BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260F12
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,722,639 - 36,917,407
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtn, Dgki, EG665024
Upstream geneLOC100039327, 9330158H04Rik, Chrm2, EG620863, LOC100039370, LOC100039514
Downstream geneCreb3l2, Akr1d1, LOC665046, Ybx1-ps2, LOC100039636, LOC665102, Trim24
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260F12.bB6Ng01-260F12.g
ACCGA065290GA065291
length1,1171,146
definitionB6Ng01-260F12.b B6Ng01-260F12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,916,282 - 36,917,407)(36,722,639 - 36,723,800)
sequence
gaattcattggatgactgatccctacagagacagagcttcatgatatatc
tgcctccagtagaacagacaactgggggcccaaacctcaacacagtaacc
tttttagtgaggggcctcatatccaaatcatagtatttaatttggtggta
tttgccaccgtgactattgtttttctttaattttttcccttttattgaag
tttttgtcatatgtttacagtcactcctccttctactcctcccagttcct
cttcccttcccttccctctcatccagatctgccccctttctctctctcat
tagaaaacagacatgcttctaaggagtagtagtgggataaagcatgataa
aagaaagattaacacttaagaattctacaagacaaacaagaagatggaaa
agagcgcaaaagaaggcacaagaaacagagaccaactcatctgcatactc
aggaatcccataaaaagcactaagccagatgctatagtttatgtgtacag
aacgtggtatagacttgtgcaggccctgtgtatgctgccccagtctctgt
tctctatgtattcgtatgagattttattgtgtcagtacaaccggctttgt
tttcatgttgtcctctatccactctggctccgacatcttctgcttcctct
gtcatagggttcctgagccctgagtggagagtgttgataaggatatcaca
tttaaagctgaatgttctaaggtttctcatattctgagtaatgtctggtt
gtgagtatgcgtatttgttcccatccgctgcaggaaagagatactttgat
ggtggctgagtatctatgtgtatagcagaatgtcattggtcattttcttg
acacattttaatttatttcgatttatttcgatttatttatttatttattt
atttattttagaatagtagtatttgcttttaccctaggtctttgtgctgt
ctagtctcaagttctcagttacccatctcatggagtagccaagctctctc
taagtaaacttctcctgacttagtcagatcagatgtgagtcacctaagtc
tcagcacatttaaagggcagaagataaatcctggagtactcaatgtctac
tggccttgtttggactt

gaattccattcctccacctttaatgttatgcaaacagactcataaaagac
aatttggttaattagaaaaaagtcaggctggagttccagacagaaaacgt
tcaaagggcaaggtacaataattgccaaaatgaggctcttggaatgcaca
tcttcatacacaagagtcttctggagaggaccttgaaggtttgcagtatt
tatcagagacaggcaaaaactagggtaatttggggggaagcagatatatc
atcaagaagagactgtggcagggaagacccaagttcctcagagaaagccc
cccacccacacacaaacacacagtggcagctacaagagagtaagtagtcc
aaggccttctgtaagcaccacaaacttaccagtacacaggcaggtttagt
aagcattgtcacactgtagagaatgaaccaatttgtaaaggctggagcag
atacttaaaagaagataagtgatgtacatatttgctaattcagataaaga
attaacaatgaaagagggtcatatttccctcaaggctgtcaaggcaggct
gagaattgtatgtataaagacaataggatatacagacagcttatgcgatg
cgaagcccacatgtaatggaaacactgatgttaaatgtctacaagaaagt
accagtgaggtcctttacagagtgagctggactctagaggctccatttag
gcaaacaggaaggacgctaagagattttcttgtcctttaaactcaacaga
ggtatgctttgcttggctttgttttaaacttcatgtcatatgtcataata
aacagacacatgttggtatctgagaactaagatctaccaatgtggtaata
acctcaagcctccttactcccatatgcatattagagggaattcaggaaaa
taattgtaaaagcctctaagagtgtgttgtgcgtgtgtgtgtgtgtgtgt
gtgcgcgcacgcgcgtgtgttctagtagctgttgtgttatggtttgcatt
ttcattatccttaaaacattcatgaaagaaatgatttcactgtttcatct
gttttgggtttttgagatatgtcttatataaccaaaatgacctggcaatt
cactacgatctgacctgcataacattgatcttttagctgaatcacg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36916282_36917407
seq2: B6Ng01-260F12.b_44_1160 (reverse)

seq1  AAGT-CAAACAAGGCAAGTTAGAACAATGAGTACTTCAGGGATTTATCTT  49
      |||| |||||||||| || ||| ||| |||||||| || |||||||||||
seq2  AAGTCCAAACAAGGCCAG-TAG-ACATTGAGTACTCCA-GGATTTATCTT  47

seq1  CTGCCCTTTTAAATGTGCCTGAGACTTA-GTGACTTCCACATCTGATCTG  98
      |||||| |||||||||| |||||||||| ||||||  |||||||||||||
seq2  CTGCCC-TTTAAATGTG-CTGAGACTTAGGTGACT--CACATCTGATCTG  93

