BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255F17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 34,835,889 - 35,013,318
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4
Upstream geneExoc4, Lrguk, Slc35b4, Akr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik
Downstream geneNup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255F17.bB6Ng01-255F17.g
ACCGA061582GA061583
length1,1781,103
definitionB6Ng01-255F17.b B6Ng01-255F17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,835,889 - 34,837,065)(35,012,213 - 35,013,318)
sequence
gaattcccatctactagaacagccaaaccccactgcactcactgaacccc
acgaagatgctttgaggtagacttgtatgtatccttattttgcggaagct
aaaatggaggcagaaagaaggccacggtcccagggctctcagacggtcca
gctgccaccactgctgctggcgcctaccttgcggtcctcgccgatgctgt
acacagcattctcgtcacagctgaattccacagagtagacctcgccgcag
tgggccttccagctcatagcacactcgtgctgctgcatgtctgagagagc
aaggccacacctgttaaggtcacagggcatagcagggtccccttaccctc
tgtgacagctgctctagtggccaggggcctcctgggccacaaagtgctga
cccttccaggtcaccttttctgagcagcctcctgatatggtcaaagggag
gactggggatccttggggacagagctcacctggggttcctgtaagtttta
gggagacagaagtccttcctatcacacctctgtaactacccccgggcacc
atggagatggattacatgggtgtcaccttatcccattttagagcctaggc
ctatcttcctggagacaggagacaagccaccttatagcacatgaatagga
tggcactgttctcttgtgaccccttgtagccccccacaggtgacaagaac
tcaggacaatcagctcaaggtcaaaggactattgggctctgccccgcccc
gtgtctacagacactgagcacatacaagtgggctgtggtggaagttttga
agacgctgcccaaagtcaagctctagaacaagcttttgaaactgggcttt
tgcaatggccttgaccccagctcggtcatttaaggaggggatcaggactg
ccacagcacacttccataccaaagagccggatgacaccgtcagccgcccc
tgtgaccagcagttcccgttgtgattgaaagccgtgcagttgatggcaat
gggctctgggtccagtgagactgaagctgggaatgcagacagagcaccat
tagcagcaggctaggccagcgcagacctcctgactcctccttgccaaggc
tgcttctgagaagactatatctgagcgtcggttcaaggcccactgaccgg
attgttgcttcttctgaaggcaatgcca
gaattcaaatgcagagaatagaaaacaaggaagccacacagctgtaatgt
gtaaggatgggtattgggttctttcgtgtaggttgggacattatctgtgc
aacaaccagagtgtaaaaggaatgatgcctggctgagttactgtgcttca
gacactgagtagacctggtgataagagtcacagtgtatcacagtgtggta
agagtcactgtgatcatggcttgatgtggctcacacagtccttgtgggaa
aatgaagatgtgaagttaagactaaaacaaagggaagatgtaaataaact
tttaatgtgcttcttttatcttcatgctcctgtgtggcagatactgtcgt
tattactgcagataagaaaactaactgagttaagtgctaacaagtattcc
acacaaatgtgctgtagaaacaagattctaacccaaatctttgtcatttt
aaagactagactcatctcactttgccttcatttaacaggtttaaactatg
ccaaaaatttaaaggacaaattgctagaaaagagtttcatgtcagtcaca
ttagttttattaagtgaaaccatgttataaccatatgtattttgactgaa
aatctcttgaggtgtattaagagttgtagcttccaaaaaattgatagtgt
tttaagcttcctttgaccacagatagagggcgctagtatattatctagta
aaggttttgaaaggaaaacttttatagggaatctaccagtttttattcct
tggagaggaagtgtatattgttaccatcaccaccaccatagttactgtta
cctttttgtggtgctttggaacaaatccagggccttatgtgtgctaggca
aatgcttcactactgacctttttcttactgaaaattaggtgtgctctcct
agacaggagccatctgaatgccttactaatagattagagtggggaggaat
tagtgcattacttcctgctctctgaattccatggcattacttggtacttc
taaaactcagaaaaaaaaaggcgtagtttgtcaaaatgtacagatgcctc
tcagcaagcttgtaaagtataataggtatgagatacctgtgaactcctga
aat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34835889_34837065
seq2: B6Ng01-255F17.b_45_1222

seq1  GAATTCCCATCTACTAGAACAGCCAAACCCCACTGCACTCACTGAACCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCATCTACTAGAACAGCCAAACCCCACTGCACTCACTGAACCCC  50

seq1  ACGAAGATGCTTTGAGGTAGACTTGTATGTATCCTTATTTTGCGGAAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAAGATGCTTTGAGGTAGACTTGTATGTATCCTTATTTTGCGGAAGCT  100

seq1  AAAATGGAGGCAGAAAGAAGGCCACGGTCCCAGGGCTCTCAGACGGTCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGGAGGCAGAAAGAAGGCCACGGTCCCAGGGCTCTCAGACGGTCCA  150

seq1  GCTGCCACCACTGCTGCTGGCGCCTACCTTGCGGTCCTCGCCGATGCTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCACCACTGCTGCTGGCGCCTACCTTGCGGTCCTCGCCGATGCTGT  200

seq1  ACACAGCATTCTCGTCACAGCTGAATTCCACAGAGTAGACCTCGCCGCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGCATTCTCGTCACAGCTGAATTCCACAGAGTAGACCTCGCCGCAG  250

seq1  TGGGCCTTCCAGCTCATAGCACACTCGTGCTGCTGCATGTCTGAGAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCCTTCCAGCTCATAGCACACTCGTGCTGCTGCATGTCTGAGAGAGC  300

seq1  AAGGCCACACCTGTTAAGGTCACAGGGCATAGCAGGGTCCCCTTACCCTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCACACCTGTTAAGGTCACAGGGCATAGCAGGGTCCCCTTACCCTC  350

seq1  TGTGACAGCTGCTCTAGTGGCCAGGGGCCTCCTGGGCCACAAAGTGCTGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGCTGCTCTAGTGGCCAGGGGCCTCCTGGGCCACAAAGTGCTGA  400

seq1  CCCTTCCAGGTCACCTTTTCTGAGCAGCCTCCTGATATGGTCAAAGGGAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTCCAGGTCACCTTTTCTGAGCAGCCTCCTGATATGGTCAAAGGGAG  450

seq1  GACTGGGGATCCTTGGGGACAGAGCTCACCTGGGGTTCCTGTAAGTTTTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGGGGATCCTTGGGGACAGAGCTCACCTGGGGTTCCTGTAAGTTTTA  500

seq1  GGGAGACAGAAGTCCTTCCTATCACACCTCTGTAACTACCCCCGGGCACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGACAGAAGTCCTTCCTATCACACCTCTGTAACTACCCCCGGGCACC  550

seq1  ATGGAGATGGATTACATGGGTGTCACCTTATCCCATTTTAGAGCCTAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGATGGATTACATGGGTGTCACCTTATCCCATTTTAGAGCCTAGGC  600

seq1  CTATCTTCCTGGAGACAGGAGACAAGCCACCTTATAGCACATGAATAGGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTCCTGGAGACAGGAGACAAGCCACCTTATAGCACATGAATAGGA  650

seq1  TGGCACTGTTCTCTTGTGACCCCTTGTAGCCCCCCACAGGTGACAAGAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCACTGTTCTCTTGTGACCCCTTGTAGCCCCCCACAGGTGACAAGAAC  700

seq1  TCAGGACAATCAGCTCAAGGTCAAAGGACTATTGGGCTCTGCCCCGCCCC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGACAATCAGCTCAAGGTCAAAGGACTATTGGGCTCTGCCCCGCCCC  750

seq1  GTGTCTACAGACACTGAGCACATACAAGTGGGCTGTGGTGGAAGTTTTGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCTACAGACACTGAGCACATACAAGTGGGCTGTGGTGGAAGTTTTGA  800

seq1  AGACGCTGCCCAAAGTCAAGCTCTAGAACAAGCTTTTGAAACTGGGCTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACGCTGCCCAAAGTCAAGCTCTAGAACAAGCTTTTGAAACTGGGCTTT  850

seq1  TGCAATGGCCTTGACCCCAGCTCGGTCATTTAAGGAGGGGATCAGGACTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAATGGCCTTGACCCCAGCTCGGTCATTTAAGGAGGGGATCAGGACTG  900

seq1  CCACAGCACACTTCCATACCAAAGAGCCGGATGACACCGTCAGCCGCCCC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACAGCACACTTCCATACCAAAGAGCCGGATGACACCGTCAGCCGCCCC  950

seq1  TGTGACCAGCAGGTTCCCGTTGTGATTGAAAGCCGTGCAGTTGATGGCAA  1000
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCAGCA-GTTCCCGTTGTGATTGAAAGCCGTGCAGTTGATGGCAA  999

seq1  TGGGCTCTGGGTCCAGTGAGAACTGAAGCTGGGAATGCAGACAGAAGCAC  1050
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGGGCTCTGGGTCCAGTGAG-ACTGAAGCTGGGAATGCAGACAG-AGCAC  1047

seq1  CATTAGCAGCAGGCTAGGCCAGCGCAGACCTCCCTGACTCC-CCCTGCCA  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||
seq2  CATTAGCAGCAGGCTAGGCCAGCGCAGACCT-CCTGACTCCTCCTTGCCA  1096

seq1  AGGCCTGCTTCTGAAGAGACT-TATCTGAGCGTCTG-TCAAAGCCCACTG  1147
      ||| ||||||||||  ||||| |||||||||||| | |||| ||||||||
seq2  AGG-CTGCTTCTGAGAAGACTATATCTGAGCGTCGGTTCAAGGCCCACTG  1145

seq1  ACC-GAT--GTGC-TCTTCTGAGAGGCAATGCCA  1177
      ||| |||   ||| |||||||| |||||||||||
seq2  ACCGGATTGTTGCTTCTTCTGA-AGGCAATGCCA  1178

seq1: chr6_35012213_35013318
seq2: B6Ng01-255F17.g_67_1169 (reverse)

seq1  ATTTCA-GAGTTCACAGGTATCTCAATACCTATTTATACTTTAACAAGCT  49
      |||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||| 
seq2  ATTTCAGGAGTTCACAGGTATCTC-ATACCTA-TTATACTTT-ACAAGC-  46

seq1  TTGCTTGAGA-GCATCTTGTACATTTTTGACAAACTACGCCTTTTTTTTC  98
      |||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| 
seq2  TTGC-TGAGAGGCATC-TGTACA-TTTTGACAAACTACGCCTTTTTTTTT  93

seq1  TTGAGTTTTAGAAGTACCAAGTAATGCCATGGAATTCAGAGAGCAGG-AG  147
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGAGTTTTAGAAGTACCAAGTAATGCCATGGAATTCAGAGAGCAGGAAG  143

seq1  TAATGCACTAATTCCT-CCCACTCTAATCTATTAGTAAGGCATTCAGATG  196
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGCACTAATTCCTCCCCACTCTAATCTATTAGTAAGGCATTCAGATG  193

seq1  GCTCCTGTCTAGGAGAGCACACCTAATTTTCAGTAAGAAAAAGGTCAGTA  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTGTCTAGGAGAGCACACCTAATTTTCAGTAAGAAAAAGGTCAGTA  243

seq1  GTGAAGCATTTGCCTAGCACACATAAGGCCCTGGATTTGTTCCAAAGCAC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAGCATTTGCCTAGCACACATAAGGCCCTGGATTTGTTCCAAAGCAC  293

seq1  CACAAAAAGGTAACAGTAACTATGGTGGTGGTGATGGTAACAATATACAC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAAAGGTAACAGTAACTATGGTGGTGGTGATGGTAACAATATACAC  343

seq1  TTCCTCTCCAAGGAATAAAAACTGGTAGATTCCCTATAAAAGTTTTCCTT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCCAAGGAATAAAAACTGGTAGATTCCCTATAAAAGTTTTCCTT  393

seq1  TCAAAACCTTTACTAGATAATATACTAGCGCCCTCTATCTGTGGTCAAAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACCTTTACTAGATAATATACTAGCGCCCTCTATCTGTGGTCAAAG  443

seq1  GAAGCTTAAAACACTATCAATTTTTTGGAAGCTACAACTCTTAATACACC  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTTAAAACACTATCAATTTTTTGGAAGCTACAACTCTTAATACACC  493

seq1  TCAAGAGATTTTCAGTCAAAATACATATGGTTATAACATGGTTTCACTTA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGATTTTCAGTCAAAATACATATGGTTATAACATGGTTTCACTTA  543

seq1  ATAAAACTAATGTGACTGACATGAAACTCTTTTCTAGCAATTTGTCCTTT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAACTAATGTGACTGACATGAAACTCTTTTCTAGCAATTTGTCCTTT  593

seq1  AAATTTTTGGCATAGTTTAAACCTGTTAAATGAAGGCAAAGTGAGATGAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTTTTGGCATAGTTTAAACCTGTTAAATGAAGGCAAAGTGAGATGAG  643

seq1  TCTAGTCTTTAAAATGACAAAGATTTGGGTTAGAATCTTGTTTCTACAGC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTCTTTAAAATGACAAAGATTTGGGTTAGAATCTTGTTTCTACAGC  693

seq1  ACATTTGTGTGGAATACTTGTTAGCACTTAACTCAGTTAGTTTTCTTATC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTGTGTGGAATACTTGTTAGCACTTAACTCAGTTAGTTTTCTTATC  743

seq1  TGCAGTAATAACGACAGTATCTGCCACACAGGAGCATGAAGATAAAAGAA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTAATAACGACAGTATCTGCCACACAGGAGCATGAAGATAAAAGAA  793

seq1  GCACATTAAAAGTTTATTTACATCTTCCCTTTGTTTTAGTCTTAACTTCA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATTAAAAGTTTATTTACATCTTCCCTTTGTTTTAGTCTTAACTTCA  843

seq1  CATCTTCATTTTCCCACAAGGACTGTGTGAGCCACATCAAGCCATGATCA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTTCATTTTCCCACAAGGACTGTGTGAGCCACATCAAGCCATGATCA  893

seq1  CAGTGACTCTTACCACACTGTGATACACTGTGACTCTTATCACCAGGTCT  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACTCTTACCACACTGTGATACACTGTGACTCTTATCACCAGGTCT  943

seq1  ACTCAGTGTCTGAAGCACAGTAACTCAGCCAGGCATCATTCCTTTTACAC  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAGTGTCTGAAGCACAGTAACTCAGCCAGGCATCATTCCTTTTACAC  993

seq1  TCTGGTTGTTGCACAGATAATGTCCCAACCTACACGAAAGAACCCAATAC  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGTTGTTGCACAGATAATGTCCCAACCTACACGAAAGAACCCAATAC  1043

seq1  CCATCCTTACACATTACAGCTGTGTGGCTTCCTTGTTTTCTATTCTCTGC  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTTACACATTACAGCTGTGTGGCTTCCTTGTTTTCTATTCTCTGC  1093

seq1  ATTTGAATTC  1106
      ||||||||||
seq2  ATTTGAATTC  1103