BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253A23
Chromosome6 (Build37)
Map Location 32,463,560 - 32,647,084
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna4
Upstream genePodxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik
Downstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401, Exoc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253A23.bB6Ng01-253A23.g
ACCGA059894GA059895
length1,1181,080
definitionB6Ng01-253A23.b B6Ng01-253A23.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,463,560 - 32,464,669)(32,646,003 - 32,647,084)
sequence
gaattctcaatagagtaaagcctccataagattcgcttgtgagcacatca
gtagtgcattatcttggttgatgattgataagggagggcctaccaccact
tctaggctagtggtcctgggtgctacacaaagccatctgagcaagccata
agagcaagccgcctccatggcctctgaattagctcttgtttccaccctgg
cttcccttagtgatggactatgatatggaactgtgtgtttgaataaaccc
ctttctctccaacttacctctgattgtggcatttatctcagtaatagaaa
ctctaactaagacacggtctgagactcggttcccactttacagaccctga
gggagctccagattcagagccaaaagaagattccagagttcaccttgtcc
cttctgtctctagactggaagaaacaacagaactggagatgggtcacagg
aaagcaggatgccaacatagctgacaccggggacagtgtggcaggactgt
ctggctgatgctgacattgtgtgccctccgggacatgtgtggtctgagct
gagcccaaatgaattgtaaccagagagcctgagcaaaggaacgtgggtat
caagcaaatcaaaggaaaccgatactgtgcattagaagctggcctggcct
cctttagcctggctgggagacagccctagccctgtgcgctttctggcctc
cccctccctattctcagctctgaactctcctctaacttgaaagagctaat
taaagccaaaagaaaaaaaaatcaaaagcttgttatctggctccattact
cccagtcctggcattggtctgcctcgccaagctgtactccctctgtttgc
tccaaggataccgtgcagtgttaggacctactgctctgtaggcctctgtg
gtgaacttggcttttgtattacggcagaagtgagaacaggatagatacca
gtcaaatggacccctacagatgctgttgcttcccaaagccaagcccagaa
caatttttctagtaagttttctaaagaaaaactgtcagagaaaactttcc
aacccctctgatcctcaaagaacttatccttgtttggtgataataactaa
ccatgcaaatcttcaggc

gaattcatagagacaagatgcagagtagtggtttccagaggctggagaga
tggaaatgggaagctgggtctgggtacagagttagctgtgcatggtgcca
agagtctaaaagtagcaatgctagctatacaataccaagttgatacattt
tacattatgtacatttgctatagtagaaaaacaaggctttcatcttctag
tttgaatctgcagtgtgagtggcccaagctttgattaaacaggttgcgct
gtctgacttactatctctgtgcactaggctcccacttctcacccaaagag
aaaagtttagtgccgtgtgaagattcagactagaagaatttcattcaatg
gatagcaagcacaccctgaacactaagtacacagcattggcgtaactgag
taccaagcacttgggtgactaggtattcatctcggagtaaaaagacaaag
acaagcagggtttctgagttaatccagtgtgttggatttccacttcttag
aacattaagtgggtggccacatgaggaggacagggtgtgacctccagctg
tatttgcaaacacaagacagatggaaggcacacactgatgtggttcaggc
cgtgggacatcgaggtacatcttcacctaacccctgggataccctatgga
tatcatagcctggattgagctagctagggctagggctagggatgggattg
gggttggaactggggctatgagctgctcattcccagctttagccttttct
tcctgtctccatcctccactcctttcccatattaaaggctcattttgtct
cctgcacttccctgttcccttccgcaccccactcagcccaagtgcttata
atttattcacagtgcacatctcgagcctgctgctctcagtcactgatgcc
atccatattctgtcttgcattatttaactctgggaaaatgttctggcccc
aaaataagaagggagagactcatagtctaggccacatatattttctagtc
tttgaacttcagaagagcttcacacacctatatgcaaatttcttcttttt
tagacagtggccacgtgaaggtagagcatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_32463560_32464669
seq2: B6Ng01-253A23.b_45_1162

seq1  GAATTCTCAATAGAGTAAAGCCTCCATAAGATTCGCTTGTGAGCACATCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAATAGAGTAAAGCCTCCATAAGATTCGCTTGTGAGCACATCA  50

seq1  GTAGTGCATTATCTTGGTTGATGATTGATAAGGGAGGGCCTACCACCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTGCATTATCTTGGTTGATGATTGATAAGGGAGGGCCTACCACCACT  100

seq1  TCTAGGCTAGTGGTCCTGGGTGCTACACAAAGCCATCTGAGCAAGCCATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGGCTAGTGGTCCTGGGTGCTACACAAAGCCATCTGAGCAAGCCATA  150

seq1  AGAGCAAGCCGCCTCCATGGCCTCTGAATTAGCTCTTGTTTCCACCCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCAAGCCGCCTCCATGGCCTCTGAATTAGCTCTTGTTTCCACCCTGG  200

seq1  CTTCCCTTAGTGATGGACTATGATATGGAACTGTGTGTTTGAATAAACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCTTAGTGATGGACTATGATATGGAACTGTGTGTTTGAATAAACCC  250

seq1  CTTTCTCTCCAACTTACCTCTGATTGTGGCATTTATCTCAGTAATAGAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTCTCCAACTTACCTCTGATTGTGGCATTTATCTCAGTAATAGAAA  300

seq1  CTCTAACTAAGACACGGTCTGAGACTCGGTTCCCACTTTACAGACCCTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTAACTAAGACACGGTCTGAGACTCGGTTCCCACTTTACAGACCCTGA  350

seq1  GGGAGCTCCAGATTCAGAGCCAAAAGAAGATTCCAGAGTTCACCTTGTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGCTCCAGATTCAGAGCCAAAAGAAGATTCCAGAGTTCACCTTGTCC  400

seq1  CTTCTGTCTCTAGACTGGAAGAAACAACAGAACTGGAGATGGGTCACAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGTCTCTAGACTGGAAGAAACAACAGAACTGGAGATGGGTCACAGG  450

seq1  AAAGCAGGATGCCAACATAGCTGACACCGGGGACAGTGTGGCAGGACTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCAGGATGCCAACATAGCTGACACCGGGGACAGTGTGGCAGGACTGT  500

seq1  CTGGCTGATGCTGACATTGTGTGCCCTCCGGGACATGTGTGGTCTGAGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGATGCTGACATTGTGTGCCCTCCGGGACATGTGTGGTCTGAGCT  550

seq1  GAGCCCAAATGAATTGTAACCAGAGAGCCTGAGCAAAGGAACGTGGGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAAATGAATTGTAACCAGAGAGCCTGAGCAAAGGAACGTGGGTAT  600

seq1  CAAGCAAATCAAAGGAAACCGATACTGTGCATTAGAAGCTGGCCTGGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCAAATCAAAGGAAACCGATACTGTGCATTAGAAGCTGGCCTGGCCT  650

seq1  CCTTTAGCCTGGCTGGGAGACAGCCCTAGCCCTGTGCGCTTTCTGGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTAGCCTGGCTGGGAGACAGCCCTAGCCCTGTGCGCTTTCTGGCCTC  700

seq1  CCCCTCCCTATTCTCAGCTCTGAACTCTCCTCTAACTTGAAAGAGCTAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCTCCCTATTCTCAGCTCTGAACTCTCCTCTAACTTGAAAGAGCTAAT  750

seq1  TAAAGCCAAAAGAAAAAAAAATCAAAAGCTTGTTATCTGGCTCCATTACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCCAAAAGAAAAAAAAATCAAAAGCTTGTTATCTGGCTCCATTACT  800

seq1  CCCAGTCCTGGCATTGGTCTGCCTCGCCAAGCTGTACTCCCTCTGTTTGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGTCCTGGCATTGGTCTGCCTCGCCAAGCTGTACTCCCTCTGTTTGC  850

seq1  TCCAAGGATACCGTGCAGTGTTAGGACCTACTGCTCTGTAGGCCTCTGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGGATACCGTGCAGTGTTAGGACCTACTGCTCTGTAGGCCTCTGTG  900

seq1  GTGAACTTGGCTTTTGTATTACGGCAGAAGTGAGAACAGGATAGATACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACTTGGCTTTTGTATTACGGCAGAAGTGAGAACAGGATAGATACCA  950

seq1  GTCAAATGGACCCCTACAGATGCTGTTGCTTCCCAAAGCCAAGCCCAGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAATGGACCCCTACAGATGCTGTTGCTTCCCAAAGCCAAGCCCAGAA  1000

seq1  CAA-TTTTCTAGTAAGTTTTCTAAAG-AAAACTGTCAGAGAAAACTTCCC  1048
      ||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||
seq2  CAATTTTTCTAGTAAGTTTTCTAAAGAAAAACTGTCAGAGAAAACTTTCC  1050

seq1  AAACCCTCTGATCTCAAAAGAAC-TATC--TGTTTGGTGATTAT-ACT-A  1093
      || ||||||||||   ||||||| ||||  ||||||||||| || ||| |
seq2  AACCCCTCTGATCCTCAAAGAACTTATCCTTGTTTGGTGATAATAACTAA  1100

seq1  CCATGC-AATCTTCAGGC  1110
      |||||| |||||||||||
seq2  CCATGCAAATCTTCAGGC  1118


seq1: chr6_32646003_32647084
seq2: B6Ng01-253A23.g_67_1146 (reverse)

seq1  GATGCTCCTACTTCACGTGGGCCACTGTTCTAAAAAAAGAAAGAAATTTT  50
      |||||||   |||||||| |||||||| |||||||||   ||||||||| 
seq2  GATGCTCTACCTTCACGT-GGCCACTG-TCTAAAAAA--GAAGAAATTT-  45

seq1  GGAATAATGGT-TGTGAAGCTC-TCTGAAGTTTCAAAGACTTAGAAATAT  98
       | |||  ||| |||||||||| ||||||| ||||||||||   ||||||
seq2  -GCATATAGGTGTGTGAAGCTCTTCTGAAG-TTCAAAGACTAGAAAATAT  93

seq1  ATGTGGCCTAGACTAATGAGTCTCTCCCTCTTTATTTTTGGGGCCAGAAC  148
      |||||||||||||| ||||||||||||||  ||| |||||||||||||||
seq2  ATGTGGCCTAGACT-ATGAGTCTCTCCCTTCTTA-TTTTGGGGCCAGAAC  141

seq1  ATTTT-CCAGAGTTAAATAATGCAAGACAGAATATGGATGGCATCAGTGA  197
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCCCAGAGTTAAATAATGCAAGACAGAATATGGATGGCATCAGTGA  191

seq1  CTGAGAGCAGCAGGCTCGAGATGTGCACTGTGAATAAATTAT-AGCACTT  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTGAGAGCAGCAGGCTCGAGATGTGCACTGTGAATAAATTATAAGCACTT  241

seq1  GGGCTGAGTGGGGTGCGGAAGGGAACAGGGAAGTGCAGGAGAC-AAATGA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGGCTGAGTGGGGTGCGGAAGGGAACAGGGAAGTGCAGGAGACAAAATGA  291

seq1  GCCTTTAATATGGG-AAGGAGTGGAGGATGGAGACAGGAAGAAAAGGCT-  343
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GCCTTTAATATGGGAAAGGAGTGGAGGATGGAGACAGGAAGAAAAGGCTA  341

seq1  AAGCTGGGAATGAGCAGCTCATAGCCCCAGTTCCAACCCCAATCCCATCC  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGAATGAGCAGCTCATAGCCCCAGTTCCAACCCCAATCCCATCC  391

seq1  CTAGCCCTAGCCCTAGCTAGCTCAATCCAGGCTATGATATCCATAGGGTA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCCCTAGCCCTAGCTAGCTCAATCCAGGCTATGATATCCATAGGGTA  441

seq1  TCCCAGGGGTTAGGTGAAGATGTACCTCGATGTCCCACGGCCTGAACCAC  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAGGGGTTAGGTGAAGATGTACCTCGATGTCCCACGGCCTGAACCAC  491

seq1  ATCAGTGTGTGCCTTCCATCTGTCTTGTGTTTGCAAATACAGCTGGAGGT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGTGTGTGCCTTCCATCTGTCTTGTGTTTGCAAATACAGCTGGAGGT  541

seq1  CACACCCTGTCCTCCTCATGTGGCCACCCACTTAATGTTCTAAGAAGTGG  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACCCTGTCCTCCTCATGTGGCCACCCACTTAATGTTCTAAGAAGTGG  591

seq1  AAATCCAACACACTGGATTAACTCAGAAACCCTGCTTGTCTTTGTCTTTT  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCCAACACACTGGATTAACTCAGAAACCCTGCTTGTCTTTGTCTTTT  641

seq1  TACTCCGAGATGAATACCTAGTCACCCAAGTGCTTGGTACTCAGTTACGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCGAGATGAATACCTAGTCACCCAAGTGCTTGGTACTCAGTTACGC  691

seq1  CAATGCTGTGTACTTAGTGTTCAGGGTGTGCTTGCTATCCATTGAATGAA  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGCTGTGTACTTAGTGTTCAGGGTGTGCTTGCTATCCATTGAATGAA  741

seq1  ATTCTTCTAGTCTGAATCTTCACACGGCACTAAACTTTTCTCTTTGGGTG  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTCTAGTCTGAATCTTCACACGGCACTAAACTTTTCTCTTTGGGTG  791

seq1  AGAAGTGGGAGCCTAGTGCACAGAGATAGTAAGTCAGACAGCGCAACCTG  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTGGGAGCCTAGTGCACAGAGATAGTAAGTCAGACAGCGCAACCTG  841

seq1  TTTAATCAAAGCTTGGGCCACTCACACTGCAGATTCAAACTAGAAGATGA  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCAAAGCTTGGGCCACTCACACTGCAGATTCAAACTAGAAGATGA  891

seq1  AAGCCTTGTTTTTCTACTATAGCAAATGTACATAATGTAAAATGTATCAA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCTTGTTTTTCTACTATAGCAAATGTACATAATGTAAAATGTATCAA  941

seq1  CTTGGTATTGTATAGCTAGCATTGCTACTTTTAGACTCTTGGCACCATGC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGTATTGTATAGCTAGCATTGCTACTTTTAGACTCTTGGCACCATGC  991

seq1  ACAGCTAACTCTGTACCCAGACCCAGCTTCCCATTTCCATCTCTCCAGCC  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTAACTCTGTACCCAGACCCAGCTTCCCATTTCCATCTCTCCAGCC  1041

seq1  TCTGGAAACCACTACTCTGCATCTTGTCTCTATGAATTC  1082
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAAACCACTACTCTGCATCTTGTCTCTATGAATTC  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |