BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-239P12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 18,081,865 - 18,253,445
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC386426, LOC636450, LOC100040751, Cftr
Upstream geneEG232599, Cav2, Cav1, Met, Capza2, St7, Wnt2, Asz1
Downstream geneCttnbp2, EG545829, Lsm8, Ankrd7, LOC626180
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-239P12.bB6Ng01-239P12.g
ACCGA050257GA050258
length1,103939
definitionB6Ng01-239P12.b B6Ng01-239P12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(18,081,865 - 18,082,975)(18,252,582 - 18,253,445)
sequence
gaattccagtaaaggtccttgttaattatgaattgtgcatttttactcca
agagaagaatggcagacagagtcataatggtgtaattgttgaatgtttaa
ataaacacaatctatgtgggaatgaataatatgatttataaaataggaag
tcataccagccaatcaaatttatttcaacaaatgataaaaaaagatagtt
gttttaaaaaggaacaaggaaatataacttattaacattttcccttgaca
aagtctccattctcctttttccacccctgccctcatcataacacacagat
acatagactgtggttttaaacattgaactatagggctggagaaaaacttt
tattttatttggaaattgtttgagaaataagtaacagagttgggatagtt
agttatttaaaagaaaaatgtgatacttgttttttcagtaagaagtatat
ttgtgaatattatttttattgttttaaattagaaatactttgtgtagaca
ggtgcttgtctgtttgcactacatgcctgcttggctccatggaggctaaa
agagagtcagctccctggatctggagttagagattgtgagctgccatgtg
agtggtgggggctgatctgcatcctatgcaggcacagcaagtgctcctaa
tccctgtgtcatctccagacccaaacttaaaactttaaggttcagacact
gatatgtggtatctaagttgctgatgacattacacaagtgacttctgggt
ctgaaaaaatttaaccaaaattatttttgacttttttaatgaaaatataa
tcacaacttttcaatccaaaagaagttttaaaagtccaagatgttgggag
agaactgaaagagttgaacattggtatagctaagtataaaaatagggtga
aatgcattggaagaagaaatgcaagtatattgttcattccaacagtcatg
ataatcctttcatagttttggaaagttaaaaaatatagctgaggcctgac
agattgctcagcattttagatgcctgcctgtacaagctggcaacataaat
ttcactgaaactcatgtaactggtaaagagcctgctcaacaatggatctc
tct
gaattccattgtgtcaagagtagcgcagttggggcacagtccctttaaag
caccttctctgcactttaatggcagagggaagtgcactataattatcttg
tttccttgtggtccccagaaaccaagacagacaatcaaatgaaacatcag
attcatgggtgattataactgagcctctcatatgtcgacacatctgttta
ttgttaataagacacatgggccactcagattgttaaatgagtcagcagcc
tcacgccagattctataaaggcagaatggggtgcacttttaacaaatcca
gcacctatttagatgtcttcatttgtagagaacattgctattctttttgg
gttgtgttgttgtttgtttttgttttttaaagacagggtcttttgtgtag
ccttggttgttctggaacttactctgtgaaccaggctggccttgaattca
caggaatctcaagtgctgggattaaaggtatgtgctaccactaactgaaa
agtcactccatcttaagtaaaaaggtaagcaacacattttctgtcagaaa
ggtaaaaccatagaacgaatgactctgcccctagagccagagagaaaggc
aagcagatacagtcacagagaccagcagaaaccagcaagcagacagctgg
agggagcaagtacaagcactacactgagaagatgacctgggctcattgtg
gaccatggagagggaaacaattcctgtcagcctccagtgacctcacagga
agactagaggaagtttccctagctttcaaggaccccacaagacagtgatc
attctgtttaggccagagcacggtctcccatttaaggcccatcttgagtg
agactattttatcatttgtaacttagagattttttttccaaaagcccaga
ctaactgactttaggaaacagtaatatttagtgctaact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_18081865_18082975
seq2: B6Ng01-239P12.b_45_1147

seq1  GAATTCCAGTAAAGGTCCTTGTTAATTATGAATTGTGCATTTTTACTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAAAGGTCCTTGTTAATTATGAATTGTGCATTTTTACTCCA  50

seq1  AGAGAAGAATGGCAGACAGAGTCATAATGGTGTAATTGTTGAATGTTTAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGAATGGCAGACAGAGTCATAATGGTGTAATTGTTGAATGTTTAA  100

seq1  ATAAACACAATCTATGTGGGAATGAATAATATGATTTATAAAATAGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACACAATCTATGTGGGAATGAATAATATGATTTATAAAATAGGAAG  150

seq1  TCATACCAGCCAATCAAATTTATTTCAACAAATGATAAAAAAAGATAGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATACCAGCCAATCAAATTTATTTCAACAAATGATAAAAAAAGATAGTT  200

seq1  GTTTTAAAAAGGAACAAGGAAATATAACTTATTAACATTTTCCCTTGACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAAAAAGGAACAAGGAAATATAACTTATTAACATTTTCCCTTGACA  250

seq1  AAGTCTCCATTCTCCTTTTTCCACCCCTGCCCTCATCATAACACACAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTCCATTCTCCTTTTTCCACCCCTGCCCTCATCATAACACACAGAT  300

seq1  ACATAGACTGTGGTTTTAAACATTGAACTATAGGGCTGGAGAAAAACTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGACTGTGGTTTTAAACATTGAACTATAGGGCTGGAGAAAAACTTT  350

seq1  TATTTTATTTGGAAATTGTTTGAGAAATAAGTAACAGAGTTGGGATAGTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTATTTGGAAATTGTTTGAGAAATAAGTAACAGAGTTGGGATAGTT  400

seq1  AGTTATTTAAAAGAAAAATGTGATACTTGTTTTTTCAGTAAGAAGTATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTTAAAAGAAAAATGTGATACTTGTTTTTTCAGTAAGAAGTATAT  450

seq1  TTGTGAATATTATTTTTATTGTTTTAAATTAGAAATACTTTGTGTAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAATATTATTTTTATTGTTTTAAATTAGAAATACTTTGTGTAGACA  500

seq1  GGTGCTTGTCTGTTTGCACTACATGCCTGCTTGGCTCCATGGAGGCTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTTGTCTGTTTGCACTACATGCCTGCTTGGCTCCATGGAGGCTAAA  550

seq1  AGAGAGTCAGCTCCCTGGATCTGGAGTTAGAGATTGTGAGCTGCCATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTCAGCTCCCTGGATCTGGAGTTAGAGATTGTGAGCTGCCATGTG  600

seq1  AGTGGTGGGGGCTGATCTGCATCCTATGCAGGCACAGCAAGTGCTCCTAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTGGGGGCTGATCTGCATCCTATGCAGGCACAGCAAGTGCTCCTAA  650

seq1  TCCCTGTGTCATCTCCAGACCCAAACTTAAAACTTTAAGGTTCAGACACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGTGTCATCTCCAGACCCAAACTTAAAACTTTAAGGTTCAGACACT  700

seq1  GATATGTGGTATCTAAGTTGCTGATGACATTACACAAGTGACTTCTGGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATGTGGTATCTAAGTTGCTGATGACATTACACAAGTGACTTCTGGGT  750

seq1  CTGAAAAAATTTAACCAAAATTATTTTTGACTTTTTTAATGAAAATATAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAAAATTTAACCAAAATTATTTTTGACTTTTTTAATGAAAATATAA  800

seq1  TCACAACTTTTCAATCCAAAAGAAGTTTTAAAAGTCCAAGATGTTGGGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAACTTTTCAATCCAAAAGAAGTTTTAAAAGTCCAAGATGTTGGGAG  850

seq1  AGAACTGAAAGAGTTGAACATTGGTATAGCTAAGTATAAAAATAGGGTGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACTGAAAGAGTTGAACATTGGTATAGCTAAGTATAAAAATAGGGTGA  900

seq1  AATGCATTGGAAGAAAGAATGCAAGTATATTG-TCATTCCAACAGTCATG  949
      |||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  AATGCATTGGAAGAAGAAATGCAAGTATATTGTTCATTCCAACAGTCATG  950

seq1  ATAATCCTTTCATAGTTTTGGAAAGTTAAAAAATTATAGCTGAGGGCTGA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||
seq2  ATAATCCTTTCATAGTTTTGGAAAGTTAAAAAA-TATAGCTGAGGCCTGA  999

seq1  CAAGATGGCTCAGCAATTTAAGATGCTTG-CTGTACAAGCTTGGCAACAT  1048
      | |||| ||||||| |||| |||||| || |||||||||| |||||||||
seq2  C-AGATTGCTCAGC-ATTTTAGATGCCTGCCTGTACAAGC-TGGCAACAT  1046

seq1  AAATTTCAACCTGAAAACTCATGTAAACTGGTAAAAGAGCCTGCTCAACA  1098
      ||||||||  ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||
seq2  AAATTTCA--CTG-AAACTCATGT-AACTGGT-AAAGAGCCTGCTCAACA  1091

seq1  ATGAATTCTCTCT  1111
      ||| | |||||||
seq2  ATGGA-TCTCTCT  1103

seq1: chr6_18252582_18253445
seq2: B6Ng01-239P12.g_67_931 (reverse)

seq1  ATGATAAAATAGTCTCACTCAAGATGGGCCTTAAATGGGAGACCGTGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATAAAATAGTCTCACTCAAGATGGGCCTTAAATGGGAGACCGTGCTC  50

seq1  TGGCCT-AACAGAATGATCACTGTCTTGTGGGGTCCTTGAAAGCTAGGGA  99
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCCTAAACAGAATGATCACTGTCTTGTGGGGTCCTTGAAAGCTAGGGA  100

seq1  AACTTCCTCTAGTCTTCCTGTGAGGTCACTGGAGGCTGACAGGAATTGTT  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTCCTCTAGTCTTCCTGTGAGGTCACTGGAGGCTGACAGGAATTGTT  150

seq1  TCCCTCTCCATGGTCCACAATGAGCCCAGGTCATCTTCTCAGTGTAGTGC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCATGGTCCACAATGAGCCCAGGTCATCTTCTCAGTGTAGTGC  200

seq1  TTGTACTTGCTCCCTCCAGCTGTCTGCTTGCTGGTTTCTGCTGGTCTCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTACTTGCTCCCTCCAGCTGTCTGCTTGCTGGTTTCTGCTGGTCTCTG  250

seq1  TGACTGTATCTGCTTGCCTTTCTCTCTGGCTCTAGGGGCAGAGTCATTCG  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGTATCTGCTTGCCTTTCTCTCTGGCTCTAGGGGCAGAGTCATTCG  300

seq1  TTCTATGGTTTTACCTTTCTGACAGAAAATGTGTTGCTTACCTTTTTACT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATGGTTTTACCTTTCTGACAGAAAATGTGTTGCTTACCTTTTTACT  350

seq1  TAAGATGGAGTGACTTTTCAGTTAGTGGTAGCACATACCTTTAATCCCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGATGGAGTGACTTTTCAGTTAGTGGTAGCACATACCTTTAATCCCAG  400

seq1  CACTTGAGATTCCTGTGAATTCAAGGCCAGCCTGGTTCACAGAGTAAGTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAGATTCCTGTGAATTCAAGGCCAGCCTGGTTCACAGAGTAAGTT  450

seq1  CCAGAACAACCAAGGCTACACAAAAGACCCTGTCTTTAAAAAACAAAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACAACCAAGGCTACACAAAAGACCCTGTCTTTAAAAAACAAAAAC  500

seq1  AAACAACAACACAACCCAAAAAGAATAGCAATGTTCTCTACAAATGAAGA  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAACACAACCCAAAAAGAATAGCAATGTTCTCTACAAATGAAGA  550

seq1  CATCTAAATAGGTGCTGGATTTGTTAAAAGTGCACCCCATTCTGCCTTTA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTAAATAGGTGCTGGATTTGTTAAAAGTGCACCCCATTCTGCCTTTA  600

seq1  TAGAATCTGGCGTGAGGCTGCTGACTCATTTAACAATCTGAGTGGCCCAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAATCTGGCGTGAGGCTGCTGACTCATTTAACAATCTGAGTGGCCCAT  650

seq1  GTGTCTTATTAACAATAAACAGATGTGTCGACATATGAGAGGCTCAGTTA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTTATTAACAATAAACAGATGTGTCGACATATGAGAGGCTCAGTTA  700

seq1  TAATCACCCATGAATCTGATGTTTCATTTGATTGTCTGTCTTGGTTTCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCACCCATGAATCTGATGTTTCATTTGATTGTCTGTCTTGGTTTCTG  750

seq1  GGGACCACAAGGAAACAAGATAATTATAGTGCACTTCCCTCTGCCATTAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACCACAAGGAAACAAGATAATTATAGTGCACTTCCCTCTGCCATTAA  800

seq1  AGTGCAGAGAAGGTGCTTTAAAGGGACTGTGCCCCAACTGCGCTACTCTT  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCAGAGAAGGTGCTTTAAAGGGACTGTGCCCCAACTGCGCTACTCTT  850

seq1  GACACAATGGAATTC  864
      |||||||||||||||
seq2  GACACAATGGAATTC  865