BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-249F13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 51,332,422 - 51,556,787
singlet/doubletdoublet
Overlap geneEG625167, Nfe2l3, Hnrpa2b1, Cbx3, Snx10, LOC100041820
Upstream geneOsbpl3, Cycs, 4921507P07Rik, LOC213320, EG666302, EG666308, EG666310, Npvf, LOC100040877
Downstream geneSkap2, LOC666391, Hoxa1, Hoxa2, Hoxa3, Hoxa4, Hoxa5, Hoxa6, Hoxa7, Hoxa9, Hoxa10, Hoxa11, Hoxa13, Evx1, EG666487, 1700094M24Rik, EG545841, Hibadh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-249F13.bB6Ng01-249F13.g
ACCGA057191GA057192
length1,223815
definitionB6Ng01-249F13.b B6Ng01-249F13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(51,555,565 - 51,556,787)(51,332,422 - 51,333,235)
sequence
gaattcaaacagaagcagtaaggtgcgggaggaatattttctgcatagac
cagagtgcattatatcagcaaatgaaaattcattgaaggtttaagccttc
acagtgtgtggtcagacagcaggattggaatggaatagaacagggcacag
aggaacagacaggaaacagagaacccagtggctgcccaaagaccttcata
gctcatttatacatcccaaaatgacactgtggttgctgtgttccgttacg
tggctgggtgctagtgttgttacaccatttcatatgtctatttaagatgt
tataatgcctctaaactaatttccgacagagccatagctggtagaaccat
ctctgagccatttctctatttttactctctcctcagcatattttaagctg
tatgacaaaataaacatttcgtaacatttttcagcttcatctttttttct
actaatgtcatctcaaccagtgggaggtctatattttccacacagcagtg
ctacatttaaaattatttctgctatagattagctgtcccttagtgagcta
tgaaagataaaatcttagcctctttaagcccatcttgtttgacagcgtgc
aatatttacgtgaaataaaaagcaaatatttgttcttttcgtacaagctg
tcagcacaaacttgggttgtttagaaacctgttcagaggaacagaattgg
tttttactacatgatctatgctaaaaggtcaacaacaggtaacgatgaag
cttatttgaaagaaaaggagatttaccatgcatttgtggaatcaaaggta
actgtgttatgctttaaattctctaggttattgactgctaaaatggcttg
gtccttgtttggtcctttaagacatcctaggttgggctggtgaggcgtcc
cagagggtgaaggtgctttgccgtgcaggcagggtaacttgtaagtccat
ataaagatggaaggagagaaccaacggcacagagttgccctctgacctcc
acgtatgcgccatgatgtgtgtacatgggcaaacatgcacacatatacac
acatatgtttatttgttttgctgctgcctgcttgcttatctaaaaaaata
aagtatggcttacagataggcatagtggtggtgggacatatacctcagcc
atttgggaaggcagagccaggaagaccattccaggctgccaataacagag
accctgtggtccaatcctctctc
gaattcactgtgcagtttacctgcactgggtcgagaccccccactttgcc
ttaggtgatctgaaagtgacttcctgttcagggagtagctgtgtgactcc
gtctgaaaagttttagatgtaatgtcaccagcggtgacatatggagtggc
caagcaggaaagaaagaaggaaagctatggctgcacacggaatgtgtgca
cagtgacaggcatagcagaagccgccacggcagactcttgccaaagactc
taggcccgggctgcaccgaaagtcttttgatgagatagaagacaaagtat
cagcggtcaaaacatacaattgtttccgggacatatttgtgtatgtgtct
ttgcatataccccaagtctcagcatagctcaagctatgattcaagagact
ggtgatttgtcatgctcaaagccttggtctgcaattccagcaccacgaga
aaaggcacgcaggtatccaatccccacgctccggaagtggaggcaggagg
agcagaagttcaaggtcggggggtgggaaagtgggtgctccgtgggtaaa
gtgtctgccagggaggaattgaatccaaaccccagaagccacctgaagct
cagagcagtagcactcatctgtggcaggaggggaagccaagaatcaatca
gccagtccagctcacccaacagaagccagcaaagagaccctctgtggaac
aagaagaatgtaaggaccagcatcaatttccatctgtccttcaacctcca
cttgctgtaagcatgctctcttctctctctctctctctctctctccctct
ctctctctgtttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_51555565_51556787
seq2: B6Ng01-249F13.b_45_1267 (reverse)

seq1  GAGAGAGGGTTTGA-CACAGGGTCT-TGTTATT-GCAGCCCTTGTGATAT  47
      |||||||| || || |||||||||| ||||||| ||||||  || ||   
seq2  GAGAGAGGATTGGACCACAGGGTCTCTGTTATTGGCAGCC--TG-GAATG  47

seq1  GTCCTCCTGGCTCTGCC-TCCCAAATGCTGGAAGTATA-GTCCCA-CACC  94
      ||| ||||||||||||| |||||||||   || ||||| |||||| ||||
seq2  GTCTTCCTGGCTCTGCCTTCCCAAATGGCTGAGGTATATGTCCCACCACC  97

seq1  ACTATGCCTATCTGTAAACCATACTTTATTTTTTAAGATAAGCAAGCAAG  144
      ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |
seq2  ACTATGCCTATCTGTAAGCCATACTTTATTTTTTTAGATAAGCAAGCAGG  147

seq1  CAAGCAAGCAAACAAATAAACATTAATGTGTGTATATGTGTGCATGTTTG  194
      | ||||   ||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  C-AGCAGCAAAACAAATAAACAT--ATGTGTGTATATGTGTGCATGTTTG  194

seq1  CCCATGTACACACATCATGGCGCATACGTGGAGGTCAGAGGGCAACTCTG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTACACACATCATGGCGCATACGTGGAGGTCAGAGGGCAACTCTG  244

seq1  TGCCGTTGGTTCTCTCCTTCCATCTTTATATGGACTTACAAGTTACCCTG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCGTTGGTTCTCTCCTTCCATCTTTATATGGACTTACAAGTTACCCTG  294

seq1  CCTGCACGGCAAAGCACCTTCACCCTCTGGGACGCCTCACCAGCCCAACC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCACGGCAAAGCACCTTCACCCTCTGGGACGCCTCACCAGCCCAACC  344

seq1  TAGGATGTCTTAAAGGACCAAACAAGGACCAAGCCATTTTAGCAGTCAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGATGTCTTAAAGGACCAAACAAGGACCAAGCCATTTTAGCAGTCAAT  394

seq1  AACCTAGAGAATTTAAAGCATAACACAGTTACCTTTGATTCCACAAATGC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAGAGAATTTAAAGCATAACACAGTTACCTTTGATTCCACAAATGC  444

seq1  ATGGTAAATCTCCTTTTCTTTCAAATAAGCTTCATCGTTACCTGTTGTTG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTAAATCTCCTTTTCTTTCAAATAAGCTTCATCGTTACCTGTTGTTG  494

seq1  ACCTTTTAGCATAGATCATGTAGTAAAAACCAATTCTGTTCCTCTGAACA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTAGCATAGATCATGTAGTAAAAACCAATTCTGTTCCTCTGAACA  544

seq1  GGTTTCTAAACAACCCAAGTTTGTGCTGACAGCTTGTACGAAAAGAACAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTCTAAACAACCCAAGTTTGTGCTGACAGCTTGTACGAAAAGAACAA  594

seq1  ATATTTGCTTTTTATTTCACGTAAATATTGCACGCTGTCAAACAAGATGG  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTGCTTTTTATTTCACGTAAATATTGCACGCTGTCAAACAAGATGG  644

seq1  GCTTAAAGAGGCTAAGATTTTATCTTTCATAGCTCACTAAGGGACAGCTA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTAAAGAGGCTAAGATTTTATCTTTCATAGCTCACTAAGGGACAGCTA  694

seq1  ATCTATAGCAGAAATAATTTTAAATGTAGCACTGCTGTGTGGAAAATATA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATAGCAGAAATAATTTTAAATGTAGCACTGCTGTGTGGAAAATATA  744

seq1  GACCTCCCACTGGTTGAGATGACATTAGTAGAAAAAAAGATGAAGCTGAA  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTCCCACTGGTTGAGATGACATTAGTAGAAAAAAAGATGAAGCTGAA  794

seq1  AAATGTTACGAAATGTTTATTTTGTCATACAGCTTAAAATATGCTGAGGA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTACGAAATGTTTATTTTGTCATACAGCTTAAAATATGCTGAGGA  844

seq1  GAGAGTAAAAATAGAGAAATGGCTCAGAGATGGTTCTACCAGCTATGGCT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTAAAAATAGAGAAATGGCTCAGAGATGGTTCTACCAGCTATGGCT  894

seq1  CTGTCGGAAATTAGTTTAGAGGCATTATAACATCTTAAATAGACATATGA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCGGAAATTAGTTTAGAGGCATTATAACATCTTAAATAGACATATGA  944

seq1  AATGGTGTAACAACACTAGCACCCAGCCACGTAACGGAACACAGCAACCA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGTAACAACACTAGCACCCAGCCACGTAACGGAACACAGCAACCA  994

seq1  CAGTGTCATTTTGGGATGTATAAATGAGCTATGAAGGTCTTTGGGCAGCC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTCATTTTGGGATGTATAAATGAGCTATGAAGGTCTTTGGGCAGCC  1044

seq1  ACTGGGTTCTCTGTTTCCTGTCTGTTCCTCTGTGCCCTGTTCTATTCCAT  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGTTCTCTGTTTCCTGTCTGTTCCTCTGTGCCCTGTTCTATTCCAT  1094

seq1  TCCAATCCTGCTGTCTGACCACACACTGTGAAGGCTTAAACCTTCAATGA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAATCCTGCTGTCTGACCACACACTGTGAAGGCTTAAACCTTCAATGA  1144

seq1  ATTTTCATTTGCTGATATAATGCACTCTGGTCTATGCAGAAAATATTCCT  1194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCATTTGCTGATATAATGCACTCTGGTCTATGCAGAAAATATTCCT  1194

seq1  CCCGCACCTTACTGCTTCTGTTTGAATTC  1223
      |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGCACCTTACTGCTTCTGTTTGAATTC  1223

seq1: chr6_51332422_51333235
seq2: B6Ng01-249F13.g_66_880

seq1  GAATTCACTGTGCAGTTTACCTGCACTGGGTCGAGACCCCCCACTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGCAGTTTACCTGCACTGGGTCGAGACCCCCCACTTTGCC  50

seq1  TTAGGTGATCTGAAAGTGACTTCCTGTTCAGGGAGTAGCTGTGTGACTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGTGATCTGAAAGTGACTTCCTGTTCAGGGAGTAGCTGTGTGACTCC  100

seq1  GTCTGAAAAGTTTTAGATGTAATGTCACCAGCGGTGACATATGGAGTGGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGAAAAGTTTTAGATGTAATGTCACCAGCGGTGACATATGGAGTGGC  150

seq1  CAAGCAGGAAAGAAAGAAGGAAAGCTATGGCTGCACACGGAATGTGTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAGGAAAGAAAGAAGGAAAGCTATGGCTGCACACGGAATGTGTGCA  200

seq1  CAGTGACAGGCATAGCAGAAGCCGCCACGGCAGACTCTTGCCAAAGACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACAGGCATAGCAGAAGCCGCCACGGCAGACTCTTGCCAAAGACTC  250

seq1  TAGGCCCGGGCTGCACCGAAAGTCTTTTGATGAGATAGAAGACAAAGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGCCCGGGCTGCACCGAAAGTCTTTTGATGAGATAGAAGACAAAGTAT  300

seq1  CAGCGGTCAAAACATACAATTGTTTCCGGGACATATTTGTGTATGTGTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCGGTCAAAACATACAATTGTTTCCGGGACATATTTGTGTATGTGTCT  350

seq1  TTGCATATACCCCAAGTCTCAGCATAGCTCAAGCTATGATTCAAGAGACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCATATACCCCAAGTCTCAGCATAGCTCAAGCTATGATTCAAGAGACT  400

seq1  GGTGATTTGTCATGCTCAAAGCCTTGGTCTGCAATTCCAGCACCACGAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATTTGTCATGCTCAAAGCCTTGGTCTGCAATTCCAGCACCACGAGA  450

seq1  AAAGGCACGCAGGTATCCAATCCCCACGCTCCGGAAGTGGAGGCAGGAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGCACGCAGGTATCCAATCCCCACGCTCCGGAAGTGGAGGCAGGAGG  500

seq1  AGCAGAAGTTCAAGGTCGGGGGGTGGGAAAGTGGGTGCTCCGTGGGTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGTTCAAGGTCGGGGGGTGGGAAAGTGGGTGCTCCGTGGGTAAA  550

seq1  GTGTCTGCCAGGGAGGAATTGAATCCAAACCCCAGAAGCCACCTGAAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTGCCAGGGAGGAATTGAATCCAAACCCCAGAAGCCACCTGAAGCT  600

seq1  CAGAGCAGTAGCACTCATCTGTGGCAGGAGGGGAAGCCAAGAATCAATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCAGTAGCACTCATCTGTGGCAGGAGGGGAAGCCAAGAATCAATCA  650

seq1  GCCAGTCCAGCTCACCCAACAGAAGCCAGCAAAGAGACCCTCTGTGGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGTCCAGCTCACCCAACAGAAGCCAGCAAAGAGACCCTCTGTGGAAC  700

seq1  AAGAAGAATGTAAGGACCAGCATCAATTTCCATCTGTCCTTCAACCTCCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAGAATGTAAGGACCAGCATCAATTTCCATCTGTCCTTCAACCTCCA  750

seq1  CTTGCTGTAAGCATGCTCTC-TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCT  799
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTGTAAGCATGCTCTCTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCCTCT  800

seq1  CTCTCTCTGTTTCTC  814
      |||||||||||||||
seq2  CTCTCTCTGTTTCTC  815