BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257E01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 82,549,272 - 82,761,605
singlet/doubletdoublet
Overlap genePole4, LOC100043412, Hk2
Upstream geneLOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19, Tmem166, EG622198, Tacr1
Downstream geneEG622318, Sema4f, D6Mm5e, Dok1, Loxl3, Htra2, Aup1, Dqx1, Tlx2, Pcgf1, Lbx2, A230058J24Rik, Mrpl53, Gcs1, Wbp1, Znhit4, Rtkn, Wdr54, 1700003E16Rik, Dctn1, C330016K18Rik, Mthfd2, Mobk1b, Bola3, D230004J03Rik, Dguok, Actg2, Stambp, LOC664956, Clec4f, Cd207, Vax2os2, Vax2os1, Vax2, Atp6v1b1, 1700124L16Rik, Ankrd53, Tex261, LOC665004, Nagk, Paip2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257E01.bB6Ng01-257E01.g
ACCGA063000GA063001
length1,088929
definitionB6Ng01-257E01.b B6Ng01-257E01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(82,549,272 - 82,550,353)(82,760,678 - 82,761,605)
sequence
gaattctccacactctgacacagaatggcttttaggtgcatgggagctac
ctgcatgcttccagtcccacctctgtgactagctgtgtgatcatagatat
gctacttcatcccctgtgtgcacctcaatgccttcatgggtgtaaggatg
aagtcatgggcttatcaagtgggaccaagagaagagcaaatgaattggtg
cacataaagtaatcgtatttcctggcccttaagtgcccagcacatttagc
taatgttataattcattttatggcatcatgagagtgttaactatcacagg
catgagccattccacacattacagtcttgtcatttcagctgcacagactt
cccatgccactccagctgagctgtcataacagaacaccacatatgggtgt
cttaagcaaaaagacattcacttttctcaagtgttggaccttaaagtcca
ttctcaaggtgccaaaaatttaactcctggtgagggatctcttcctagct
tgcagtcagctaccttgttagttttgatttggttttgagaaagggtctaa
cttcacagtcctggctggcccagaactcactatgcagaccaagctggcct
ccgatgaatagagatttgccagtgctgggatcaaagatgtgtgtcaccac
acccagcctctgttttcttctcactgtgtctttgtgtggcttttcctctg
tgtattcatggaagaagagagttctctgatatttcttccttttcaatttt
gtaatatagtaaggccccacaaaacttcatggtctcatttaaccttggtc
acctccttaaaggctgcctctagatgcagccacatgtcaaagtagtttgt
tggggtgtggggacagcacagttctgcccataacacacactttcccagag
tgacagtccagcacacgccattgtctgaaaactttacacaagccatgatg
ccctgccctccaagcctccagcactgtcattcactcctgcaatcctgggc
tttcttgaataactccaccctcctcattttgtctcaggcactgagtcctt
acggacacttcctccctttgatttcagtgccggccctt
gaattctttctcagacctaactcaagacggtcaacagggctgagcagcca
gagttgggggtgtcacagttggaggtgaggtcatctgaagtccaccaggt
cttgtcttgcctggaatgaaggttttaggcactggcacaggctgtgaacc
aaatagaaagggaggcaggtctttgaaagcaaagcctaaaagctttatta
ttcacagaaagatgtcaaagatattaaaaatgcttaccgaaaaagacaag
gcttccctaatatgctcatggctacagtgcttgccagtgcttagccccaa
tcttgtcagcaggagtctccacccagaactacggtcgacagcctacggag
tttccttaatctttgatgtccactcaagaaaggctggatccttgatgcca
ctccagaaaaaaagcgtttcaggatgagttggtatgagcagagttggagt
ttattcaaaatagaaagcctggagaggaatcctgggcttagtcatgtatt
cctctcatcccagaatttgggaagcaaaagcaggtgtaggagttcagggc
tggcctggcccacagagggagtgcaaggtcagctaaagctacatagtgag
actcagtctcaaccccaccccaaataaataaaaccgggagaggcgcttca
ttaggagtgagagcaaggagccaaagagatggacacttgctcttcttgtg
aaggaccattccattccatggtcaccccatgggggctcagggccatctgt
aacctcagttctaggggacctggtgccctcttctgacctctgctggcact
aggaaagagtgtggtacacatataagcattcaggcaaatattcatatcaa
ataacataaattttaaaaaatgtttaagagtgagacagagaaggcatggg
agggagagggaaaaagaagagggatggcc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_82549272_82550353
seq2: B6Ng01-257E01.b_46_1133

seq1  GAATTCTCCACACTCTGACACAGAATGGCTTTTAGGTGCATGGGAGCTAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCCACACTCTGACACAGAATGGCTTTTAGGTGCATGGGAGCTAC  50

seq1  CTGCATGCTTCCAGTCCCACCTCTGTGACTAGCTGTGTGATCATAGATAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCATGCTTCCAGTCCCACCTCTGTGACTAGCTGTGTGATCATAGATAT  100

seq1  GCTACTTCATCCCCTGTGTGCACCTCAATGCCTTCATGGGTGTAAGGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTTCATCCCCTGTGTGCACCTCAATGCCTTCATGGGTGTAAGGATG  150

seq1  AAGTCATGGGCTTATCAAGTGGGACCAAGAGAAGAGCAAATGAATTGGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATGGGCTTATCAAGTGGGACCAAGAGAAGAGCAAATGAATTGGTG  200

seq1  CACATAAAGTAATCGTATTTCCTGGCCCTTAAGTGCCCAGCACATTTAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATAAAGTAATCGTATTTCCTGGCCCTTAAGTGCCCAGCACATTTAGC  250

seq1  TAATGTTATAATTCATTTTATGGCATCATGAGAGTGTTAACTATCACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGTTATAATTCATTTTATGGCATCATGAGAGTGTTAACTATCACAGG  300

seq1  CATGAGCCATTCCACACATTACAGTCTTGTCATTTCAGCTGCACAGACTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGCCATTCCACACATTACAGTCTTGTCATTTCAGCTGCACAGACTT  350

seq1  CCCATGCCACTCCAGCTGAGCTGTCATAACAGAACACCACATATGGGTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGCCACTCCAGCTGAGCTGTCATAACAGAACACCACATATGGGTGT  400

seq1  CTTAAGCAAAAAGACATTCACTTTTCTCAAGTGTTGGACCTTAAAGTCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGCAAAAAGACATTCACTTTTCTCAAGTGTTGGACCTTAAAGTCCA  450

seq1  TTCTCAAGGTGCCAAAAATTTAACTCCTGGTGAGGGATCTCTTCCTAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAGGTGCCAAAAATTTAACTCCTGGTGAGGGATCTCTTCCTAGCT  500

seq1  TGCAGTCAGCTACCTTGTTAGTTTTGATTTGGTTTTGAGAAAGGGTCTAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTCAGCTACCTTGTTAGTTTTGATTTGGTTTTGAGAAAGGGTCTAA  550

seq1  CTTCACAGTCCTGGCTGGCCCAGAACTCACTATGCAGACCAAGCTGGCCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACAGTCCTGGCTGGCCCAGAACTCACTATGCAGACCAAGCTGGCCT  600

seq1  CCGATGAATAGAGATTTGCCAGTGCTGGGATCAAAGATGTGTGTCACCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGATGAATAGAGATTTGCCAGTGCTGGGATCAAAGATGTGTGTCACCAC  650

seq1  ACCCAGCCTCTGTTTTCTTCTCACTGTGTCTTTGTGTGGCTTTTCCTCTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGCCTCTGTTTTCTTCTCACTGTGTCTTTGTGTGGCTTTTCCTCTG  700

seq1  TGTATTCATGGAAGAAGAGAGTTCTCTGATATTTCTTCCTTTTCAATTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTCATGGAAGAAGAGAGTTCTCTGATATTTCTTCCTTTTCAATTTT  750

seq1  GTAATATAGTAAGGCCCCACAAAACTTCATGGTCTCATTTAACCTTGGTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAATATAGTAAGGCCCCACAAAACTTCATGGTCTCATTTAACCTTGGTC  800

seq1  ACCTCCTTAAAGGCTGCCTCTAGATGCAGCCACATGTCAAAGTAGTTTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCTTAAAGGCTGCCTCTAGATGCAGCCACATGTCAAAGTAGTTTGT  850

seq1  TGGGGTGTGGGGACAGCACAGTTCTGCCCATAACACACACTTTCCCAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGTGGGGACAGCACAGTTCTGCCCATAACACACACTTTCCCAGAG  900

seq1  TGACAGTCCAGCACACGCCATTGTCTGAAAACTTTAACACAAGCCATGAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACAGTCCAGCACACGCCATTGTCTGAAAACTTT-ACACAAGCCATGAT  949

seq1  GCCCTGCCCTCCAAGCCTCCAGCACTGTCATTCACTCCTGCAATCCTGGG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCTGCCCTCCAAGCCTCCAGCACTGTCATTCACTCCTGCAATCCTGGG  999

seq1  CTTCCT--GATAACTCCACC--TCTCA-TTTGTCTCCAGGCACTGAGTCC  1045
      ||| ||   |||||||||||   |||| ||||||| ||||||||||||||
seq2  CTTTCTTGAATAACTCCACCCTCCTCATTTTGTCT-CAGGCACTGAGTCC  1048

seq1  -TACCGACACTTCCTCCC-TTGA-TTCAGTGCCGCCCCTT  1082
       ||| ||||||||||||| |||| |||||||||| |||||
seq2  TTACGGACACTTCCTCCCTTTGATTTCAGTGCCGGCCCTT  1088

seq1: chr6_82760678_82761605
seq2: B6Ng01-257E01.g_67_995 (reverse)

seq1  GGCCATCCCTCT--CTTCTCCCTCTCCCTCCCATGCCTTCTCTGTCTCAC  48
      ||||||||||||   || ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCATCCCTCTTCTTTTTCCCTCTCCCTCCCATGCCTTCTCTGTCTCAC  50

seq1  TCTTAAACATTTTTTAAAATTTATGTTATTTGATATGAATATTTTGCCTG  98
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  TCTTAAACATTTTTTAAAATTTATGTTATTTGATATGAATA-TTTGCCTG  99

seq1  AATGCTTATATGTGTACCACACTCTTTCCTAGTGCCAGCAGAGGTCAGAA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCTTATATGTGTACCACACTCTTTCCTAGTGCCAGCAGAGGTCAGAA  149

seq1  GAGGGCACCAGGTCCCCTAGAACTGAGGTTACAGATGGCCCTGAGCCCCC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCACCAGGTCCCCTAGAACTGAGGTTACAGATGGCCCTGAGCCCCC  199

seq1  ATGGGGTGACCATGGAATGGAATGGTCCTTCACAAGAAGAGCAAGTGTCC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGTGACCATGGAATGGAATGGTCCTTCACAAGAAGAGCAAGTGTCC  249

seq1  ATCTCTTTGGCTCCTTGCTCTCACTCCTAATGAAGCGCCTCTCCCGGTTT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTGGCTCCTTGCTCTCACTCCTAATGAAGCGCCTCTCCCGGTTT  299

seq1  TATTTATTTGGGGTGGGGTTGAGACTGAGTCTCACTATGTAGCTTTAGCT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTGGGGTGGGGTTGAGACTGAGTCTCACTATGTAGCTTTAGCT  349

seq1  GACCTTGCACTCCCTCTGTGGGCCAGGCCAGCCCTGAACTCCTACACCTG  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGCACTCCCTCTGTGGGCCAGGCCAGCCCTGAACTCCTACACCTG  399

seq1  CTTTTGCTTCCCAAATTCTGGGATGAGAGGAATACATGACTAAGCCCAGG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGCTTCCCAAATTCTGGGATGAGAGGAATACATGACTAAGCCCAGG  449

seq1  ATTCCTCTCCAGGCTTTCTATTTTGAATAAACTCCAACTCTGCTCATACC  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTCTCCAGGCTTTCTATTTTGAATAAACTCCAACTCTGCTCATACC  499

seq1  AACTCATCCTGAAACGCTTTTTTTCTGGAGTGGCATCAAGGATCCAGCCT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCATCCTGAAACGCTTTTTTTCTGGAGTGGCATCAAGGATCCAGCCT  549

seq1  TTCTTGAGTGGACATCAAAGATTAAGGAAACTCCGTAGGCTGTCGACCGT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTGAGTGGACATCAAAGATTAAGGAAACTCCGTAGGCTGTCGACCGT  599

seq1  AGTTCTGGGTGGAGACTCCTGCTGACAAGATTGGGGCTAAGCACTGGCAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTGGGTGGAGACTCCTGCTGACAAGATTGGGGCTAAGCACTGGCAA  649

seq1  GCACTGTAGCCATGAGCATATTAGGGAAGCCTTGTCTTTTTCGGTAAGCA  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTGTAGCCATGAGCATATTAGGGAAGCCTTGTCTTTTTCGGTAAGCA  699

seq1  TTTTTAATATCTTTGACATCTTTCTGTGAATAATAAAGCTTTTAGGCTTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAATATCTTTGACATCTTTCTGTGAATAATAAAGCTTTTAGGCTTT  749

seq1  GCTTTCAAAGACCTGCCTCCCTTTCTATTTGGTTCACAGCCTGTGCCAGT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAAAGACCTGCCTCCCTTTCTATTTGGTTCACAGCCTGTGCCAGT  799

seq1  GCCTAAAACCTTCATTCCAGGCAAGACAAGACCTGGTGGACTTCAGATGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAAACCTTCATTCCAGGCAAGACAAGACCTGGTGGACTTCAGATGA  849

seq1  CCTCACCTCCAACTGTGACACCCCCAACTCTGGCTGCTCAGCCCTGTTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACCTCCAACTGTGACACCCCCAACTCTGGCTGCTCAGCCCTGTTGA  899

seq1  CCGTCTTGAGTTAGGTCTGAGAAAGAATTC  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTCTTGAGTTAGGTCTGAGAAAGAATTC  929