BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-248K17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 50,225,419 - 50,378,588
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOsbpl3
Upstream geneCcdc126, D330028D13Rik, Stk31, LOC384383, LOC666210, Npy, LOC100041653, LOC624524, Mpp6, Dfna5h, LOC100041681
Downstream geneCycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877, EG625167
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-248K17.bB6Ng01-248K17.g
ACCGA056686GA056687
length1,0321,067
definitionB6Ng01-248K17.b B6Ng01-248K17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,377,558 - 50,378,588)(50,225,419 - 50,226,478)
sequence
gaattcattaagtggtggttgaaggcgcgatgagctcttgcttaatgcaa
catgtggattgggacagggagtctgttaagagctgtcatcttcttcactg
ctggggaagggtttctttcccagacctcagggtgctctagtgatggctct
tgtttcccacttttgtcaggtctgtcctgtgtcagcgaagaccacgagaa
gagagtcatgcaacattgatcatactgcctgccttctttcggaagtattg
aacttattcaggtatagtcactggaactttctagaatgctttaatggcag
tcctactgatttggtatttgccctcgacagcgctggctaaagcagataga
atgtaatttattccagttatgctaatgagcagccataactgtgtgtgggg
aggggaggcactcaggagcttaccaagactttcactggtggaacaggtca
caaaccagggactgaagatgcaaccgaagaagggatttcagccaataaga
gggacaccaggaggagaaagtggtacttgaaggctggaagaaggaagagt
cagacagctaggtgttccctataaagaaacaaaatagtctatctgcagtg
aagaatacagttatattcctatacggcaactatgtaagtagtttaagaca
gatagatgctaaggtcagaaaatgcaaggaaagttcacattgcagggacg
ggcaaagtatctgaactgtttaggtctaaggagacttgctttattacatg
accgcttgtctacggggtgggagtggggcgttgcgtgtcagtgccttcct
gctggctttgcggttgtgaggtgtgaacaagtcgatgctgcagttttatc
cttcagttttgatgtctacatccgaatgagcaggtggggaataaaaccag
ggtggagaggaacgggtggaggatttagtttaaaacctagctatattcta
gcccgactggcctgattgcttagtgagcaataccagtcctgctggctcta
tgtggccctggaaaaacagaaaaggaatggtt
gaattcaaggccagccatattaaattagaagctacactgggctgcatgaa
atcctggggcgatgactccgtggacaaagtacttggcatgcacatgtaag
gactggagttcagacccccacaagaaatcacaacagcagctagctgagcc
cagcactcaggaggtagagacaggtggctagggcacactagcaggtagac
tagccaaagcagcaagctccaggttcctccggagaatcttcccaaataaa
cgaagtggggcatgatggaggaagacactgcatgttaacctttgacccac
acatgcccatgcacacaggcaagagcgcacctccgcgtgaacacgaggcc
agcctgaactgtagagcaagttccgagggtttatggacttaagcatggac
cctgtctgaaaagaacaaaacggggcgacaacaaaaagccagtgatggaa
tctgtctaggaatggagggtgtgagcccaggccagagtccatacttgaat
tttaggcttctgcttgataggtaaattagggatgaatctaacatctgaat
atagatgccagtctccgccttttactttatggctgaataaaattcatcta
tccaaaacaggttattgcttctgtttgatttttgagcacagttttttgtt
tgtttgttttggttttaactcagtctttttccctcaggattctgaatgct
ggggccacaccttggtggggctacaacaccttgccagcccttcagctctg
cagagttctctaatcgtgagtcccaaagtagcccgtgtggtccagtcaaa
gggcttattgtatctcatcttgatattaacatacatttattttgattggg
ggtgatggcacatgcttatgaccatggcagtcaggaggatcaagagttca
aggctcgcctgctttctagcaggactctttccacaaacaaacaaataaat
ccaaaacattttaatactagccaatcagccaaacagaacaacaggattat
cttagtggaggaaacccaaaatgtctttatgattcatagaacattgggtt
ttacataaccagaggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_50377558_50378588
seq2: B6Ng01-248K17.b_46_1077 (reverse)

seq1  AACCAATCCTTTTCTGTTTTTTCCAGGGCCACATAGAGCAGACAGG-CTT  49
      ||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||   |||| || 
seq2  AACCATTCCTTTTCTG-TTTTTCCAGGGCCACATAGAGCCAGCAGGACTG  49

seq1  GTTTTGCTCACTAAGCAATCAGGCCAGTCAGACTAGAATATAGCTAAGTT  99
      || |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||| |||
seq2  GTATTGCTCACTAAGCAATCAGGCCAGTCGGGCTAGAATATAGCTAGGTT  99

seq1  TTAAACTAAAATCCTCCA-CCGTTCCTCTCCACCCTGGTTTTATTCCCCA  148
      ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACT-AAATCCTCCACCCGTTCCTCTCCACCCTGGTTTTATTCCCCA  148

seq1  CCTGCTCA-TCGGATGTAGACATCAAAACTGAAGGATAAAACTGCAGCAT  197
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCTCATTCGGATGTAGACATCAAAACTGAAGGATAAAACTGCAGCAT  198

seq1  CGACTTGTTCACACCTCACAACCGCAAAGCCAGCAGGAAGGCACTGACAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGACTTGTTCACACCTCACAACCGCAAAGCCAGCAGGAAGGCACTGACAC  248

seq1  GCAACGCCCCACTCCCACCCCGTAGACAAGCGGTCATGTAATAAAGCAAG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACGCCCCACTCCCACCCCGTAGACAAGCGGTCATGTAATAAAGCAAG  298

seq1  TCTCCTTAGACCTAAACAGTTCAGATACTTTGCCCGTCCCTGCAATGTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCTTAGACCTAAACAGTTCAGATACTTTGCCCGTCCCTGCAATGTGA  348

seq1  ACTTTCCTTGCATTTTCTGACCTTAGCATCTATCTGTCTTAAACTACTTA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTCCTTGCATTTTCTGACCTTAGCATCTATCTGTCTTAAACTACTTA  398

seq1  CATAGTTGCCGTATAGGAATATAACTGTATTCTTCACTGCAGATAGACTA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGTTGCCGTATAGGAATATAACTGTATTCTTCACTGCAGATAGACTA  448

seq1  TTTTGTTTCTTTATAGGGAACACCTAGCTGTCTGACTCTTCCTTCTTCCA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTTCTTTATAGGGAACACCTAGCTGTCTGACTCTTCCTTCTTCCA  498

seq1  GCCTTCAAGTACCACTTTCTCCTCCTGGTGTCCCTCTTATTGGCTGAAAT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTCAAGTACCACTTTCTCCTCCTGGTGTCCCTCTTATTGGCTGAAAT  548

seq1  CCCTTCTTCGGTTGCATCTTCAGTCCCTGGTTTGTGACCTGTTCCACCAG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCTTCGGTTGCATCTTCAGTCCCTGGTTTGTGACCTGTTCCACCAG  598

seq1  TGAAAGTCTTGGTAAGCTCCTGAGTGCCTCCCCTCCCCACACACAGTTAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTCTTGGTAAGCTCCTGAGTGCCTCCCCTCCCCACACACAGTTAT  648

seq1  GGCTGCTCATTAGCATAACTGGAATAAATTACATTCTATCTGCTTTAGCC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTCATTAGCATAACTGGAATAAATTACATTCTATCTGCTTTAGCC  698

seq1  AGCGCTGTCGAGGGCAAATACCAAATCAGTAGGACTGCCATTAAAGCATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCTGTCGAGGGCAAATACCAAATCAGTAGGACTGCCATTAAAGCATT  748

seq1  CTAGAAAGTTCCAGTGACTATACCTGAATAAGTTCAATACTTCCGAAAGA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAAGTTCCAGTGACTATACCTGAATAAGTTCAATACTTCCGAAAGA  798

seq1  AGGCAGGCAGTATGATCAATGTTGCATGACTCTCTTCTCGTGGTCTTCGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGCAGTATGATCAATGTTGCATGACTCTCTTCTCGTGGTCTTCGC  848

seq1  TGACACAGGACAGACCTGACAAAAGTGGGAAACAAGAGCCATCACTAGAG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACACAGGACAGACCTGACAAAAGTGGGAAACAAGAGCCATCACTAGAG  898

seq1  CACCCTGAGGTCTGGGAAAGAAACCCTTCCCCAGCAGTGAAGAAGATGAC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCTGAGGTCTGGGAAAGAAACCCTTCCCCAGCAGTGAAGAAGATGAC  948

seq1  AGCTCTTAACAGACTCCCTGTCCCAATCCACATGTTGCATTAAGCAAGAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCTTAACAGACTCCCTGTCCCAATCCACATGTTGCATTAAGCAAGAG  998

seq1  CTCATCGCGCCTTCAACCACCACTTAATGAATTC  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCGCGCCTTCAACCACCACTTAATGAATTC  1032

seq1: chr6_50225419_50226478
seq2: B6Ng01-248K17.g_66_1132

seq1  GAATTCAAGGCCAGCCATATTAAATTAGAAGCTACACTGGGCTGCATGAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGGCCAGCCATATTAAATTAGAAGCTACACTGGGCTGCATGAA  50

seq1  ATCCTGGGGCGATGACTCCGTGGACAAAGTACTTGGCATGCACATGTAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGGCGATGACTCCGTGGACAAAGTACTTGGCATGCACATGTAAG  100

seq1  GACTGGAGTTCAGACCCCCACAAGAAATCACAACAGCAGCTAGCTGAGCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGAGTTCAGACCCCCACAAGAAATCACAACAGCAGCTAGCTGAGCC  150

seq1  CAGCACTCAGGAGGTAGAGACAGGTGGCTAGGGCACACTAGCAGGTAGAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACTCAGGAGGTAGAGACAGGTGGCTAGGGCACACTAGCAGGTAGAC  200

seq1  TAGCCAAAGCAGCAAGCTCCAGGTTCCTCCGGAGAATCTTCCCAAATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCAAAGCAGCAAGCTCCAGGTTCCTCCGGAGAATCTTCCCAAATAAA  250

seq1  CGAAGTGGGGCATGATGGAGGAAGACACTGCATGTTAACCTTTGACCCAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGTGGGGCATGATGGAGGAAGACACTGCATGTTAACCTTTGACCCAC  300

seq1  ACATGCCCATGCACACAGGCAAGAGCGCACCTCCGCGTGAACACGAGGCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCCCATGCACACAGGCAAGAGCGCACCTCCGCGTGAACACGAGGCC  350

seq1  AGCCTGAACTGTAGAGCAAGTTCCGAGGGTTTATGGACTTAAGCATGGAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGAACTGTAGAGCAAGTTCCGAGGGTTTATGGACTTAAGCATGGAC  400

seq1  CCTGTCTGAAAAGAACAAAACGGGGCGACAACAAAAAGCCAGTGATGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCTGAAAAGAACAAAACGGGGCGACAACAAAAAGCCAGTGATGGAA  450

seq1  TCTGTCTAGGAATGGAGGGTGTGAGCCCAGGCCAGAGTCCATACTTGAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCTAGGAATGGAGGGTGTGAGCCCAGGCCAGAGTCCATACTTGAAT  500

seq1  TTTAGGCTTCTGCTTGATAGGTAAATTAGGGATGAATCTAACATCTGAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGGCTTCTGCTTGATAGGTAAATTAGGGATGAATCTAACATCTGAAT  550

seq1  ATAGATGCCAGTCTCCGCCTTTTACTTTATGGCTGAATAAAATTCATCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGCCAGTCTCCGCCTTTTACTTTATGGCTGAATAAAATTCATCTA  600

seq1  TCCAAAACAGGTTATTGCTTCTGTTTGATTTTTGAGCACAGTTTTTTGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAAACAGGTTATTGCTTCTGTTTGATTTTTGAGCACAGTTTTTTGTT  650

seq1  TGTTTGTTTTGGTTTTAACTCAGTCTTTTTCCCTCAGGATTCTGAATGCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTGTTTTGGTTTTAACTCAGTCTTTTTCCCTCAGGATTCTGAATGCT  700

seq1  GGGGCCACACCTTGGTGGGGCTACAACACCTTGCCAGCCCTTCAGCTCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCACACCTTGGTGGGGCTACAACACCTTGCCAGCCCTTCAGCTCTG  750

seq1  CAGAGTTCTCTAATCGTGAGTCCCAAAGTAGCCCGTGTGGTCCAGTCAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTTCTCTAATCGTGAGTCCCAAAGTAGCCCGTGTGGTCCAGTCAAA  800

seq1  GGGCTTATTGTATCTCATCTTGATATTAACATACA-TTATTTTGATT-GG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||
seq2  GGGCTTATTGTATCTCATCTTGATATTAACATACATTTATTTTGATTGGG  850

seq1  GGTGATGGCACATGCTTATGACCATGGCAGTCAGGAGGATCAAGAGTTCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGCACATGCTTATGACCATGGCAGTCAGGAGGATCAAGAGTTCA  900

seq1  AGGCTCGCCTGCTTTCTAGCAGGACTCTTTCCACAAACAAACAAATAAAT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTCGCCTGCTTTCTAGCAGGACTCTTTCCACAAACAAACAAATAAAT  950

seq1  CCAAAACATTTTAATACTAGCCAATCAG-CAAACAGACAAACAAGAATAT  997
      |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||| || |||
seq2  CCAAAACATTTTAATACTAGCCAATCAGCCAAACAGAACAACAGGATTAT  1000

seq1  CTAAGTG--AGAAACCAAAAATGTCTTTATGAATCATAG-ACATTGGGTT  1044
      || ||||   |||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||
seq2  CTTAGTGGAGGAAACCCAAAATGTCTTTATGATTCATAGAACATTGGGTT  1050

seq1  TACCATAA-CAGAGGAA  1060
      |  ||||| ||||||||
seq2  TTACATAACCAGAGGAA  1067