BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259J17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 75,526,967 - 75,564,991
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG668132, LOC668136, LOC621306, LOC100042942, LOC668143
Downstream geneEG668145, EG546907, LOC100042952, LOC668153, EG668155
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259J17.bB6Ng01-259J17.g
ACCGA064745GA064746
length1,0471,080
definitionB6Ng01-259J17.b B6Ng01-259J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,526,967 - 75,528,014)(75,563,961 - 75,564,991)
sequence
gaattctcttgtttctatgacaaccacattacaaaaattctcatttctaa
acagactgcagagaacaatgcactttttgtaaaatggagttcagaacttc
taaaattatagttgatttttattttttagaaaaatgaatggcaaaatata
taaagacatatgttcattttttgtgtgatcatataaaagaattagagtat
gcctcttgatattctcatggaaacttgaatagaggaatattctctctctt
tttttaacttcatctagtaagagagaactatgcttcacattatgatgtcc
atataatcaatgcagaatatccttcacccaaacacgtttatgtaatataa
aagagtatgggcagttaccctggcacaataatttcattaatatttcaatg
ttgatatatatgttcatatgtgttttaatgtatgtgtgttgagtaaatga
gaatacatttttttaaaaagcttagctacttttcatgaacctttcttatt
cctgtcaaatatgtttttcccatacctgacacagtgacatttttgatgcc
acacagtggcaattaacacaatgctgaaacttgtttactgtactcagcaa
tacactataatcctagaataggtatatttctaaatcacttagcaaatgcc
aagaattcatgtttagttaatgacgctccagcatttttcactcctgtgca
ttgtgtgaacaggaaaaaaaatgacttggcttagaaattattatgcaatt
atatagtatagattgacaacaaccaggctacaaacacacttacaatacat
caaaaccacttagggaaaaccagtgtactttaaaatgcataaatgataat
tatatccctgcactataaatggagcacgtgcatcatactaatgcttcttt
tgttccttaattattaaacaaaatgaaaatctctaatagttttacctaca
agagtagaaattccatggaattattctagcaatgtctatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatatggca

gaattcctctatactgggacatagtatcttcacaagaccaagggcctctc
ctccaatcgctggctaactaggccatcctctgctacatatgcagctagag
aaatgagtcccaccatgtttgtttgtttgtttgtttgtttgtttaactat
ttatttatttatttttggtggtttagtctcaaggagctctgggggtactg
gttagttcatattgtttctcctatagggctgcagaccccttcaactcctt
gggcactttctctagctttttcattggggaccctgtgctctgttccaatg
gatgacaatgagcatctacttctgtatttgccaggcactggcagagcctc
acaggagacagctatatcaggctatttattctgttagataaaatactcaa
tgaaaattagaaaggtcctttctctatcagaaatgaagaaatcctttcat
acctgtagtagaatctctccaattgactgaaaaattaacactgactaatt
aacatattcaattttattccctatatatctaatatgtagtattatattaa
gctcaaagtcttttatttttgtttaggctattggagatgacttgggtggg
ggaaagtgctaactgtacaagaaggaagatctcagttgaaattcccaatt
cttatatgccatacacatgcttctaatcaaagttttagggaagcagaagc
aagagaattcatgtagcttactgaacagtaaataatgatgaatttgtgaa
ttctgtgtttcagtgggagattctagctttaaaacaatataacatgtgaa
gaagtaaaggcagacatgcagaggtgagatcttgcatatacagtctcagg
ttcccatcttcatattcatacatacacacaatacatatatatacacatag
aggaggattatccttttttaataaattgaacatttagttggaaatggtca
taataagtagcgggctaaaaagattagaggcaatttttcacaaggcagat
agcaggttcagatgttttgtttctttactgaggaaaaaaagagaaagata
atgtttgtcaacctttgctcatgtcctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_75526967_75528014
seq2: B6Ng01-259J17.b_45_1091

seq1  GAATTCTCTTGTTTCTATGACAACCACATTACAAAAATTCTCATTTCTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTTGTTTCTATGACAACCACATTACAAAAATTCTCATTTCTAA  50

seq1  ACAGACTGCAGAGAACAATGCACTTTTTGTAAAATGGAGTTCAGAACTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACTGCAGAGAACAATGCACTTTTTGTAAAATGGAGTTCAGAACTTC  100

seq1  TAAAATTATAGTTGATTTTTATTTTTTAGAAAAATGAATGGCAAAATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATTATAGTTGATTTTTATTTTTTAGAAAAATGAATGGCAAAATATA  150

seq1  TAAAGACATATGTTCATTTTTTGTGTGATCATATAAAAGAATTAGAGTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGACATATGTTCATTTTTTGTGTGATCATATAAAAGAATTAGAGTAT  200

seq1  GCCTCTTGATATTCTCATGGAAACTTGAATAGAGGAATATTCTCTCTCTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTTGATATTCTCATGGAAACTTGAATAGAGGAATATTCTCTCTCTT  250

seq1  TTTTTAACTTCATCTAGTAAGAGAGAACTATGCTTCACATTATGATGTCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAACTTCATCTAGTAAGAGAGAACTATGCTTCACATTATGATGTCC  300

seq1  ATATAATCAATGCAGAATATCCTTCACCCAAACACGTTTATGTAATATAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAATCAATGCAGAATATCCTTCACCCAAACACGTTTATGTAATATAA  350

seq1  AAGAGTATGGGCAGTTACCCTGGCACAATAATTTCATTAATATTTCAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTATGGGCAGTTACCCTGGCACAATAATTTCATTAATATTTCAATG  400

seq1  TTGATATATATGTTCATATGTGTTTTAATGTATGTGTGTTGAGTAAATGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATATATGTTCATATGTGTTTTAATGTATGTGTGTTGAGTAAATGA  450

seq1  GAATACATTTTTTTAAAAAGCTTAGCTACTTTTCATGAACCTTTCTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACATTTTTTTAAAAAGCTTAGCTACTTTTCATGAACCTTTCTTATT  500

seq1  CCTGTCAAATATGTTTTTCCCATACCTGACACAGTGACATTTTTGATGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTCAAATATGTTTTTCCCATACCTGACACAGTGACATTTTTGATGCC  550

seq1  ACACAGTGGCAATTAACACAATGCTGAAACTTGTTTACTGTACTCAGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTGGCAATTAACACAATGCTGAAACTTGTTTACTGTACTCAGCAA  600

seq1  TACACTATAATCCTAGAATAGGTATATTTCTAAATCACTTAGCAAATGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTATAATCCTAGAATAGGTATATTTCTAAATCACTTAGCAAATGCC  650

seq1  AAGAATTCATGTTTAGTTAATGACGCTCCAGCATTTTTCACTCCTGTGCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCATGTTTAGTTAATGACGCTCCAGCATTTTTCACTCCTGTGCA  700

seq1  TTGTGTGAACAGGAAAAAAAATGACTTGGCTTAGAAATTATTATGCAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGAACAGGAAAAAAAATGACTTGGCTTAGAAATTATTATGCAATT  750

seq1  ATATAGTATAGATTGACAACAACCAGGCTACAAACACACTTACAATACAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATAGTATAGATTGACAACAACCAGGCTACAAACACACTTACAATACAT  800

seq1  CAAAACCACTTAGGGAAAACCAGTGTACTTTAAAATGCATAAATGATAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAACCACTTAGGGAAAACCAGTGTACTTTAAAATGCATAAATGATAAT  850

seq1  TATATCCCTGCACTATAAATGGAGCACGTGCATCATACTAATGCTTCTTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATCCCTGCACTATAAATGGAGCACGTGCATCATACTAATGCTTCTTT  900

seq1  TGTTCCTTAATTATTAAACAAAATGAAAATCTCTAATAGTTTTACCTACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCTTAATTATTAAACAAAATGAAAATCTCTAATAGTTTTACCTACA  950

seq1  AGAGTAGAAATTCCATGGAATTATTCTAGCAATGTCATATATATATATAT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGAGTAGAAATTCCATGGAATTATTCTAGCAATGTC-TATATATATATAT  999

seq1  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGCA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATATGGCA  1047


seq1: chr6_75563961_75564991
seq2: B6Ng01-259J17.g_115_1145 (reverse)

seq1  CTGAAGACATGAGCAAAGGTTGACAAACATTTATCTTTCTCTTTTTTTCT  50
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  CTGAGGACATGAGCAAAGGTTGACAAACA-TTATCTTTCTCTTTTTTTCC  49

seq1  TCAGTAAAGAAACAAAACATCTGAACCTGCTATCTGCCTTGTGAAAAATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTAAAGAAACAAAACATCTGAACCTGCTATCTGCCTTGTGAAAAATT  99

seq1  GCCTCTAATCTTTTTAGCCCGCTACTTA-TATGACCATTTCCAACTAAAT  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCTAATCTTTTTAGCCCGCTACTTATTATGACCATTTCCAACTAAAT  149

seq1  GTTCAATTTATTAAAAAAGGATAATCCTCCTCTATGTGTATATATATGTA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTTATTAAAAAAGGATAATCCTCCTCTATGTGTATATATATGTA  199

seq1  TTGTGTGTATGTATGAATATGAAGATGGGAACCTGAGACTGTATATGCAA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTGTATGTATGAATATGAAGATGGGAACCTGAGACTGTATATGCAA  249

seq1  GATCTCACCTCTGCATGTCTGCCTTTACTTCTTCACATGTTATATTGTTT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTCACCTCTGCATGTCTGCCTTTACTTCTTCACATGTTATATTGTTT  299

seq1  TAAAGCTAGAATCTCCCACTGAAACACAGAATTCACAAATTCATCATTAT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGCTAGAATCTCCCACTGAAACACAGAATTCACAAATTCATCATTAT  349

seq1  TTACTGTTCAGTAAGCTACATGAATTCTCTTGCTTCTGCTTCCCTAAAAC  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTGTTCAGTAAGCTACATGAATTCTCTTGCTTCTGCTTCCCTAAAAC  399

seq1  TTTGATTAGAAGCATGTGTATGGCATATAAGAATTGGGAATTTCAACTGA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATTAGAAGCATGTGTATGGCATATAAGAATTGGGAATTTCAACTGA  449

seq1  GATCTTCCTTCTTGTACAGTTAGCACTTTCCCCCACCCAAGTCATCTCCA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTCCTTCTTGTACAGTTAGCACTTTCCCCCACCCAAGTCATCTCCA  499

seq1  ATAGCCTAAACAAAAATAAAAGACTTTGAGCTTAATATAATACTACATAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCCTAAACAAAAATAAAAGACTTTGAGCTTAATATAATACTACATAT  549

seq1  TAGATATATAGGGAATAAAATTGAATATGTTAATTAGTCAGTGTTAATTT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATATATAGGGAATAAAATTGAATATGTTAATTAGTCAGTGTTAATTT  599

seq1  TTCAGTCAATTGGAGAGATTCTACTACAGGTATGAAAGGATTTCTTCATT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAATTGGAGAGATTCTACTACAGGTATGAAAGGATTTCTTCATT  649

seq1  TCTGATAGAGAAAGGACCTTTCTAATTTTCATTGAGTATTTTATCTAACA  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATAGAGAAAGGACCTTTCTAATTTTCATTGAGTATTTTATCTAACA  699

seq1  GAATAAATAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGTGAGGCTCTGCCAGTGCCTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAAATAGCCTGATATAGCTGTCTCCTGTGAGGCTCTGCCAGTGCCTG  749

seq1  GCAAATACAGAAGTAGATGCTCATTGTCATCCATTGGAACAGAGCACAGG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAATACAGAAGTAGATGCTCATTGTCATCCATTGGAACAGAGCACAGG  799

seq1  GTCCCCAATGAAAAAGCTAGAGAAAGTGCCCAAGGAGTTGAAGGGGTCTG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCCAATGAAAAAGCTAGAGAAAGTGCCCAAGGAGTTGAAGGGGTCTG  849

seq1  CAGCCCTATAGGAGAAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCCT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCCTATAGGAGAAACAATATGAACTAACCAGTACCCCCAGAGCTCCT  899

seq1  TGAGACTAAACCACCAAAAATAAATAAATAAATAGTTAAACAAACAAACA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGACTAAACCACCAAAAATAAATAAATAAATAGTTAAACAAACAAACA  949

seq1  AACAAACAAACAAACATGGTGGGACTCATTTCTCTAGCTGCATATGTAGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAACAAACAAACATGGTGGGACTCATTTCTCTAGCTGCATATGTAGC  999

seq1  AGAGGATGGCCTAGTTAGCCAGCGATTGGAGG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGGCCTAGTTAGCCAGCGATTGGAGG  1031


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |