BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246I01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 88,990,622 - 89,098,198
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933427D06Rik, Gm1965
Upstream geneRab7, Rpn1, Gata2, Dnajb8, Eefsec, Ruvbl1, Sec61a1, 4933428M03Rik, Mgll, Abtb1, Podxl2, LOC100043146, Mcm2, Gpr175
Downstream geneLOC100043153, LOC100043159, EG624483, EG624491, LOC665547, EG624537, Gm839, 4930512J16Rik, Plxna1, Chchd6, Txnrd3, V1r-ps1, V1rb7, V1rb9, V1r-ps2, V1r-ps3, V1ra6, V1ra5, V1rb4, V1r-ps4, V1ra2, V1rb8, V1ra4, V1ra3, V1rb2, V1rb1, V1ra1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246I01.bB6Ng01-246I01.g
ACCGA055102GA055103
length1,081963
definitionB6Ng01-246I01.b B6Ng01-246I01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(89,097,099 - 89,098,198)(88,990,622 - 88,991,560)
sequence
gaattcatgcagacgccccaccacaggctgcaggtcaaggagcctccagc
agggtttttttttttcaagttcactcaaccttctaacaatcgattatttc
agattccaaaactacaccaagaagcctgggagttttctacctttccacat
gcatttttaatgacctctcttttacaatcctggacagagctttgctgctc
agtgaactgttgtttggggatcacgaatacacagtagctaaccccatcct
gggagtgctaagcttccatatgagtgttctgctgctgcataaacagagtg
gtccctagaaacataactctggggaggtaactgcagcccagagagaaatt
cttgagagacttggcatccctggggatggagcctgggacctcaggtaagc
cagtcaggagctttcccaatgagctttcacctccggcctcctgagagaca
ttttaaagtacggttttggtttattgggccataagaagacaattagaaaa
ttgacttggtccctccccccaccccttaatagtgattatttacaatggta
caaaaatatggggccgaagagacagctcagcagctaagagtgtgtccttc
tcttacagaggacccgagttcagttctcagcacacacaccaggcaggtca
caaacctctgtaattccagctccaggggatccgacactttcttctgacct
ctgtggggaccaggtacactcacggtggtacagatacataaacgcaggca
gcacactcacacacacaaaataaatctttttttaaaaagtaagataataa
aatggtcagacatcatgatgaggtatatttaaattggtatatttaatagt
aggaggaactccaggcaaatgagttggcagaaattatccttgaaacttag
gctacagatgatgatatgggacaccggagaaccagtgaggtcaaacagaa
tctgctgaaacacactccatggtggtcagcatctgtactgtacgacactg
cgtccgagagagctgctcagctcacagtttaaaggtgagagcacgatact
ggaccctttgcctcgatctgtgtgcacacac
gaattcctgcatcatcactgaatgtagaaatggccttttgaacaaatggt
actgatgatcggtgcgtcttcacatggaagaatgaacttggatccctacc
tacctcatgacatgtgcaaagagtgagtctgagtggttgaaggcagaagg
ctctgagagacaaagcctataagccctgagtgtgtcctgggctgagcccc
ttttcccatgggttcttaggaaggacaccaaacctcatcaatctagaaag
aacgaatttatttgaggtaaggtcctccttatgtaaccctggctgtcttg
ggacttgctttgtggaacaggctggcctcaaactcaaggagtagagatct
gctacctctacctcctgagtgccggggttaaagatgtgtaccaccatgcc
tggcttaagaatgaataaactggctgtgacaggcaagaatgtggaagaga
ctcagaggtatacccactgccgcatggagatgggtgggcggggaacactt
tgatgagcaaatgtgtggtagagagctaggagggaaagagaagcagaatg
gcgggtgcactgtgaagagaggaggaactggagacatgatgatggagagg
aacagcttgttgtgaggagcctgtgctgccacctgaggccatggtgaggt
cccagcctgtgctgccactgagggccacatctgggtccatggtcttgaag
cagcaggggtctgtgttgatgtctgtggcccatgtaaccaccaaaggtca
tgtgaatgtccagtccgtaatctgagctacctccagggccagtttgatgt
ttgagtgctgtgcagagtgggccccacccttcaccagctgtggaacttga
gagagctgctccaccctttgcctgggcagcataagagagcaggccccagc
cctcacctgggcagcctgggagagcttggctctgccttgagggtgtgaac
tctggagaagtgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_89097099_89098198
seq2: B6Ng01-246I01.b_47_1127 (reverse)

seq1  GTGTGTGCCACACAGATCCAAAGCAAAAGGGTCAAGTAATCGTGGCTCTC  50
      ||||||| ||||||||||   ||  |||||||| ||| ||||| ||||||
seq2  GTGTGTG-CACACAGATC--GAGGCAAAGGGTCCAGT-ATCGT-GCTCTC  45

seq1  AACCCTTTAAAACTGTGAGCTGAGCAGCCTCTTCTCGGGACCGCAGGTGT  100
      |  ||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||   |||| ||||
seq2  A--CCTTT-AAACTGTGAGCTGAGCAG-CTC-TCTCGG--ACGCA-GTGT  87

seq1  CGGTTACAGTAACAGGATGCTGAACCACCATGGAGTTGTGTTTCAGCAGA  150
      ||  |||||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CG--TACAGT-ACA-GATGCTG-ACCACCATGGAG-TGTGTTTCAGCAGA  131

seq1  TTCTGTTTTGACCTCACTGGTTCTCCGGTGTCCCATATCATCATCTGTAG  200
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTG-TTTGACCTCACTGGTTCTCCGGTGTCCCATATCATCATCTGTAG  180

seq1  CCTAAGTTTCAAGGATAATTTCTGCCAACTCATTTGCCTGGAGTTCCTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAGTTTCAAGGATAATTTCTGCCAACTCATTTGCCTGGAGTTCCTCC  230

seq1  TACTATTAAATATACCAATTTAAATATACCTCATCATGATGTCTGACCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTAAATATACCAATTTAAATATACCTCATCATGATGTCTGACCAT  280

seq1  TTTATTATCTTACTTTTT-AAAAAAGATTTATTTTGTGTGTGTGAGTGTG  349
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATCTTACTTTTTAAAAAAAGATTTATTTTGTGTGTGTGAGTGTG  330

seq1  CTGCCTGCGTTTATGTATCTGTACCACCGTGAGTGTACCTGGTCCCCACA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCGTTTATGTATCTGTACCACCGTGAGTGTACCTGGTCCCCACA  380

seq1  GAGGTCAGAAGAAAGTGTCGGATCCCCTGGAGCTGGAATTACAGAGGTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTCAGAAGAAAGTGTCGGATCCCCTGGAGCTGGAATTACAGAGGTTT  430

seq1  GTGACCTGCCTGGTGTGTGTGCTGAGAACTGAACTCGGGTCCTCTGTAAG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTGCCTGGTGTGTGTGCTGAGAACTGAACTCGGGTCCTCTGTAAG  480

seq1  AGAAGGACACACTCTTAGCTGCTGAGCTGTCTCTTCGGCCCCATATTTTT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGACACACTCTTAGCTGCTGAGCTGTCTCTTCGGCCCCATATTTTT  530

seq1  GTACCATTGTAAATAATCACTATTAAGGGGTGGGGGGAGGGACCAAGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCATTGTAAATAATCACTATTAAGGGGTGGGGGGAGGGACCAAGTCA  580

seq1  ATTTTCTAATTGTCTTCTTATGGCCCAATAAACCAAAACCGTACTTTAAA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAATTGTCTTCTTATGGCCCAATAAACCAAAACCGTACTTTAAA  630

seq1  ATGTCTCTCAGGAGGCCGGAGGTGAAAGCTCATTGGGAAAGCTCCTGACT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCTCAGGAGGCCGGAGGTGAAAGCTCATTGGGAAAGCTCCTGACT  680

seq1  GGCTTACCTGAGGTCCCAGGCTCCATCCCCAGGGATGCCAAGTCTCTCAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTACCTGAGGTCCCAGGCTCCATCCCCAGGGATGCCAAGTCTCTCAA  730

seq1  GAATTTCTCTCTGGGCTGCAGTTACCTCCCCAGAGTTATGTTTCTAGGGA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTTCTCTCTGGGCTGCAGTTACCTCCCCAGAGTTATGTTTCTAGGGA  780

seq1  CCACTCTGTTTATGCAGCAGCAGAACACTCATATGGAAGCTTAGCACTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTCTGTTTATGCAGCAGCAGAACACTCATATGGAAGCTTAGCACTCC  830

seq1  CAGGATGGGGTTAGCTACTGTGTATTCGTGATCCCCAAACAACAGTTCAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATGGGGTTAGCTACTGTGTATTCGTGATCCCCAAACAACAGTTCAC  880

seq1  TGAGCAGCAAAGCTCTGTCCAGGATTGTAAAAGAGAGGTCATTAAAAATG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGCAAAGCTCTGTCCAGGATTGTAAAAGAGAGGTCATTAAAAATG  930

seq1  CATGTGGAAAGGTAGAAAACTCCCAGGCTTCTTGGTGTAGTTTTGGAATC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGAAAGGTAGAAAACTCCCAGGCTTCTTGGTGTAGTTTTGGAATC  980

seq1  TGAAATAATCGATTGTTAGAAGGTTGAGTGAACTTGAAAAAAAAAAACCC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAATCGATTGTTAGAAGGTTGAGTGAACTTGAAAAAAAAAAACCC  1030

seq1  TGCTGGAGGCTCCTTGACCTGCAGCCTGTGGTGGGGCGTCTGCATGAATT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAGGCTCCTTGACCTGCAGCCTGTGGTGGGGCGTCTGCATGAATT  1080

seq1  C  1100
      |
seq2  C  1081

seq1: chr6_88990622_88991560
seq2: B6Ng01-246I01.g_66_1005

seq1  GAATTCCTGCATCATCACTGAATGTAGAAATGGCCTTTTGAACAAATGGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGCATCATCACTGAATGTAGAAATGGCCTTTTGAACAAATGGT  50

seq1  ACTGATGATCGGTGCGTCTTCACATGGAAGAATGAACTTGGATCCCTACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGATGATCGGTGCGTCTTCACATGGAAGAATGAACTTGGATCCCTACC  100

seq1  TACCTCATGACATGTGCAAAGAGTGAGTCTGAGTGGTTGAAGGCAGAAGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTCATGACATGTGCAAAGAGTGAGTCTGAGTGGTTGAAGGCAGAAGG  150

seq1  CTCTGAGAGACAAAGCCTATAAGCCCTGAGTGTGTCCTGGGCTGAGCCCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGAGAGACAAAGCCTATAAGCCCTGAGTGTGTCCTGGGCTGAGCCCC  200

seq1  TTTTCCCATGGGTTCTTAGGAAGGACACCAAACCTCATCAATCTAGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCCCATGGGTTCTTAGGAAGGACACCAAACCTCATCAATCTAGAAAG  250

seq1  AACGAATTTATTTGAGGTAAGGTCCTCCTTATGTAACCCTGGCTGTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACGAATTTATTTGAGGTAAGGTCCTCCTTATGTAACCCTGGCTGTCTTG  300

seq1  GGACTTGCTTTGTGGAACAGGCTGGCCTCAAACTCAAGGAGTAGAGATCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACTTGCTTTGTGGAACAGGCTGGCCTCAAACTCAAGGAGTAGAGATCT  350

seq1  GCTACCTCTACCTCCTGAGTGCCGGGGTTAAAGATGTGTACCACCATGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACCTCTACCTCCTGAGTGCCGGGGTTAAAGATGTGTACCACCATGCC  400

seq1  TGGCTTAAGAATGAATAAACTGGCTGTGACAGGCAAGAATGTGGAAGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTAAGAATGAATAAACTGGCTGTGACAGGCAAGAATGTGGAAGAGA  450

seq1  CTCAGAGGTATACCCACTGCCGCATGGAGATGGGTGGGCGGGGAACACTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGGTATACCCACTGCCGCATGGAGATGGGTGGGCGGGGAACACTT  500

seq1  TGATGAGCAAATGTGTGGTAGAGAGCTAGGAGGGAAAGAGAAGCAGAATG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGAGCAAATGTGTGGTAGAGAGCTAGGAGGGAAAGAGAAGCAGAATG  550

seq1  GCGGGTGCACTGTGAAGAGAGGAGGAACTGGAGACATGATGATGGAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGGTGCACTGTGAAGAGAGGAGGAACTGGAGACATGATGATGGAGAGG  600

seq1  AACAGCTTGTTGTGAGGAGCCTGTGCTGCCACCTGAGGCCATGGTGAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGCTTGTTGTGAGGAGCCTGTGCTGCCACCTGAGGCCATGGTGAGGT  650

seq1  CCCAGCCTGTGCTGCCACTGAGGGCCACATCTGGGTCCATGGTCTTGAAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGCCTGTGCTGCCACTGAGGGCCACATCTGGGTCCATGGTCTTGAAG  700

seq1  CAGCAGGGGTCTGTGTTGATGTCTGTGGCCCATGTAACCACCAAAGGTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGGGGTCTGTGTTGATGTCTGTGGCCCATGTAACCACCAAAGGTCA  750

seq1  TGTGAATGTCCAGTCCGTAATCTGAGCTACCTCCAGGGCCAGTTTGATGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATGTCCAGTCCGTAATCTGAGCTACCTCCAGGGCCAGTTTGATGT  800

seq1  TTGAGTGCTGTGCAGAGTGGGCCCCACCCTTCACCAGCTGTGGAACTTGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGTGCTGTGCAGAGTGGGCCCCACCCTTCACCAGCTGTGGAACTTGA  850

seq1  GAGAGCTGCTCCACCCTTTGCCTGGGCAGCATAAGAGAGCAGGCCCCAGC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGCTGCTCCACCCTTTGCCTGGGCAGCATAAGAGAGCAGGCCCCAGC  900

seq1  CCTCACCTGGGCAGCCTGGGAGAGC-TGGCTCTGCCTTGA  939
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CCTCACCTGGGCAGCCTGGGAGAGCTTGGCTCTGCCTTGA  940