BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-253F24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 32,082,232 - 32,208,229
singlet/doubletdoublet
Overlap genePlxna4
Upstream geneLOC100038973, AB041803, Mkln1, Podxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik
Downstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401, Exoc4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-253F24.bB6Ng01-253F24.g
ACCGA060126GA060127
length6751,153
definitionB6Ng01-253F24.b B6Ng01-253F24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(32,082,232 - 32,082,903)(32,207,076 - 32,208,229)
sequence
gaattcacagagaccatcacagcatgtacaagacttgtacaagctaaagc
tagacaaaacttccactgtgaaagagaagtgatagatgcctggagaggga
aaaccagcattttccaatggagtgacactagatatattaagtaaactcca
aggaaggcctcatgctttgccagcaccaagtctatctccatgtgtttagt
gttttttccttttctgttattgttgttgttgttttcgggggggggtgcag
agtggttttatgagacagcttctcactgtgtagcctagaacacactgtat
agaccagactggccttgaactcacagatatccaccttcctctgcctccca
agttatgatatagagggataaggctaatgaggctcatgtaacccacaata
ctcatgaggttatctaaaggttagaggggatttttctaagggtgtagctg
tctgcaagctgttcagggaactgcagtgacacagtttttgtgagtcatag
acccgttctgggattcttagtggtgccactgtgcagttcacccctgatct
atctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctat
ctatctatatctattagggattttcttcatttacattttccaatgctatc
ccagaagtcccttcatactctccct
gaattcaaccgtaggtgacagagggacttccagggactctgtgaattcct
ttcatgaccccaagtcagaagaaacaaacctagaaatgtagccagaggcc
acaaaggaacgaaatgcctaagaagagactgtgaaagttctccaagaccc
cggcactgagatgcatgtgcactgctgagctaactcgctcctagaaggaa
agactttcctcagccccacttccctcacatgggaacaggagacaggagga
cagcatgaaggatggctccaagtgccacatctgtgcagtctgacagctcc
ccaggagcttcttcgagtttcttaatgggtcttcttgcctctcttttcct
ttctttcttttcctttttttgtgtgtgtgtgacaattttgaaggaaattg
ggtacttaggaagccttttggacatttaaattaactccagccatcaggct
cagtgtagccactgtggcattagcatccaattataagagtagagatggag
taataactcacacttcgaccaggatgtcaaatgcttaaacaaatgagaga
tgcacacagagactgtgcacagtagagaaggagggcttctgcatcggagt
ctgcagagtagcaggcgccctttggaacgagagctgcagcagacaaagta
gagcccgactgccagtgaaaagcatcatacaaagggggaaactggcaggg
attgaccatcaccacgagccaaaccttgtgaaaccataccaattcctcca
gtgggacaacttctaagaatggagtaagcttggccaactcagaaacttag
gaaaaccaagggccaggtgttgagagctgggatgggtcctctgctttgtt
ctgtcactcatcagcttctagcctaggctactgttgtattaaatcggtgg
gctctggtcatgagactagtgtggtaaggaaggtgacagtgacagcaatg
atgatgctgatgaggatgacgatatgattctaatgatcaaagtaagggat
gggacagagctcagtcagggaagttcttggcttgcaaacatgagactgca
ttgaatgctatccatgtgagaacatccagtcactgtagaatcctgggaca
ggctagccagctcagctatctctgtgagaaccagcatggagagacacatt
ctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_32082232_32082903
seq2: B6Ng01-253F24.b_45_718

seq1  GAATTCACAGAGACCATCACAGCATGTACAAGACTTGTACAAGCTAAAGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGAGACCATCACAGCATGTACAAGACTTGTACAAGCTAAAGC  50

seq1  TAGACAAAACTTCCACTGTGAAAGAGAAGTGATAGATGCCTGGAGAGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAAAACTTCCACTGTGAAAGAGAAGTGATAGATGCCTGGAGAGGGA  100

seq1  AAACCAGCATTTTCCAATGGAGTGACACTAGATATATTAAGTAAACTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAGCATTTTCCAATGGAGTGACACTAGATATATTAAGTAAACTCCA  150

seq1  AGGAAGGCCTCATGCTTTGCCAGCACCAAGTCTATCTCCATGTGTTTAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGGCCTCATGCTTTGCCAGCACCAAGTCTATCTCCATGTGTTTAGT  200

seq1  GTTTTTTCCTTTTCTGTTATTGTTGTTGTTGTTTTCGGGGGGGGGTGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTTCCTTTTCTGTTATTGTTGTTGTTGTTTTCGGGGGGGGGTGCAG  250

seq1  AGTGGTTTTATGAGACAGCTTCTCACTGTGTAGCCTAGAACACACTGTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGTTTTATGAGACAGCTTCTCACTGTGTAGCCTAGAACACACTGTAT  300

seq1  AGACCAGACTGGCCTTGAACTCACAGATATCCACCTTCCTCTGCCTCCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGACTGGCCTTGAACTCACAGATATCCACCTTCCTCTGCCTCCCA  350

seq1  AGTTATGATATAGAGGGATAAGGCTAATGAGGCTCATGTAACCCACAATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATGATATAGAGGGATAAGGCTAATGAGGCTCATGTAACCCACAATA  400

seq1  CTCATGAGGTTATCTAAAGGTTAGAGGGGATTTTTCTAAGGGTGTAGCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATGAGGTTATCTAAAGGTTAGAGGGGATTTTTCTAAGGGTGTAGCTG  450

seq1  TCTGCAAGCTGTTCAGGGAACTGCAGTGACACAGTTTTTGTGAGTCATAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCAAGCTGTTCAGGGAACTGCAGTGACACAGTTTTTGTGAGTCATAG  500

seq1  ACCCGTTCTGGGATTCTTAGTGGTGCCACTGTGCAGTTCACCCCTGATCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCGTTCTGGGATTCTTAGTGGTGCCACTGTGCAGTTCACCCCTGATCT  550

seq1  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAT  600

seq1  CTATCTATATCTATTAGGTATTTTCTTCATTTACA-TTTCCAATGCTATC  649
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTATCTATATCTATTAGGGATTTTCTTCATTTACATTTTCCAATGCTATC  650

seq1  CCAAAAGTCCC-CCATACCCTCCC  672
      ||| |||||||  ||||| |||||
seq2  CCAGAAGTCCCTTCATACTCTCCC  674

seq1: chr6_32207076_32208229
seq2: B6Ng01-253F24.g_66_1218 (reverse)

seq1  GAGAATGTGTCTCTCATTGCCCTGGTGCTCACAGAGTAGGCTGAGCTGGC  50
      |||||||||||||||  ||  ||||| |||||||||   |||||||||||
seq2  GAGAATGTGTCTCTCCATG--CTGGTTCTCACAGAGATAGCTGAGCTGGC  48

seq1  TAG-CTGT-CCAGGGATCTACAGTGACTGGATG-TCTCACATGGATAGGC  97
      ||| |||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||||||  
seq2  TAGCCTGTCCCAGGATTCTACAGTGACTGGATGTTCTCACATGGATAGCA  98

seq1  ATCAATGCAGGTTCTCATGTTTGCAAGCCAAGAACTTCCCTGACTGAGCT  147
       |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGCAG--TCTCATGTTTGCAAGCCAAGAACTTCCCTGACTGAGCT  146

seq1  CTGTCCCATCCC-TACTTTGATCATTAGAATCATAATCGTCATCCTCATC  196
      |||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTGTCCCATCCCTTACTTTGATCATTAGAATCAT-ATCGTCATCCTCATC  195

seq1  AGCATCATCATTGCTGTCACTGTCACCTTCCTTACCACACTAGTCTCATG  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCATCATTGCTGTCACTGTCACCTTCCTTACCACACTAGTCTCATG  245

seq1  ACCAGAGCCCACCGATTTAATACAACAGTAGCCTAGGCTAGAAGCTGATG  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGAGCCCACCGATTTAATACAACAGTAGCCTAGGCTAGAAGCTGATG  295

seq1  AGTGACAGAACAAAGCAGAGGACCCATCCCAGCTCTCAACACCTGGCCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGACAGAACAAAGCAGAGGACCCATCCCAGCTCTCAACACCTGGCCCT  345

seq1  TGGTTTTCCTAAGTTTCTGAGTTGGCCAAGCTTACTCCATTCTTAGAAGT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCCTAAGTTTCTGAGTTGGCCAAGCTTACTCCATTCTTAGAAGT  395

seq1  TGTCCCACTGGAGGAATTGGTATGGTTTCACAAGGTTTGGCTCGTGGTGA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCACTGGAGGAATTGGTATGGTTTCACAAGGTTTGGCTCGTGGTGA  445

seq1  TGGTCAATCCCTGCCAGTTTCCCCCTTTGTATGATGCTTTTCACTGGCAG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTCAATCCCTGCCAGTTTCCCCCTTTGTATGATGCTTTTCACTGGCAG  495

seq1  TCGGGCTCTACTTTGTCTGCTGCAGCTCTCGTTCCAAAGGGCGCCTGCTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGGGCTCTACTTTGTCTGCTGCAGCTCTCGTTCCAAAGGGCGCCTGCTA  545

seq1  CTCTGCAGACTCCGATGCAGAAGCCCTCCTTCTCTACTGTGCACAGTCTC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGCAGACTCCGATGCAGAAGCCCTCCTTCTCTACTGTGCACAGTCTC  595

seq1  TGTGTGCATCTCTCATTTGTTTAAGCATTTGACATCCTGGTCGAAGTGTG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGCATCTCTCATTTGTTTAAGCATTTGACATCCTGGTCGAAGTGTG  645

seq1  AGTTATTACTCCATCTCTACTCTTATAATTGGATGCTAATGCCACAGTGG  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATTACTCCATCTCTACTCTTATAATTGGATGCTAATGCCACAGTGG  695

seq1  CTACACTGAGCCTGATGGCTGGAGTTAATTTAAATGTCCAAAAGGCTTCC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTGAGCCTGATGGCTGGAGTTAATTTAAATGTCCAAAAGGCTTCC  745

seq1  TAAGTACCCAATTTCCTTCAAAATTGTCACACACACACAAAAAAAGGAAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTACCCAATTTCCTTCAAAATTGTCACACACACACAAAAAAAGGAAA  795

seq1  AGAAAGAAAGGAAAAGAGAGGCAAGAAGACCCATTAAGAAACTCGAAGAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGAAAGGAAAAGAGAGGCAAGAAGACCCATTAAGAAACTCGAAGAA  845

seq1  GCTCCTGGGGAGCTGTCAGACTGCACAGATGTGGCACTTGGAGCCATCCT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGGGGAGCTGTCAGACTGCACAGATGTGGCACTTGGAGCCATCCT  895

seq1  TCATGCTGTCCTCCTGTCTCCTGTTCCCATGTGAGGGAAGTGGGGCTGAG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGCTGTCCTCCTGTCTCCTGTTCCCATGTGAGGGAAGTGGGGCTGAG  945

seq1  GAAAGTCTTTCCTTCTAGGAGCGAGTTAGCTCAGCAGTGCACATGCATCT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGTCTTTCCTTCTAGGAGCGAGTTAGCTCAGCAGTGCACATGCATCT  995

seq1  CAGTGCCGGGGTCTTGGAGAACTTTCACAGTCTCTTCTTAGGCATTTCGT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGCCGGGGTCTTGGAGAACTTTCACAGTCTCTTCTTAGGCATTTCGT  1045

seq1  TCCTTTGTGGCCTCTGGCTACATTTCTAGGTTTGTTTCTTCTGACTTGGG  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGTGGCCTCTGGCTACATTTCTAGGTTTGTTTCTTCTGACTTGGG  1095

seq1  GTCATGAAAGGAATTCACAGAGTCCCTGGAAGTCCCTCTGTCACCTACGG  1146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCATGAAAGGAATTCACAGAGTCCCTGGAAGTCCCTCTGTCACCTACGG  1145

seq1  TTGAATTC  1154
      ||||||||
seq2  TTGAATTC  1153