BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242E09
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,846,675 - 143,954,507
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox5
Upstream geneSt8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242E09.bB6Ng01-242E09.g
ACCGA051962GA051963
length783631
definitionB6Ng01-242E09.b B6Ng01-242E09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,953,725 - 143,954,507)(143,846,675 - 143,847,295)
sequence
gaattcacaatgcagagggagcatatgcaaggagccgattatctcacccc
aactggcatcttgccccccagctgtgtccaataacctggcatcacagtat
ttagttcagaaggactgatgttgtgattgctcataaaagttaaggtgctt
ggagtaataacaggctctgcggagcagaagagagaacattgcttctctct
gacctttaaatgttacttatcggtaatagaatatgaaattaaaacagggg
ccagctgctgtggtcttccactgtggttggtattgtctgtgtgcgccaaa
tgaagatactgtggctaataataataataataataataataataatagtt
gggcatcatgccttgtacctattattgcaatatttagaaactgaggcata
ggttggccacatattcaaggtcagccttggctacatagtgagctcagacc
agcctgagctcctgtgtgctgtatgagaccctgtttcaccaaaacggtag
tgaacaacacaaaagctacagaagaaagtatttgtaggatttagagagat
gacacaaaggacaagagccctggctgctcttccagaggactcaagatcca
gtctcagcgtccacactgggactcacaatggtccatagctgcaactccag
aagatcagacgtcctcttctggctactgtgggtactgcatgcacgtggtg
cacagacatttgtgtagcaaaacacctatgcaaataaaataaagtaaacc
ttttagtgagtggtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcaccggcctaggagcttagctgtaaaaagcaagcttgccttgggc
acaaagttttctgagactaccccaaggaaggcaaacaacgtcgacatact
tatgactgtttgatgagaaccgtgacaaataggaagtgtgccacctctcg
tcagaggctcagggcacatcgccgaagcagaagcagaagaacactaagag
ccagaggactgaggtatcagcagtaagatatagtgacttctagacttgac
agggcagctgcatctgtgaaacgtcaacggtatggcttcctgaacaagat
ctgcacagtggtaataccatgtgacatgcgcttgcggatgggaaaagtct
cacaagactccatccccaggtgaagaactacaggcaatcactggctgctg
ggagacggtgagtcagttttctcctggacaaacctgatgctaagcagtca
gcataaacacatgtatatatatgtgagcaacactacgtggaatagttaga
ttctataatgcaggtgtgtgtgtgtgtgtgttcatgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgttcatatgcacacatacacatgggagtaatgacaataattaaagac
gtgtttcacgagtttgagagggagtgggggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143953725_143954507
seq2: B6Ng01-242E09.b_46_828 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACCACTCACTAAAAGGTTTACTTTATTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACCACTCACTAAAAGGTTTACTTTATTTTAT  50

seq1  TTGCATAGGTGTTTTGCTACACAAATGTCTGTGCACCACGTGCATGCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATAGGTGTTTTGCTACACAAATGTCTGTGCACCACGTGCATGCAGT  100

seq1  ACCCACAGTAGCCAGAAGAGGACGTCTGATCTTCTGGAGTTGCAGCTATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACAGTAGCCAGAAGAGGACGTCTGATCTTCTGGAGTTGCAGCTATG  150

seq1  GACCATTGTGAGTCCCAGTGTGGACGCTGAGACTGGATCTTGAGTCCTCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATTGTGAGTCCCAGTGTGGACGCTGAGACTGGATCTTGAGTCCTCT  200

seq1  GGAAGAGCAGCCAGGGCTCTTGTCCTTTGTGTCATCTCTCTAAATCCTAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGAGCAGCCAGGGCTCTTGTCCTTTGTGTCATCTCTCTAAATCCTAC  250

seq1  AAATACTTTCTTCTGTAGCTTTTGTGTTGTTCACTACCGTTTTGGTGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACTTTCTTCTGTAGCTTTTGTGTTGTTCACTACCGTTTTGGTGAAA  300

seq1  CAGGGTCTCATACAGCACACAGGAGCTCAGGCTGGTCTGAGCTCACTATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGTCTCATACAGCACACAGGAGCTCAGGCTGGTCTGAGCTCACTATG  350

seq1  TAGCCAAGGCTGACCTTGAATATGTGGCCAACCTATGCCTCAGTTTCTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAGGCTGACCTTGAATATGTGGCCAACCTATGCCTCAGTTTCTAA  400

seq1  ATATTGCAATAATAGGTACAAGGCATGATGCCCAACTATTATTATTATTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTGCAATAATAGGTACAAGGCATGATGCCCAACTATTATTATTATTA  450

seq1  TTATTATTATTATTATTAGCCACAGTATCTTCATTTGGCGCACACAGACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTATTATTATTAGCCACAGTATCTTCATTTGGCGCACACAGACA  500

seq1  ATACCAACCACAGTGGAAGACCACAGCAGCTGGCCCCTGTTTTAATTTCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAACCACAGTGGAAGACCACAGCAGCTGGCCCCTGTTTTAATTTCA  550

seq1  TATTCTATTACCGATAAGTAACATTTAAAGGTCAGAGAGAAGCAATGTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCTATTACCGATAAGTAACATTTAAAGGTCAGAGAGAAGCAATGTTC  600

seq1  TCTCTTCTGCTCCGCAGAGCCTGTTATTACTCCAAGCACCTTAACTTTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTCTGCTCCGCAGAGCCTGTTATTACTCCAAGCACCTTAACTTTTA  650

seq1  TGAGCAATCACAACATCAGTCCTTCTGAACTAAATACTGTGATGCCAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAATCACAACATCAGTCCTTCTGAACTAAATACTGTGATGCCAGGT  700

seq1  TATTGGACACAGCTGGGGGGCAAGATGCCAGTTGGGGTGAGATAATCGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGACACAGCTGGGGGGCAAGATGCCAGTTGGGGTGAGATAATCGGC  750

seq1  TCCTTGCATATGCTCCCTCTGCATTGTGAATTC  783
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGCATATGCTCCCTCTGCATTGTGAATTC  783


seq1: chr6_143846675_143847295
seq2: B6Ng01-242E09.g_68_689

seq1  GAATTCACCGGCCTAGGAGCTTAGCTGTAAAAAGCAAGCTTGCCTTGGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCGGCCTAGGAGCTTAGCTGTAAAAAGCAAGCTTGCCTTGGGC  50

seq1  ACAAAGTTTTCTGAGACTACCCCAAGGAAGGCAAACAACGTCGACATACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTTTTCTGAGACTACCCCAAGGAAGGCAAACAACGTCGACATACT  100

seq1  TATGACTGTTTGATGAGAACCGTGACAAATAGGAAGTGTGCCACCTCTCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGACTGTTTGATGAGAACCGTGACAAATAGGAAGTGTGCCACCTCTCG  150

seq1  TCAGAGGCTCAGGGCACATCGCCGAAGCAGAAGCAGAAGAACACTAAGAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGCTCAGGGCACATCGCCGAAGCAGAAGCAGAAGAACACTAAGAG  200

seq1  CCAGAGGACTGAGGTATCAGCAGTAAGATATAGTGACTTCTAGACTTGAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGGACTGAGGTATCAGCAGTAAGATATAGTGACTTCTAGACTTGAC  250

seq1  AGGGCAGCTGCATCTGTGAAACGTCAACGGTATGGCTTCCTGAACAAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGCTGCATCTGTGAAACGTCAACGGTATGGCTTCCTGAACAAGAT  300

seq1  CTGCACAGTGGTAATACCATGTGACATGCGCTTGCGGATGGGAAAAGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACAGTGGTAATACCATGTGACATGCGCTTGCGGATGGGAAAAGTCT  350

seq1  CACAAGACTCCATCCCCAGGTGAAGAACTACAGGCAATCACTGGCTGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAGACTCCATCCCCAGGTGAAGAACTACAGGCAATCACTGGCTGCTG  400

seq1  GGAGACGGTGAGTCAGTTTTCTCCTGGACAAACCTGATGCTAAGCAGTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACGGTGAGTCAGTTTTCTCCTGGACAAACCTGATGCTAAGCAGTCA  450

seq1  GCATAAACACATGTATATATATGTGAGCAACACTACGTGGAATAGTTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAACACATGTATATATATGTGAGCAACACTACGTGGAATAGTTAGA  500

seq1  TTCTATAATGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCATGTGTGTGTGTGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATAATGCAGGTGTGTGTGTGTGTGTGTTCATGTGTGTGTGTGTGTG  550

seq1  TGTGTTCATATGCACACATACACATGGGAGTAATGACAATAATTAAAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCATATGCACACATACACATGGGAGTAATGACAATAATTAAAGAC  600

seq1  GTG-TTCACGAGTTTGAGAGGG  621
      ||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCACGAGTTTGAGAGGG  622


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |