BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248E24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 25,981,513 - 26,121,509
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100041210
Upstream geneLOC384358, Gpr37, Pot1a, EG626912
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248E24.bB6Ng01-248E24.g
ACCGA056422GA056423
length1,1541,104
definitionB6Ng01-248E24.b B6Ng01-248E24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,120,379 - 26,121,509)(25,981,513 - 25,982,617)
sequence
gaattcacctggaacatccaggctaatctcccatctcaaggtccttaatg
taaccatatctgtagtggtctctttgttatataatacaacatagttctaa
ggattgaggtatgggccattctatagtccaaatatttcatctatgattta
cataaaataaaagactaaatgaacctatcagaaattaaccatttataccc
ttagttaatgccctcgtgttctggtaaattggataagctatttgtagaca
ttagtaaaatgctcttatttgaaggaaaatggaagtaagaaacactactg
cctctaaagatgctcagactcctatttctgaatcttgtacagtattcaga
gactgggagaaacaatgtttcttctccatcagattaaaatctgttactag
gaatataggaatataacagaattcttaagaaagacaacatgaccaggacc
atggaaatacacaaacgtcagcagggagtagaagatgaaccaaggacaca
tatagtcaggaccagcaggcaaaagttttctattttgtatttaggtgtcc
tgtttgagatgcatgtacatgcattttagttgtcatatatgaaaacatct
aatactattgtttccattatcataatcattattatcttggcatcattcaa
atttgacagttgaagaagtcgatatgctaataaactgacattcaacaagg
caaaatgctacaaaggaatttaaaaccaggaagtttagttccatgttctc
ctaattagccacacgctacactgcattcaaatgaataaatgtgcactgtg
gtcttttaaagtcctgtagtatagtgtttttaaggagagaaaccaagtag
cctttgggttatagaaatggtgagcctcgagagaaaggagaaaaggaaat
cacagatgctcaggtgaccctcatggcccagttatcattcagagttgagg
gttagcttttatgcagtattgtaccccaccactttaataaaaaaaaaatc
tttccccaagaatacttgggctgtgaccacttgttccagggtgtctaaga
ttataaatccacattggctttaaactctttgaatttgaacaaaatctaca
ttcccaccagaaaatttgaattgaatgtatttttagttccactaataagt
tacc

gaattctttccagtttcttgtagaagttgaccaagtgcttatcaaatctg
gggaaaagtgcaaatgattcagaatgagccacagaagcagtcatttatga
catcgaaaaaacacaaaacaaaactgatgaacctgaattcatgaacatcc
caaagatctgtgatgtgaagaacaacactagtgaaatacataagaagatt
gtgtttgtcattcacttatgtgacaagggacttgtatacagaatgcacaa
aagtatcttaaaacttggcaatatgaacaaattgtgtgagacagtaaaag
agctaactgtgacagtgaaaagatgctcaacatctttatttcttaaggat
ttgtgaactgaaaccacaagttaatatccctttctacaatgacaatacaa
aaaatagacaacaatgtgaggcagtaagtgtgcagagaaatggtcctctc
atgtattgctgctggaaatacaaaatggttcaaatgttttgggacacagt
ttagtactttcacaaagtactaaatatagatatgtcatatactaggctat
ttctgttccttggacttaaaaagaacaaaaagaacatatatgcaatagtt
caaagcaaaatattcatgtcagatccacattgcaaatattattaaacatt
caataagatgatgcacagtgaaacaaaattcagagtcattaggccataat
aatagcttgaacattgaaacatgctactatactgatacatgtggttacta
aaaacagtcatgtcaaagatgaatgtaattaattattacattatacaaag
tgatcatagtaggtaggatagggaaactactaatgaagttactttttgaa
gcaatgaatatgtcttgaaattagattgtcatggtaattacaagttctgt
caatatatcacaacactatgtaattttggtggttaggtttcatggtacat
aagatctgccacagcaaagctatttaaggaaaagccagctggctctgtta
agcatgcatagttcacttggatgcttatcacgtttgagtgaccttgtcaa
ctaagtttatgtgacatgtaattgaaagaaccgtagcgtgttagagtact
gcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_26120379_26121509
seq2: B6Ng01-248E24.b_47_1200 (reverse)

seq1  GGTAACTTA-TAGT-GAACT-AAAATACA-TCAAATCAAA-TTTCT-GTG  44
      ||||||||| |||| ||||| |||||||| |||| ||||| ||||| |||
seq2  GGTAACTTATTAGTGGAACTAAAAATACATTCAATTCAAATTTTCTGGTG  50

seq1  GG-ATGTAGATTTTGTTCAAA-TCAAAGA---TTAAGCC-ATGT-GATTT  87
      || |||||||||||||||||| |||||||   | ||||| |||| |||||
seq2  GGAATGTAGATTTTGTTCAAATTCAAAGAGTTTAAAGCCAATGTGGATTT  100

seq1  AT-ATCTTAAGACA-CCTGAAACAAGT-GTCACAGCCC-AGTA-TCTTGG  132
      || ||||| ||||| |||| ||||||| |||||||||| |||| ||||||
seq2  ATAATCTT-AGACACCCTGGAACAAGTGGTCACAGCCCAAGTATTCTTGG  149

seq1  G--AAGATTTTTTTTT--ATAAAGTG--TGGGTACAATACTGCAT-AAAG  175
      |  |||||||||||||   |||||||   |||||||||||||||| ||||
seq2  GGAAAGATTTTTTTTTTATTAAAGTGGTGGGGTACAATACTGCATAAAAG  199

seq1  CTAACCCTCAAACTCTGAATGATAACTGGGCCATGAGGGTCACCTGAGCA  225
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACCCTC-AACTCTGAATGATAACTGGGCCATGAGGGTCACCTGAGCA  248

seq1  TCTGTGATTTCCTTTTCTCCTTTCTCTCGAGGCTCACCATTTCTATAACC  275
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATTTCCTTTTCTCCTTTCTCTCGAGGCTCACCATTTCTATAACC  298

seq1  CAAAGGCTACTTGGTTTCTCTCCTTAAAAACACTATACTACAGGACTTTA  325
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGGCTACTTGGTTTCTCTCCTTAAAAACACTATACTACAGGACTTTA  348

seq1  AAAGACCACAGTGCACATTTATTCATTTGAATGCAGTGTAGCGTGTGGCT  375
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGACCACAGTGCACATTTATTCATTTGAATGCAGTGTAGCGTGTGGCT  398

seq1  AATTAGGAGAACATGGAACTAAACTTCCTGGTTTTAAATTCCTTTGTAGC  425
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGGAGAACATGGAACTAAACTTCCTGGTTTTAAATTCCTTTGTAGC  448

seq1  ATTTTGCCTTGTTGAATGTCAGTTTATTAGCATATCGACTTCTTCAACTG  475
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGCCTTGTTGAATGTCAGTTTATTAGCATATCGACTTCTTCAACTG  498

seq1  TCAAATTTGAATGATGCCAAGATAATAATGATTATGATAATGGAAACAAT  525
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATTTGAATGATGCCAAGATAATAATGATTATGATAATGGAAACAAT  548

seq1  AGTATTAGATGTTTTCATATATGACAACTAAAATGCATGTACATGCATCT  575
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTAGATGTTTTCATATATGACAACTAAAATGCATGTACATGCATCT  598

seq1  CAAACAGGACACCTAAATACAAAATAGAAAACTTTTGCCTGCTGGTCCTG  625
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACAGGACACCTAAATACAAAATAGAAAACTTTTGCCTGCTGGTCCTG  648

seq1  ACTATATGTGTCCTTGGTTCATCTTCTACTCCCTGCTGACGTTTGTGTAT  675
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATATGTGTCCTTGGTTCATCTTCTACTCCCTGCTGACGTTTGTGTAT  698

seq1  TTCCATGGTCCTGGTCATGTTGTCTTTCTTAAGAATTCTGTTATATTCCT  725
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCATGGTCCTGGTCATGTTGTCTTTCTTAAGAATTCTGTTATATTCCT  748

seq1  ATATTCCTAGTAACAGATTTTAATCTGATGGAGAAGAAACATTGTTTCTC  775
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTCCTAGTAACAGATTTTAATCTGATGGAGAAGAAACATTGTTTCTC  798

seq1  CCAGTCTCTGAATACTGTACAAGATTCAGAAATAGGAGTCTGAGCATCTT  825
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCTCTGAATACTGTACAAGATTCAGAAATAGGAGTCTGAGCATCTT  848

seq1  TAGAGGCAGTAGTGTTTCTTACTTCCATTTTCCTTCAAATAAGAGCATTT  875
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCAGTAGTGTTTCTTACTTCCATTTTCCTTCAAATAAGAGCATTT  898

seq1  TACTAATGTCTACAAATAGCTTATCCAATTTACCAGAACACGAGGGCATT  925
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTAATGTCTACAAATAGCTTATCCAATTTACCAGAACACGAGGGCATT  948

seq1  AACTAAGGGTATAAATGGTTAATTTCTGATAGGTTCATTTAGTCTTTTAT  975
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTAAGGGTATAAATGGTTAATTTCTGATAGGTTCATTTAGTCTTTTAT  998

seq1  TTTATGTAAATCATAGATGAAATATTTGGACTATAGAATGGCCCATACCT  1025
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGTAAATCATAGATGAAATATTTGGACTATAGAATGGCCCATACCT  1048

seq1  CAATCCTTAGAACTATGTTGTATTATATAACAAAGAGACCACTACAGATA  1075
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCCTTAGAACTATGTTGTATTATATAACAAAGAGACCACTACAGATA  1098

seq1  TGGTTACATTAAGGACCTTGAGATGGGAGATTAGCCTGGATGTTCCAGGT  1125
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTACATTAAGGACCTTGAGATGGGAGATTAGCCTGGATGTTCCAGGT  1148

seq1  GAATTC  1131
      ||||||
seq2  GAATTC  1154


seq1: chr6_25981513_25982617
seq2: B6Ng01-248E24.g_66_1169

seq1  GAATTCTTTCCAGTTTCTTGTAGAAGTTGACCAAGTGCTTATCAAATCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCCAGTTTCTTGTAGAAGTTGACCAAGTGCTTATCAAATCTG  50

seq1  GGGAAAAGTGCAAATGATTCAGAATGAGCCACAGAAGCAGTCATTTATGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAAAAGTGCAAATGATTCAGAATGAGCCACAGAAGCAGTCATTTATGA  100

seq1  CATCGAAAAAACACAAAACAAAACTGATGAACCTGAATTCATGAACATCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGAAAAAACACAAAACAAAACTGATGAACCTGAATTCATGAACATCC  150

seq1  CAAAGATCTGTGATGTGAAGAACAACACTAGTGAAATACATAAGAAGATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGATCTGTGATGTGAAGAACAACACTAGTGAAATACATAAGAAGATT  200

seq1  GTGTTTGTCATTCACTTATGTGACAAGGGACTTGTATACAGAATGCACAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGTCATTCACTTATGTGACAAGGGACTTGTATACAGAATGCACAA  250

seq1  AAGTATCTTAAAACTTGGCAATATGAACAAATTGTGTGAGACAGTAAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCTTAAAACTTGGCAATATGAACAAATTGTGTGAGACAGTAAAAG  300

seq1  AGCTAACTGTGACAGTGAAAAGATGCTCAACATCTTTATTTCTTAAGGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTAACTGTGACAGTGAAAAGATGCTCAACATCTTTATTTCTTAAGGAT  350

seq1  TTGTGAACTGAAACCACAAGTTAATATCCCTTTCTACAATGACAATACAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGAACTGAAACCACAAGTTAATATCCCTTTCTACAATGACAATACAA  400

seq1  AAAATAGACAACAATGTGAGGCAGTAAGTGTGCAGAGAAATGGTCCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGACAACAATGTGAGGCAGTAAGTGTGCAGAGAAATGGTCCTCTC  450

seq1  ATGTATTGCTGCTGGAAATACAAAATGGTTCAAATGTTTTGGGACACAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATTGCTGCTGGAAATACAAAATGGTTCAAATGTTTTGGGACACAGT  500

seq1  TTAGTACTTTCACAAAGTACTAAATATAGATATGTCATATACTAGGCTAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTACTTTCACAAAGTACTAAATATAGATATGTCATATACTAGGCTAT  550

seq1  TTCTGTTCCTTGGACTTAAAAAGAACAAAAAGAACATATATGCAATAGTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTCCTTGGACTTAAAAAGAACAAAAAGAACATATATGCAATAGTT  600

seq1  CAAAGCAAAATATTCATGTCAGATCCACATTGCAAATATTATTAAACATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAAAATATTCATGTCAGATCCACATTGCAAATATTATTAAACATT  650

seq1  CAATAAGATGATGCACAGTGAAACAAAATTCAGAGTCATTAGGCCATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAAGATGATGCACAGTGAAACAAAATTCAGAGTCATTAGGCCATAAT  700

seq1  AATAGCTTGAACATTGAAACATGCTACTATACTGATACATGTGGTTACTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGCTTGAACATTGAAACATGCTACTATACTGATACATGTGGTTACTA  750

seq1  AAAACAGTCATGTCAAAGATGAATGTAATTAATTATTACATTATACAAAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAGTCATGTCAAAGATGAATGTAATTAATTATTACATTATACAAAG  800

seq1  TGATCATAGTAGGTAGGATA-GGAAACTACTAATGAAGTAACTTTTTGAA  849
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TGATCATAGTAGGTAGGATAGGGAAACTACTAATGAAGTTACTTTTTGAA  850

seq1  GCAATGAATATGTCCTGAAATTAGATTGTCATGGTAATTACAAAGTTCTG  899
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCAATGAATATGTCTTGAAATTAGATTGTCATGGTAATTAC-AAGTTCTG  899

seq1  TCAATATATCACAACACTATGTAATTTTGGTGGTTAGG-TTCATGGTACA  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TCAATATATCACAACACTATGTAATTTTGGTGGTTAGGTTTCATGGTACA  949

seq1  T-AGATCTGCCACAGCAAGGCTATTTTAAGGAAAAG-CAGCTGGCTCTTG  996
      | |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||| ||
seq2  TAAGATCTGCCACAGCAAAGCTA-TTTAAGGAAAAGCCAGCTGGCTC-TG  997

seq1  TTAAGCATGCATTAGTCACTTGGATGCTTATCACTTTTGAGTGA-CTTGT  1045
      ||||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||||||| |||||
seq2  TTAAGCATGCATAGTTCACTTGGATGCTTATCACGTTTGAGTGACCTTGT  1047

seq1  CAACTAAGTTTATGTGACATGGTAAATTTGAAGACACGTTAAGCGTG-TA  1094
      |||||||||||||||||||||   ||||  ||||  |||  |||||| ||
seq2  CAACTAAGTTTATGTGACATG--TAATTGAAAGAACCGT--AGCGTGTTA  1093

seq1  GAGTACTGCAA  1105
      |||||||||||
seq2  GAGTACTGCAA  1104


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |