BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252M07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,766,496 - 80,913,352
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043392, Lrrtm4, LOC100043390
Downstream geneLOC100042991, LOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252M07.bB6Ng01-252M07.g
ACCGA059677GA059678
length1,0941,063
definitionB6Ng01-252M07.b B6Ng01-252M07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,912,261 - 80,913,352)(80,766,496 - 80,767,562)
sequence
gaattcatccacacagaagtggcacctctatcaataattattatgcctct
tggttccaattttagtaacattgataataaaaaaggaatagtaacatatt
tttattgcttttaactcattggagtacacagacttttaatgactataatt
ttaacaagtgtgatgctgttgacctctggaagactctcacaaagcaaatg
agtgttgggagtcagaattttagtgataagagttgaaataaaatttaaag
gccatataggaagtctcaaaataatttctgatgttctaagattttttttt
aaatttctaaagaatgaaaaaggcaaagtagaaagaaaatacatgttaag
agaattctcatgttcatgtgcacacacttttgaggggattctcagttttc
accttaatgtagaaattaaagcatttaatggcttccaagagaataaagaa
ttaatctccccttgggacaatctccaatattgcttgtcagactcagtgaa
accctatatatacaagagataaaaatgggcacagcaagagtatttgaata
tttgtacatatatccatatatatatatatatatatatatatatatatata
tatatatataacaataacaatcaaataaaggaggctatcaacttgagggt
gagtggcatgggaaagtttggagttagaaaaggggggtgagaagtaatcg
agttctatttcacttaaaaatatgttaaaacaaaaaaatgtcatttttca
ttcaactcttgttaaccacatcgactgggtatcaataataaatcaatgaa
atcacaatgattattgttacgattgctctaattaaacaccaagacccaaa
acaacatggataggaaaagatttatttagcttatgcttctacatgagtat
ttgtcattgactaaatcccagacaggaactcaagcagggtgggaacctgg
aggcaggagttgaattagagccaaagaggagttgctgcttattaacctgc
ttctcatctgttgctaaaccttgcatccttacaaataagagacaacctgc
ctgcttccccaaatgtctgctgccatctgacatgctaaatgaga

gaattctgtgcagatcaaacaagttcttaaattattattatttttaaacc
aggagtcagatgaggactattctccgggaagaaaaatattcacattatca
gaattcttgagttcacttgtatccctttcaggaggattctgatttgattt
tagatagtaaagtgaaatcctcctcagctaaccctgagataaaaattaat
caagcaagcgtgccagtcacctctgaccgccctaacaaagtgtttaatcc
tgaaaagcacacatgtattctgccgttgccaggcaatcgaaggtcaaggt
tcctgaatcctggtttctgatgctagctttcctcctgattgctgacaggt
acctgctcttagagtccccactgtgaaggcaaaaggaagagacagagctc
atgccttctctcagcaatcctgttgaatcatatctccacccccagaaaat
cattaaacctttactgcctccttagagttcctgtctccgcataaaactac
attggagtgaaaaatccttaatacagagattttaaaacacaattcaacct
catagggagcagtaaagcaaaaacatataaacaaacaagcaaagagcttc
ggtacctattagaaaagtgcttcttaacctgtgggtcatgaccagtttgc
gtaatcaagcgaccctttcccaggggtcagatatcagatgttctgtctat
cagttatttatattattaacagtagcaaaattacagttatgaagtatcag
tgaaataatgttatttggagaggtcaccacagcatgaggaactgtattag
cgggttataggataaggaaagttaagaacctctgcattagagcaatccat
atgatttttcaaaacagaaatataacagaagtgtattgtagaagagattg
tctggaataaagacattctccttggaattctgagaataatctgaatgtat
gtataaggaaaagtacactgtttattttctgacttagttgtatgttgata
ctaaataagtcatactgaaataatcagctatgcttctaaaggaacttcat
tttaaatgtattg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80912261_80913352
seq2: B6Ng01-252M07.b_44_1137 (reverse)

seq1  TCTCATTTAGCA-GTCCAAGATGGCAGCAAGCATCTGGGGATGCAGGCAG  49
      |||||||||||| |||  |||||||||||  ||| |||||| ||||||||
seq2  TCTCATTTAGCATGTC--AGATGGCAGCAGACATTTGGGGAAGCAGGCAG  48

seq1  GTTGTC-CT--ATTGTAAGGATGC-AGGTTTAGCAACAGATGAGAAGCAG  95
      |||||| ||   |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCTCTTATTTGTAAGGATGCAAGGTTTAGCAACAGATGAGAAGCAG  98

seq1  GTTAATAAGCAGCAACTCCTCTTTGGCCTCTAATTCACCTCCTGCCTCCA  145
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||
seq2  GTTAATAAGCAGCAACTCCTCTTTGG-CTCTAATTCAACTCCTGCCTCCA  147

seq1  GGTTCCCACCCTGCTTGAGTTCCTGTCTGGGATTTAGTCAATGACAAATA  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCCCACCCTGCTTGAGTTCCTGTCTGGGATTTAGTCAATGACAAATA  197

seq1  CTCATGTAGAAGCATAAGCTAAATAAATCTTTTCCTATCCATGTTGTTTT  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGTAGAAGCATAAGCTAAATAAATCTTTTCCTATCCATGTTGTTTT  247

seq1  GGGTCTTGGTGTTTAATTAGAGCAATCGTAACAATAATCATTGTGATTTC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCTTGGTGTTTAATTAGAGCAATCGTAACAATAATCATTGTGATTTC  297

seq1  ATTGATTTATTATTGATACCCAGTCGATGTGGTTAACAAGAGTTGAATGA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATTTATTATTGATACCCAGTCGATGTGGTTAACAAGAGTTGAATGA  347

seq1  AAAATGACATTTTTTTGTTTTAACATATTTTTAAGTGAAATAGAACTCGA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGACATTTTTTTGTTTTAACATATTTTTAAGTGAAATAGAACTCGA  397

seq1  TTACTTCTCACCCCCCTTTTCTAACTCCAAACTTTCCCATGCCACTCACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTCACCCCCCTTTTCTAACTCCAAACTTTCCCATGCCACTCACC  447

seq1  CTCAAGTTGATAGCCTCCTTTATTTGATTGTTATTGTTATATATATATAT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTGATAGCCTCCTTTATTTGATTGTTATTGTTATATATATATAT  497

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATGGATATATGTACAAATAT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATGGATATATGTACAAATAT  547

seq1  TCAAATACTCTTGCTGTGCCCATTTTTATCTCTTGTATATATAGGGTTTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAATACTCTTGCTGTGCCCATTTTTATCTCTTGTATATATAGGGTTTC  597

seq1  ACTGAGTCTGACAAGCAATATTGGAGATTGTCCCAAGGGGAGATTAATTC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGTCTGACAAGCAATATTGGAGATTGTCCCAAGGGGAGATTAATTC  647

seq1  TTTATTCTCTTGGAAGCCATTAAATGCTTTAATTTCTACATTAAGGTGAA  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCTCTTGGAAGCCATTAAATGCTTTAATTTCTACATTAAGGTGAA  697

seq1  AACTGAGAATCCCCTCAAAAGTGTGTGCACATGAACATGAGAATTCTCTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAGAATCCCCTCAAAAGTGTGTGCACATGAACATGAGAATTCTCTT  747

seq1  AACATGTATTTTCTTTCTACTTTGCCTTTTTCATTCTTTAGAAATTTAAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGTATTTTCTTTCTACTTTGCCTTTTTCATTCTTTAGAAATTTAAA  797

seq1  AAAAAATCTTAGAACATCAGAAATTATTTTGAGACTTCCTATATGGCCTT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTTAGAACATCAGAAATTATTTTGAGACTTCCTATATGGCCTT  847

seq1  TAAATTTTATTTCAACTCTTATCACTAAAATTCTGACTCCCAACACTCAT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTTATTTCAACTCTTATCACTAAAATTCTGACTCCCAACACTCAT  897

seq1  TTGCTTTGTGAGAGTCTTCCAGAGGTCAACAGCATCACACTTGTTAAAAT  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTTGTGAGAGTCTTCCAGAGGTCAACAGCATCACACTTGTTAAAAT  947

seq1  TATAGTCATTAAAAGTCTGTGTACTCCAATGAGTTAAAAGCAATAAAAAT  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTCATTAAAAGTCTGTGTACTCCAATGAGTTAAAAGCAATAAAAAT  997

seq1  ATGTTACTATTCCTTTTTTATTATCAATGTTACTAAAATTGGAACCAAGA  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACTATTCCTTTTTTATTATCAATGTTACTAAAATTGGAACCAAGA  1047

seq1  GGCATAATAATTATTGATAGAGGTGCCACTTCTGTGTGGATGAATTC  1092
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATAATAATTATTGATAGAGGTGCCACTTCTGTGTGGATGAATTC  1094


seq1: chr6_80766496_80767562
seq2: B6Ng01-252M07.g_69_1131

seq1  GAATTCTGTGCAGATCAAACAAGTTCTTAAATTATTATTATTTTTAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGCAGATCAAACAAGTTCTTAAATTATTATTATTTTTAAACC  50

seq1  AGGAGTCAGATGAGGACTATTCTCCGGGAAGAAAAATATTCACATTATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTCAGATGAGGACTATTCTCCGGGAAGAAAAATATTCACATTATCA  100

seq1  GAATTCTTGAGTTCACTTGTATCCCTTTCAGGAGGATTCTGATTTGATTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTGAGTTCACTTGTATCCCTTTCAGGAGGATTCTGATTTGATTT  150

seq1  TAGATAGTAAAGTGAAATCCTCCTCAGCTAACCCTGAGATAAAAATTAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATAGTAAAGTGAAATCCTCCTCAGCTAACCCTGAGATAAAAATTAAT  200

seq1  CAAGCAAGCGTGCCAGTCACCTCTGACCGCCCTAACAAAGTGTTTAATCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAGCGTGCCAGTCACCTCTGACCGCCCTAACAAAGTGTTTAATCC  250

seq1  TGAAAAGCACACATGTATTCTGCCGTTGCCAGGCAATCGAAGGTCAAGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAAGCACACATGTATTCTGCCGTTGCCAGGCAATCGAAGGTCAAGGT  300

seq1  TCCTGAATCCTGGTTTCTGATGCTAGCTTTCCTCCTGATTGCTGACAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGAATCCTGGTTTCTGATGCTAGCTTTCCTCCTGATTGCTGACAGGT  350

seq1  ACCTGCTCTTAGAGTCCCCACTGTGAAGGCAAAAGGAAGAGACAGAGCTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCTCTTAGAGTCCCCACTGTGAAGGCAAAAGGAAGAGACAGAGCTC  400

seq1  ATGCCTTCTCTCAGCAATCCTGTTGAATCATATCTCCACCCCCAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTTCTCTCAGCAATCCTGTTGAATCATATCTCCACCCCCAGAAAAT  450

seq1  CATTAAACCTTTACTGCCTCCTTAGAGTTCCTGTCTCCGCATAAAACTAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAAACCTTTACTGCCTCCTTAGAGTTCCTGTCTCCGCATAAAACTAC  500

seq1  ATTGGAGTGAAAAATCCTTAATACAGAGATTTTAAAACACAATTCAACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGGAGTGAAAAATCCTTAATACAGAGATTTTAAAACACAATTCAACCT  550

seq1  CATAGGGAGCAGTAAAGCAAAAACATATAAACAAACAAGCAAAGAGCTTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGGGAGCAGTAAAGCAAAAACATATAAACAAACAAGCAAAGAGCTTC  600

seq1  GGTACCTATTAGAAAAGTGCTTCTTAACCTGTGGGTCATGACCAGTTTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCTATTAGAAAAGTGCTTCTTAACCTGTGGGTCATGACCAGTTTGC  650

seq1  GTAATCAAGCGACCCTTTCCCAGGGGTCAGATATCAGATGTTCTGTCTAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATCAAGCGACCCTTTCCCAGGGGTCAGATATCAGATGTTCTGTCTAT  700

seq1  CAGTTATTTATATTATTAACAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTATCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTATTTATATTATTAACAGTAGCAAAATTACAGTTATGAAGTATCAG  750

seq1  TGAAATAATGTTATTTGGAGAGGTCACCACAGCATGAGGAACTGTATTAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATAATGTTATTTGGAGAGGTCACCACAGCATGAGGAACTGTATTAG  800

seq1  CGGGTTATAGGATAAGGAAAGTTAAGAACCTCTGCATTAGAGCAATCCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGTTATAGGATAAGGAAAGTTAAGAACCTCTGCATTAGAGCAATCCAT  850

seq1  ATGATTTTTCAAAACAGAAATATAACAGAAGTGTATTGTAGAAGAGATTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATTTTTCAAAACAGAAATATAACAGAAGTGTATTGTAGAAGAGATTG  900

seq1  TCTGGAATAAAGACATTCTCCTTGGAATTCTGAG-ATAATCTGAATGTAT  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCTGGAATAAAGACATTCTCCTTGGAATTCTGAGAATAATCTGAATGTAT  950

seq1  GTATAAGGAAAAGTACACTGTTTATTTTCTGACTTAGTTGTATG-TGATA  998
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTATAAGGAAAAGTACACTGTTTATTTTCTGACTTAGTTGTATGTTGATA  1000

seq1  CTAAATAAGGTCATACTGGAAATAAATCAGCTATGCTTTCTAAAGAACTT  1048
      |||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| |||||||| |  |
seq2  CTAAATAA-GTCATACT-GAAAT-AATCAGCTATGC-TTCTAAAGGAACT  1046

seq1  TCATTTTTAAAATGTATTG  1067
      |||||||  ||||||||||
seq2  TCATTTT--AAATGTATTG  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |