BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237B12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 117,019,438 - 117,160,958
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCxcl12
Upstream geneTmcc1, LOC100043425, EG666634, EG666648, D6Wsu116e, Anubl1, March8, Alox5, LOC100043432, Olfr211, Olfr212, Olfr213, EG434080, Olfr214, Olfr215, Zfp422, Rassf4, 8430408G22Rik, C230095G01Rik, LOC100043439
Downstream geneLOC213422, EG640142, LOC100043777, LOC621462, EG640370, EG621705, LOC100043779, Zfp637, Zfp239, 4933440N22Rik, Hnrpf, Fxyd4, LOC232338, Rasgef1a, Galnact2, Ret
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237B12.bB6Ng01-237B12.g
ACCGA048146GA048147
length1,1461,168
definitionB6Ng01-237B12.b B6Ng01-237B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,019,438 - 117,020,587)(117,159,791 - 117,160,958)
sequence
gaattcttagctccatgtgcactgtgcctgcctggatgctgccatgttcc
taccttgatgataatggactgaaccttggaacctgtaaaccagccctaat
taaatgttattcttataagaattaccttggtcatggtgtctgctcacaga
aataaaaccctaactatgacagtaggcattaagtctactgggcccctgag
atgataccacactgtccccttcctgtcatgacaggagttcttcaggctag
agataggttttcatttccatctcccttccagccatttgtacccttcatga
ctgaacatcctccttcctcaaaactccagggaaacatttggtgttccaga
tactttaagcaaattctccagacagggaaggacctgtcctttgaccacac
tggaaggttttccatcctacctcaggcactgtgttttttatatgtccttt
cctcctgattttctccctgtagagggctgacagttctagatagcaaactc
ttctccccgttttcagtatagcttttaacctaagcttaaccagctagtgt
gtctgcgccctggagaaagttggtcaacttctctaggtctctaccactga
atggaatagccaatacctgcccgcctcacagtggtttctgagaattatgg
agaagcagtgaaagcatcctgggcttcatgatgctaccgtgcatagtgac
attgatgccatacattcagggacttctgggccaccacagcttcacagtcc
cccattcccatgagtctgtgctacaacttgacaaatgtttgagaactttt
tgatgaaaataccctcaaaatgtgtacagtgggagggatctgaagtgtgc
ttctgtggcacctgtgcttcctgtcacttgtccccaggcttcatcccagc
acttactgccctcccactagacacctgccttcctgtagcaggaccaccat
gttctaaaaaaagccttagtggattccgtgtgccacttgtaaggcaccat
ctaaagccaggctcaccctctacccgtctagttcttttctatcctttcat
aaatatggcatgatttcatgtgacacgcccttcctgtgtctaggacatta
ccataaataagcttaaaatttttagtctcttgaaattctggaagaa
gaattccatggattagctttgaactggcctggagtcacttgccatgacag
gcactgggaactcacgtgagtgatgaggttgcatcggacggagatgcatt
tctggaaggaggaaagagaagcaggctgtttgtcttccagtctgcactac
tcagcctgacgtgggagccagggccactcttgttgaaaggaggacaggct
tgggaaaactggttctttacatcctgacttcaggggattctaattccatc
catgctgtcataagcgagctatgtcagaaacagatgggcctgtttgtatt
tcactacactgtcagcatttgattaacatttcactactgcatgcgttgtt
tcactgggtgctcaaggccactcacacacaagtgtccttttattccagcc
ttaattagtattaactctcaggccacacttttataatacacacacacaca
cacacacacacacacacacacacacacgccatagggtaaggaagggttaa
gggggttgcagagttctgagaggcactaagttgataagggccaagggaag
cctctatcgggtcccagataagaaacctcataaacctgtaggcacagggc
agcttgtgacacagacagatgctggtccccacggcgggctgttttaaagt
gtcagtttcaagtgggctgtgtgtcacagacaggagaaacctcactagag
ccagaggtccagagcagacagatagctttcactttggtaattttcctcta
tgaggcttgtgactagtgacagagtgacaggtcagccgacttgtcacgtc
tcagtctggtgctctttctcacatggtcccaggtgagggtgttcccatct
gaagtaactgatagactagtgtgtctggtgtttctaatatcgcttgatac
attcacagatgtgctcatttgttagcacagatgtattcttgacttatttg
tgtcttctggcattctaaaaaatgttagtgcttgcttgtataaacagcta
tacagacattccattgaccaagcccgctcagtcagtcacaggttcttcca
tcgagggagtgaggattaaaagaaaaaaggacagttaaaccaaccatttg
tagcattgaccccagtcatttctgagaacttgaagccattagttccaatt
ctgctttttataccattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_117019438_117020587
seq2: B6Ng01-237B12.b_50_1195

seq1  GAATTCTTAGCTCCATGTGCACTGTGCCTGCCTGGATGCTGCCATGTTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGCTCCATGTGCACTGTGCCTGCCTGGATGCTGCCATGTTCC  50

seq1  TACCTTGATGATAATGGACTGAACCTTGGAACCTGTAAACCAGCCCTAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTTGATGATAATGGACTGAACCTTGGAACCTGTAAACCAGCCCTAAT  100

seq1  TAAATGTTATTCTTATAAGAATTACCTTGGTCATGGTGTCTGCTCACAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGTTATTCTTATAAGAATTACCTTGGTCATGGTGTCTGCTCACAGA  150

seq1  AATAAAACCCTAACTATGACAGTAGGCATTAAGTCTACTGGGCCCCTGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACCCTAACTATGACAGTAGGCATTAAGTCTACTGGGCCCCTGAG  200

seq1  ATGATACCACACTGTCCCCTTCCTGTCATGACAGGAGTTCTTCAGGCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATACCACACTGTCCCCTTCCTGTCATGACAGGAGTTCTTCAGGCTAG  250

seq1  AGATAGGTTTTCATTTCCATCTCCCTTCCAGCCATTTGTACCCTTCATGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTTTTCATTTCCATCTCCCTTCCAGCCATTTGTACCCTTCATGA  300

seq1  CTGAACATCCTCCTTCCTCAAAACTCCAGGGAAACATTTGGTGTTCCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACATCCTCCTTCCTCAAAACTCCAGGGAAACATTTGGTGTTCCAGA  350

seq1  TACTTTAAGCAAATTCTCCAGACAGGGAAGGACCTGTCCTTTGACCACAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTTAAGCAAATTCTCCAGACAGGGAAGGACCTGTCCTTTGACCACAC  400

seq1  TGGAAGGTTTTCCATCCTACCTCAGGCACTGTGTTTTTTATATGTCCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAGGTTTTCCATCCTACCTCAGGCACTGTGTTTTTTATATGTCCTTT  450

seq1  CCTCCTGATTTTCTCCCTGTAGAGGGCTGACAGTTCTAGATAGCAAACTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCTGATTTTCTCCCTGTAGAGGGCTGACAGTTCTAGATAGCAAACTC  500

seq1  TTCTCCCCGTTTTCAGTATAGCTTTTAACCTAAGCTTAACCAGCTAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCCGTTTTCAGTATAGCTTTTAACCTAAGCTTAACCAGCTAGTGT  550

seq1  GTCTGCGCCCTGGAGAAAGTTGGTCAACTTCTCTAGGTCTCTACCACTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCGCCCTGGAGAAAGTTGGTCAACTTCTCTAGGTCTCTACCACTGA  600

seq1  ATGGAATAGCCAATACCTGCCCGCCTCACAGTGGTTTCTGAGAATTATGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAATAGCCAATACCTGCCCGCCTCACAGTGGTTTCTGAGAATTATGG  650

seq1  AGAAGCAGTGAAAGCATCCTGGGCTTCATGATGCTACCGTGCATAGTGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGCAGTGAAAGCATCCTGGGCTTCATGATGCTACCGTGCATAGTGAC  700

seq1  ATTGATGCCATACATTCAGGGACTTCTGGGCCACCACAGCTTCACAGTCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATGCCATACATTCAGGGACTTCTGGGCCACCACAGCTTCACAGTCC  750

seq1  CCCATTCCCATGAGTCTGTGCTACAACTTGACAAATGTTTGAGAACTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATTCCCATGAGTCTGTGCTACAACTTGACAAATGTTTGAGAACTTTT  800

seq1  TGATGAAAATACCCTCAAAATGTGTACAGTGGGAGGGATCTGAAGTGTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAAAATACCCTCAAAATGTGTACAGTGGGAGGGATCTGAAGTGTGC  850

seq1  TTCTGTGGCACCTGTGCTTCCTGTCACTTGTCCCCAGGCTTCATCCCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGGCACCTGTGCTTCCTGTCACTTGTCCCCAGGCTTCATCCCAGC  900

seq1  ACTTACTGCCCTCCCACTAGACACCTGCCTTCCTGTAGCAGGGACCACCA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACTTACTGCCCTCCCACTAGACACCTGCCTTCCTGTAGCA-GGACCACCA  949

seq1  TGTTCTAAAAAAAGCCTTAGTGGATTCCGTGTGCCACTTGTAAAGGCACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TGTTCTAAAAAAAGCCTTAGTGGATTCCGTGTGCCACTTGT-AAGGCACC  998

seq1  ATCTAAAGCCAGGCTCACCCTCTACCCGTCTAAGTTCTTTTCTATCCTTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAAGCCAGGCTCACCCTCTACCCGTCT-AGTTCTTTTCTATCCTTT  1047

seq1  CATTAAATATGGCATGAATTTCATGTGACACGCCCTTCCTGTGTCTAAGA  1100
      || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || 
seq2  CA-TAAATATGGCATG-ATTTCATGTGACACGCCCTTCCTGTGTCT-AGG  1094

seq1  ACAATACCATAA--TAGCCTAAAATTTTTAGTCTCTGGAAAATTCT-GAA  1147
      ||| ||||||||   ||| ||||||||||||||||| | ||||||| |||
seq2  ACATTACCATAAATAAGCTTAAAATTTTTAGTCTCTTG-AAATTCTGGAA  1143

seq1  GAA  1150
      |||
seq2  GAA  1146

seq1: chr6_117159791_117160958
seq2: B6Ng01-237B12.g_68_1235 (reverse)

seq1  AAATGGTATAAAAAGCAGATTGGGAAAATTAAATGTGGCTTCA--GTCTC  48
      ||||||||||||||||||| | ||  || |||   ||||||||   ||||
seq2  AAATGGTATAAAAAGCAGAATTGG--AACTAA---TGGCTTCAAGTTCTC  45

seq1  AGAATTGACTGGGGTC-ATGCTAC-AATG--TTGTTTAACTGTCTTTTTT  94
      |||| ||||||||||| ||||||| ||||  | ||||||||||| |||||
seq2  AGAAATGACTGGGGTCAATGCTACAAATGGTTGGTTTAACTGTCCTTTTT  95

seq1  CTTTTTAATCCTCACTCCCTCGATGG-AGAACCTGTTGACTGACTGAGCG  143
        |||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||
seq2  TCTTTTAATCCTCACTCCCTCGATGGAAGAACCTG-TGACTGACTGAGCG  144

seq1  GGCTTGGTCAATGGAATGTCTGTATAGCTTGTTTATACAAGCAAGCACTA  193
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGGTCAATGGAATGTCTGTATAGC-TGTTTATACAAGCAAGCACTA  193

seq1  ACATTTTTTAGAATGCCAGAAGACACAAATAAGTCAAGAATACATCTGTG  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTTTTAGAATGCCAGAAGACACAAATAAGTCAAGAATACATCTGTG  243

seq1  CTAACAAATGAGCACATCTGTGAATGTATCAAGCGATATTAGAAACACCA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAATGAGCACATCTGTGAATGTATCAAGCGATATTAGAAACACCA  293

seq1  GACACACTAGTCTATCAGTTACTTCAGATGGGAACACCCTCACCTGGGAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACTAGTCTATCAGTTACTTCAGATGGGAACACCCTCACCTGGGAC  343

seq1  CATGTGAGAAAGAGCACCAGACTGAGACGTGACAAGTCGGCTGACCTGTC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGAGAAAGAGCACCAGACTGAGACGTGACAAGTCGGCTGACCTGTC  393

seq1  ACTCTGTCACTAGTCACAAGCCTCATAGAGGAAAATTACCAAAGTGAAAG  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGTCACTAGTCACAAGCCTCATAGAGGAAAATTACCAAAGTGAAAG  443

seq1  CTATCTGTCTGCTCTGGACCTCTGGCTCTAGTGAGGTTTCTCCTGTCTGT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTGTCTGCTCTGGACCTCTGGCTCTAGTGAGGTTTCTCCTGTCTGT  493

seq1  GACACACAGCCCACTTGAAACTGACACTTTAAAACAGCCCGCCGTGGGGA  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACACAGCCCACTTGAAACTGACACTTTAAAACAGCCCGCCGTGGGGA  543

seq1  CCAGCATCTGTCTGTGTCACAAGCTGCCCTGTGCCTACAGGTTTATGAGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCATCTGTCTGTGTCACAAGCTGCCCTGTGCCTACAGGTTTATGAGG  593

seq1  TTTCTTATCTGGGACCCGATAGAGGCTTCCCTTGGCCCTTATCAACTTAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTATCTGGGACCCGATAGAGGCTTCCCTTGGCCCTTATCAACTTAG  643

seq1  TGCCTCTCAGAACTCTGCAACCCCCTTAACCCTTCCTTACCCTATGGCGT  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTCTCAGAACTCTGCAACCCCCTTAACCCTTCCTTACCCTATGGCGT  693

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTATAAAAGTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTATAAAAGTG  743

seq1  TGGCCTGAGAGTTAATACTAATTAAGGCTGGAATAAAAGGACACTTGTGT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTGAGAGTTAATACTAATTAAGGCTGGAATAAAAGGACACTTGTGT  793

seq1  GTGAGTGGCCTTGAGCACCCAGTGAAACAACGCATGCAGTAGTGAAATGT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTGGCCTTGAGCACCCAGTGAAACAACGCATGCAGTAGTGAAATGT  843

seq1  TAATCAAATGCTGACAGTGTAGTGAAATACAAACAGGCCCATCTGTTTCT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAATGCTGACAGTGTAGTGAAATACAAACAGGCCCATCTGTTTCT  893

seq1  GACATAGCTCGCTTATGACAGCATGGATGGAATTAGAATCCCCTGAAGTC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGCTCGCTTATGACAGCATGGATGGAATTAGAATCCCCTGAAGTC  943

seq1  AGGATGTAAAGAACCAGTTTTCCCAAGCCTGTCCTCCTTTCAACAAGAGT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTAAAGAACCAGTTTTCCCAAGCCTGTCCTCCTTTCAACAAGAGT  993

seq1  GGCCCTGGCTCCCACGTCAGGCTGAGTAGTGCAGACTGGAAGACAAACAG  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCCTGGCTCCCACGTCAGGCTGAGTAGTGCAGACTGGAAGACAAACAG  1043

seq1  CCTGCTTCTCTTTCCTCCTTCCAGAAATGCATCTCCGTCCGATGCAACCT  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTTCTCTTTCCTCCTTCCAGAAATGCATCTCCGTCCGATGCAACCT  1093

seq1  CATCACTCACGTGAGTTCCCAGTGCCTGTCATGGCAAGTGACTCCAGGCC  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCACTCACGTGAGTTCCCAGTGCCTGTCATGGCAAGTGACTCCAGGCC  1143

seq1  AGTTCAAAGCTAATCCATGGAATTC  1168
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCAAAGCTAATCCATGGAATTC  1168