BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259G08
Chromosome6 (Build37)
Map Location 80,798,659 - 80,932,890
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100043392, Lrrtm4, LOC100043390
Downstream geneLOC100042991, LOC232143, 1700009C05Rik, AW146020, Mrpl19
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259G08.bB6Ng01-259G08.g
ACCGA064586GA064587
length1,109989
definitionB6Ng01-259G08.b B6Ng01-259G08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(80,931,774 - 80,932,890)(80,798,659 - 80,799,631)
sequence
gaattccatccctagaccataattccatcctcccctcataattggtacaa
ttccatatacattaacgtcagagttgctttctgttggaatacaagcctcc
cagatggtgactgattaaacttgacccgagtgaactctccaaagaattaa
ttctaaattaagagatgaatgaagggtttgctttttgaaatttctaattt
agaagctctttaatttcacactaatttaagtcaaactactttaaattgag
acatgtctccatagggctggtctgtattaattgaatactcatatcccaat
tttgtaattgctgccaagactttaaaattatagataacagttattgtaca
tgcagaagaaattaagggaggacaaaaagagtggctgcttatcatgcata
aatatattctttagtactactaagagtagtaccattataatactgttatg
tctacttaaaaaagaaagaaattttagggccagtgagatggctcagtgga
tgaagacacttgctgccaaagttgatgatcagagtttaatctctaaaacc
tacacaatggaagaagcaaaccaacttctctgacttcaatgttcacgctg
tgggatacatacacatgtatgtgcatgtgcatgcacgcacgcacccacgc
atgaaccccccccacccccagatataataaaagctttaagaagaaatttt
attgacttgttatagttagttctcaaaaacttggcattgcatttgaaaac
ctgtattgcttcttgaaaagtagccactaagaattattatataaattatt
agaagtaaataataatagagtttctggttttggcatctatctacactatc
atgtttaagatttccatgtactggcacacatgtactggcacacatgtaca
tatgtgtattatgaggtcatttaataatagtagtaaatttatttaatatt
cattagcaaaaagttcaatattgatctgaaaaaatatcatactgcaatca
gtgactaatgttatttttgttcatgttcagtgactattttatagatatat
tgaatagatcaaatgtgattgaaatttaatatgttgaactagagtgtaat
agcacacac

gaattctttaaactatgctaaaagttctcatttaggtctgctctgctaag
cattttgttttcttaaaacaaaaatttacttatcattgttgctatgattc
caaaatagtcatgtctatttattcatgtcatactaattctccataagtta
ttttggatacattgttttgtgatcttatatagctagatgccttttcctta
acgagtggactgactatggagaatttcaggttacacagctgtgcattcaa
gggcttgtttctagaacattcacagttcattatatatcgtcactgtagag
agatcagaggctctatctccttgttacctgtctgatgccctaaatagaac
tggaatatttactacaaaaacgtggacatacattgctatagtaggtattg
ctctacctattttaaaatgctaatgtctccagattaaatgtttacttcat
cttacaaccatatgctatgaggtctttgatgtggaaacttctttggaaaa
ttagttatgtcaagtgacggtttgttggagcacacaggtgaaaggatgtc
ttgctagagcaaacagaaaaaaatgtttccctgaatcagacacaagtgaa
aggatgttttgctggggcagacacaggtgaagagatgttttgatatatca
aacaagtgaaaggacctgtgctgatagagtataaatatgaccccacagag
agtgggggatgagcactgcacattggttcactttgctctgccttgctatt
cttcactaataacatacaggtattggttcaccttccatagtgctgttgag
ctcaacttgtggtaatgctgccattaagaaaagctcacccaagaactcct
catgaggttcctgctgcagcttgctgcttccatggcctcacctcaggcca
gctggccagccttcaagattgaactacagctgctggttcatgtttgctgt
ctgcctgcctagaggactgatctgcagttgctgagtgat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_80931774_80932890
seq2: B6Ng01-259G08.b_45_1153 (reverse)

seq1  GTGTGTGCTATTTACCAACTCTAGTTTCACATATTAAATTTCAAATTCAC  50
      |||||||||| ||||  |||||||||  ||||||||||||||||  ||||
seq2  GTGTGTGCTA-TTAC--ACTCTAGTTCAACATATTAAATTTCAA--TCAC  45

seq1  ATTTGATCTTATCAATATTATCTATAAAAATAGTCACTGAACATTGAAC-  99
      |||||||||  |||||| ||||||| ||||||||||||||||| ||||| 
seq2  ATTTGATCTATTCAATA-TATCTAT-AAAATAGTCACTGAACA-TGAACA  92

seq1  AAAATAACATTAAGTCACTGATTGCAGTATGATA-TTTTTCAGATCAATA  148
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AAAATAACATT-AGTCACTGATTGCAGTATGATATTTTTTCAGATCAATA  141

seq1  TTGAACTTTTTTGCTAATGAATATTAAATAAATTTACTACTATTATTAAA  198
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAC-TTTTTGCTAATGAATATTAAATAAATTTACTACTATTATTAAA  190

seq1  TGACCTCATAATACACATATGTACATGTGTGCCAGTACATGTGTGCCAGT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTCATAATACACATATGTACATGTGTGCCAGTACATGTGTGCCAGT  240

seq1  ACATGGAAATCTTAAACATGATAGTGTAGATAGATGCCAAAACCAGAAAC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGAAATCTTAAACATGATAGTGTAGATAGATGCCAAAACCAGAAAC  290

seq1  TCTATTATTATTTACTTCTAATAATTTATATAATAATTCTTAGTGGCTAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATTATTATTTACTTCTAATAATTTATATAATAATTCTTAGTGGCTAC  340

seq1  TTTTCAAGAAGCAATACAGGTTTTCAAATGCAATGCCAAGTTTTTGAGAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAAGAAGCAATACAGGTTTTCAAATGCAATGCCAAGTTTTTGAGAA  390

seq1  CTAACTATAACAAGTCAATAAAATTTCTTCTTAAAGCTTTTATTATATCT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTATAACAAGTCAATAAAATTTCTTCTTAAAGCTTTTATTATATCT  440

seq1  GGGGGTGGGGGGGGTTCATGCGTGGGTGCGTGCGTGCATGCACATGCACA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTGGGGGGGGTTCATGCGTGGGTGCGTGCGTGCATGCACATGCACA  490

seq1  TACATGTGTATGTATCCCACAGCGTGAACATTGAAGTCAGAGAAGTTGGT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATGTGTATGTATCCCACAGCGTGAACATTGAAGTCAGAGAAGTTGGT  540

seq1  TTGCTTCTTCCATTGTGTAGGTTTTAGAGATTAAACTCTGATCATCAACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTCCATTGTGTAGGTTTTAGAGATTAAACTCTGATCATCAACT  590

seq1  TTGGCAGCAAGTGTCTTCATCCACTGAGCCATCTCACTGGCCCTAAAATT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCAGCAAGTGTCTTCATCCACTGAGCCATCTCACTGGCCCTAAAATT  640

seq1  TCTTTCTTTTTTAAGTAGACATAACAGTATTATAATGGTACTACTCTTAG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTTTTTTAAGTAGACATAACAGTATTATAATGGTACTACTCTTAG  690

seq1  TAGTACTAAAGAATATATTTATGCATGATAAGCAGCCACTCTTTTTGTCC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTACTAAAGAATATATTTATGCATGATAAGCAGCCACTCTTTTTGTCC  740

seq1  TCCCTTAATTTCTTCTGCATGTACAATAACTGTTATCTATAATTTTAAAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTTAATTTCTTCTGCATGTACAATAACTGTTATCTATAATTTTAAAG  790

seq1  TCTTGGCAGCAATTACAAAATTGGGATATGAGTATTCAATTAATACAGAC  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGGCAGCAATTACAAAATTGGGATATGAGTATTCAATTAATACAGAC  840

seq1  CAGCCCTATGGAGACATGTCTCAATTTAAAGTAGTTTGACTTAAATTAGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTATGGAGACATGTCTCAATTTAAAGTAGTTTGACTTAAATTAGT  890

seq1  GTGAAATTAAAGAGCTTCTAAATTAGAAATTTCAAAAAGCAAACCCTTCA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAATTAAAGAGCTTCTAAATTAGAAATTTCAAAAAGCAAACCCTTCA  940

seq1  TTCATCTCTTAATTTAGAATTAATTCTTTGGAGAGTTCACTCGGGTCAAG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATCTCTTAATTTAGAATTAATTCTTTGGAGAGTTCACTCGGGTCAAG  990

seq1  TTTAATCAGTCACCATCTGGGAGGCTTGTATTCCAACAGAAAGCAACTCT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATCAGTCACCATCTGGGAGGCTTGTATTCCAACAGAAAGCAACTCT  1040

seq1  GACGTTAATGTATATGGAATTGTACCAATTATGAGGGGAGGATGGAATTA  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGTTAATGTATATGGAATTGTACCAATTATGAGGGGAGGATGGAATTA  1090

seq1  TGGTCTAGGGATGGAATTC  1117
      |||||||||||||||||||
seq2  TGGTCTAGGGATGGAATTC  1109


seq1: chr6_80798659_80799631
seq2: B6Ng01-259G08.g_68_1040

seq1  GAATTCTTTAAACTATGCTAAAAGTTCTCATTTAGGTCTGCTCTGCTAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTAAACTATGCTAAAAGTTCTCATTTAGGTCTGCTCTGCTAAG  50

seq1  CATTTTGTTTTCTTAAAACAAAAATTTACTTATCATTGTTGCTATGATTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTTTTCTTAAAACAAAAATTTACTTATCATTGTTGCTATGATTC  100

seq1  CAAAATAGTCATGTCTATTTATTCATGTCATACTAATTCTCCATAAGTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAATAGTCATGTCTATTTATTCATGTCATACTAATTCTCCATAAGTTA  150

seq1  TTTTGGATACATTGTTTTGTGATCTTATATAGCTAGATGCCTTTTCCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGATACATTGTTTTGTGATCTTATATAGCTAGATGCCTTTTCCTTA  200

seq1  ACGAGTGGACTGACTATGGAGAATTTCAGGTTACACAGCTGTGCATTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGAGTGGACTGACTATGGAGAATTTCAGGTTACACAGCTGTGCATTCAA  250

seq1  GGGCTTGTTTCTAGAACATTCACAGTTCATTATATATCGTCACTGTAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTTGTTTCTAGAACATTCACAGTTCATTATATATCGTCACTGTAGAG  300

seq1  AGATCAGAGGCTCTATCTCCTTGTTACCTGTCTGATGCCCTAAATAGAAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGAGGCTCTATCTCCTTGTTACCTGTCTGATGCCCTAAATAGAAC  350

seq1  TGGAATATTTACTACAAAAACGTGGACATACATTGCTATAGTAGGTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATATTTACTACAAAAACGTGGACATACATTGCTATAGTAGGTATTG  400

seq1  CTCTACCTATTTTAAAATGCTAATGTCTCCAGATTAAATGTTTACTTCAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTACCTATTTTAAAATGCTAATGTCTCCAGATTAAATGTTTACTTCAT  450

seq1  CTTACAACCATATGCTATGAGGTCTTTGATGTGGAAACTTCTTTGGAAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACAACCATATGCTATGAGGTCTTTGATGTGGAAACTTCTTTGGAAAA  500

seq1  TTAGTTATGTCAAGTGACGGTTTGTTGGAGCACACAGGTGAAAGGATGTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTATGTCAAGTGACGGTTTGTTGGAGCACACAGGTGAAAGGATGTC  550

seq1  TTGCTAGAGCAAACAGAAAAAAATGTTTCCCTGAATCAGACACAAGTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAGAGCAAACAGAAAAAAATGTTTCCCTGAATCAGACACAAGTGAA  600

seq1  AGGATGTTTTGCTGGGGCAGACACAGGTGAAGAGATGTTTTGATATATCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGTTTTGCTGGGGCAGACACAGGTGAAGAGATGTTTTGATATATCA  650

seq1  AACAAGTGAAAGGACCTGTGCTGATAGAGTATAAATATGACCCCACAGAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGTGAAAGGACCTGTGCTGATAGAGTATAAATATGACCCCACAGAG  700

seq1  AGTGGGGGATGAGCACTGCACATTGGTTCACTTTGCTCTGCCTTGCTATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGGGATGAGCACTGCACATTGGTTCACTTTGCTCTGCCTTGCTATT  750

seq1  CTTCACTAATAACATACAGGTATTGGTTCACCTTCCATAGTGCTGTTGAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTAATAACATACAGGTATTGGTTCACCTTCCATAGTGCTGTTGAG  800

seq1  CTCAACTTGTGGTAATGCTGCCATTAAGAAAAGCTCACCCAAGAACTCCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACTTGTGGTAATGCTGCCATTAAGAAAAGCTCACCCAAGAACTCCT  850

seq1  CATGAGGTTCCTGCTGCAGCTTGCTGCTTCCATGGCCTCACCTCAGGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAGGTTCCTGCTGCAGCTTGCTGCTTCCATGGCCTCACCTCAGGCCA  900

seq1  GCTGGCCAGCCTTCAGGATTGAACTACAGCTGCTGGTTCATGTTTGCTGT  950
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCAGCCTTCAAGATTGAACTACAGCTGCTGGTTCATGTTTGCTGT  950

seq1  CTGCCTGCCTAGAGGACTGATCT  973
      |||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTGCCTAGAGGACTGATCT  973


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |