BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-233D22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 24,636,072 - 24,715,893
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4932701A20Rik, Hyal4
Upstream geneCadps2, Tas2r118, LOC100041082, Slc13a1, LOC100041094, Iqub, Ndufa5, Asb15, EG626715, Lmod2, Wasl
Downstream geneSpam1, Hyal5, 6332401O19Rik, LOC384358, Gpr37, Pot1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-233D22.bB6Ng01-233D22.g
ACCGA045364GA045365
length1,1081,157
definitionB6Ng01-233D22.b B6Ng01-233D22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,714,802 - 24,715,893)(24,636,072 - 24,637,222)
sequence
gaattctccatcctcagaggcctctatgtggtaacttgcagggttcaaat
ggaggtaatgagctgctttccatgtcttccgtacacacctcccattattc
ttgcaaaggtgacgactgcacacctcagctgctctggtcacattgattat
gtagctgccaaaatcagaattcacaaagcggttcactttcgtacagttct
cctgaaaaagtttaaaggaaaaaaaaatatggatcagaggttatagagcc
agaggcagctctttagactgaactaaaagaatggctttgtcctaccaaaa
gtaggttatctcttgagttctactgtaacacaaaggtctcagatcggaaa
caagaaaggccctagagacagaagatggcctagttagtcaaagtagctga
accagcaagctagcctaagtcaacatgtagatccttgccttctttcaagt
catacattgctctctctctctctctctctctctctctctctctctctctc
tcttcctagctctcaaggtaatgagtagtgtgagacagaaaggaacagac
acaaaacagcatcaacgtcacagcagaatctccaggctatctctcagaaa
tgagtagttctttctggtggtgttagaatctgagttgtcacatttactga
tttatatactgattttatttacctagctgtgatggcagagaatttcctat
gccacctgtagcatttctggacttctctgttaagtatacttaaacataac
ctgtggcaggttctacatccctacatacaactagacataggaaagctggt
aacactagatcatttgtgtgtgtgtgtgttttctagtacatgttcttccc
tagaggtcaccttgggttagatatgcttgtttcctgatgaagcccccttg
agtccacagttgaacctctgggcttctctgtataaatgcccatagaatgt
tgtgtgatagctattcttcattcatcaactttgactaaatctggaattaa
tttaaaaccaaatggcctgggccctaccacatggtgagaagatttctttt
tttcttaattaatcattggaatttggattcactttcaatctggatctttg
aaggtggg
gaattccatcactgggacccacctggtagatggagagaattagctcctgc
aagctgtttgttgatctctagttgtaggccttggtacacatgaacccaca
cacagacacacatgtaagtaaatgtcacaaagaactttactatagttaag
ttccactcattttttcatatctcattcttcctctaagatagtgaggaaga
cactattttctaaggagttacttctatactgaaatgatattgtatttata
tgctgttaggatggaaagaacagctaacatggcaccagaaatgacttgac
atgttgacccaattcttatgtaatgatgggatggatacagatacacatgt
ttgacaagacaaatatcactctgtggtagtttggatagaaatggccctca
tagactcatgtatttgggcattattaggaggagtggccttgttggaggat
gagctttgagttctcctctactcaaactatgcccaacatgtcccacagac
tctccttgctgcctggagaacaagctgtagagctaccagctctctttcca
ccaccttgtcagcctgcatgctcccatgcttcctgccatgacattgacgg
actaaacctctgaaaccgtaagccactctaattaaatgttttcctttata
agcattaccatagtcatggtgtctcttaaaagcaatggaaccctaagaca
cactttgacaattttctgttttaggtcaagcccctgctactgtccaagtg
ccatagatttaccatgtcttcggggacattaacagaccacattaatgtaa
ggccttattatgttctagcctccactgctagatagtttggtaatcgttgg
ataaacaggttgaagcataataacctattgccatacctatcaaaagagct
gcatgtattttttatgcacctcaaaaaactgggccctctagaaatgctta
gaggtaccctgagtcccatttctattccttttatagtacattgcctatgg
aaatcattctatatgattaagaacatatttaccaccttcctgcttaaagc
tatttccatcatcattatgttatttagcgggatgcaagatgaaagatgcc
tctattataggatgactctgcaattaaaatggaaggcttgaacctgtgaa
cttatag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_24714802_24715893
seq2: B6Ng01-233D22.b_46_1153 (reverse)

seq1  CCCACC-TCAAAGATCCAGATTGGAAGTGGATTCCAAATTCAAATGATTT  49
      |||||| |||||||||||||||| |||| || ||||||||| ||||| ||
seq2  CCCACCTTCAAAGATCCAGATTGAAAGT-GAATCCAAATTCCAATGA-TT  48

seq1  AATTAAG-AAAAAAGAAATC-TCTCA-CATGT-GTA-GGCCCA-GCCATT  93
      ||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||| ||||||
seq2  AATTAAGAAAAAAAGAAATCTTCTCACCATGTGGTAGGGCCCAGGCCATT  98

seq1  TGGGTTTTAATTTAATTCCAGATTTAGTC-AAGTTGATG-ATGAAGAATA  141
      | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||
seq2  T-GGTTTTAAATTAATTCCAGATTTAGTCAAAGTTGATGAATGAAGAATA  147

seq1  GCTATCACAC-ACA-TCTATGGGCATTTATACAGAGA--GCCAGAGGTTC  187
      |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||   ||||||||||
seq2  GCTATCACACAACATTCTATGGGCATTTATACAGAGAAGCCCAGAGGTTC  197

seq1  AACTGTGGACTC-AGGGGGCTTCATCAGGAAAC-AGCATATCTAA-CCAA  234
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  AACTGTGGACTCAAGGGGGCTTCATCAGGAAACAAGCATATCTAACCCAA  247

seq1  GGTGACCTCTA-GGAAGAACATGTACTAGAAAACACACACACACACAAAT  283
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACCTCTAGGGAAGAACATGTACTAGAAAACACACACACACACAAAT  297

seq1  GATCTAGTGTTACCAGCTTTCCTATGTCTAGTTGTATGTAGGGATGTAGA  333
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTAGTGTTACCAGCTTTCCTATGTCTAGTTGTATGTAGGGATGTAGA  347

seq1  ACCTGCCACAGGTTATGTTTAAGTATACTTAACAGAGAAGTCCAG-AATG  382
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACCTGCCACAGGTTATGTTTAAGTATACTTAACAGAGAAGTCCAGAAATG  397

seq1  CTACAGGTGGCATAGGAAATTCTCTGCCATCACAGCTAGGTAAAT-AAAT  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CTACAGGTGGCATAGGAAATTCTCTGCCATCACAGCTAGGTAAATAAAAT  447

seq1  CAGTAAATAAATCAGTAAATGTGACAACTCAGATTCTAACACCACCAGAA  481
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATATAAATCAGTAAATGTGACAACTCAGATTCTAACACCACCAGAA  497

seq1  AGAACTACTCATTTCTGAGAGATAGCCTGGAGATTCTGCTGTGACGTTGA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTACTCATTTCTGAGAGATAGCCTGGAGATTCTGCTGTGACGTTGA  547

seq1  TGCTGTTTTGTGTCTGTTCCTTTCTGTCTCACACTACTCATTACCTTGAG  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTTTGTGTCTGTTCCTTTCTGTCTCACACTACTCATTACCTTGAG  597

seq1  AGCTAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAGGAAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  647

seq1  AGCAATGTATGACTTGAAAGAAGGCAAGGATCTACATGTTGACTTAGGCT  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATGTATGACTTGAAAGAAGGCAAGGATCTACATGTTGACTTAGGCT  697

seq1  AGCTTGCTGGTTCAGCTACTTTGACTAACTAGGCCATCTTCTGTCTCTAG  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCTGGTTCAGCTACTTTGACTAACTAGGCCATCTTCTGTCTCTAG  747

seq1  GGCCTTTCTTGTTTCCGATCTGAGACCTTTGTGTTACAGTAGAACTCAAG  781
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTTCTTGTTTCCGATCTGAGACCTTTGTGTTACAGTAGAACTCAAG  797

seq1  AGATAACCTACTTTTGGTAGGACAAAGCCATTCTTTTAGTTCAGTCTAAA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAACCTACTTTTGGTAGGACAAAGCCATTCTTTTAGTTCAGTCTAAA  847

seq1  GAGCTGCCTCTGGCTCTATAACCTCTGATCCATATTTTTTTTTCCTTTAA  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTGCCTCTGGCTCTATAACCTCTGATCCATATTTTTTTTTCCTTTAA  897

seq1  ACTTTTTCAGGAGAACTGTACGAAAGTGAACCGCTTTGTGAATTCTGATT  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTCAGGAGAACTGTACGAAAGTGAACCGCTTTGTGAATTCTGATT  947

seq1  TTGGCAGCTACATAATCAATGTGACCAGAGCAGCTGAGGTGTGCAGTCGT  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGCTACATAATCAATGTGACCAGAGCAGCTGAGGTGTGCAGTCGT  997

seq1  CACCTTTGCAAGAATAATGGGAGGTGTGTACGGAAGACATGGAAAGCAGC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTTTGCAAGAATAATGGGAGGTGTGTACGGAAGACATGGAAAGCAGC  1047

seq1  TCATTACCTCCATTTGAACCCTGCAAGTTACCACATAGAGGCCTCTGAGG  1081
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTACCTCCATTTGAACCCTGCAAGTTACCACATAGAGGCCTCTGAGG  1097

seq1  ATGGAGAATTC  1092
      |||||||||||
seq2  ATGGAGAATTC  1108

seq1: chr6_24636072_24637222
seq2: B6Ng01-233D22.g_69_1225

seq1  GAATTCCATCACTGGGACCCACCTGGTAGATGGAGAGAATTAGCTCCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCACTGGGACCCACCTGGTAGATGGAGAGAATTAGCTCCTGC  50

seq1  AAGCTGTTTGTTGATCTCTAGTTGTAGGCCTTGGTACACATGAACCCACA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGTTTGTTGATCTCTAGTTGTAGGCCTTGGTACACATGAACCCACA  100

seq1  CACAGACACACATGTAAGTAAATGTCACAAAGAACTTTACTATAGTTAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACACACATGTAAGTAAATGTCACAAAGAACTTTACTATAGTTAAG  150

seq1  TTCCACTCATTTTTTCATATCTCATTCTTCCTCTAAGATAGTGAGGAAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACTCATTTTTTCATATCTCATTCTTCCTCTAAGATAGTGAGGAAGA  200

seq1  CACTATTTTCTAAGGAGTTACTTCTATACTGAAATGATATTGTATTTATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTATTTTCTAAGGAGTTACTTCTATACTGAAATGATATTGTATTTATA  250

seq1  TGCTGTTAGGATGGAAAGAACAGCTAACATGGCACCAGAAATGACTTGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTTAGGATGGAAAGAACAGCTAACATGGCACCAGAAATGACTTGAC  300

seq1  ATGTTGACCCAATTCTTATGTAATGATGGGATGGATACAGATACACATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGACCCAATTCTTATGTAATGATGGGATGGATACAGATACACATGT  350

seq1  TTGACAAGACAAATATCACTCTGTGGTAGTTTGGATAGAAATGGCCCTCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAAGACAAATATCACTCTGTGGTAGTTTGGATAGAAATGGCCCTCA  400

seq1  TAGACTCATGTATTTGGGCATTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGGAGGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTCATGTATTTGGGCATTATTAGGAGGAGTGGCCTTGTTGGAGGAT  450

seq1  GAGCTTTGAGTTCTCCTCTACTCAAACTATGCCCAACATGTCCCACAGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTTGAGTTCTCCTCTACTCAAACTATGCCCAACATGTCCCACAGAC  500

seq1  TCTCCTTGCTGCCTGGAGAACAAGCTGTAGAGCTACCAGCTCTCTTTCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTGCTGCCTGGAGAACAAGCTGTAGAGCTACCAGCTCTCTTTCCA  550

seq1  CCACCTTGTCAGCCTGCATGCTCCCATGCTTCCTGCCATGACATTGACGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTGTCAGCCTGCATGCTCCCATGCTTCCTGCCATGACATTGACGG  600

seq1  ACTAAACCTCTGAAACCGTAAGCCACTCTAATTAAATGTTTTCCTTTATA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAACCTCTGAAACCGTAAGCCACTCTAATTAAATGTTTTCCTTTATA  650

seq1  AGCATTACCATAGTCATGGTGTCTCTTAAAAGCAATGGAACCCTAAGACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATTACCATAGTCATGGTGTCTCTTAAAAGCAATGGAACCCTAAGACA  700

seq1  CACTTTGACAATTTTCTGTTTTAGGTCAAGCCCCTGCTACTGTCCAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGACAATTTTCTGTTTTAGGTCAAGCCCCTGCTACTGTCCAAGTG  750

seq1  CCATAGATTTACCATGTCTTCGGGGACATTAACAGACCACATTAATGTAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGATTTACCATGTCTTCGGGGACATTAACAGACCACATTAATGTAA  800

seq1  GGCCTTATTATGTTCTAGCCTCCACTGCTAGATAGTTTGGTAATCGTTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTATTATGTTCTAGCCTCCACTGCTAGATAGTTTGGTAATCGTTGG  850

seq1  ATAAACAGGTTGAAGCATAATAACCTATTGCCATACCTATCAAAAGAGCT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACAGGTTGAAGCATAATAACCTATTGCCATACCTATCAAAAGAGCT  900

seq1  GCATGTA-TTTTTATGCACCTCAAAAAACT-GGCCCTCTAGAAATGCTTA  948
      ||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GCATGTATTTTTTATGCACCTCAAAAAACTGGGCCCTCTAGAAATGCTTA  950

seq1  GGAGGTA-CCTGAGTCCCATATCTATTCTTTTTATAGTACATTGCCTAT-  996
       |||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| 
seq2  -GAGGTACCCTGAGTCCCATTTCTATTCCTTTTATAGTACATTGCCTATG  999

seq1  GAAATCA-TCTATATGATTAAGAACATATTTACCA-CTTCCTGCTTTAAA  1044
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||
seq2  GAAATCATTCTATATGATTAAGAACATATTTACCACCTTCCTGC-TTAAA  1048

seq1  GCTTATTTCATCATTCATTATGTTATTTTAGCGGGGATGCCAAGATGAAA  1094
      |||  || ||||| ||||||||||| |||||| |||||| ||||||||||
seq2  GCTATTTCCATCA-TCATTATGTTA-TTTAGC-GGGATG-CAAGATGAAA  1094

seq1  GATG-CTCTATTATA-GATGACCTCTGC-ACTAAAATG---AGCT--GAC  1136
      |||| |||||||||| ||||| |||||| | |||||||    |||   ||
seq2  GATGCCTCTATTATAGGATGA-CTCTGCAATTAAAATGGAAGGCTTGAAC  1143

seq1  CTGTGAGTCTTATAG  1151
      ||||||  |||||||
seq2  CTGTGA-ACTTATAG  1157