seq1  ACTTAAAGTCAGGAGAAGTTTTACTTAGAGAGAGCCTTGGCTACTCCATG  148
      |||  ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ACT--AAGTCAGGAGAAG-TTTACTTAGAGAGAG-CTTGGCTACTCCATG  139

seq1  AGATGGGTAACTGAGAACTTGAGACTAGACAGCACAAAGACCTAGGGTAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGGTAACTGAGAACTTGAGACTAGACAGCACAAAGACCTAGGGTAA  189

seq1  AAGCAAATACTACTATTCTAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAAATACTACTATTCTAAAATAAATAAATAAATAAATAAATAAATCG  239

seq1  AAATAAATCGAAATAAATTAAAATGTGTCAAGAAAATGACCAATGACATT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATCGAAATAAATTAAAATGTGTCAAGAAAATGACCAATGACATT  289

seq1  CTGCTATACACATAGATACTCAGCCACCATCAAAGTATCTCTTTCCTGCA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTATACACATAGATACTCAGCCACCATCAAAGTATCTCTTTCCTGCA  339

seq1  GCGGATGGGAACAAATACGCATACTCACAACCAGACATTACTCAGAATAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGGATGGGAACAAATACGCATACTCACAACCAGACATTACTCAGAATAT  389

seq1  GAGAAACCTTAGAACATTCAGCTTTAAATGTGATATCCTTATCAACACTC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAACCTTAGAACATTCAGCTTTAAATGTGATATCCTTATCAACACTC  439

seq1  TCCACTCAGGGCTCAGGAACCCTATGACAGAGGAAGCAGAAGATGTCGGA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAGGGCTCAGGAACCCTATGACAGAGGAAGCAGAAGATGTCGGA  489

seq1  GCCAGAGTGGATAGAGGACAACATGAAAACAAAGCCGGTTGTACTGACAC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGAGTGGATAGAGGACAACATGAAAACAAAGCCGGTTGTACTGACAC  539

seq1  AATAAAATCTCATACGAATACATAGAGAACAGAGACTGGGGCAGCATACA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAATCTCATACGAATACATAGAGAACAGAGACTGGGGCAGCATACA  589

seq1  CAGGGCCTGCACAAGTCTATACCACGTTCTGTACACATAAACTATAGCAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGCCTGCACAAGTCTATACCACGTTCTGTACACATAAACTATAGCAT  639

seq1  CTGGCTTAGTGCTTTTTATGGGATTCCTGAGTATGCAGATGAGTTGGTCT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTTAGTGCTTTTTATGGGATTCCTGAGTATGCAGATGAGTTGGTCT  689

seq1  CTGTTTCTTGTGCCTTCTTTTGCGCTCTTTTCCATCTTCTTGTTTGTCTT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTCTTGTGCCTTCTTTTGCGCTCTTTTCCATCTTCTTGTTTGTCTT  739

seq1  GTAGAATTCTTAAGTGTTAATCTTTCTTTTATCATGCTTTATCCCACTAC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAATTCTTAAGTGTTAATCTTTCTTTTATCATGCTTTATCCCACTAC  789

seq1  TACTCCTTAGAAGCATGTCTGTTTTCTAATGAGAGAGAGAAAGGGGGCAG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCTTAGAAGCATGTCTGTTTTCTAATGAGAGAGAGAAAGGGGGCAG  839

seq1  ATCTGGATGAGAGGGAAGGGAAGGGAAGAGGAACTGGGAGGAGTAGAAGG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGATGAGAGGGAAGGGAAGGGAAGAGGAACTGGGAGGAGTAGAAGG  889

seq1  AGGAGTGACTGTAAACATATGACAAAAACTTCAATAAAAGGGAAAAAATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGTGACTGTAAACATATGACAAAAACTTCAATAAAAGGGAAAAAATT  939

seq1  AAAGAAAAACAATAGTCACGGTGGCAAATACCACCAAATTAAATACTATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAAAAACAATAGTCACGGTGGCAAATACCACCAAATTAAATACTATG  989

seq1  ATTTGGATATGAGGCCCCTCACTAAAAAGGTTACTGTGTTGAGGTTTGGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGATATGAGGCCCCTCACTAAAAAGGTTACTGTGTTGAGGTTTGGG  1039

seq1  CCCCCAGTTGTCTGTTCTACTGGAGGCAGATATATCATGAAGCTCTGTCT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCAGTTGTCTGTTCTACTGGAGGCAGATATATCATGAAGCTCTGTCT  1089

seq1  CTGTAGGGATCAGTCATCCAATGAATTC  1126
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGGGATCAGTCATCCAATGAATTC  1117


seq1: chr6_36722639_36723800
seq2: B6Ng01-260F12.g_63_1208

seq1  GAATTCCATTCCTCCACCTTTAATGTTATGCAAACAGACTCATAAAAGAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATTCCTCCACCTTTAATGTTATGCAAACAGACTCATAAAAGAC  50

seq1  AATTTGGTTAATTAGAAAAAAGTCAGGCTGGAGTTCCAGACAGAAAACGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGTTAATTAGAAAAAAGTCAGGCTGGAGTTCCAGACAGAAAACGT  100

seq1  TCAAAGGGCAAGGTACAATAATTGCCAAAATGAGGCTCTTGGAATGCACA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAGGGCAAGGTACAATAATTGCCAAAATGAGGCTCTTGGAATGCACA  150

seq1  TCTTCATACACAAGAGTCTTCTGGAGAGGACCTTGAAGGTTTGCAGTATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCATACACAAGAGTCTTCTGGAGAGGACCTTGAAGGTTTGCAGTATT  200

seq1  TATCAGAGACAGGCAAAAACTAGGGTAATTTGGGGGGAAGCAGATATATC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGAGACAGGCAAAAACTAGGGTAATTTGGGGGGAAGCAGATATATC  250

seq1  ATCAAGAAGAGACTGTGGCAGGGAAGACCCAAGTTCCTCAGAGAAAGCCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAGAAGAGACTGTGGCAGGGAAGACCCAAGTTCCTCAGAGAAAGCCC  300

seq1  CCCACCCACACACAAACACACAGTGGCAGCTACAAGAGAGTAAGTAGTCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACCCACACACAAACACACAGTGGCAGCTACAAGAGAGTAAGTAGTCC  350

seq1  AAGGCCTTCTGTAAGCACCACAAACTTACCAGTACACAGGCAGGTTTAGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCCTTCTGTAAGCACCACAAACTTACCAGTACACAGGCAGGTTTAGT  400

seq1  AAGCATTGTCACACTGTAGAGAATGAACCAATTTGTAAAGGCTGGAGCAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATTGTCACACTGTAGAGAATGAACCAATTTGTAAAGGCTGGAGCAG  450

seq1  ATACTTAAAAGAAGATAAGTGATGTACATATTTGCTAATTCAGATAAAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTAAAAGAAGATAAGTGATGTACATATTTGCTAATTCAGATAAAGA  500

seq1  ATTAACAATGAAAGAGGGTCATATTTCCCTCAAGGCTGTCAAGGCAGGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAACAATGAAAGAGGGTCATATTTCCCTCAAGGCTGTCAAGGCAGGCT  550

seq1  GAGAATTGTATGTATAAAGACAATAGGATATACAGACAGCTTATGCGATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAATTGTATGTATAAAGACAATAGGATATACAGACAGCTTATGCGATG  600

seq1  CGAAGCCCACATGTAATGGAAACACTGATGTTAAATGTCTACAAGAAAGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAAGCCCACATGTAATGGAAACACTGATGTTAAATGTCTACAAGAAAGT  650

seq1  ACCAGTGAGGTCCTTTACAGAGTGAGCTGGACTCTAGAGGCTCCATTTAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGTGAGGTCCTTTACAGAGTGAGCTGGACTCTAGAGGCTCCATTTAG  700

seq1  GCAAACAGGAAGGACGCTAAGAGATTTTCTTGTCCTTTAAACTCAACAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACAGGAAGGACGCTAAGAGATTTTCTTGTCCTTTAAACTCAACAGA  750

seq1  GGTATGCTTTGCTTGGCTTTGTTTTAAACTTCATGTCATATGTCATAATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCTTTGCTTGGCTTTGTTTTAAACTTCATGTCATATGTCATAATA  800

seq1  AACAGACACATGTTGGTATCTGAGAACTAAGATCTACCAATGTGGTAATA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGACACATGTTGGTATCTGAGAACTAAGATCTACCAATGTGGTAATA  850

seq1  ACCTCAAGCCTCCTTACTCCCATATGCATATTAGAGGGAATTCAGGAAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCAAGCCTCCTTACTCCCATATGCATATTAGAGGGAATTCAGGAAAA  900

seq1  TAATTGTAAAAAGCCTCTAAGAGTGTGTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTG  950
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGT-AAAAGCCTCTAAGAGTGTGTTGTGCGTGTGTGTGTGTGTGTG  949

seq1  TGTGCGCGCACGCGCGTGTGTTCTAGTAGCTTGTTGTGTTATGGTTTGCA  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  TGTGCGCGCACGCGCGTGTGTTCTAGTAGC-TGTTGTGTTATGGTTTGCA  998

seq1  TTTTTAATTAATCTTTAAAACATTCATTGAAAGAAATGAATTTCACTGTT  1050
      |||| |  | ||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  TTTTCA--TTATCCTTAAAACATTCA-TGAAAGAAATG-ATTTCACTGTT  1044

seq1  TCATCTGTTTTGGGTTTTTGAGATAATGTCTTATATAAACCAACATGGCC  1100
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| ||| ||
seq2  TCATCTGTTTTGGGTTTTTGAGAT-ATGTCTTATAT-AACCAAAATGACC  1092

seq1  TGGC-ATTCACTACAGATCTGAGCCTGGCCATAAACCATTGATCCTTTTA  1149
      |||| ||||||||| ||||||| ||||  |||||  ||||||| ||||||
seq2  TGGCAATTCACTAC-GATCTGA-CCTG--CATAA--CATTGAT-CTTTTA  1135

seq1  TGCTGGAATCACG  1162
       ||| ||||||||
seq2  -GCT-GAATCACG  1146


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |