagtttccataaagagaagattgttgcacat
tttgaaatactgtgtggctcctgcaggacctagccctgcagttctagctg
gaagcctcatgaagacattcattgtacagcagagtgttaatagtgtgctg
ggattgtcgctgaatacctgatgtgtacagtttgcatcgcagccttctgc
tgagttaggtttctgtgttgtttcaggagcatagtggtactgcagttgga
gtgtgatgggactagggtgatgggatagcctgggctcttcattggaaggg
ggcactcaatgccacctcctctaggccttatcttgggaaaggagggatta
caaggctgcttctgcgtctcctaaaaggcaggagacctctaagacaagat
gccaagtaaggaatgtctgaagcctgcagctgcatcgctggaccaaacat
cttgctatttgagttgtgcaggaggtaatactcaggggattgctgcaatt
tctccagtctctgaggcaagagaattgccttcatccatctttgaaaacat
cctggaggactagaggcttctaggacaacattttttattcagtacacaaa
atacttagaattaatctaattctgccaggtctagatacaccccaaccagt
ttaaaatggtttcgctttgctgtgttaagtaagaagattcaagtggctcg
gagcagagggcctgaatttaagttgtagctctgacttttaccggtagtgt
gacttcagccatattactttccctctctaaatgtcagatttgtcatctag
aaaataataagaaaaatactaccatcccataaatcattctaagaaccaaa
ttagattaatgtatggaaaatggctttgtaactgttaagctctgcagagg
ttcactaatggctgtttctgtcccatatgggaaagccacagatgataatc
ttttcttgtgagtgtcatttatgtcagctgctgaggtcatactgtgtgcc
tttgaagtacagaaggtggtgacttgtcaagcctttcgaatgtagccaaa
gctgacctttctctgccatggcagtgagcaagccagtgcaaggtgggaac
ttcaatggaacctgtg
gaattctgggattgatgaacaccattgagctaccctgatggaaatgggct
caaaggctattggacctagaagcaggtgtggtcaggctcagaaactcaac
aagacagacaactgcatgctgtctagcaaaaatgactctagagccaagat
cagattgtcacacagacctagggcctaggaggaactaaaataatggatgc
catgcctacggtatgtatattttattcaaattaattaaactcacacctta
cccttcatgaactgccatgctacctcagattgttactatttagcatgtgt
gtcttggtgctgcactgtgggaaaaaaggtatctaaagttgctcccttat
tatagctagatatagcatgatctgtaagtaggtcatagattaaggctgat
catcgataactaattactactgattaatatttgtgccaataattatatta
ttagcccattaaatttaggccagttaagaagaaatattgagatcctgttc
ttgtcatatctgagtcagacaatacttatgcttacaaggagctgaggtcc
ccgtgttaatggtcactgccctagtgttgctcacacatcaacatgtcaaa
ctgtcaagatgccctggaccttgaggcacttctgtacccaggcttgaaaa
aaagcaatgttctagaaggaataaacaatgaaatgtgatttcctaccatt
gttttaaggtcattgatccttgacattatgtctgtgaccacagcttattt
aatgtgctgtggggggagggaaaggggggacccagagtggccgagacctg
gatgacagaatgctgacctccagggcaaaccttcaagcagctaaacttgc
ctagaccagccatggggttagtgagcagcttctgtaatggattagctcat
tatgcagctggttctccttacacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_53295358_53296529
seq2: B6Ng01-231D21.b_44_1209

seq1  GAATTCCTTTGTTCATGCTGGTTATCTAACCTACAGAGGCAGTTGTTCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTGTTCATGCTGGTTATCTAACCTACAGAGGCAGTTGTTCAT  50

seq1  CCGATGTACAATTTTGTTTCAGTTTCCATAAAGAGAAGATTGTTGCACAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATGTACAATTTTGTTTCAGTTTCCATAAAGAGAAGATTGTTGCACAT  100

seq1  TTTGAAATACTGTGTGGCTCCTGCAGGACCTAGCCCTGCAGTTCTAGCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAATACTGTGTGGCTCCTGCAGGACCTAGCCCTGCAGTTCTAGCTG  150

seq1  GAAGCCTCATGAAGACATTCATTGTACAGCAGAGTGTTAATAGTGTGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCCTCATGAAGACATTCATTGTACAGCAGAGTGTTAATAGTGTGCTG  200

seq1  GGATTGTCGCTGAATACCTGATGTGTACAGTTTGCATCGCAGCCTTCTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTGTCGCTGAATACCTGATGTGTACAGTTTGCATCGCAGCCTTCTGC  250

seq1  TGAGTTAGGTTTCTGTGTTGTTTCAGGAGCATAGTGGTACTGCAGTTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTAGGTTTCTGTGTTGTTTCAGGAGCATAGTGGTACTGCAGTTGGA  300

seq1  GTGTGATGGGACTAGGGTGATGGGATAGCCTGGGCTCTTCATTGGAAGGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGATGGGACTAGGGTGATGGGATAGCCTGGGCTCTTCATTGGAAGGG  350

seq1  GGCACTCAATGCCACCTCCTCTAGGCCTTATCTTGGGAAAGGAGGGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACTCAATGCCACCTCCTCTAGGCCTTATCTTGGGAAAGGAGGGATTA  400

seq1  CAAGGCTGCTTCTGCGTCTCCTAAAAGGCAGGAGACCTCTAAGACAAGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCTGCTTCTGCGTCTCCTAAAAGGCAGGAGACCTCTAAGACAAGAT  450

seq1  GCCAAGTAAGGAATGTCTGAAGCCTGCAGCTGCATCGCTGGACCAAACAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAAGTAAGGAATGTCTGAAGCCTGCAGCTGCATCGCTGGACCAAACAT  500

seq1  CTTGCTATTTGAGTTGTGCAGGAGGTAATACTCAGGGGATTGCTGCAATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTATTTGAGTTGTGCAGGAGGTAATACTCAGGGGATTGCTGCAATT  550

seq1  TCTCCAGTCTCTGAGGCAAGAGAATTGCCTTCATCCATCTTTGAAAACAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCAGTCTCTGAGGCAAGAGAATTGCCTTCATCCATCTTTGAAAACAT  600

seq1  CCTGGAGGACTAGAGGCTTCTAGGACAACATTTTTTATTCAGTACACAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGAGGACTAGAGGCTTCTAGGACAACATTTTTTATTCAGTACACAAA  650

seq1  ATACTTAGAATTAATCTAATTCTGCCAGGTCTAGATACACCCCAACCAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTAGAATTAATCTAATTCTGCCAGGTCTAGATACACCCCAACCAGT  700

seq1  TTAAAATGGTTTCGCTTTGCTGTGTTAAGTAAGAAGATTCAAGTGGCTCG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAATGGTTTCGCTTTGCTGTGTTAAGTAAGAAGATTCAAGTGGCTCG  750

seq1  GAGCAGAGGGCCTGAATTTAAGTTGTAGCTCTGACTTTTACCGGTAGTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGAGGGCCTGAATTTAAGTTGTAGCTCTGACTTTTACCGGTAGTGT  800

seq1  GACTTCAGCCATATTACTTTCCCTCTCTAAATGTCAGATTTGTCATCTAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCAGCCATATTACTTTCCCTCTCTAAATGTCAGATTTGTCATCTAG  850

seq1  AAAATAATAAGAAAAATACTACCATCCCATAAATCATTCTAAGAACCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAATAAGAAAAATACTACCATCCCATAAATCATTCTAAGAACCAAA  900

seq1  TTAGATTAATGTATGGAAAATGGCTTTGTAAACTGTTAAGCTCTGCAGAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATTAATGTATGGAAAATGGCTTTGT-AACTGTTAAGCTCTGCAGAG  949

seq1  GTTCACTAATGGCTGTTTCTGTCCCATATGGGAAAGCCACAAGATGAATA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||
seq2  GTTCACTAATGGCTGTTTCTGTCCCATATGGGAAAGCCAC-AGATG-ATA  997

seq1  ATC-TTTCTTGTGAGTGTCCATTTATGTCAGCCTGCTGAGGTCATACCGT  1049
      ||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||
seq2  ATCTTTTCTTGTGAGTGT-CATTTATGTCAG-CTGCTGAGGTCATACTGT  1045

seq1  GTGCCTTTGAAGTACAGAAGGT-GTGAC-TGTC-AGGCTTTCGAAAGGAA  1096
      |||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||| | | 
seq2  GTGCCTTTGAAGTACAGAAGGTGGTGACTTGTCAAGCCTTTCGAATGTAG  1095

seq1  GCAGAAAGGCTGA-CTTTCTCTGGCCTTGGCAGTGGAGCAAGCACAGGTG  1145
       |   || ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||| || |||
seq2  CC---AAAGCTGACCTTTCTCT-GCCATGGCAGT-GAGCAAGC-CA-GTG  1138

seq1  CAAGGTGGTGACTTC-ATAGGACCTGTG  1172
      ||||||||  ||||| || | |||||||
seq2  CAAGGTGGGAACTTCAATGGAACCTGTG  1166

seq1: chr6_53444544_53445467
seq2: B6Ng01-231D21.g_67_989 (reverse)

seq1  GTGTATGGAGAAACAGCTGCATAAATGAGCTAATCCATTACAGAAGCTGC  50
      ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGGAGAACCAGCTGCAT-AATGAGCTAATCCATTACAGAAGCTGC  49

seq1  TCACT-AGCCCATGGCTGGGTCTAGGCAAGTTTAGCTGCTCTGAGGTTTG  99
      ||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||||||
seq2  TCACTAACCCCATGGCT-GGTCTAGGCAAGTTTAGCTGCTTGAAGGTTTG  98

seq1  CCCTGGAGGTCAGCATTCTGTCATCCAGGTCTCGGCCACTCTGGGTCCCC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGGTCAGCATTCTGTCATCCAGGTCTCGGCCACTCTGGGTCCCC  148

seq1  CCTTTCCCTCCCCCCACAGCACATTAAATAAGCTGTGGTCACAGACATAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTCCCTCCCCCCACAGCACATTAAATAAGCTGTGGTCACAGACATAA  198

seq1  TGTCAAGGATCAATGACCTTAAAACAATGGTAGGAAATCACATTTCATTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCAAGGATCAATGACCTTAAAACAATGGTAGGAAATCACATTTCATTG  248

seq1  TTTATTCCTTCTAGAACATTGCTTTTTTTCAAGCCTGGGTACAGAAGTGC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCTTCTAGAACATTGCTTTTTTTCAAGCCTGGGTACAGAAGTGC  298

seq1  CTCAAGGTCCAGGGCATCTTGACAGTTTGACATGTTGATGTGTGAGCAAC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGGTCCAGGGCATCTTGACAGTTTGACATGTTGATGTGTGAGCAAC  348

seq1  ACTAGGGCAGTGACCATTAACACGGGGACCTCAGCTCCTTGTAAGCATAA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGGGCAGTGACCATTAACACGGGGACCTCAGCTCCTTGTAAGCATAA  398

seq1  GTATTGTCTGACTCAGATATGACAAGAACAGGATCTCAATATTTCTTCTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTCTGACTCAGATATGACAAGAACAGGATCTCAATATTTCTTCTT  448

seq1  AACTGGCCTAAATTTAATGGGCTAATAATATAATTATTGGCACAAATATT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCCTAAATTTAATGGGCTAATAATATAATTATTGGCACAAATATT  498

seq1  AATCAGTAGTAATTAGTTATCGATGATCAGCCTTAATCTATGACCTACTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGTAGTAATTAGTTATCGATGATCAGCCTTAATCTATGACCTACTT  548

seq1  ACAGATCATGCTATATCTAGCTATAATAAGGGAGCAACTTTAGATACCTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATCATGCTATATCTAGCTATAATAAGGGAGCAACTTTAGATACCTT  598

seq1  TTTTCCCACAGTGCAGCACCAAGACACACATGCTAAATAGTAACAATCTG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCACAGTGCAGCACCAAGACACACATGCTAAATAGTAACAATCTG  648

seq1  AGGTAGCATGGCAGTTCATGAAGGGTAAGGTGTGAGTTTAATTAATTTGA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTAGCATGGCAGTTCATGAAGGGTAAGGTGTGAGTTTAATTAATTTGA  698

seq1  ATAAAATATACATACCGTAGGCATGGCATCCATTATTTTAGTTCCTCCTA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAATATACATACCGTAGGCATGGCATCCATTATTTTAGTTCCTCCTA  748

seq1  GGCCCTAGGTCTGTGTGACAATCTGATCTTGGCTCTAGAGTCATTTTTGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTAGGTCTGTGTGACAATCTGATCTTGGCTCTAGAGTCATTTTTGC  798

seq1  TAGACAGCATGCAGTTGTCTGTCTTGTTGAGTTTCTGAGCCTGACCACAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGCATGCAGTTGTCTGTCTTGTTGAGTTTCTGAGCCTGACCACAC  848

seq1  CTGCTTCTAGGTCCAATAGCCTTTGAGCCCATTTCCATCAGGGTAGCTCA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTAGGTCCAATAGCCTTTGAGCCCATTTCCATCAGGGTAGCTCA  898

seq1  ATGGTGTTCATCAATCCCAGAATTC  924
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGTTCATCAATCCCAGAATTC  923