BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240O23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 103,252,062 - 103,401,219
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCntn3
Downstream geneChl1, LOC666141, LOC100043345
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240O23.bB6Ng01-240O23.g
ACCGA050976GA050977
length1,208914
definitionB6Ng01-240O23.b B6Ng01-240O23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,400,014 - 103,401,219)(103,252,062 - 103,252,981)
sequence
gaattcattaacacatggcacacatctaagtagtttctgagtgtacctca
catggataaaaacaaatgacaagtagatcagtggaagggtcacagtgttt
atgtgtaaggtctacagtgacagtatactgggattggacaaaatgtgggc
aatgaactaaaagattcagatcctgttaggagacgttttgtcttctccat
gaaagctgaatgtcttttgttccttttatgacattccatttcattagctt
attaacttctgtttttgttattagtgcaacttcttgtttgatttttcttt
gggattctatcttctcaaaatacttgaactataggcttagtcatgtatgc
ttaatattttcctgttttcctcatatgactttaaaatcaggaatattttt
ctgaatattactttccttttctcttttattacccaaatacttaaatgtct
aagtcactggcaagctccaaatgatgctttaaagatacatcttttactct
gacttattttcaaatttatgcatgtcattaccttttcaattatcatgttt
tgctataccttaattcttcatcatttaatttttcttgatttaattattta
gtctatgatatttattctttgaggttatattagaattattcatttcaaca
tacaatagataattcctgtgctgaatgattcatatgcttgacattatatt
ttattttaccagctgtagtggtgtacatttatattcctagcacttttgag
gtgaaagtagggggatcagacatttgagagtagacttagcaatacaaatc
aatcattactatagcataattaataatgataatgtaagttaatttatatt
tataaattatatattttaagttttattctcttctgattcagcactcatat
agcactataaagctgagaaagaccttgaatttctgatccttcttttacca
tgggagtcttggaattataggtgtaagaacattatatcttatttatattg
tgttggatgttagtcctcagcactggtatgaaagctaagcaaacacttcc
accaactgaaacacattcataaattccatattagccgtcttaagaaaaat
ataaatttgtaagttttagtaatcaatgtctgcaatttaaactattacca
cccaatttagtgtacagaagacacattcttacttaacattgccgtgaatg
aagaatac

gaattcttgctgagcctgataaaacagacttacagtgcctgcagctcaga
gggtggggtcatgggatcaccgatgcaacttttgcctgggatacaggtag
gtaacaagaaacagaaatagatcagtggtggaatgcttcctggacatgag
caaggccctggactcaattcccagtaccaccaaaaagaagaaagaaaggg
agggagatgaaaagaaggagagagggagagagtggagggagaggcgagga
gaaagctcaggagtatacatattaatttttaaaagattttacttgatatg
ataacttagaaccaaagacatcctcctatagatgctgtaagaaagtccaa
acatgcaacttcatgggaaaaaatagcagtaagtagatagcatgtttagc
tgcttgtatttttcactgagctgccttaacttggtgacatgtaggagatc
caatcctgagacttaacccatcctctttgtttggagacagccctagcaga
agaatatgaggagccaaccaagtaaacttaatgagaaagacagcagaaat
tgaattcatggcctgggctagacatagcagggatacagtgcagccattgt
tgatattcagaatttcagggccaggattgccaagaccattaatagaaaag
caaatgcatggtagagcatgctgggaagcccaacactggagagctggaag
ctggggcctggggctttcaacaccaacttcttcagtaaagttagtccaca
gctaacctgagtcacatgagcccttgtctcaaaatgcaaaacaacaaaca
aaatgccttttaatgtaaaatgtatctatttctcaaatatgtttaattgt
ctaaaaaatactgctgggcttgttgacagaagctaataattccagctatt
tgaggagatgtgta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_103400014_103401219
seq2: B6Ng01-240O23.b_45_1252 (reverse)

seq1  GTATTCTTCATCTACAGCAAATGTAATGTAAGAAATGTGTGCTCTTTGTT  50
      |||||||||||  || || ||||| | |||||||   |||| ||||   |
seq2  GTATTCTTCATTCACGGC-AATGTTAAGTAAGAA---TGTG-TCTTCTGT  45

seq1  ACACTAAATT-GGTGGTAATAGTTTAA--TGCAGCATTTGATTACTAAAA  97
      |||||||||| ||||||||||||||||  |||||   |||||||||  ||
seq2  ACACTAAATTGGGTGGTAATAGTTTAAATTGCAGACATTGATTACT--AA  93

seq1  AATTTACAAA-TTATA-TTTTCTTAAGACGCTTAATATGGGATTTATG-A  144
      || ||||||| ||||| |||||||||||||  |||||||| ||||||| |
seq2  AACTTACAAATTTATATTTTTCTTAAGACGGCTAATATGGAATTTATGAA  143

seq1  TGTGTTTCAGTTGGTGG-AGTGTTTGCTTAGCTTTCATA-CAGTGCTGA-  191
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  TGTGTTTCAGTTGGTGGAAGTGTTTGCTTAGCTTTCATACCAGTGCTGAG  193

seq1  GACTAACATCCAACACAATATAAATAAGATATAATG-TCTTACACCTATA  240
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GACTAACATCCAACACAATATAAATAAGATATAATGTTCTTACACCTATA  243

seq1  ATTCCAAGACTCCCATGGTAAAAGAAGGATCAGAAATTCAAGGTCTTTCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAAGACTCCCATGGTAAAAGAAGGATCAGAAATTCAAGGTCTTTCT  293

seq1  CAGCTTTATAGTGCTATATGAGTGCCTGAATCAGAAGAGAATAAAACTTA  340
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTTATAGTGCTATATGAGTG-CTGAATCAGAAGAGAATAAAACTTA  342

seq1  AAATATATAATTTATAAATATAAATTAACTTACATTATCATTATTAATTA  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATATAATTTATAAATATAAATTAACTTACATTATCATTATTAATTA  392

seq1  TGCTATAGTAATGATTGATTTGTATTGCTAAGTCTACTCTCAAATGTCTG  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGTAATGATTGATTTGTATTGCTAAGTCTACTCTCAAATGTCTG  442

seq1  ATCCCCCTACTTTCACCTCAAAAGTGCTAGGAATATAAATGTACACCACT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCCCTACTTTCACCTCAAAAGTGCTAGGAATATAAATGTACACCACT  492

seq1  ACAGCTGGTAAAATAAAATATAATGTCAAGCATATGAATCATTCAGCACA  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGGTAAAATAAAATATAATGTCAAGCATATGAATCATTCAGCACA  542

seq1  GGAATTATCTATTGTATGTTGAAATGAATAATTCTAATATAACCTCAAAG  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTATCTATTGTATGTTGAAATGAATAATTCTAATATAACCTCAAAG  592

seq1  AATAAATATCATAGACTAAATAATTAAATCAAGAAAAATTAAATGATGAA  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAATATCATAGACTAAATAATTAAATCAAGAAAAATTAAATGATGAA  642

seq1  GAATTAAGGTATAGCAAAACATGATAATTGAAAAGGTAATGACATGCATA  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTAAGGTATAGCAAAACATGATAATTGAAAAGGTAATGACATGCATA  692

seq1  AATTTGAAAATAAGTCAGAGTAAAAGATGTATCTTTAAAGCATCATTTGG  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGAAAATAAGTCAGAGTAAAAGATGTATCTTTAAAGCATCATTTGG  742

seq1  AGCTTGCCAGTGACTTAGACATTTAAGTATTTGGGTAATAAAAGAGAAAA  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGCCAGTGACTTAGACATTTAAGTATTTGGGTAATAAAAGAGAAAA  792

seq1  GGAAAGTAATATTCAGAAAAATATTCCTGATTTTAAAGTCATATGAGGAA  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGTAATATTCAGAAAAATATTCCTGATTTTAAAGTCATATGAGGAA  842

seq1  AACAGGAAAATATTAAGCATACATGACTAAGCCTATAGTTCAAGTATTTT  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGGAAAATATTAAGCATACATGACTAAGCCTATAGTTCAAGTATTTT  892

seq1  GAGAAGATAGAATCCCAAAGAAAAATCAAACAAGAAGTTGCACTAATAAC  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGATAGAATCCCAAAGAAAAATCAAACAAGAAGTTGCACTAATAAC  942

seq1  AAAAACAGAAGTTAATAAGCTAATGAAATGGAATGTCATAAAAGGAACAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGAAGTTAATAAGCTAATGAAATGGAATGTCATAAAAGGAACAA  992

seq1  AAGACATTCAGCTTTCATGGAGAAGACAAAACGTCTCCTAACAGGATCTG  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACATTCAGCTTTCATGGAGAAGACAAAACGTCTCCTAACAGGATCTG  1042

seq1  AATCTTTTAGTTCATTGCCCACATTTTGTCCAATCCCAGTATACTGTCAC  1090
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTTAGTTCATTGCCCACATTTTGTCCAATCCCAGTATACTGTCAC  1092

seq1  TGTAGACCTTACACATAAACACTGTGACCCTTCCACTGATCTACTTGTCA  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAGACCTTACACATAAACACTGTGACCCTTCCACTGATCTACTTGTCA  1142

seq1  TTTGTTTTTATCCATGTGAGGTACACTCAGAAACTACTTAGATGTGTGCC  1190
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTTTTATCCATGTGAGGTACACTCAGAAACTACTTAGATGTGTGCC  1192

seq1  ATGTGTTAATGAATTC  1206
      ||||||||||||||||
seq2  ATGTGTTAATGAATTC  1208


seq1: chr6_103252062_103252981
seq2: B6Ng01-240O23.g_65_978

seq1  GAATTCTTGCTGAGCCTGATAAAACAGACTTACAGTGCCTGCAGCTCAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGCTGAGCCTGATAAAACAGACTTACAGTGCCTGCAGCTCAGA  50

seq1  GGGTGGGGTCATGGGATCACCGATGCAACTTTTGCCTGGGATACAGGTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGGGGTCATGGGATCACCGATGCAACTTTTGCCTGGGATACAGGTAG  100

seq1  GTAACAAGAAACAGAAATAGATCAGTGGTGGAATGCTTCCTGGACATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAAGAAACAGAAATAGATCAGTGGTGGAATGCTTCCTGGACATGAG  150

seq1  CAAGGCCCTGGACTCAATTCCCAGTACCACCAAAAAGAAGAAAGAAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCCCTGGACTCAATTCCCAGTACCACCAAAAAGAAGAAAGAAAGGG  200

seq1  AGGGAGATGAAAAGAAGGAGAGAGGGAGAGAGTGGAGGGAGAGGCGAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATGAAAAGAAGGAGAGAGGGAGAGAGTGGAGGGAGAGGCGAGGA  250

seq1  GAAAGCTCAGGAGTATACATATTAATTTTTAAAAGATTTTACTTGATATG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGCTCAGGAGTATACATATTAATTTTTAAAAGATTTTACTTGATATG  300

seq1  ATAACTTAGAACCAAAGACATCCTCCTATAGATGCTGTAAGAAAGTCCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTTAGAACCAAAGACATCCTCCTATAGATGCTGTAAGAAAGTCCAA  350

seq1  ACATGCAACTTCATGGGAAAAAATAGCAGTAAGTAGATAGCATGTTTAGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCAACTTCATGGGAAAAAATAGCAGTAAGTAGATAGCATGTTTAGC  400

seq1  TGCTTGTATTTTTCACTGAGCTGCCTTAACTTGGTGACATGTAGGAGATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTGTATTTTTCACTGAGCTGCCTTAACTTGGTGACATGTAGGAGATC  450

seq1  CAATCCTGAGACTTAACCCATCCTCTTTGTTTGGAGACAGCCCTAGCAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTGAGACTTAACCCATCCTCTTTGTTTGGAGACAGCCCTAGCAGA  500

seq1  AGAATATGAGGAGCCAACCAAGTAAACTTAATGAGAAAGACAGCAGAAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATATGAGGAGCCAACCAAGTAAACTTAATGAGAAAGACAGCAGAAAT  550

seq1  TGAATTCATGGCCTGGGCTAGACATAGCAGGGATACAGTGCAGCCATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCATGGCCTGGGCTAGACATAGCAGGGATACAGTGCAGCCATTGT  600

seq1  TGATATTCAGAATTTCAGGGCCAGGATTGCCAAGACCATTAATAGAAAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTCAGAATTTCAGGGCCAGGATTGCCAAGACCATTAATAGAAAAG  650

seq1  CAAATGCATGGTAGAGCATGCTGGGAAGCCCAACACTGGAGAGCTGGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGCATGGTAGAGCATGCTGGGAAGCCCAACACTGGAGAGCTGGAAG  700

seq1  CTGGGGCCTGGGGCTTTCAACACCAACTTCTTCAGTAAAGTTAGTCCACA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGGCCTGGGGCTTTCAACACCAACTTCTTCAGTAAAGTTAGTCCACA  750

seq1  GCTAACCTGAGTCACATGAGCCCTTGTCTCAAAATGCAAAACAAACAAAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GCTAACCTGAGTCACATGAGCCCTTGTCTCAAAATGCAAAAC-AACAAAC  799

seq1  AAAAATGCC-TTTAATGTAAAATGTATTCTATTTCTCAAAATAATGTTTT  849
       |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||   ||| |||
seq2  -AAAATGCCTTTTAATGTAAAATGTA-TCTATTTCTCAAA--TATG-TTT  844

seq1  ATTTGTCTAAAAAATAACTGCTGGGCTTGTTGACAGAAGCCTATAATTCC  899
      | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  AATTGTCTAAAAAAT-ACTGCTGGGCTTGTTGACAGAAGCTAATAATTCC  893

seq1  AGCTATTTGAGGAGATGTGTA  920
      |||||||||||||||||||||
seq2  AGCTATTTGAGGAGATGTGTA  914


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |