BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250K05
Chromosome6 (Build37)
Map Location 38,437,961 - 38,584,326
singlet/doubletdoublet
Overlap geneD130059P03Rik, 3110054G05Rik, 1110001J03Rik, LOC621228, Luc7l2, Klrg2
Upstream geneAkr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24, Svopl, Atp6v0a4, LOC100039657, D630002J15Rik, D630045J12Rik, LOC665125, Zc3hav1l, Zc3hav1, Rpl30-ps1, Ttc26
Downstream geneLOC665180, Hipk2, Tbxas1, 1700025N23Rik, Parp12, 4930599N23Rik, A630082K20Rik, Slc37a3, Rab19, Mkrn1, ENSMUSG00000068601, Dennd2a, Adck2, Ndufb2, Braf
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250K05.bB6Ng01-250K05.g
ACCGA058130GA058131
length1,0671,183
definitionB6Ng01-250K05.b B6Ng01-250K05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(38,583,254 - 38,584,326)(38,437,961 - 38,439,136)
sequence
gaattcttccgagtgcttgattatcacgagagatgcagtctaaggcgaga
ctctgacttgctggatcccagctggtagatgtcacaggctggatacttct
cagccccgtgtgaccttggaaggagcgagctactatggagagggttgggg
gtgctgttgcttagtctagtcccttgtttctttgggcaggtaccctgaag
gagctgtctagctgttagtgaaggtactgaagaccaggagacacatttaa
agacagggtctcatatatgctagctggtctccaactcactatatagctga
agaatgaccttgaacatccaattctctggcctccacctccaaagcgctag
gattacaggaatgtatcactgtacctggtttgtgtggtcctggagcttcg
atgcatgctgggcaattctctaccaattgttcaggcagctggcgaagcaa
gagggggtcatgaagccgagaaagggaatggtggaccacatgcccttcac
aaagaaaagcatgggaagaactggaaaaataaaaggtgccttggtctgca
ggatcctgcttggataacgatccagtcccacgtggtggatgcgtctccct
gggtcttggcttggattcacattctctcacctccaagggcaacttagggg
tctccgtgtcatactcctcttgtttggattgtgcctcattatcccaggat
tctccacacaggctgcgattgctccttctaagtatctcctcagggaaggg
agaggcatggacttgcccacatctccaatacctggcacatcagtgccttc
tcagtcagtctatctgtacaagtcagaacgtattattcaccaatccctct
ggggagaagacggggtgtttgatcttggtggttgtcttaaaattagcaac
caccaagttgagtgagttggtaggaatttgaacgccctatggagaaggat
ctgaagacaagcctcacccggcccctgtctccatattgtgcaggcagtat
gcacatttaaaaatggtagcacaagtcagtttgactacaccgtaaaggcc
aggaaaaccgttggaat
gaattccatctttagttacagatgaggagaagagggagcagtagagaaat
gaagagttatgtcttggccaagggtctagattagagaagaacagtcctgc
ctgaaaatgtcccatgtgttaggactttaatttgcattacttggcaaagc
cttacaggtggcctaggacagcagataaaaacaggttttgtgccatgtaa
tgtttcacatcctaggcttgcttacttgtcagtcaaacataggctataga
cagagctcagacagagtgtagactttgcatggcagaggtctgtgtttaat
cttaccaccacagaaaagacccaagataataataaaaataaataaataaa
acataacaaaaaaaacaaacaacaaacaagaaaagctatgagcttactat
ctactgtttggaatataaactacatggcaggggtacattagtataggcta
gaatcagtggacaccacaaacaattaaatccccaagaggacaggccatag
gtttattaatttagaacataaaattgcctggacatagtggtactaatctg
taatcccagaactctggagggagaggcagaagaattgcagcaagtttggg
accagtctgtcttctacataactccaggtcactcagggatacatagacct
gctcttacctccaagaaaaaagaacatattgacagtgctaaggagaatct
gtgagccctatcacatttcatctgttctttagccaggaacaagtcttcct
tcactaccaaagtgactatttaaggtacaaaggcagacatatccataaca
taggtagggctcatttgataagtgcttgctctagcatccttgaagccctc
acatcatataaagcagtcatggtagtgcatgactgtaatctcagcactca
gtatgtggagacagtagcatcagaagttcaagctgactcttgacttgatg
gagttggaggttaacttgggataaaaaagacctctgcctccccaaaagag
attaattaaaattagaaacctttgtgctggtgataccttgaatattattg
cccttacctcagtctttacttctctaagatgaagttttaggtaataatgt
gcctgtactgtcaacattgtgcaaggcaattgtgtccatgtctaccccta
cttggccagcagtggagcctaatgtggggtcct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_38583254_38584326
seq2: B6Ng01-250K05.b_42_1108 (reverse)

seq1  ATTCCAACAGTCTCCCTGGCCCTCTACGCTGTAGTCAAACTGACTTGTGC  50
      |||||||| || | ||||| ||| |||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCAACGGTTTTCCTGG-CCTTTACGGTGTAGTCAAACTGACTTGTGC  49

seq1  TTACACTTTTTTAATGTTCCCTACTGCCTGCACAATATGGAAGACAGGGG  100
       |||  ||||| |||| | | ||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  -TACCATTTTTAAATG-TGCATACTGCCTGCACAATATGG-AGACAGGGG  96

seq1  CCGGGTGAGGCTTGTCTTCAGATCCTTCTCCATAGGGCGTTCAAATTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGGTGAGGCTTGTCTTCAGATCCTTCTCCATAGGGCGTTCAAATTCCT  146

seq1  ACCAACTCACTCAACCTTGGTGGTTTGCTAATTTTAAGACAACCACCAAG  200
      |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACTCACTCAA-CTTGGTGG-TTGCTAATTTTAAGACAACCACCAAG  194

seq1  ATCAAACACCCCGTCTTCTCCCCAGAGGGATTGGTGAATAATACGTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACACCCCGTCTTCTCCCCAGAGGGATTGGTGAATAATACGTTCTG  244

seq1  ACTTGTACAGATAGACTGACTGAGAAGGCACTGATGTGCCAGGTATTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTACAGATAGACTGACTGAGAAGGCACTGATGTGCCAGGTATTGGA  294

seq1  GATGTGGGCAAGTCCATGCCTCTCCCTTCCCTGAGGAGATACTTAGAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTGGGCAAGTCCATGCCTCTCCCTTCCCTGAGGAGATACTTAGAAGG  344

seq1  AGCAATCGCAGCCTGTGTGGAGAATCCTGGGATAATGAGGCACAATCCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAATCGCAGCCTGTGTGGAGAATCCTGGGATAATGAGGCACAATCCAA  394

seq1  ACAAGAGGAGTATGACACGGAGACCCCTAAGTTGCCCTTGGAGGTGAGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAGAGGAGTATGACACGGAGACCCCTAAGTTGCCCTTGGAGGTGAGAG  444

seq1  AATGTGAATCCAAGCCAAGACCCAGGGAGACGCATCCACCACGTGGGACT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGAATCCAAGCCAAGACCCAGGGAGACGCATCCACCACGTGGGACT  494

seq1  GGATCGTTATCCAAGCAGGATCCTGCAGACCAAGGCACCTTTTATTTTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCGTTATCCAAGCAGGATCCTGCAGACCAAGGCACCTTTTATTTTTC  544

seq1  CAGTTCTTCCCATGCTTTTCTTTGTGAAGGGCATGTGGTCCACCATTCCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTCCCATGCTTTTCTTTGTGAAGGGCATGTGGTCCACCATTCCC  594

seq1  TTTCTCGGCTTCATGACCCCCTCTTGCTTCGCCAGCTGCCTGAACAATTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCGGCTTCATGACCCCCTCTTGCTTCGCCAGCTGCCTGAACAATTG  644

seq1  GTAGAGAATTGCCCAGCATGCATCGAAGCTCCAGGACCACACAAACCAGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAGAATTGCCCAGCATGCATCGAAGCTCCAGGACCACACAAACCAGG  694

seq1  TACAGTGATACATTCCTGTAATCCTAGCGCTTTGGAGGTGGAGGCCAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGTGATACATTCCTGTAATCCTAGCGCTTTGGAGGTGGAGGCCAGAG  744

seq1  AATTGGATGTTCAAGGTCATTCTTCAGCTATATAGTGAGTTGGAGACCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGGATGTTCAAGGTCATTCTTCAGCTATATAGTGAGTTGGAGACCAG  794

seq1  CTAGCATATATGAGACCCTGTCTTTAAATGTGTCTCCTGGTCTTCAGTAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCATATATGAGACCCTGTCTTTAAATGTGTCTCCTGGTCTTCAGTAC  844

seq1  CTTCACTAACAGCTAGACAGCTCCTTCAGGGTACCTGCCCAAAGAAACAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTAACAGCTAGACAGCTCCTTCAGGGTACCTGCCCAAAGAAACAA  894

seq1  GGGACTAGACTAAGCAACAGCACCCCCAACCCTCTCCATAGTAGCTCGCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACTAGACTAAGCAACAGCACCCCCAACCCTCTCCATAGTAGCTCGCT  944

seq1  CCTTCCAAGGTCACACGGGGCTGAGAAGTATCCAGCCTGTGACATCTACC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCAAGGTCACACGGGGCTGAGAAGTATCCAGCCTGTGACATCTACC  994

seq1  AGCTGGGATCCAGCAAGTCAGAGTCTCGCCTTAGACTGCATCTCTCGTGA  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGGATCCAGCAAGTCAGAGTCTCGCCTTAGACTGCATCTCTCGTGA  1044

seq1  TAATCAAGCACTCGGAAGAATTC  1073
      |||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCAAGCACTCGGAAGAATTC  1067

seq1: chr6_38437961_38439136
seq2: B6Ng01-250K05.g_68_1250

seq1  GAATTCCATCTTTAGTTACAGATGAGGAGAAGAGGGAGCAGTAGAGAAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATCTTTAGTTACAGATGAGGAGAAGAGGGAGCAGTAGAGAAAT  50

seq1  GAAGAGTTATGTCTTGGCCAAGGGTCTAGATTAGAGAAGAACAGTCCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGAGTTATGTCTTGGCCAAGGGTCTAGATTAGAGAAGAACAGTCCTGC  100

seq1  CTGAAAATGTCCCATGTGTTAGGACTTTAATTTGCATTACTTGGCAAAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATGTCCCATGTGTTAGGACTTTAATTTGCATTACTTGGCAAAGC  150

seq1  CTTACAGGTGGCCTAGGACAGCAGATAAAAACAGGTTTTGTGCCATGTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAGGTGGCCTAGGACAGCAGATAAAAACAGGTTTTGTGCCATGTAA  200

seq1  TGTTTCACATCCTAGGCTTGCTTACTTGTCAGTCAAACATAGGCTATAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCACATCCTAGGCTTGCTTACTTGTCAGTCAAACATAGGCTATAGA  250

seq1  CAGAGCTCAGACAGAGTGTAGACTTTGCATGGCAGAGGTCTGTGTTTAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCAGACAGAGTGTAGACTTTGCATGGCAGAGGTCTGTGTTTAAT  300

seq1  CTTACCACCACAGAAAAGACCCAAGATAATAATAAAAATAAATAAATAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCACCACAGAAAAGACCCAAGATAATAATAAAAATAAATAAATAAA  350

seq1  ACATAACAAAAAAAACAAACAACAAACAAGAAAAGCTATGAGCTTACTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAACAAAAAAAACAAACAACAAACAAGAAAAGCTATGAGCTTACTAT  400

seq1  CTACTGTTTGGAATATAAACTACATGGCAGGGGTACATTAGTATAGGCTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGTTTGGAATATAAACTACATGGCAGGGGTACATTAGTATAGGCTA  450

seq1  GAATCAGTGGACACCACAAACAATTAAATCCCCAAGAGGACAGGCCATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCAGTGGACACCACAAACAATTAAATCCCCAAGAGGACAGGCCATAG  500

seq1  GTTTATTAATTTAGAACATAAAATTGCCTGGACATAGTGGTACTAATCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTATTAATTTAGAACATAAAATTGCCTGGACATAGTGGTACTAATCTG  550

seq1  TAATCCCAGAACTCTGGAGGGAGAGGCAGAAGAATTGCAGCAAGTTTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATCCCAGAACTCTGGAGGGAGAGGCAGAAGAATTGCAGCAAGTTTGGG  600

seq1  ACCAGTCTGTCTTCTACATAACTCCAGGTCACTCAGGGATACATAGACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTCTGTCTTCTACATAACTCCAGGTCACTCAGGGATACATAGACCT  650

seq1  GCTCTTACCTCCAAGAAAAAAGAACATATTGACAGTGCTAAGGAGAATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTACCTCCAAGAAAAAAGAACATATTGACAGTGCTAAGGAGAATCT  700

seq1  GTGAGCCCTATCACATTTCATCTGTTCTTTAGCCAGGAACAAGTCTTCCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGCCCTATCACATTTCATCTGTTCTTTAGCCAGGAACAAGTCTTCCT  750

seq1  TCACTACCAAAGTGACTATTTAAGGTACAAAGGCAGACATATCCATAACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTACCAAAGTGACTATTTAAGGTACAAAGGCAGACATATCCATAACA  800

seq1  TAGGTAGGGCTCATTTGATAAGTGCTTGCTCTAGCATCCTTGAAGCCCTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTAGGGCTCATTTGATAAGTGCTTGCTCTAGCATCCTTGAAGCCCTC  850

seq1  ACATCATATAAAGCAGTCATGGTAGTGCATGACTGTAATCTCAGCACTCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATCATATAAAGCAGTCATGGTAGTGCATGACTGTAATCTCAGCACTCA  900

seq1  GTATGTGGAGACAGTAGCATCAGAAGTTCAAGCTGACTCTTGACTTGATG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGGAGACAGTAGCATCAGAAGTTCAAGCTGACTCTTGACTTGATG  950

seq1  GAGTTGGAGGTTAACTTGGGATAAAAAAGA-CTCTGCCTCCCCCAAAAGA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||
seq2  GAGTTGGAGGTTAACTTGGGATAAAAAAGACCTCTGCCT-CCCCAAAAGA  999

seq1  GA-TAATTAAAA-TAGAAA-CTTTGTGCTGGTGATACCTTTGATATTATT  1046
      || ||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||  ||||||||
seq2  GATTAATTAAAATTAGAAACCTTTGTGCTGGTGATACCTTGAATATTATT  1049

seq1  GCCCCTACCTCAGTCCTTTAC-TCTCTAAAGATGAAGTTTTA-GTAATAG  1094
      |||| ||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||| |||||| 
seq2  GCCCTTACCTCAGT-CTTTACTTCTCT-AAGATGAAGTTTTAGGTAATAA  1097

seq1  TGTGCTTGGACTGTCAACA-TGTGCAA-GCA--TGTGTCCATGTCTACCC  1140
      ||||| || |||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||||||
seq2  TGTGCCTGTACTGTCAACATTGTGCAAGGCAATTGTGTCCATGTCTACCC  1147

seq1  CTCATCTGAGCAAGCAGTGGAGCCTAA--TGGGGTCCT  1176
      ||   ||  || |||||||||||||||  |||||||||
seq2  CT--ACTTGGCCAGCAGTGGAGCCTAATGTGGGGTCCT  1183