BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-256M16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 45,835,640 - 45,976,759
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntnap2
Upstream geneLOC100040210
Downstream geneRbpsuh-rs3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-256M16.bB6Ng01-256M16.g
ACCGA062659GA062660
length1,0851,129
definitionB6Ng01-256M16.b B6Ng01-256M16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,975,672 - 45,976,759)(45,835,640 - 45,836,785)
sequence
gaattcagtccaatactagccagagtccatactcataactacaatgctat
aagaaataggccaatgaatgaaaaaccaatcatatttttggtaattaagc
tggccttggttatcctttcaagcaatgaatttctgaattggggaatgaga
tgatagatagctgaggcaattcagaatactattgctaattgttaaatcat
tacaggtgccatgcagagatggagggcaaaattagatttttttcttcaca
gctttgaacttgagtaattagaagaatgattttacaattgatatgaggaa
gttacaaagatttctcaatagtacctgacctaaaggttattggagtttta
agttggataattaatataaagcacagtgataggcaaagtataatcttgca
agagagatatccattaacactgacttcatcattgtctatgtgatggcaga
cacatctatatagactaagaggctaattttctccaacatttcactgcctc
agaaaagagatgattcaataggataagctcagtggaggagtcaactgaga
gaaaaaagtagactctcaagacaacccccaattttaacctgatagttcac
agagattccgaattttaggtgtgctaggcatcttttaatatatttggtta
cacaatatttacaactctatagttataagatccctgctgctggaatctgg
gatactgtggcatccatgcttaattaagtctaagagcttgaacaattgag
tgcacttttctacgtttctatgtttaacctacttctcctgataaactaca
tgtcataaatgcttcactttatgtatgtcaatatatggtaagagtctgat
gacagaggtgacagaagaaagtaaagtatttcctggatcaacacaaaaag
ggactgacaaatcatttcacagtttaagataatacaaatttatgctaaga
ggttgtcagtattcatggtcaatagggactttgctatctagacttattat
cagtaatatggggagtttaaaacacaatggcaggataggagaggagagta
tacaagactcagaggtgagcagtgctcagtgtttc

gaattcaggtcatctctgagagaagaatgcactcttaaccactcagccat
ctccacatctcttgaaaatcatctcgtaagcctttcccacaaattaaata
gaaatgactaagctgtatgtaattaatctgatgaagctaatgaaattcag
ttatttgagtgataatgtaaatttaacttacataaatattagatatctta
aaatatttgatgacatttagtttctactctataatttaagcacctcatga
actatctccgtcacactaacaatagacagaacatagctcattctcattga
ggaaatttcagaaaatagttattatcttcagaggctttagagaaaataga
gaatacgctaagaaaataaatgtgcttctttccacatcatctattgaaaa
aaaaataattgcacattcactttcttgttccttattaaagctaattaact
tgaaagttaaaagatttaatagatgaaatcttttaatggatagcaaggtc
aacccaatattacccactaaaagaatgcttaattttatatggccccactg
tttaaataggcctgattatgggacccctttactttctgttatccatattt
acttagtgtccctcagaaaagaattctaaacttttatgcccattatcaag
taggaaggattgtcatatgctatcctggttatcagcgtcaggtgaactga
agtgagaaagaagggtgaggactagttggcatcccagacctggatgatgg
ttgacaaccatctgccacaccagttgcagaggatctgatgctctcttttg
gtctccaagatccttgtatacatatggtacatgcaaacgtagaccaacac
acacaacaaatacatcttcaacagtttctaaaacacagtagaaactacac
tagaactttagagctctgagaagtatgacaaaagtacacaaacatagtaa
atacattttaatactagttgtgtggtgtatattcactgtactgtttgttt
cataaaaaaatctttttatctttttttcattttatgtatatttattgata
catttaaatgttatcctctacaggtttccactctacaagcctgcctatcc
ttcgtctcctcttggcctctattgagggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_45975672_45976759
seq2: B6Ng01-256M16.b_45_1129 (reverse)

seq1  GAAACACTGGAGCACTGCTCACCTCTGAGTCTTTTGTATATTTCTTCCTC  50
      |||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||| |   |||||
seq2  GAAACACT-GAGCACTGCTCACCTCTGAGTC--TTGTATACT--CTCCTC  45

seq1  TCCTATTCCTTGCCATTGTGTTTTAAACT-CCCATATTACTGAT-ATAAG  98
      ||||||  | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||
seq2  TCCTAT--CCTGCCATTGTGTTTTAAACTCCCCATATTACTGATAATAAG  93

seq1  TCTAGATAGCAAAGT-CCTATTGACCATGAATACTGACAACCTCTTAGCA  147
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGATAGCAAAGTCCCTATTGACCATGAATACTGACAACCTCTTAGCA  143

