BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259A14
Chromosome6 (Build37)
Map Location 74,763,961 - 74,929,293
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneEG668132, LOC668136, LOC621306, LOC100042942, LOC668143, EG668145
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259A14.bB6Ng01-259A14.g
ACCGA064324GA064325
length1,1441,070
definitionB6Ng01-259A14.b B6Ng01-259A14.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(74,928,134 - 74,929,293)(74,763,961 - 74,765,032)
sequence
gaattctcttctctgcacctgggtaggagatatgacacatgactgttatc
ataacttataaaaatcaaggaaattcatgagtaggttacttggtgttgta
tgagctacaatgcttagtaactcctgtgattagggacaaataactgagaa
aattgaaaaatggtttatgcaggggaaagtgtgatacgttcctgcactcc
caggacttacaagtcaggtttcaatttaatcatgtttctaaacaaataaa
taaagagttcaaaaacatagcaaccaataaggaaatgcaaaacgtttata
tttatatttggaatttttaaatagaaaaataccctaaatcttaggttgtt
tctgaattcccttgctcatagtataatagttagagacacatagaacagtg
tccactcaaatattttgtagatgtcttgaaaagaaaactaaatttgtttc
tttatttacaagcaagtgtacagcatcattcatcagcggcagctgcctcc
ctgtcttataaattattaaatgtctcctttgtgctcatcactccatctac
ttagtgcaacggttcacactacaaaggaaaaggaagtttagctgttttcc
ggaatgttttagtacatgtctgtctcatgctctgtggcaagcaatagcag
tggatattttccagattacttattctcttccataaatatttaagattgtg
ctactgtgaggatatatttatattcttcactgcatgtaaatttccagctg
tgactataatatttcccagcaggtaaaacactaattttcacctttacagt
gtagcaaaaacaggggcataatcttcagtgtttactgataaacatatttt
ctgaacacatatataaattgtatgattttcttctaaacctttaaacatct
ttataaaggattttattattaagtttcaataatgtttatatgtgtgcttg
tgcatggaagtagtatttctgcgaaagccacagagtggctagatacctga
aactggcaattttgagttgtctgacatgggttctgacactgatcagtcct
cttgagacagtgcatatttatgactgagttagatctcttccagatcttct
aattttatgttagtgctcattttagctttaaaatttgtattgca

gaattccataatggagaggagaaatggtcacagattcaggcatgcagctc
ttcatcgtattttgaaatggtatattgatgtttttaactataaacatctc
ttatttctctttcttgtccaaaatccttgtatatcttttttttttccttt
ccatgaaattcccctttgttttctcacttagtgggcagccacatgcttgt
ttcctacatattctaaaagaacaaactgggaagttccccatgccatcata
attttctagttagtgatgtgacagattacttataagtatgttaggttttt
tttgtcacaatcatattatcatttgttcttaaacaaaaacccttgtatta
ttcaatttatcaattaattacccatcactattgtactctataatctctat
ctttatacctgtattttattgctaatagaagtcaagacattatgataact
tttcaaaacctagattaatgaataaattctaagtaatgcatataagtaag
gaatgacacttaagtatctaagtatgcacaaaagtggccatagactaata
cataaaatataaaaaaaaacactttaaaaaagatttatgtattttatgta
tatgatgatactatagctatcttcagacacacaagaagagggaactagat
accattacagatggttgtaatccaccatgtgtttactgggatttgaattc
aggaactctagaagagcagtaagtgctccttttgtattgattattttact
tatttacatttcaaatgttgtcccccttccaggtttcccctaagcaaatc
ccccctatcacatcaaccctccacctccacctcactgccctagaatcccc
cctactctggagcattgagccttcacaggaccatggcccttccctcccat
tggtgccagataagaccattctctgatacatatacagctggacccatgga
tcccttcaatgtgtattttttggttggtggtttgtccctgggagctctgg
aaaggtcctgttagttgatattctgttcttcctatggggttgcaaatccc
ttcagctcttagtcctcccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_74928134_74929293
seq2: B6Ng01-259A14.b_46_1189 (reverse)

seq1  TGCAATTAACAAATTTTAAAAGCTAAAATTAAACCACCTACATAAAATTT  50
      ||||||  ||||||||| |||||||||||   | |||  |||||||| ||
seq2  TGCAAT--ACAAATTTT-AAAGCTAAAAT--GAGCACTAACATAAAA-TT  44

seq1  AGAAGATCTGG-AGAGATCTAACTCAGTCATTAAAATAATGCACTGTTCT  99
      ||||||||||| |||||||||||||||||||  |||| |||||||||   
seq2  AGAAGATCTGGAAGAGATCTAACTCAGTCAT--AAAT-ATGCACTGT--C  89

seq1  TCCAGAGGACCTGATTCAGTTGTCAGAACCCATGTCAGACAACTCAAAAT  149
      || |||||| |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGGA-CTGA-TCAG-TGTCAGAACCCATGTCAGACAACTCAAAAT  136

seq1  TGCCAGTTTCAGGTTATCTAGCCACCTCTGTGGCTTCCGCAGAAATACTA  199
      ||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGCCAGTTTCAGG-TATCTAGCCA-CTCTGTGGCTTTCGCAGAAATACTA  184

seq1  CTTCCATGCACAAGCACACATATAAACATTATTGAAACTTAAATAATAAA  249
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CTTCCATGCACAAGCACACATATAAACATTATTGAAACTT-AATAATAAA  233

seq1  ATCCTTTATAAAGATGTTTAAAGGTTTAGAAGAAAATCATACAATTTATA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTTATAAAGATGTTTAAAGGTTTAGAAGAAAATCATACAATTTATA  283

seq1  TATTGTGTTCAGAAAATATGTTTATCAGTAAACACTGAAGATTATGCCCC  349
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TGTGTTCAGAAAATATGTTTATCAGTAAACACTGAAGATTATGCCCC  332

seq1  TGTTTTTGCTACACTGTAAAGGTG-AAATTAGTGTTTTACCTGCTGGGAA  398
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTGCTACACTGTAAAGGTGAAAATTAGTGTTTTACCTGCTGGGAA  382

seq1  ATATTATAGTCACAGCTGGAAATTTACATGCAGTGAAGAATATAAATATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTATAGTCACAGCTGGAAATTTACATGCAGTGAAGAATATAAATATA  432

seq1  TCCTCACAGTAGCACAATCTTAAATATTTATGGAAGAGAATAAGTAATCT  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCACAGTAGCACAATCTTAAATATTTATGGAAGAGAATAAGTAATCT  482

seq1  GGAAAATATCCACTGCTATTGCTTGCCACAGAGCATGAGACAGACATGTA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAATATCCACTGCTATTGCTTGCCACAGAGCATGAGACAGACATGTA  532

seq1  CTAAAACATTCCGGAAAACAGCTAAACTTCCTTTTCCTTTGTAGTGTGAA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAACATTCCGGAAAACAGCTAAACTTCCTTTTCCTTTGTAGTGTGAA  582

seq1  CCGTTGCACTAAGTAGATGGAGTGATGAGCACAAAGGAGACATTTAATAA  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTGCACTAAGTAGATGGAGTGATGAGCACAAAGGAGACATTTAATAA  632

seq1  TTTATAAGACAGGGAGGCAGCTGCCGCTGATGAATGATGCTGTACACTTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGACAGGGAGGCAGCTGCCGCTGATGAATGATGCTGTACACTTG  682

seq1  CTTGTAAATAAAGAAACAAATTTAGTTTTCTTTTCAAGACATCTACAAAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTAAATAAAGAAACAAATTTAGTTTTCTTTTCAAGACATCTACAAAA  732

seq1  TATTTGAGTGGACACTGTTCTATGTGTCTCTAACTATTATACTATGAGCA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGAGTGGACACTGTTCTATGTGTCTCTAACTATTATACTATGAGCA  782

seq1  AGGGAATTCAGAAACAACCTAAGATTTAGGGTATTTTTCTATTTAAAAAT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTCAGAAACAACCTAAGATTTAGGGTATTTTTCTATTTAAAAAT  832

seq1  TCCAAATATAAATATAAACGTTTTGCATTTCCTTATTGGTTGCTATGTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATATAAATATAAACGTTTTGCATTTCCTTATTGGTTGCTATGTTT  882

seq1  TTGAACTCTTTATTTATTTGTTTAGAAACATGATTAAATTGAAACCTGAC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTCTTTATTTATTTGTTTAGAAACATGATTAAATTGAAACCTGAC  932

seq1  TTGTAAGTCCTGGGAGTGCAGGAACGTATCACACTTTCCCCTGCATAAAC  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTAAGTCCTGGGAGTGCAGGAACGTATCACACTTTCCCCTGCATAAAC  982

seq1  CATTTTTCAATTTTCTCAGTTATTTGTCCCTAATCACAGGAGTTACTAAG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCAATTTTCTCAGTTATTTGTCCCTAATCACAGGAGTTACTAAG  1032

seq1  CATTGTAGCTCATACAACACCAAGTAACCTACTCATGAATTTCCTTGATT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGTAGCTCATACAACACCAAGTAACCTACTCATGAATTTCCTTGATT  1082

seq1  TTTATAAGTTATGATAACAGTCATGTGTCATATCTCCTACCCAGGTGCAG  1148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAAGTTATGATAACAGTCATGTGTCATATCTCCTACCCAGGTGCAG  1132

seq1  AGAAGAGAATTC  1160
      ||||||||||||
seq2  AGAAGAGAATTC  1144


seq1: chr6_74763961_74765032
seq2: B6Ng01-259A14.g_65_1134

seq1  GAATTCCATAATGGAGAGGAGAAATGGTCACAGATTCAGGCATGCAGCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAATGGAGAGGAGAAATGGTCACAGATTCAGGCATGCAGCTC  50

seq1  TTCATCGTATTTTGAAATGGTATATTGATGTTTTTAACTATAAACATCTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCGTATTTTGAAATGGTATATTGATGTTTTTAACTATAAACATCTC  100

seq1  TTATTTCTCTTTCTTGTCCAAAATCCTTGTATATCTTTTTTTTTTCCTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTCTCTTTCTTGTCCAAAATCCTTGTATATCTTTTTTTTTTCCTTT  150

seq1  CCATGAAATTCCCCTTTGTTTTCTCACTTAGTGGGCAGCCACATGCTTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAAATTCCCCTTTGTTTTCTCACTTAGTGGGCAGCCACATGCTTGT  200

seq1  TTCCTACATATTCTAAAAGAACAAACTGGGAAGTTCCCCATGCCATCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTACATATTCTAAAAGAACAAACTGGGAAGTTCCCCATGCCATCATA  250

seq1  ATTTTCTAGTTAGTGATGTGACAGATTACTTATAAGTATGTTAGGTTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTAGTTAGTGATGTGACAGATTACTTATAAGTATGTTAGGTTTTT  300

seq1  TTTGTCACAATCATATTATCATTTGTTCTTAAACAAAAACCCTTGTATTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCACAATCATATTATCATTTGTTCTTAAACAAAAACCCTTGTATTA  350

seq1  TTCAATTTATCAATTAATTACCCATCACTATTGTACTCTATAATCTCTAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATTTATCAATTAATTACCCATCACTATTGTACTCTATAATCTCTAT  400

seq1  CTTTATACCTGTATTTTATTGCTAATAGAAGTCAAGACATTATGATAACT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATACCTGTATTTTATTGCTAATAGAAGTCAAGACATTATGATAACT  450

seq1  TTTCAAAACCTAGATTAATGAATAAATTCTAAGTAATGCATATAAGTAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAAAACCTAGATTAATGAATAAATTCTAAGTAATGCATATAAGTAAG  500

seq1  GAATGACACTTAAGTATCTAAGTATGCACAAAAGTGGCCATAGACTAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGACACTTAAGTATCTAAGTATGCACAAAAGTGGCCATAGACTAATA  550

seq1  CATAAAATATAAAAAAAAACACTTTAAAAAAGATTTATGTATTTTATGTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAATATAAAAAAAAACACTTTAAAAAAGATTTATGTATTTTATGTA  600

seq1  TATGATGATACTATAGCTATCTTCAGACACACAAGAAGAGGGAACTAGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGATGATACTATAGCTATCTTCAGACACACAAGAAGAGGGAACTAGAT  650

seq1  ACCATTACAGATGGTTGTAATCCACCATGTGTTTACTGGGATTTGAATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTACAGATGGTTGTAATCCACCATGTGTTTACTGGGATTTGAATTC  700

seq1  AGGAACTCTAGAAGAGCAGTAAGTGCTCCTTTTGTATTGATTATTTTACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAACTCTAGAAGAGCAGTAAGTGCTCCTTTTGTATTGATTATTTTACT  750

seq1  TATTTACATTTCAAATGTTGTCCCCCTTCCAGGTTTCCCCTAAGCAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTACATTTCAAATGTTGTCCCCCTTCCAGGTTTCCCCTAAGCAAATC  800

seq1  CCCCCTATCACATCAACCCTCCACCTCCACCTCACTGCCCTAGAATCCCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCTATCACATCAACCCTCCACCTCCACCTCACTGCCCTAGAATCCCC  850

seq1  CCTACTCTGGAGCATTGAGCCTTCACAGGACCATGGCCCTTCCCTCCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTACTCTGGAGCATTGAGCCTTCACAGGACCATGGCCCTTCCCTCCCAT  900

seq1  TGGTGCCAGATAAGACCATTCTCTGATACATATACAGCTGGACCCATGGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGCCAGATAAGACCATTCTCTGATACATATACAGCTGGACCCATGGA  950

seq1  TCCC-TCCATGTGTATTTTTTGGTTGGTGGTTTTGTCCCTGGGAGCTCTG  999
      |||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTCAATGTGTATTTTTTGGTTGGTGG-TTTGTCCCTGGGAGCTCTG  999

seq1  G-AAGGTCCTGTTAGTTGATATTCTTGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAATC  1048
      | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGTCCTGTTAGTTGATATTC-TGTTCTTCCTATGGGGTTGCAAATC  1048

seq1  CCTTCAGCTCCTTAGGTCCTCCCC  1072
      ||||||||| |||| |||||||||
seq2  CCTTCAGCT-CTTA-GTCCTCCCC  1070


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |