BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257J15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 12,845,534 - 12,992,053
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneNdufa4, Phf14, LOC100040844, EG625347, LOC435879, Thsd7a, LOC667735
Downstream geneLOC384350, Tmem106b, Gm467, Gm725, 1700016P04Rik, LOC100040478, Tmem168, B630005N14Rik, Gpr85, 2610001J05Rik, LOC100041043
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257J15.bB6Ng01-257J15.g
ACCGA063257GA063258
length1,150548
definitionB6Ng01-257J15.b B6Ng01-257J15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(12,845,534 - 12,846,684)(12,991,509 - 12,992,053)
sequence
gaattcaaataatttcaacatacatttgccaaatccagtctcaaccaata
ctaaatgatagttaatatgattaaaactctaaattaacaaaatactaagc
tagtagctttatactttaaaatattatgtttgttccttaggagagcattg
gaatgatggctcagtggttcagagctcctactactcttgaagaagagctg
agttaggttcccagaatcaacagggtggtccataaccctctgtaactcca
gttcagaggatctattgctttcatctgatctccatagggaccagacatac
acatggtgcacatacatacatacatacatacatacatacatgcatgcatc
aaaactcttacatacacaaaattaaacaaatactataatagactttaaaa
ggaaaaaaatacattctctgaaaagagtttttaattgtttagatgtattt
gtattgtgtgtgtgtttgattatgtttataaaaaatgtgtaaacaaaaac
tagacaattgtaatctttatgtataaagaatttttgaaaattgtactaaa
tatatatttctatatataaataagtgctaaccaattgtaatttattgaaa
ccctctttactttttcctagaagctaataataaattagcagaacccaaaa
gtttctcttgctaaaaccccttttagtaaggaatggtaaagattccatta
tgacctgcacattccattccactgtgcagaacattatatttgagagtatc
tttattccctctaaggaaatgagagctattctagataataatgacagtat
atcatagaggactttgttttgcactgtttggtcaggaatgcatgactaga
gcaaacatatttaattagtgaggagcatcctcaggggcctaaaggagcca
agcttgtgaaaacaatgttgtaaacataatactctaattgaactgcattc
aagtttaatgaagttgaattgatagcaggcatttaaatgatgtaatgtgt
tattttcagatgttcttatcttcctccatcatttgcctttaaaaatgata
aaatgtaaaagaacactctcaggagtgtggggttacagagaaagaaactg
catttatgtaccataaatgtttagtatactacagggaatcaaaaccttaa


gaattcagctttcaaacagataagtgtcattaattattttagtaataatt
atgaaacattccctatatcagaaagtggactttgactacatctatgttct
acttagtgaaaatgttttattctaggtactctttcccaaattgcctgatt
aaattttatttattttgctattgtgctaatagcataagatatcatccttg
tgtaataagataaatgacaataggaaatgttcctttataccggtcaagtg
tgtcaattataaagttagctcacaaccatttgctcaccttttaaatacta
tctgagttttgtatatagtaggtttaggtgaaggtgtcactactcattca
ttagtttctacagtacaatttttaaatctaactcatgaaagtgtgacaaa
gccttttttgttgttgttgttacatattagataatggcaaaggatccctg
acaaatgaattgtgaagttctatgaattatagtaagggatatatatatat
atatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_12845534_12846684
seq2: B6Ng01-257J15.b_45_1194

seq1  GAATTCAAATAATTTCAACATACATTTGCCAAATCCAGTCTCAACCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAATAATTTCAACATACATTTGCCAAATCCAGTCTCAACCAATA  50

seq1  CTAAATGATAGTTAATATGATTAAAACTCTAAATTAACAAAATACTAAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATGATAGTTAATATGATTAAAACTCTAAATTAACAAAATACTAAGC  100

seq1  TAGTAGCTTTATACTTTAAAATATTATGTTTGTTCCTTAGGAGAGCATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAGCTTTATACTTTAAAATATTATGTTTGTTCCTTAGGAGAGCATTG  150

seq1  GAATGATGGCTCAGTGGTTCAGAGCTCCTACTACTCTTGAAGAAGAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGATGGCTCAGTGGTTCAGAGCTCCTACTACTCTTGAAGAAGAGCTG  200

seq1  AGTTAGGTTCCCAGAATCAACAGGGTGGTCCATAACCCTCTGTAACTCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGGTTCCCAGAATCAACAGGGTGGTCCATAACCCTCTGTAACTCCA  250

seq1  GTTCAGAGGATCTATTGCTTTCATCTGATCTCCATAGGGACCAGACATAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAGAGGATCTATTGCTTTCATCTGATCTCCATAGGGACCAGACATAC  300

seq1  ACATGGTGCACATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGTGCACATACATACATACATACATACATACATACATGCATGCATC  350

seq1  AAAACTCTTACATACACAAAATTAAACAAATACTATAATAGACTTTAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTCTTACATACACAAAATTAAACAAATACTATAATAGACTTTAAAA  400

seq1  GGAAAAAAATACATTCTCTGAAAAGAGTTTTTAATTGTTTAGATGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAAAAATACATTCTCTGAAAAGAGTTTTTAATTGTTTAGATGTATTT  450

seq1  GTATTGTGTGTGTGTTTGATTATGTTTATAAAAAATGTGTAAACAAAAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTGTGTGTGTGTTTGATTATGTTTATAAAAAATGTGTAAACAAAAAC  500

seq1  TAGACAATTGTAATCTTTATGTATAAAGAATTTTTGAAAATTGTACTAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAATTGTAATCTTTATGTATAAAGAATTTTTGAAAATTGTACTAAA  550

seq1  TATATATTTCTATATATAAATAAGTGCTAACCAATTGTAATTTATTGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATTTCTATATATAAATAAGTGCTAACCAATTGTAATTTATTGAAA  600

seq1  CCCTCTTTACTTTTTCCTAGAAGCTAATAATAAATTAGCAGAACCCAAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCTTTACTTTTTCCTAGAAGCTAATAATAAATTAGCAGAACCCAAAA  650

seq1  GTTTCTCTTGCTAAAACCCCTTTTAGTAAGGAATGGTAAAGATTCCATTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTTGCTAAAACCCCTTTTAGTAAGGAATGGTAAAGATTCCATTA  700

seq1  TGACCTGCACATTCCATTCCACTGTGCAGAACATTATATTTGAGAGTATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTGCACATTCCATTCCACTGTGCAGAACATTATATTTGAGAGTATC  750

seq1  TTTATTCCCTCTAAGGAAATGAGAGCTATTCTAGATAATAATGACAGTAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTCCCTCTAAGGAAATGAGAGCTATTCTAGATAATAATGACAGTAT  800

seq1  ATCATAGAGGACTTTGTTTTGCACTGTTTGGTCAGGAATGCATGACTAGA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGAGGACTTTGTTTTGCACTGTTTGGTCAGGAATGCATGACTAGA  850

seq1  GCAAACATATTTAATTAGTGAGGAGCATCCTCAGGGGCCT-AAGGAGCCA  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  GCAAACATATTTAATTAGTGAGGAGCATCCTCAGGGGCCTAAAGGAGCCA  900

seq1  AGCTTGTGAAAAACAATGTTGTAAACATAATACTCTAATTGAACTGCATT  949
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTGTG-AAAACAATGTTGTAAACATAATACTCTAATTGAACTGCATT  949

seq1  CAAGTTTAATGAAGTTGAATTGATAGCAGGGCATTAAATGATGTAATGTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||
seq2  CAAGTTTAATGAAGTTGAATTGATAGCAGGCATTTAAATGATGTAATGTG  999

seq1  T--ATTTCAGATGTTCTTATCTTCCTCCATCATTTG-CTTTAAAAATGAT  1046
      |   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TTATTTTCAGATGTTCTTATCTTCCTCCATCATTTGCCTTTAAAAATGAT  1049

seq1  AAAATGTAAAAGAACACTCTCCAGAAGTGTGGGGTTACAGAGAAAGAAAA  1096
      |||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAATGTAAAAGAACACTCT-CAGGAGTGTGGGGTTACAGAGAAAG-AAA  1097

seq1  CTGCATTTATGTACCATAAATGTTTAAGGTATAATTACAGG--ATCAAAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||  |||| | ||||||  ||| |||
seq2  CTGCATTTATGTACCATAAATGTTTA--GTAT-ACTACAGGGAATC-AAA  1143

seq1  AACTTAA  1151
      | |||||
seq2  ACCTTAA  1150


seq1: chr6_12991509_12992053
seq2: B6Ng01-257J15.g_67_611 (reverse)

seq1  TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATA  50

seq1  TATATATCCCTTACTATAATTCATAGAACTTCACAATTCATTTGTCAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCCCTTACTATAATTCATAGAACTTCACAATTCATTTGTCAGGG  100

seq1  ATCCTTTGCCATTATCTAATATGTAACAACAACAACAAAAAAGGCTTTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTGCCATTATCTAATATGTAACAACAACAACAAAAAAGGCTTTGT  150

seq1  CACACTTTCATGAGTTAGATTTAAAAATTGTACTGTAGAAACTAATGAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTTTCATGAGTTAGATTTAAAAATTGTACTGTAGAAACTAATGAAT  200

seq1  GAGTAGTGACACCTTCACCTAAACCTACTATATACAAAACTCAGATAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTAGTGACACCTTCACCTAAACCTACTATATACAAAACTCAGATAGTA  250

seq1  TTTAAAAGGTGAGCAAATGGTTGTGAGCTAACTTTATAATTGACACACTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAGGTGAGCAAATGGTTGTGAGCTAACTTTATAATTGACACACTT  300

seq1  GACCGGTATAAAGGAACATTTCCTATTGTCATTTATCTTATTACACAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCGGTATAAAGGAACATTTCCTATTGTCATTTATCTTATTACACAAGG  350

seq1  ATGATATCTTATGCTATTAGCACAATAGCAAAATAAATAAAATTTAATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATCTTATGCTATTAGCACAATAGCAAAATAAATAAAATTTAATCA  400

seq1  GGCAATTTGGGAAAGAGTACCTAGAATAAAACATTTTCACTAAGTAGAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATTTGGGAAAGAGTACCTAGAATAAAACATTTTCACTAAGTAGAAC  450

seq1  ATAGATGTAGTCAAAGTCCACTTTCTGATATAGGGAATGTTTCATAATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATGTAGTCAAAGTCCACTTTCTGATATAGGGAATGTTTCATAATTA  500

seq1  TTACTAAAATAATTAATGACACTTATCTGTTTGAAAGCTGAATTC  545
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTAAAATAATTAATGACACTTATCTGTTTGAAAGCTGAATTC  545


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |