BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239I10
Chromosome6 (Build37)
Map Location 73,203,112 - 73,349,274
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSuclg1
Upstream geneSftpb, Usp39, 0610030E20Rik, Tmem150, 2500002L14Rik, Vamp5, Vamp8, Ggcx, Mat2a, Sh2d6, Capg, Rbed1, Retsat, Tgoln1, LOC100038890, Tcf3, Kcmf1, Tmsb10, Dnahc6
Downstream geneOlfr210-ps1, 4931417E11Rik, LOC100043338
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239I10.bB6Ng01-239I10.g
ACCGA049927GA049928
length1,1741,134
definitionB6Ng01-239I10.b B6Ng01-239I10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(73,203,112 - 73,204,293)(73,348,140 - 73,349,274)
sequence
gaattcatgaacacatgcacaccagtaaaagaggaacaggaacacagttc
tcagggttgagtgagaagtgttttcatgacttgagtcaggctaacagtct
cacctgggaggtgctctttggctctgtatttccgcattaacagcacagcc
atcttagaagtggtatagttgttacctagaggagataggactgcctgaca
aacctgtgtgctctgtggaaaacatctttctcagtacctaggccctttcc
ttgagcatcttatgtccgtttgtccttctatggttctgtgattccttggt
aacatggttgtgttacagaccaggaggcttctgtgggtactcttgtcagg
tactcactcatgagcctgtcatagaggccactgatttcccacagttgttt
gctctgctcagtctgcagcagtgataacgatagtaaggtagtaattggtg
atatcccacataccgtatcctctcacatcagccagcgaggtgcataatat
tatctgtattctcacagtgagattatctcagacaaatattcctgtgtgaa
aagattcccaatttatttgtgattgctgcacagtatgtgtctgcagaggt
tagactatttgtgtatagaaggtgtgtgaggacagaccaatgagatggct
cagtggggaaaaacacttcccacgcaagtcagatggcctgaatcccagcc
acaaaacacacataaaggtgtgaggagagaaccgactctacaaactgatc
tctgacctcccatgctggcgatgaaccaacctacctgccttctttcctcc
ctctctccctcccttcattctttccttcctgtctctctttctttctttct
ttctgcacatggaaagcgtatctgggctggacttactttgattttaacgt
gtgaactttatactttctctttgagggcaatgggttttcaaccttcctat
tgctgtgacccttttacatagttcctcatgtcgtggtgacccccaaccat
aaaattattttcattactacttcatactgtatttgctactttttatgatt
gtaatgtaaatatttgtgattaccagtggtccttagctgccctgttaggg
ttcactgccccttcttccccaagagaggtgtaactcaggtgagatccctg
ttttaagggggagattttcctttg
gaattctaaggagaatccttttaaatgcagattcttcattgtgaattatc
acagatatttataatagatagaggccaagaattaataacagtttagtaat
ttccttgtcattaataataattatcataagtagtcgtggattaataggtc
aattgtaactgaaaggcctacagactggtctatttaaagctttttttagt
gggcaaagagataggaagcatttgaaatataaagttctggattaacactt
gaaaaaatagttgtatactatatagaaaaacagttctattggtattaaat
gtggaaacacactcatgtgttggggaagtagatggtgaagtcggctcttc
tgtgtcttaccaggacactttgggtaggcatttggctatgaaagtgacaa
acatgttgttctggatagagtggttgacacagaagacaaaccattctgaa
tgaaaataggaggaagatttgagttttttttttgggcagccccacaggct
ctgagctccattttggagaagtaagaagaggagttactgagaagaaaact
aaaaattagcaacccagttgcactcaggaatctttcaagtgagacaccat
caggaattggaggcatttagtgaagcccactggttggcttaggaaagagt
cccaagatatgtcacattggtgtccctgcagaaaggtaaagaatggatgt
gtgcagtggatagattgatggcaggagctttctcacatattgctcttgaa
atacacggtctcacgaaaggatggaccatccagagactgctccacccagg
ggtccatcccataatcagccaccaaaacacagacactattgcatacacca
gcaagattttgctgaaaggaccctgatatagctgtctcctgtaggctttg
ccagtgcctggcaaatacagaagtggatgctcacagtcatctataggatg
gaacacagggcccccaatgtaggagctagagaaagtacccaagagctaaa
ggggtctgcacctataggtggaacacaatatgaactaatcagtaccccag
acttcggtgtctcagcctgcatgcatatgtagccagaaggatgggcctta
gttgcatcactgggaaagagaaggatctagtcta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_73203112_73204293
seq2: B6Ng01-239I10.b_41_1214

seq1  GAATTCATGAACACATGCACACCAGTAAAAGAGGAACAGGAACACAGTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGAACACATGCACACCAGTAAAAGAGGAACAGGAACACAGTTC  50

seq1  TCAGGGTTGAGTGAGAAGTGTTTTCATGACTTGAGTCAGGCTAACAGTCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGTTGAGTGAGAAGTGTTTTCATGACTTGAGTCAGGCTAACAGTCT  100

seq1  CACCTGGGAGGTGCTCTTTGGCTCTGTATTTCCGCATTAACAGCACAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTGGGAGGTGCTCTTTGGCTCTGTATTTCCGCATTAACAGCACAGCC  150

seq1  ATCTTAGAAGTGGTATAGTTGTTACCTAGAGGAGATAGGACTGCCTGACA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTTAGAAGTGGTATAGTTGTTACCTAGAGGAGATAGGACTGCCTGACA  200

seq1  AACCTGTGTGCTCTGTGGAAAACATCTTTCTCAGTACCTAGGCCCTTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTGTGTGCTCTGTGGAAAACATCTTTCTCAGTACCTAGGCCCTTTCC  250

seq1  TTGAGCATCTTATGTCCGTTTGTCCTTCTATGGTTCTGTGATTCCTTGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCATCTTATGTCCGTTTGTCCTTCTATGGTTCTGTGATTCCTTGGT  300

seq1  AACATGGTTGTGTTACAGACCAGGAGGCTTCTGTGGGTACTCTTGTCAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGTTGTGTTACAGACCAGGAGGCTTCTGTGGGTACTCTTGTCAGG  350

seq1  TACTCACTCATGAGCCTGTCATAGAGGCCACTGATTTCCCACAGTTGTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCACTCATGAGCCTGTCATAGAGGCCACTGATTTCCCACAGTTGTTT  400

seq1  GCTCTGCTCAGTCTGCAGCAGTGATAACGATAGTAAGGTAGTAATTGGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGCTCAGTCTGCAGCAGTGATAACGATAGTAAGGTAGTAATTGGTG  450

seq1  ATATCCCACATACCGTATCCTCTCACATCAGCCAGCGAGGTGCATAATAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCCCACATACCGTATCCTCTCACATCAGCCAGCGAGGTGCATAATAT  500

seq1  TATCTGTATTCTCACAGTGAGATTATCTCAGACAAATATTCCTGTGTGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTGTATTCTCACAGTGAGATTATCTCAGACAAATATTCCTGTGTGAA  550

seq1  AAGATTCCCAATTTATTTGTGATTGCTGCACAGTATGTGTCTGCAGAGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATTCCCAATTTATTTGTGATTGCTGCACAGTATGTGTCTGCAGAGGT  600

seq1  TAGACTATTTGTGTATAGAAGGTGTGTGAGGACAGACCAATGAGATGGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTATTTGTGTATAGAAGGTGTGTGAGGACAGACCAATGAGATGGCT  650

seq1  CAGTGGGGAAAAACACTTCCCACGCAAGTCAGATGGCCTGAATCCCAGCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGGGGAAAAACACTTCCCACGCAAGTCAGATGGCCTGAATCCCAGCC  700

seq1  ACAAAACACACATAAAGGTGTGAGGAGAGAACCGACTCTACAAACTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAACACACATAAAGGTGTGAGGAGAGAACCGACTCTACAAACTGATC  750

seq1  TCTGACCTCCCATGCTGGCGATGAACCAACCTACCTGCCTTCTTTCCTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACCTCCCATGCTGGCGATGAACCAACCTACCTGCCTTCTTTCCTCC  800

seq1  CTCTCTCCCTCCCTTCATTCTTTCCTTCCTGTCTCTCTTTCTTTCTTTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTCCCTCCCTTCATTCTTTCCTTCCTGTCTCTCTTTCTTTCTTTCT  850

seq1  TTCTGCACATGGAAAGCGTATCT-GGCTGGACTTAC-TTGATTTTAACGT  898
      ||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTCTGCACATGGAAAGCGTATCTGGGCTGGACTTACTTTGATTTTAACGT  900

seq1  GTGAACTTTATACTTTCTCTTTGAGGGCAAT-GGTTTTCAACCTTCCTAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTTATACTTTCTCTTTGAGGGCAATGGGTTTTCAACCTTCCTAT  950

seq1  TGCTGTGACCCTTTAACATAGTTCCTCATGTCGTGGTGACCCCCAACCAT  997
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGTGACCCTTTTACATAGTTCCTCATGTCGTGGTGACCCCCAACCAT  1000

seq1  AAAATTATTTTCATTACTACTTCATAACTGTATTTTGCTAC-TTTTATGA  1046
      ||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||| 
seq2  AAAATTATTTTCATTACTACTTCAT-ACTGTA-TTTGCTACTTTTTATG-  1047

seq1  ATTGTAATGTAAATATTTGTGATTACCAGTGGTCTTAGGCTGCCCTTGTA  1096
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||  | 
seq2  ATTGTAATGTAAATATTTGTGATTACCAGTGGTCCTTAGCTGCCCTGTT-  1096

seq1  AAGGGGTCACTTGCCCCTTCCTCCCCCCAAAAGAGGTTGTGACTCACAGG  1146
       |||| |||| ||||||||| |  |||||| ||||| ||| |||||   |
seq2  -AGGGTTCAC-TGCCCCTTCTT--CCCCAAGAGAGG-TGTAACTCA---G  1138

seq1  TTGAGAACCACTGTTTT-AGGGGGAGATTTTCCTTTG  1182
       ||||| || ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGAGATCC-CTGTTTTAAGGGGGAGATTTTCCTTTG  1174

seq1: chr6_73348140_73349274
seq2: B6Ng01-239I10.g_65_1198 (reverse)

seq1  TAGACTAAGGGTCC-TCTCTTT-CCAGTGATGGCCAACTA--GGCCAT-C  45
      |||||||  | ||| ||||||| |||||||||  ||||||  | |||| |
seq2  TAGACTA--GATCCTTCTCTTTCCCAGTGATG--CAACTAAGGCCCATCC  46

seq1  TTCT-GCTACATATGCATGCAGCTGGAGACA-CGAGTTCTGGGGGTACTG  93
      |||| |||||||||||||||||   |||||| |||  ||| |||||||||
seq2  TTCTGGCTACATATGCATGCAGGCTGAGACACCGAAGTCT-GGGGTACTG  95

seq1  ATTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAGGGTTGCAGACCCCTTTAGCTC  143
      |||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||
seq2  ATTAGTTCATATTG-TGTTCCACCTATAGG--TGCAGACCCCTTTAGCTC  142

seq1  TTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTACATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCTAT  193
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTACTTTCTCTAGCTCCTACATTGGGGGCCCTGTGTTCCATCCTAT  192

seq1  AGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCAAAGCCT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTATTTGCCAGGCACTGGCAAAGCC-  241

seq1  TACAGGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGTGTA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGCTGGTGTA  291

seq1  TGCAATAGTGTCTGTG-TTTGGTGGCTGATTATGGGATGGACCCCTGGGT  342
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATAGTGTCTGTGTTTTGGTGGCTGATTATGGGATGGACCCCTGGGT  341

seq1  GGAGCAGTCTCTGGATGGTCCATCCTTTCGTGAGACCGTGTATTTCAAGA  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCAGTCTCTGGATGGTCCATCCTTTCGTGAGACCGTGTATTTCAAGA  391

seq1  GCAATATGTGAGAAAGCTCCTGCCATCAATCTATCCACTGCACACATCCA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATATGTGAGAAAGCTCCTGCCATCAATCTATCCACTGCACACATCCA  441

seq1  TTCTTTACCTTTCTGCAGGGACACCAATGTGACATATCTTGGGACTCTTT  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTACCTTTCTGCAGGGACACCAATGTGACATATCTTGGGACTCTTT  491

seq1  CCTAAGCCAACCAGTGGGCTTCACTAAATGCCTCCAATTCCTGATGGTGT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGCCAACCAGTGGGCTTCACTAAATGCCTCCAATTCCTGATGGTGT  541

seq1  CTCACTTGAAAGATTCCTGAGTGCAACTGGGTTGCTAATTTTTAGTTTTC  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACTTGAAAGATTCCTGAGTGCAACTGGGTTGCTAATTTTTAGTTTTC  591

seq1  TTCTCAGTAACTCCTCTTCTTACTTCTCCAAAATGGAGCTCAGAGCCTGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTAACTCCTCTTCTTACTTCTCCAAAATGGAGCTCAGAGCCTGT  641

seq1  GGGGCTGCCCAAAAAAAAAACTCAAATCTTCCTCCTATTTTCATTCAGAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCTGCCCAAAAAAAAAACTCAAATCTTCCTCCTATTTTCATTCAGAA  691

seq1  TGGTTTGTCTTCTGTGTCAACCACTCTATCCAGAACAACATGTTTGTCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTGTCTTCTGTGTCAACCACTCTATCCAGAACAACATGTTTGTCAC  741

seq1  TTTCATAGCCAAATGCCTACCCAAAGTGTCCTGGTAAGACACAGAAGAGC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATAGCCAAATGCCTACCCAAAGTGTCCTGGTAAGACACAGAAGAGC  791

seq1  CGACTTCACCATCTACTTCCCCAACACATGAGTGTGTTTCCACATTTAAT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTCACCATCTACTTCCCCAACACATGAGTGTGTTTCCACATTTAAT  841

seq1  ACCAATAGAACTGTTTTTCTATATAGTATACAACTATTTTTTCAAGTGTT  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATAGAACTGTTTTTCTATATAGTATACAACTATTTTTTCAAGTGTT  891

seq1  AATCCAGAACTTTATATTTCAAATGCTTCCTATCTCTTTGCCCACTAAAA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCAGAACTTTATATTTCAAATGCTTCCTATCTCTTTGCCCACTAAAA  941

seq1  AAAGCTTTAAATAGACCAGTCTGTAGGCCTTTCAGTTACAATTGACCTAT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTAAATAGACCAGTCTGTAGGCCTTTCAGTTACAATTGACCTAT  991

seq1  TAATCCACGACTACTTATGATAATTATTATTAATGACAAGGAAATTACTA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCACGACTACTTATGATAATTATTATTAATGACAAGGAAATTACTA  1041

seq1  AACTGTTATTAATTCTTGGCCTCTATCTATTATAAATATCTGTGATAATT  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTTATTAATTCTTGGCCTCTATCTATTATAAATATCTGTGATAATT  1091

seq1  CACAATGAAGAATCTGCATTTAAAAGGATTCTCCTTAGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATGAAGAATCTGCATTTAAAAGGATTCTCCTTAGAATTC  1134