seq1  TAAATTTGTATTATCTTAAACTGTGAAATGATTTGTCAGT-CCTTTTTGT  196
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TAAATTTGTATTATCTTAAACTGTGAAATGATTTGTCAGTCCCTTTTTGT  193

seq1  GTTGATCCAGGAAATACTTTACTTTCTTCTGTCACCTCTGTCATCAGACT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCCAGGAAATACTTTACTTTCTTCTGTCACCTCTGTCATCAGACT  243

seq1  CTTACCATATATTGACATACATAAAGTGAAGCATTTATGACATGTAGTTT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACCATATATTGACATACATAAAGTGAAGCATTTATGACATGTAGTTT  293

seq1  ATCAGGAGAAGTAGGTTAAACATAGAAACGTAGAAAAGTGCACTCAATTG  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGAGAAGTAGGTTAAACATAGAAACGTAGAAAAGTGCACTCAATTG  343

seq1  TTCAAGCTCTTAGACTTAATTAAGCATGGATGCCACAGTATCCCAGATTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTCTTAGACTTAATTAAGCATGGATGCCACAGTATCCCAGATTC  393

seq1  CAGCAGCAGGGATCTTATAACTATAGAGTTGTAAATATTGTGTAACCAAA  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCAGGGATCTTATAACTATAGAGTTGTAAATATTGTGTAACCAAA  443

seq1  TATATTAAAAGATGCCTAGCACACCTAAAATTCGGAATCTCTGTGAACTA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATTAAAAGATGCCTAGCACACCTAAAATTCGGAATCTCTGTGAACTA  493

seq1  TCAGGTTAAAATTGGGGGTTGTCTTGAGAGTCTACTTTTTTCTCTCAGTT  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTTAAAATTGGGGGTTGTCTTGAGAGTCTACTTTTTTCTCTCAGTT  543

seq1  GACTCCTCCACTGAGCTTATCCTATTGAATCATCTCTTTTCTGAGGCAGT  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTCCTCCACTGAGCTTATCCTATTGAATCATCTCTTTTCTGAGGCAGT  593

seq1  GAAATGTTGGAGAAAATTAGCCTCTTAGTCTATATAGATGTGTCTGCCAT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTTGGAGAAAATTAGCCTCTTAGTCTATATAGATGTGTCTGCCAT  643

seq1  CACATAGACAATGATGAAGTCAGTGTTAATGGATATCTCTCTTGCAAGAT  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAGACAATGATGAAGTCAGTGTTAATGGATATCTCTCTTGCAAGAT  693

seq1  TATACTTTGCCTATCACTGTGCTTTATATTAATTATCCAACTTAAAACTC  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTGCCTATCACTGTGCTTTATATTAATTATCCAACTTAAAACTC  743

seq1  CAATAACCTTTAGGTCAGGTACTATTGAGAAATCTTTGTAACTTCCTCAT  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATAACCTTTAGGTCAGGTACTATTGAGAAATCTTTGTAACTTCCTCAT  793

seq1  ATCAATTGTAAAATCATTCTTCTAATTACTCAAGTTCAAAGCTGTGAAGA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATTGTAAAATCATTCTTCTAATTACTCAAGTTCAAAGCTGTGAAGA  843

seq1  AAAAAATCTAATTTTGCCCTCCATCTCTGCATGGCACCTGTAATGATTTA  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTAATTTTGCCCTCCATCTCTGCATGGCACCTGTAATGATTTA  893

seq1  ACAATTAGCAATAGTATTCTGAATTGCCTCAGCTATCTATCATCTCATTC  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATTAGCAATAGTATTCTGAATTGCCTCAGCTATCTATCATCTCATTC  943

seq1  CCCAATTCAGAAATTCATTGCTTGAAAGGATAACCAAGGCCAGCTTAATT  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAATTCAGAAATTCATTGCTTGAAAGGATAACCAAGGCCAGCTTAATT  993

seq1  ACCAAAAATATGATTGGTTTTTCATTCATTGGCCTATTTCTTATAGCATT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAAAATATGATTGGTTTTTCATTCATTGGCCTATTTCTTATAGCATT  1043

seq1  GTAGTTATGAGTATGGACTCTGGCTAGTATTGGACTGAATTC  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTTATGAGTATGGACTCTGGCTAGTATTGGACTGAATTC  1085


seq1: chr6_45835640_45836785
seq2: B6Ng01-256M16.g_66_1194

seq1  GAATTCAGGTCATCTCTGAGAGAAGAATGCACTCTTAACCACTCAGCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGGTCATCTCTGAGAGAAGAATGCACTCTTAACCACTCAGCCAT  50

seq1  CTCCACATCTCTTGAAAATCATCTCGTAAGCCTTTCCCACAAATTAAATA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCACATCTCTTGAAAATCATCTCGTAAGCCTTTCCCACAAATTAAATA  100

seq1  GAAATGACTAAGCTGTATGTAATTAATCTGATGAAGCTAATGAAATTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGACTAAGCTGTATGTAATTAATCTGATGAAGCTAATGAAATTCAG  150

seq1  TTATTTGAGTGATAATGTAAATTTAACTTACATAAATATTAGATATCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTGAGTGATAATGTAAATTTAACTTACATAAATATTAGATATCTTA  200

seq1  AAATATTTGATGACATTTAGTTTCTACTCTATAATTTAAGCACCTCATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTGATGACATTTAGTTTCTACTCTATAATTTAAGCACCTCATGA  250

seq1  ACTATCTCCGTCACACTAACAATAGACAGAACATAGCTCATTCTCATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATCTCCGTCACACTAACAATAGACAGAACATAGCTCATTCTCATTGA  300

seq1  GGAAATTTCAGAAAATAGTTATTATCTTCAGAGGCTTTAGAGAAAATAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAATTTCAGAAAATAGTTATTATCTTCAGAGGCTTTAGAGAAAATAGA  350

seq1  GAATACGCTAAGAAAATAAATGTGCTTCTTTCCACATCATCTATTGAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACGCTAAGAAAATAAATGTGCTTCTTTCCACATCATCTATTGAAAA  400

seq1  AAAAATAATTGCACATTCACTTTCTTGTTCCTTATTAAAGCTAATTAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATAATTGCACATTCACTTTCTTGTTCCTTATTAAAGCTAATTAACT  450

seq1  TGAAAGTTAAAAGATTTAATAGATGAAATCTTTTAATGGATAGCAAGGTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGTTAAAAGATTTAATAGATGAAATCTTTTAATGGATAGCAAGGTC  500

seq1  AACCCAATATTACCCACTAAAAGAATGCTTAATTTTATATGGCCCCACTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCAATATTACCCACTAAAAGAATGCTTAATTTTATATGGCCCCACTG  550

seq1  TTTAAATAGGCCTGATTATGGGACCCCTTTACTTTCTGTTATCCATATTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATAGGCCTGATTATGGGACCCCTTTACTTTCTGTTATCCATATTT  600

seq1  ACTTAGTGTCCCTCAGAAAAGAATTCTAAACTTTTATGCCCATTATCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAGTGTCCCTCAGAAAAGAATTCTAAACTTTTATGCCCATTATCAAG  650

seq1  TAGGAAGGATTGTCATATGCTATCCTGGTTATCAGCGTCAGGTGAACTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAAGGATTGTCATATGCTATCCTGGTTATCAGCGTCAGGTGAACTGA  700

seq1  AGTGAGAAAGAAGGGTGAGGACTAGTTGGCATCCCAGACCTGGATGATGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAAAGAAGGGTGAGGACTAGTTGGCATCCCAGACCTGGATGATGG  750

seq1  TTGACAACCATCTGCCACACCAGTTGCAGAGGATCTGATGCTCTCTTTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACAACCATCTGCCACACCAGTTGCAGAGGATCTGATGCTCTCTTTTG  800

seq1  GTCTCCAAGATCCTTGTATACATATGGTACATGCAAACGTAGACCAACAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCAAGATCCTTGTATACATATGGTACATGCAAACGTAGACCAACAC  850

seq1  ACACAACAAATACATCTTCAACAGTTTCTAAAACACAGTAGAAACTACAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACAAATACATCTTCAACAGTTTCTAAAACACAGTAGAAACTACAC  900

seq1  TAGAACTTTAGAGCTCTGAGAAGTATGAACAAAAGTACACAAACATAGTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAACTTTAGAGCTCTGAGAAGTATG-ACAAAAGTACACAAACATAGTA  949

seq1  AATACATTTTAATACTTAGTTTGTGTTGGTGTATATTCACTGTACTGTTT  1000
      ||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||
seq2  AATACATTTTAATAC-TAG-TTGTG-TGGTGTATATTCACTGTACTG-TT  995

seq1  TGTTTCATAAAAAATTCTTTTTTATCTTTTTTTTCATTTTTATTGTATAT  1050
      |||||||||||||| || |||||||| |||||||||||||   |||||| 
seq2  TGTTTCATAAAAAAATC-TTTTTATC-TTTTTTTCATTTT--ATGTATA-  1040

seq1  TTTATTTGTTTACATTTAAAATGTTATCCTCCTTCCCAGTTTTCCACTCT  1100
      ||||||    ||||||| |||||||||||||     ||| ||||||||||
seq2  TTTATT--GATACATTT-AAATGTTATCCTC---TACAGGTTTCCACTCT  1084

seq1  ACAAG-CTGCCTATCCCCTCCTCTCTTCCTCTT-GCCTCTA-TGAGGGT  1146
      ||||| |||||||| || || ||   ||||||| ||||||| |||||||
seq2  ACAAGCCTGCCTAT-CCTTCGTC---TCCTCTTGGCCTCTATTGAGGGT  1129


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |