BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234B20
Chromosome6 (Build37)
Map Location 10,557,550 - 10,693,956
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC330264
Downstream geneLOC100040285, LOC667650, AA545190
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234B20.bB6Ng01-234B20.g
ACCGA045966GA045967
length1,1721,155
definitionB6Ng01-234B20.b B6Ng01-234B20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(10,692,791 - 10,693,956)(10,557,550 - 10,558,723)
sequence
gaattccctttttaaatcagaggtaggaactttggattataaatatttgc
tttcataatataactcgtttgtgtaatattttagacttttaaatttcaaa
tacattttaaactattaaactgtgactatatgctttgatttgcttacatt
gtcaatttgcttggattttatatttataatactaatcatatagttaaaaa
tgccaccatttcaaaagaaaaacataacacattttcactgccatctaatt
caattcaagaaaatgcaaaaatatccaatatatttagttttcttgtttaa
ggcaatggcacaaggaaagaaagtataaattgctgtcatgaagaaaatat
attttggaattaaaataaaagaaccccatttaaatgtcatccatgttacg
ataaacatagcccaaaatacagatctcagtgagaagtgttttctcttcaa
gggtaataaccagtacatgaaacactagctttactacaagaacagcaagg
atattccagagctcttattccttgtcgtcgatgggtgttttgtgacataa
agggaattttagaaactgtttagctttttaaacctgaatgtaaggtttat
atctttgactatatttatgcatagcatttaataaaaagatgccatgtatg
gatgatctaaatgagcctttttaacggaggtcctttttgcactactcttt
tgctcttgataccctctggaatcattaataaaatcttttttttccatttt
tattaggtatttagctcatttacatttccaatgctataccaaaagtcccc
ataccccccccccactcccctacccacccactccccctttttggccctgg
cattcccctgtactggggcatataaagtttgcaagtccaatgggcctctc
tttgcagtgatgggccgactaggccatctttttgatacatatgcagctag
agacaagagctcccggggtactgcttagtttcataattgtgtttccaccc
tatagggttgcagatcctttagcttcctgggtgctttcctctagctactt
caattgggagccttgtgattcattcaatagctgactgtgagcatccactt
ctgtgttgctaggctctggcaatagtctcaacaagaaacagcatcatctg
gatcttcagctaaatcttgcta

gaattcaaaacattgatgtaaaatctgtagaaacttcaaaagaatataag
ttcatattcatagcatgaaagtacaggtgattcctttctatgctatggaa
gaaatcacagaagtacctctaatctgttttagaaatgggacttttgaatc
tccgtactagaagcagatcgttaggaaggaaaataataaaaagtaacttc
ctacttttcaggtgtcaaaacaatagaaacatataaataaccaaacatgt
tttctcattgaatacaagtcgagaatataatatattagtcagaatgagtg
aactaggtttatatgtagcaggtcccattttaaaaaaaaaccaaacaaac
aaacaaacaaaaaaccctaatgtattgagtgaacttaaactgctacaaaa
gctgggcagtggtggctcatgcttttaatcccagcacttgggagggaggc
agaggcaggtggatttcggattttgtggccagcctgatgtacagagtaag
ttccacgacagccagggctacccagagaaaccctgtttaaaaaaaaaaaa
aaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaaaacaaaacaaaaaactacaaaagat
atatcatttaagtaattacaatgcataatacagacatgaaataattatat
aaaatgtattatatgcctgacaacatgacaaaaccttacttttagttatg
tctgtacaaggtataacaagtaaaacatgaggaaataataatgacagtag
tatctttacaatattaaaaataaatatttccatgtcatcttctaggtgag
acacagcccctgaagcgagttcacagaagctgctgttgtatacgctgggc
atcacaacgatgagcctgtgatgattcagacgtggatgggaaaagggatt
caggaggccctaactatcactggtgaaccatgtgatatattcaagatgag
gtgaaactgcgaagttcagctgttcacccactatgccacacagactcagc
tcaaatacacaagttctagtccagtgtttcacagacatgatctactaaac
ttaaactagtcacaatcaaattgaagcatgatgtgaacgtactgtagatg
agggaagttttcaggattggacaatcaggcaaggtagttgatgcgtctat
ttttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_10692791_10693956
seq2: B6Ng01-234B20.b_47_1218 (reverse)

seq1  TAGCAAGATTTTGCTGAAAGGACCCAGATATAGCTGTCTCTTG-TGAGAC  49
      ||||||||||| ||||||  || ||||||   ||||| ||||| ||||||
seq2  TAGCAAGATTTAGCTGAA--GATCCAGATGATGCTGTTTCTTGTTGAGAC  48

seq1  TA-TGCCAGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATT  98
      || |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCCAGAGCCTAGC-AACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATT  97

seq1  GAATGGACCACAGGGCCCCCAA-TGGAGGAACTAGA-GAAAGCACCCAAG  146
      ||||| | |||| ||| ||||| || || | ||||| ||||||||||| |
seq2  GAATGAATCACAAGGCTCCCAATTGAAGTAGCTAGAGGAAAGCACCCAGG  147

seq1  GAACTAAAGGGAACTGCAACCCTATA-GGTGGAACAACAA-TATG-AACT  193
       | ||||| ||| ||||||||||||| |||||||  |||| |||| ||||
seq2  AAGCTAAA-GGATCTGCAACCCTATAGGGTGGAAACACAATTATGAAACT  196

seq1  AAGCAGTACCCC-GGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATC-AAAAGA  241
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGCAGTACCCCGGGAGCTCTTGTCTCTAGCTGCATATGTATCAAAAAGA  246

seq1  TGGCCTAGTCGG-CCATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAAC  290
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAGTCGGCCCATCACTGCAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAAC  296

seq1  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGG  346

seq1  TGGGTAGGGGAGTGGGGGGGGGGTATGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTAGGGGAGTGGGGGGGGGGTATGGGGACTTTTGGTATAGCATTGGA  396

seq1  AATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAATGGAAAAAAAAGATTTTATT  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAATGAGCTAAATACCTAATAAAAATGGAAAAAAAAGATTTTATT  446

seq1  AATGATTCCAGAGGGTATCAAGAGCAAAAGAGTAGTGCAAAAAGGACCTC  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTCCAGAGGGTATCAAGAGCAAAAGAGTAGTGCAAAAAGGACCTC  496

seq1  CGTTAAAAAGGCTCATTTAGATCATCCATACATGGCATCTTTTTATTAAA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTAAAAAGGCTCATTTAGATCATCCATACATGGCATCTTTTTATTAAA  546

seq1  TGCTATGCATAAATATAGTCAAAGATATAAACCTTACATTCAGGTTTAAA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATGCATAAATATAGTCAAAGATATAAACCTTACATTCAGGTTTAAA  596

seq1  AAGCTAAACAGTTTCTAAAATTCCCTTTATGTCACAAAACACCCATCGAC  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTAAACAGTTTCTAAAATTCCCTTTATGTCACAAAACACCCATCGAC  646

seq1  GACAAGGAATAAGAGCTCTGGAATATCCTTGCTGTTCTTGTAGTAAAGCT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAAGGAATAAGAGCTCTGGAATATCCTTGCTGTTCTTGTAGTAAAGCT  696

seq1  AGTGTTTCATGTACTGGTTATTACCCTTGAAGAGAAAACACTTCTCACTG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCATGTACTGGTTATTACCCTTGAAGAGAAAACACTTCTCACTG  746

seq1  AGATCTGTATTTTGGGCTATGTTTATCGTAACATGGATGACATTTAAATG  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTATTTTGGGCTATGTTTATCGTAACATGGATGACATTTAAATG  796

seq1  GGGTTCTTTTATTTTAATTCCAAAATATATTTTCTTCATGACAGCAATTT  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTCTTTTATTTTAATTCCAAAATATATTTTCTTCATGACAGCAATTT  846

seq1  ATACTTTCTTTCCTTGTGCCATTGCCTTAAACAAGAAAACTAAATATATT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTTCTTTCCTTGTGCCATTGCCTTAAACAAGAAAACTAAATATATT  896

seq1  GGATATTTTTGCATTTTCTTGAATTGAATTAGATGGCAGTGAAAATGTGT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATATTTTTGCATTTTCTTGAATTGAATTAGATGGCAGTGAAAATGTGT  946

seq1  TATGTTTTTCTTTTGAAATGGTGGCATTTTTAACTATATGATTAGTATTA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTTTTTCTTTTGAAATGGTGGCATTTTTAACTATATGATTAGTATTA  996

seq1  TAAATATAAAATCCAAGCAAATTGACAATGTAAGCAAATCAAAGCATATA  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATAAAATCCAAGCAAATTGACAATGTAAGCAAATCAAAGCATATA  1046

seq1  GTCACAGTTTAATAGTTTAAAATGTATTTGAAATTTAAAAGTCTAAAATA  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACAGTTTAATAGTTTAAAATGTATTTGAAATTTAAAAGTCTAAAATA  1096

seq1  TTACACAAACGAGTTATATTATGAAAGCAAATATTTATAATCCAAAGTTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACAAACGAGTTATATTATGAAAGCAAATATTTATAATCCAAAGTTC  1146

seq1  CTACCTCTGATTTAAAAAGGGAATTC  1166
      ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTGATTTAAAAAGGGAATTC  1172


seq1: chr6_10557550_10558723
seq2: B6Ng01-234B20.g_65_1219

seq1  GAATTCAAAACATTGATGTAAAATCTGTAGAAACTTCAAAAGAATATAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAACATTGATGTAAAATCTGTAGAAACTTCAAAAGAATATAAG  50

seq1  TTCATATTCATAGCATGAAAGTACAGGTGATTCCTTTCTATGCTATGGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATATTCATAGCATGAAAGTACAGGTGATTCCTTTCTATGCTATGGAA  100

seq1  GAAATCACAGAAGTACCTCTAATCTGTTTTAGAAATGGGACTTTTGAATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCACAGAAGTACCTCTAATCTGTTTTAGAAATGGGACTTTTGAATC  150

seq1  TCCGTACTAGAAGCAGATCGTTAGGAAGGAAAATAATAAAAAGTAACTTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCGTACTAGAAGCAGATCGTTAGGAAGGAAAATAATAAAAAGTAACTTC  200

seq1  CTACTTTTCAGGTGTCAAAACAATAGAAACATATAAATAACCAAACATGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTTTTCAGGTGTCAAAACAATAGAAACATATAAATAACCAAACATGT  250

seq1  TTTCTCATTGAATACAAGTCGAGAATATAATATATTAGTCAGAATGAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCATTGAATACAAGTCGAGAATATAATATATTAGTCAGAATGAGTG  300

seq1  AACTAGGTTTATATGTAGCAGGTCCCATTTTAAAAAAAAACCAAACAAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAGGTTTATATGTAGCAGGTCCCATTTTAAAAAAAAACCAAACAAAC  350

seq1  AAACAAACAAAAAACCCTAATGTATTGAGTGAACTTAAACTGCTACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAACAAAAAACCCTAATGTATTGAGTGAACTTAAACTGCTACAAAA  400

seq1  GCTGGGCAGTGGTGGCTCATGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGGAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGCAGTGGTGGCTCATGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGGAGGC  450

seq1  AGAGGCAGGTGGATTTCGGATTTTGTGGCCAGCCTGATGTACAGAGTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCAGGTGGATTTCGGATTTTGTGGCCAGCCTGATGTACAGAGTAAG  500

seq1  TTCCACGACAGCCAGGGCTACCCAGAGAAACCCTGTTTAAAAAAAAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCACGACAGCCAGGGCTACCCAGAGAAACCCTGTTTAAAAAAAAAAAA  550

seq1  AAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACAAAAAACTACAAAAGAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAAAACAAAACAAAAAACTACAAAAGAT  600

seq1  ATATCATTTAAGTAATTACAATGCATAATACAGACATGAAATAATTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCATTTAAGTAATTACAATGCATAATACAGACATGAAATAATTATAT  650

seq1  AAAATGTATTATATGCCTGACAACATGACAAAACCTTACTTTTAGTTATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTATTATATGCCTGACAACATGACAAAACCTTACTTTTAGTTATG  700

seq1  TCTGTACAAGGTATAACAAGTAAAACATGAGGAAATAATAATGACAGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTACAAGGTATAACAAGTAAAACATGAGGAAATAATAATGACAGTAG  750

seq1  TATCTTTACAATATTAAAAATAAATATTTCCATGTCATCTTCTAGGTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTTTACAATATTAAAAATAAATATTTCCATGTCATCTTCTAGGTGAG  800

seq1  ACACAGCCCCTGAAGCGAGTTCACAGAAGCTGCTGTTGTATACGCTGGGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCCCCTGAAGCGAGTTCACAGAAGCTGCTGTTGTATACGCTGGGC  850

seq1  ATCACAACGATGAGCCTGTGATGATTCAGACGTGGAT-GGAAAAGGGATT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ATCACAACGATGAGCCTGTGATGATTCAGACGTGGATGGGAAAAGGGATT  900

seq1  CAGGAGGCCCTAACTATCACTGGTGAACCATGTGATATATTCAAGATGAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAGGCCCTAACTATCACTGGTGAACCATGTGATATATTCAAGATGAG  950

seq1  GTGAAACTGCGAAGTTCAGCTGTTCACCCACTATGCCACACAGACCTCAG  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| 
seq2  GTGAAACTGCGAAGTTCAGCTGTTCACCCACTATGCCACACAGA-CTCA-  998

seq1  GCTCAAATACAC-AGTTCTAGTCCAGTG-TTCACAGACATGATCCTACTA  1047
      |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||
seq2  GCTCAAATACACAAGTTCTAGTCCAGTGTTTCACAGACATGAT-CTACTA  1047

seq1  AACCTAAACCTAAGTCACAAACCAAAATTGAAGCCATGAATGTGGAAAGG  1097
      ||| |||||   |||||||| |  ||||||||| |||| |||||  || |
seq2  AACTTAAAC--TAGTCACAATC--AAATTGAAG-CATG-ATGTG--AACG  1089

seq1  TACTTGTTAGGATGAGGG-AGTTTTCACAGGAATTGGGACAAAAACCAGG  1146
      ||| |||   |||||||| ||||||||   | |||||    | || ||||
seq2  TAC-TGT--AGATGAGGGAAGTTTTCA---GGATTGG----ACAATCAGG  1129

seq1  AGAGGGTAGTTGATGCCTTCTATTTTTG  1174
        | ||||||||||| | ||||||||||
seq2  -CAAGGTAGTTGATG-CGTCTATTTTTG  1155


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |