BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-237M14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 11,888,732 - 11,968,718
singlet/doubletdoublet
Overlap genePhf14, LOC100040844
Upstream geneAA545190, Ndufa4
Downstream geneEG625347, LOC435879, Thsd7a, LOC667735
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-237M14.bB6Ng01-237M14.g
ACCGA048652GA048653
length1,095525
definitionB6Ng01-237M14.b B6Ng01-237M14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(11,888,732 - 11,889,833)(11,968,188 - 11,968,718)
sequence
gaattcagtttcttcccattcacaggtttaatcgtagaattctcatatat
ttctctcttaagccattttctaaggcttagatgtaattctatcatacaga
tgttgacagtccattaacacagatagcacaggtagcctcttaattatcag
actctgggccgggcagtggtagtgcacgcctttaatcccagcacttggga
ggcagaggcaggtggatttctgagttcgaggccagcatggtctacaaagt
gagttccaggacagccagggctacacagagaaaccctgtctcaaaaaaac
aaaaacaaaaaaaaatcagactctgtttcactaggtcgtttcctagctca
tgatattcaacaaaacaaaagacaagtgatttagaagtgatggcctacgg
aaacgtttggagttaccactgggatggtgaattatagtgctcatttgggc
ttgtcacttacctctgacgttcaaaagagctcatcccacccttgcctaat
gcttaggtgtcagtccgtgtttctgttatgagccatgtacaggaagtata
gaggagaggaggaagggcatgggtaatgccgcactgaggacctttagtgc
tttatggagtcttacaatgacctttctggccccttttaatttggtcattc
tcattttacaaacgggaacactgtgttcgacagctgtaatgaaagctgca
aatgaacccaggatgttcattagctaccaagataatgtaagcacaggagt
ttctttacaagatagcctcacttcgctttccccgatttgttttacagcgg
tagtaattttagatactattcataaaatgagtcaaaagaattatttcttg
tgacctttcaggatggtcagtgggtgttgtgacatatgcctgtaatcaga
gctagtgagaagtagagacgggaggactagaagtttctaggccaaccttg
ggtacataggaagatcaagaacatcttgagatctttggatcttgtctcaa
aaagctcctccccacaaatatttaaacatatcatttacaatttttatgaa
tgatggtcagtgttattcttgagagtattggtagaattaagtgct

catgggaagcccaacagagttaactaacctggacccctaggagctctcag
agactgaataccaatcaaaaagcatacttgggctgtaaccaggctcccgg
tacatatgtaacagacatatgtaggtcagtctccatgtgcgtctctatgg
tatctgttctctgacagagttgccttgtctggtctcagtgggagaggaaa
tactttattctgcagagacttgatgtgctagggttggggaataatgggag
ttgcccaccctcagcagagggagaatgggagcagagactctgtgagggag
taaaggaaaggggggggggagtggcatttgagatgtaaataaataaattt
aaaaaagcattcaaagcagtagcaaaattacagttatgaagtagcaacaa
aaataattttttggtttggggtcatcacaacatgaggaaaggctcacagc
attagggagggttgctagccactggtctagggagacaaaggaacaaaggg
aaggaggcaggagggggaatataaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_11888732_11889833
seq2: B6Ng01-237M14.b_48_1142

seq1  GAATTCAGTTTCTTCCCATTCACAGGTTTAATCGTAGAATTCTCATATAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTTCTTCCCATTCACAGGTTTAATCGTAGAATTCTCATATAT  50

seq1  TTCTCTCTTAAGCCATTTTCTAAGGCTTAGATGTAATTCTATCATACAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCTTAAGCCATTTTCTAAGGCTTAGATGTAATTCTATCATACAGA  100

seq1  TGTTGACAGTCCATTAACACAGATAGCACAGGTAGCCTCTTAATTATCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGACAGTCCATTAACACAGATAGCACAGGTAGCCTCTTAATTATCAG  150

seq1  ACTCTGGGCCGGGCAGTGGTAGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCTGGGCCGGGCAGTGGTAGTGCACGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGA  200

seq1  GGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCATGGTCTACAAAGT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCATGGTCTACAAAGT  250

seq1  GAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAC  300

seq1  AAAAACAAAAAAAAATCAGACTCTGTTTCACTAGGTCGTTTCCTAGCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAAAAAAAAATCAGACTCTGTTTCACTAGGTCGTTTCCTAGCTCA  350

seq1  TGATATTCAACAAAACAAAAGACAAGTGATTTAGAAGTGATGGCCTACGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTCAACAAAACAAAAGACAAGTGATTTAGAAGTGATGGCCTACGG  400

seq1  AAACGTTTGGAGTTACCACTGGGATGGTGAATTATAGTGCTCATTTGGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACGTTTGGAGTTACCACTGGGATGGTGAATTATAGTGCTCATTTGGGC  450

seq1  TTGTCACTTACCTCTGACGTTCAAAAGAGCTCATCCCACCCTTGCCTAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCACTTACCTCTGACGTTCAAAAGAGCTCATCCCACCCTTGCCTAAT  500

seq1  GCTTAGGTGTCAGTCCGTGTTTCTGTTATGAGCCATGTACAGGAAGTATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAGGTGTCAGTCCGTGTTTCTGTTATGAGCCATGTACAGGAAGTATA  550

seq1  GAGGAGAGGAGGAAGGGCATGGGTAATGCCGCACTGAGGACCTTTAGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAGAGGAGGAAGGGCATGGGTAATGCCGCACTGAGGACCTTTAGTGC  600

seq1  TTTATGGAGTCTTACAATGACCTTTCTGGCCCCTTTTAATTTGGTCATTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGAGTCTTACAATGACCTTTCTGGCCCCTTTTAATTTGGTCATTC  650

seq1  TCATTTTACAAACGGGAACACTGTGTTCGACAGCTGTAATGAAAGCTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTACAAACGGGAACACTGTGTTCGACAGCTGTAATGAAAGCTGCA  700

seq1  AATGAACCCAGGATGTTCATTAGCTACCAAGATAATGTAAGCACAGGAGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAACCCAGGATGTTCATTAGCTACCAAGATAATGTAAGCACAGGAGT  750

seq1  TTCTTTACAAGATAGCCTCACTTCGCTTTCCCCGATTTGTTTTACAGCGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACAAGATAGCCTCACTTCGCTTTCCCCGATTTGTTTTACAGCGG  800

seq1  TAGTAATTTTAGATACTATTCATAAAATGAGTCAAAAGAATTATTTCTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATTTTAGATACTATTCATAAAATGAGTCAAAAGAATTATTTCTTG  850

seq1  TGACCTTTCAGGATGGTCAGTGGGTGTTGTGACATATGCCTGTAATCAGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTTCAGGATGGTCAGTGGGTGTTGTGACATATGCCTGTAATCAGA  900

seq1  GCTAGTGAGAAGTAGAGACGGGAGGACTAGAAG-TTCTAGGCCAACCTTG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GCTAGTGAGAAGTAGAGACGGGAGGACTAGAAGTTTCTAGGCCAACCTTG  950

seq1  GGTACATAGGAAGATCAAGAACATCTTGAGATCTTTGGATCTTGTCTCAA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACATAGGAAGATCAAGAACATCTTGAGATCTTTGGATCTTGTCTCAA  1000

seq1  AAAGCTCCTCCCCACAAAATATTTAAACATATCATTTACAATTTTTATTG  1049
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  
seq2  AAAGCTCCTCCCCAC-AAATATTTAAACATATCATTTACAATTTTTAT--  1047

seq1  AAATGATGGTTCCAAGTGTTATCTTTGAGAGTATTGGTAGAATTTAAAGT  1099
       |||||||||    ||||||||  ||||||||||||||||||||  ||||
seq2  GAATGATGGT---CAGTGTTATTCTTGAGAGTATTGGTAGAATT--AAGT  1092

seq1  GCT  1102
      |||
seq2  GCT  1095


seq1: chr6_11968188_11968718
seq2: B6Ng01-237M14.g_63_593 (reverse)

seq1  TTTATATTCCCCCTCCTGCCTCCTTCCCTTTGTTCCTTTGTCTCCCTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTCCCCCTCCTGCCTCCTTCCCTTTGTTCCTTTGTCTCCCTAGA  50

seq1  CCAGTGGCTAGCAACCCTCCCTAATGCTGTGAGCCTTTCCTCATGTTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGGCTAGCAACCCTCCCTAATGCTGTGAGCCTTTCCTCATGTTGTG  100

seq1  ATGACCCCAAACCAAAAAATTATTTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCCCAAACCAAAAAATTATTTTTGTTGCTACTTCATAACTGTAATT  150

seq1  TTGCTACTGCTTTGAATGCTTTTTTAAATTTATTTATTTACATCTCAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACTGCTTTGAATGCTTTTTTAAATTTATTTATTTACATCTCAAAT  200

seq1  GCCACTCCCCCCCCCCTTTCCTTTACTCCCTCACAGAGTCTCTGCTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCCCCCCCCCCTTTCCTTTACTCCCTCACAGAGTCTCTGCTCCCA  250

seq1  TTCTCCCTCTGCTGAGGGTGGGCAACTCCCATTATTCCCCAACCCTAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCCTCTGCTGAGGGTGGGCAACTCCCATTATTCCCCAACCCTAGCA  300

seq1  CATCAAGTCTCTGCAGAATAAAGTATTTCCTCTCCCACTGAGACCAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAAGTCTCTGCAGAATAAAGTATTTCCTCTCCCACTGAGACCAGACA  350

seq1  AGGCAACTCTGTCAGAGAACAGATACCATAGAGACGCACATGGAGACTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAACTCTGTCAGAGAACAGATACCATAGAGACGCACATGGAGACTGA  400

seq1  CCTACATATGTCTGTTACATATGTACCGGGAGCCTGGTTACAGCCCAAGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACATATGTCTGTTACATATGTACCGGGAGCCTGGTTACAGCCCAAGT  450

seq1  ATGCTTTTTGATTGGTATTCAGTCTCTGAGAGCTCCTAGGGGTCCAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTTTTGATTGGTATTCAGTCTCTGAGAGCTCCTAGGGGTCCAGGTT  500

seq1  AGTTAACTCTGTTGGGCTTCCCATGGAATTC  531
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAACTCTGTTGGGCTTCCCATGGAATTC  531


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |