BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240E02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 6,639,407 - 6,786,363
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC545826
Upstream geneDync1i1, Slc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096, Shfm1
Downstream geneDlx6as, Dlx5, Acn9, EG667500, Tac1, LOC667511, Asns, EG667529
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240E02.bB6Ng01-240E02.g
ACCGA050472GA050473
length659928
definitionB6Ng01-240E02.b B6Ng01-240E02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(6,639,407 - 6,640,063)(6,785,436 - 6,786,363)
sequence
gaattcaaccatgatgacaaatcttccttgtggtttggaacattggccaa
gaaacattaacagtagaacggacaaaacacaggggatgtgtttatgcctg
gctcctccagaccatagccaatgttaatgcactatgtttgatatacactt
cagttaaggcagtaaacaaacgccacagcccaagaataatttcggattat
ttatttcaacgaacacattcccactgggttcctactgattgtgaattcat
ttcactcacatatttcccaaggggaatgttttatgcaattatcatatgca
aatagtctgtggcatatttcctctttaattaatttatttttttatgagaa
ccagttatgctctggagtacttcttatagcacaccaaaacttaaaacttg
ccatcctgccataatatcaaaaaataagagaaagaagaatcacttgatat
tagtttgtcagtcttacaaataaatgattgtgtgtgtgttttctttctga
atctgagaacccagaagtataaaggtttgttctttgcatattcatgtttg
cttagtgactcagacaggtatgggaggggggggtatcatcttgaagaata
aattgcagtattgttagtctcaaacatgcaaagttattctatgattccct
aatttcaat

ataggtttgctattaagcaggctttatttttgaagcctttagttgaaatt
atttgcttatattttagtatattagcaagatttactaattctaggcatga
ggtgggaaaacaaaaaagttgctgttgttatgaatggaggttataaatta
aggaggaaactcctcacattttcaaagccaatgaactggacataatttta
aaaagcatggtttttcttttacagattggtagtgttcatagggtatatat
ggtaaactttctaaacattgtggcaagagggaaaacctgtcttagagtgc
ctcccagggtgctaccacagcatgatggtcctccataggccatagccccc
ttttcagttctagtgcgggataccaatgttcctcatgccaaaccaaactg
aggtggggaagagtggaggggaaattctcagacataaaagtaaaatctgg
cttagaaaccaactctgattttccttctagcactaatgtcctgagagtgg
tgattggggttctttgtctcctagctccattagttaaatggttcttatgt
agcctacccttacatttcctgggtgtccgggcaccctcacaggtgacatc
actttatatgtacacaactcagtgatgggatatcctaaatctgttacaca
ttgacctctggagtgttgccaggattcaatatatcataaacaatagtagc
aacagctgtgagaggaatccatggaccaatttgttggaataaagcaaaac
agggctttgccatatgggagatctatctaagatgggtttattagatgtag
gatgcttgtagcctaagggctttctggagggaatttgaaatcttttcatt
atgcccatatcattaccagatgtggatagagggaaatagaccctagtgta
tgtgtgtgtgtgtgtgtgtgagaaggtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_6639407_6640063
seq2: B6Ng01-240E02.b_43_701

seq1  GAATTCAACCATGATGACAAATCTTCCTTGTGGTTTGGAACATTGGCCAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACCATGATGACAAATCTTCCTTGTGGTTTGGAACATTGGCCAA  50

seq1  GAAACATTAACAGTAGAACGGACAAAACACAGGGGATGTGTTTATGCCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATTAACAGTAGAACGGACAAAACACAGGGGATGTGTTTATGCCTG  100

seq1  GCTCCTCCAGACCATAGCCAATGTTAATGCACTATGTTTGATATACACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTCCAGACCATAGCCAATGTTAATGCACTATGTTTGATATACACTT  150

seq1  CAGTTAAGGCAGTAAACAAACGCCACAGCCCAAGAATAATTTCGGATTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAAGGCAGTAAACAAACGCCACAGCCCAAGAATAATTTCGGATTAT  200

seq1  TTATTTCAACGAACACATTCCCACTGGGTTCCTACTGATTGTGAATTCAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCAACGAACACATTCCCACTGGGTTCCTACTGATTGTGAATTCAT  250

seq1  TTCACTCACATATTTCCCAAGGGGAATGTTTTATGCAATTATCATATGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACTCACATATTTCCCAAGGGGAATGTTTTATGCAATTATCATATGCA  300

seq1  AATAGTCTGTGGCATATTTCCTCTTTAATTAATTTATTTTTTTATGAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTCTGTGGCATATTTCCTCTTTAATTAATTTATTTTTTTATGAGAA  350

seq1  CCAGTTATGCTCTGGAGTACTTCTTATAGCACACCAAAACTTAAAACTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTATGCTCTGGAGTACTTCTTATAGCACACCAAAACTTAAAACTTG  400

seq1  CCATCCTGCCATAATATCAAAAAATAAGAGAAAGAAGAATCACTTGATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTGCCATAATATCAAAAAATAAGAGAAAGAAGAATCACTTGATAT  450

seq1  TAGTTTGTCAGTCTTACAAATAAATGATTGTGTGTGTGTTTTCTTTCTGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTGTCAGTCTTACAAATAAATGATTGTGTGTGTGTTTTCTTTCTGA  500

seq1  ATCTGAGAACCCAGAAGTATAAAGGTTTGTTCTTTGCATATTCATGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGAGAACCCAGAAGTATAAAGGTTTGTTCTTTGCATATTCATGTTTG  550

seq1  CTTAGTGACTCAGACAGGTATGGGAGGGGGGGGTATCATCATGAGGAATA  600
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||
seq2  CTTAGTGACTCAGACAGGTATGGGAGGGGGGGGTATCATCTTGAAGAATA  600

seq1  AATTGCAGTATTGTTAGTCTC-AACATGCAAAGTTATTCTATGA-TACCT  648
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| | |||
seq2  AATTGCAGTATTGTTAGTCTCAAACATGCAAAGTTATTCTATGATTCCCT  650

seq1  AATTTCAAT  657
      |||||||||
seq2  AATTTCAAT  659


seq1: chr6_6785436_6786363
seq2: B6Ng01-240E02.g_73_1000 (reverse)

seq1  CACCTTCTCACACACACACACACACACATACACTGGGGTCTATTTCCCTC  50
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CACCTTCTCACACACACACACACACACATACACTAGGGTCTATTTCCCTC  50

seq1  TATCCACATCTGGTAATGATATGGGCATAATGAAAAGATTTCAAATTCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCACATCTGGTAATGATATGGGCATAATGAAAAGATTTCAAATTCCC  100

seq1  TCCAGAAAGCCCTTAGGCTACAAGCATCCTACATCTAATAAACCCATCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAAAGCCCTTAGGCTACAAGCATCCTACATCTAATAAACCCATCTT  150

seq1  AGATAGATCTCCCATATGGCAAAGCCCTGTTTTGCTTTATTCCAACAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGATCTCCCATATGGCAAAGCCCTGTTTTGCTTTATTCCAACAAAT  200

seq1  TGGTCCATGGATTCCTCTCACAGCTGTTGCTACTATTGTTTATGATATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCCATGGATTCCTCTCACAGCTGTTGCTACTATTGTTTATGATATAT  250

seq1  TGAATCCTGGCAACACTCCAGAGGTCAATGTGTAACAGATTTAGGATATC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATCCTGGCAACACTCCAGAGGTCAATGTGTAACAGATTTAGGATATC  300

seq1  CCATCACTGAGTTGTGTACATATAAAGTGATGTCACCTGTGAGGGTGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCACTGAGTTGTGTACATATAAAGTGATGTCACCTGTGAGGGTGCCC  350

seq1  GGACACCCAGGAAATGTAAGGGTAGGCTACATAAGAACCATTTAACTAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACACCCAGGAAATGTAAGGGTAGGCTACATAAGAACCATTTAACTAAT  400

seq1  GGAGCTAGGAGACAAAGAACCCCAATCACCACTCTCAGGACATTAGTGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAGGAGACAAAGAACCCCAATCACCACTCTCAGGACATTAGTGCT  450

seq1  AGAAGGAAAATCAGAGTTGGTTTCTAAGCCAGATTTTACTTTTATGTCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAAAATCAGAGTTGGTTTCTAAGCCAGATTTTACTTTTATGTCTG  500

seq1  AGAATTTCCCCTCCACTCTTCCCCACCTCAGTTTGGTTTGGCATGAGGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTTCCCCTCCACTCTTCCCCACCTCAGTTTGGTTTGGCATGAGGAA  550

seq1  CATTGGTATCCCGCACTAGAACTGAAAAGGGGGCTATGGCCTATGGAGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGGTATCCCGCACTAGAACTGAAAAGGGGGCTATGGCCTATGGAGGA  600

seq1  CCATCATGCTGTGGTAGCACCCTGGGAGGCACTCTAAGACAGGTTTTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATGCTGTGGTAGCACCCTGGGAGGCACTCTAAGACAGGTTTTCCC  650

seq1  TCTTGCCACAATGTTTAGAAAGTTTACCATATATACCCTATGAACACTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCACAATGTTTAGAAAGTTTACCATATATACCCTATGAACACTAC  700

seq1  CAATCTGTAAAAGAAAAACCATGCTTTTTAAAATTATGTCCAGTTCATTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCTGTAAAAGAAAAACCATGCTTTTTAAAATTATGTCCAGTTCATTG  750

seq1  GCTTTGAAAATGTGAGGAGTTTCCTCCTTAATTTATAACCTCCATTCATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTGAAAATGTGAGGAGTTTCCTCCTTAATTTATAACCTCCATTCATA  800

seq1  ACAACAGCAACTTTTTTGTTTTCCCACCTCATGCCTAGAATTAGTAAATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACAGCAACTTTTTTGTTTTCCCACCTCATGCCTAGAATTAGTAAATC  850

seq1  TTGCTAATATACTAAAATATAAGCAAATAATTTCAACTAAAGGCTTCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAATATACTAAAATATAAGCAAATAATTTCAACTAAAGGCTTCAAA  900

seq1  AATAAAGCCTGCTTAATAGCAAACCTAT  928
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAGCCTGCTTAATAGCAAACCTAT  928


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |