BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-244P19
Chromosome6 (Build37)
Map Location 127,408,776 - 127,574,322
singlet/doubletdoublet
Overlap geneParp11, Efcab4b
Upstream geneKcna5, Kcna1, Kcna6, LOC667463, Ndufa9, Akap3, Dyrk4, Rad51ap1, D6Wsu163e, LOC667473, LOC624256, Fgf6, Fgf23, 9630033F20Rik, Ccnd2, Tpi-rs11, EG243642, LOC100043578, EG640703, LOC100043848
Downstream genePrmt8, Tspan11, Tspan9, LOC100043853, LOC667560, Tead4, LOC652986, Tulp3, 5930416I19Rik, Foxm1, Nrip2, Itfg2, Fkbp4, EG667598, Pzp, LOC384494, EG667610, BC048546, Klrb1a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-244P19.bB6Ng01-244P19.g
ACCGA053989GA053990
length1,1111,075
definitionB6Ng01-244P19.b B6Ng01-244P19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(127,408,776 - 127,409,858)(127,573,253 - 127,574,322)
sequence
gaattcctcatttataaacaaccccagacttacaagtggtacaacactca
tgtttctagaacatttttctggtgatctgtcacatgatcatgtgatgtgt
ctgtctgccggattagtatgacagattcagaacagcaccaaagagcctaa
tagtctcggtgtaggaagggtggcagatttaggctgcagggagaagactt
ggtgggtgatagagatttggagcaatgagtggccaactggcagagtctga
cccactgagtctgaaatgctaatgctaaaatctttggtttatgcaattca
cactccaaaactaaatcttctgttcaaataacctttgttagcacttgctc
gtcttttgatccagcaaccagttgatgattgtgagggtttatgattatgc
cttatgggttttcagtgtgatgtagaaagacagacctaacataaatattc
acagataaaccctaagtccagctatgaaggaaaaagaatgacagggtagc
aaaagctcaggggtgggctggggaatcagggagggtatcccgtgagtgtg
gggacttttagagacactgaccaagagccgaccagatgaaggttgcctgg
gaggtagagcagtggagatagcacatgagaagcccttgaggctgagtgga
acaggacccttgagaaccagataagtctctgaggctggaacacagggaaa
caggcccagtaagaggaagccacgctgtacatggttctgtggaacgtgat
tggaacttccaacttcatgttgaacaaaaattaaacactttaatcagttt
tccctaagataaaatgatagttttctctatcatcttggttattagtttga
cataccctggggacgaggggaacctcctccatcagagtgatctgtgggcc
actttttgatttgctaattgatagaaggaccagtccacttgtggaacggt
aatgtcccttaggcaaggtggggcctggggcctgtgagcctggggagcaa
gtcagtcattctttccaatcattttctggctccaggctcttgcccttgtc
tttccctcaatggaatgaactggtaaacttggtgaagggtgaagcaaacc
cttgtctcgcc
ctctccccaaagccagaaacttgaagcaatggcacagtggtttcgggttg
tgctcagcgaagatgccggtctttccagatttcacaattcagggctgtct
atgaatctgctcagcatccagggaatggaaaggttcctctggacaaagag
taagacatctcttcttgtaaatgacaggtatgtgagcttgttcctctcag
ctaacccatcgggacagaaaggaagccgtggaggcaaagtgagaaggaca
ccccaaggtcaggagtagacgtagttcaaaggaagtaaggtggggtctct
tcggccctaaattacctttacactcttgaaacagcccagatgctggatag
aaaatgacatcaactaaaattttgggcagcaaaatgcaactacataaata
ccggagaactaataaaacaggacgagagcaacttaaaaactgatttggct
ctgctctgattctaattagagtcattcgtataagctgtttaccatctatg
cttaacagccctgctgaacattaattctacgataccattaagtgtgttat
attaattttgttctaagttttacttgattgaattaatactcttgatgctt
ttccatgctcacatgacagcccgcttgtctggaatgaacttatattacaa
accattataagagaaatgaaatgaaagcagacatagcctccgattagtgt
tcaatgctagccctcatttgcaaaagctgacccggccatgaagaagccct
tgatgggtaccagtgatgttggacccatccagacttctctgtggactcag
gcctcctgggagattctgcaggcctaatgacaccattatcctcctaggtc
agaacacagaaagtcccagggatgggaacatgaaggtgccatttttcagt
taaagtatcactaagctgctcaagagtcagaggaactcttaatttccaga
acagccttgtctctcagtgtgaccttgaagcagtgctgtgatgttcctcc
caggtagctctgcccacactctttccagcaacctgtcctggttgactgaa
gaaaagtgaaatgcctcagagcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_127408776_127409858
seq2: B6Ng01-244P19.b_47_1157

seq1  GAATTCCTCATTTATAAACAACCCCAGACTTACAAGTGGTACAACACTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTCATTTATAAACAACCCCAGACTTACAAGTGGTACAACACTCA  50

seq1  TGTTTCTAGAACATTTTTCTGGTGATCTGTCACATGATCATGTGATGTGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCTAGAACATTTTTCTGGTGATCTGTCACATGATCATGTGATGTGT  100

seq1  CTGTCTGCCGGATTAGTATGACAGATTCAGAACAGCACCAAAGAGCCTAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTGCCGGATTAGTATGACAGATTCAGAACAGCACCAAAGAGCCTAA  150

seq1  TAGTCTCGGTGTAGGAAGGGTGGCAGATTTAGGCTGCAGGGAGAAGACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCTCGGTGTAGGAAGGGTGGCAGATTTAGGCTGCAGGGAGAAGACTT  200

seq1  GGTGGGTGATAGAGATTTGGAGCAATGAGTGGCCAACTGGCAGAGTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGTGATAGAGATTTGGAGCAATGAGTGGCCAACTGGCAGAGTCTGA  250

seq1  CCCACTGAGTCTGAAATGCTAATGCTAAAATCTTTGGTTTATGCAATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTGAGTCTGAAATGCTAATGCTAAAATCTTTGGTTTATGCAATTCA  300

seq1  CACTCCAAAACTAAATCTTCTGTTCAAATAACCTTTGTTAGCACTTGCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAAAACTAAATCTTCTGTTCAAATAACCTTTGTTAGCACTTGCTC  350

seq1  GTCTTTTGATCCAGCAACCAGTTGATGATTGTGAGGGTTTATGATTATGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTTTGATCCAGCAACCAGTTGATGATTGTGAGGGTTTATGATTATGC  400

seq1  CTTATGGGTTTTCAGTGTGATGTAGAAAGACAGACCTAACATAAATATTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGGGTTTTCAGTGTGATGTAGAAAGACAGACCTAACATAAATATTC  450

seq1  ACAGATAAACCCTAAGTCCAGCTATGAAGGAAAAAGAATGACAGGGTAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGATAAACCCTAAGTCCAGCTATGAAGGAAAAAGAATGACAGGGTAGC  500

seq1  AAAAGCTCAGGGGTGGGCTGGGGAATCAGGGAGGGTATCCCGTGAGTGTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTCAGGGGTGGGCTGGGGAATCAGGGAGGGTATCCCGTGAGTGTG  550

seq1  GGGACTTTTAGAGACACTGACCAAGAGCCGACCAGATGAAGGTTGCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTTTTAGAGACACTGACCAAGAGCCGACCAGATGAAGGTTGCCTGG  600

seq1  GAGGTAGAGCAGTGGAGATAGCACATGAGAAGCCCTTGAGGCTGAGTGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGAGCAGTGGAGATAGCACATGAGAAGCCCTTGAGGCTGAGTGGA  650

seq1  ACAGGACCCTTGAGAACCAGATAAGTCTCTGAGGCTGGAACACAGGGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGACCCTTGAGAACCAGATAAGTCTCTGAGGCTGGAACACAGGGAAA  700

seq1  CAGGCCCAGTAAGAGGAAGCCACGCTGTACATGGTTCTGTGGAACGTGAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCCCAGTAAGAGGAAGCCACGCTGTACATGGTTCTGTGGAACGTGAT  750

seq1  TGGAACTTCCAACTTCATGTTGAACAAAAATTAAACAC-TTAATCAGTTT  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGGAACTTCCAACTTCATGTTGAACAAAAATTAAACACTTTAATCAGTTT  800

seq1  TCCCTAAGATAAAATGATAGTTTTCTCTATCATCTTGGTTATTAGTTTGA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAAGATAAAATGATAGTTTTCTCTATCATCTTGGTTATTAGTTTGA  850

seq1  CATACC--TGGGACGA-GGGAACCTCCTCCATCAGAGTGATCTGTGGGCC  896
      ||||||   ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATACCCTGGGGACGAGGGGAACCTCCTCCATCAGAGTGATCTGTGGGCC  900

seq1  ACTTTTTGA-TTGCTAATTGATAG-AGGACCAGTCCAC-TGTGG-ACGGT  942
      ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||
seq2  ACTTTTTGATTTGCTAATTGATAGAAGGACCAGTCCACTTGTGGAACGGT  950

seq1  AATGTCCC-TAGGC-AGGT-GGGCCTGGG--CTGTGAGCCT-GGGAGCAA  986
      |||||||| ||||| |||| |||||||||  |||||||||| ||||||||
seq2  AATGTCCCTTAGGCAAGGTGGGGCCTGGGGCCTGTGAGCCTGGGGAGCAA  1000

seq1  GTCAGTCATTCTT--CCATCA-TTTCT-GCTTCAGGCTCTTG-CCTTGTC  1031
      |||||||||||||  | |||| ||||| ||| |||||||||| |||||||
seq2  GTCAGTCATTCTTTCCAATCATTTTCTGGCTCCAGGCTCTTGCCCTTGTC  1050

seq1  -TTCCCTCAGTG--ATGGACT-GTAAACT--GTGA--GGTG-AGCAAACC  1072
       |||||||| ||  ||| ||| |||||||  ||||  |||| ||||||||
seq2  TTTCCCTCAATGGAATGAACTGGTAAACTTGGTGAAGGGTGAAGCAAACC  1100

seq1  CTTTGCTCGCC  1083
      |||  ||||||
seq2  CTTGTCTCGCC  1111

seq1: chr6_127573253_127574322
seq2: B6Ng01-244P19.g_83_1157 (reverse)

seq1  GGTGCTCTG-GGCA-TTCACTTTTTCCTCAGTCCACCAGGACAG--TGCT  46
      ||||||||| |||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||  ||||
seq2  GGTGCTCTGAGGCATTTCAC-TTTTCTTCAGTCAACCAGGACAGGTTGCT  49

seq1  GGAAAGAGTGTTGGGGCAGGAGCTACCTGGGAGG-ACATCACAGCACTTG  95
      |||||||||||  ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  
seq2  GGAAAGAGTGT--GGGCA-GAGCTACCTGGGAGGAACATCACAGCACTGC  96

seq1  CTCAAGGTCACACTGAGGAGACAAGCCTGTTCTGGAA--TAAGAG-TCCT  142
       ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  |||||| ||||
seq2  TTCAAGGTCACACTGA-GAGACAAGGCTGTTCTGGAAATTAAGAGTTCCT  145

seq1  CTGACTCTTGAGCAGCTTAGTGATACTTT-ACTG-AAAATGGCACCTTCA  190
      ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||
seq2  CTGACTCTTGAGCAGCTTAGTGATACTTTAACTGAAAAATGGCACCTTCA  195

seq1  TGTTCCCATCCCTGGGACTTTCTGTGTTCTGACCTAGGAGGATAATGGTG  240
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCCATCCCTGGGACTTTCTGTGTTCTGACCTAGGAGGATAATGGTG  245

seq1  TCATTAGGCCTGCAGAATCTCCCAGGAGGCCTGAGTCCACAGAGAAGTCT  290
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTAGGCCTGCAGAATCTCCCAGGAGGCCTGAGTCCACAGAGAAGTCT  295

seq1  GGATGGGTCCAACATCACTGGTACCCATCAAGGGCTTCTTCATGGCCGGG  340
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGGGTCCAACATCACTGGTACCCATCAAGGGCTTCTTCATGGCCGGG  345

seq1  TCAGCTTTTGCAAATGAGGGCTAGCATTGAACACTAATCGGAGGCTATGT  390
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTTTTGCAAATGAGGGCTAGCATTGAACACTAATCGGAGGCTATGT  395

seq1  CTGCTTTCATTTCATTTCTCTTATAATGGTTTGTAATATAAGTTCATTCC  440
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTTCATTTCATTTCTCTTATAATGGTTTGTAATATAAGTTCATTCC  445

seq1  AGACAAGCGGGCTGTCATGTGAGCATGGAAAAGCATCAAGAGTATTAATT  490
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGCGGGCTGTCATGTGAGCATGGAAAAGCATCAAGAGTATTAATT  495

seq1  CAATCAAGTAAAACTTAGAACAAAATTAATATAACACACTTAATGGTATC  540
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAAGTAAAACTTAGAACAAAATTAATATAACACACTTAATGGTATC  545

seq1  GTAGAATTAATGTTCAGCAGGGCTGTTAAGCATAGATGGTAAACAGCTTA  590
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATTAATGTTCAGCAGGGCTGTTAAGCATAGATGGTAAACAGCTTA  595

seq1  TACGAATGACTCTAATTAGAATCAGAGCAGAGCCAAATCAGTTTTTAAGT  640
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAATGACTCTAATTAGAATCAGAGCAGAGCCAAATCAGTTTTTAAGT  645

seq1  TGCTCTCGTCCTGTTTTATTAGTTCTCCGGTATTTATGTAGTTGCATTTT  690
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTCTCGTCCTGTTTTATTAGTTCTCCGGTATTTATGTAGTTGCATTTT  695

seq1  GCTGCCCAAAATTTTAGTTGATGTCATTTTCTATCCAGCATCTGGGCTGT  740
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCCAAAATTTTAGTTGATGTCATTTTCTATCCAGCATCTGGGCTGT  745

seq1  TTCAAGAGTGTAAAGGTAATTTAGGGCCGAAGAGACCCCACCTTACTTCC  790
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGAGTGTAAAGGTAATTTAGGGCCGAAGAGACCCCACCTTACTTCC  795

seq1  TTTGAACTACGTCTACTCCTGACCTTGGGGTGTCCTTCTCACTTTGCCTC  840
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACTACGTCTACTCCTGACCTTGGGGTGTCCTTCTCACTTTGCCTC  845

seq1  CACGGCTTCCTTTCTGTCCCGATGGGTTAGCTGAGAGGAACAAGCTCACA  890
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACGGCTTCCTTTCTGTCCCGATGGGTTAGCTGAGAGGAACAAGCTCACA  895

seq1  TACCTGTCATTTACAAGAAGAGATGTCTTACTCTTTGTCCAGAGGAACCT  940
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTCATTTACAAGAAGAGATGTCTTACTCTTTGTCCAGAGGAACCT  945

seq1  TTCCATTCCCTGGATGCTGAGCAGATTCATAGACAGCCCTGAATTGTGAA  990
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATTCCCTGGATGCTGAGCAGATTCATAGACAGCCCTGAATTGTGAA  995

seq1  ATCTGGAAAGACCGGCATCTTCGCTGAGCACAACCCGAAACCACTGTGCC  1040
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGAAAGACCGGCATCTTCGCTGAGCACAACCCGAAACCACTGTGCC  1045

seq1  ATTGCTTCAAGTTTCTGGCTTTGGGGAGAG  1070
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCTTCAAGTTTCTGGCTTTGGGGAGAG  1075