BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260N21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,470,734 - 93,611,973
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC665831
Upstream genePrickle2, LOC545866, A730049H05Rik, LOC384461, LOC100043253
Downstream geneMagi1, LOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260N21.bB6Ng01-260N21.g
ACCGA065680GA065681
length1,1141,141
definitionB6Ng01-260N21.b B6Ng01-260N21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,470,734 - 93,471,850)(93,610,825 - 93,611,973)
sequence
gaattcctgttactacctgggtataaaacttccagatcttttccccaagt
ttattatatgcacagacccacacagaggtatgtatagtcacactaaatgc
atacaaattaaggatacattttattacactaaatcaatgtgagatcatgc
tgtatataacatttataatctttgtttcttgttctacatgggaatatctt
cctatataaaaaatgttcatatgctggattattttaataggcaacttgaa
ttcttttatataggtctaccatgactccttcaaccaatctttcttacagg
acatttagatttctccccattaatggtttgttgctatataaaaaaacaca
atgatgaatatcaagaaaataaaatattttccccagtactgcttaaattc
tctgggtaaatttcttgatgtggaatttatgtccacgtgtgcatataatg
ccaagcagtctctaatggtccccacgtcgatccagaatgatctgcctgag
ttctttggaggaaataaatctcctctaaatatgtctcctgagataccaca
agtgagaatgctaaaccaatcattgagccaaagaccttcttacatcccag
aaagggcccaagttcaaagacagagcgagagagcagacatggctgggcac
agcctgctcattcaccctataagcaaaggatgagcacatactatgtgcca
ggcatcatgtgaccaatcaatgttccctgtcttgcgttttgaccttaaag
ttggtcttcagggagtggcagttgctgtatgagaatcatgttcagggtac
cacaaaacacaaagaataaggtgacaagctctgtgcaaactgctagcagc
ctggatcccagggtaacatatccatctttagcctaaatgaatacaagctg
tccaggtgaacaagcagacaggagagagatgctgctgtgagaggggttac
ataggtgagtctcaggggctgactggcttgagcatagtgtgctctgtgaa
atgctacataagtcatggttactgtagagaagcacaactcatctgcacac
aggtcccaggtgggggatgtgacctggataaactgttaaactcttgaata
caccatgtttcagg

gaattctgtagtgcatcagtcttctcaggttgctcctatagactaccgtg
gagttggtgatggaacagacatttattttccaacacttcttcacttgcaa
gtgacttctctgctgtcttctactgcttttctcctagtgtcacttcctgg
aaaggacaacagctctgtctgattaagtcctgtccttatgatgtcactta
gccctaactgtttccttatagaaccctctgttgcaatgtggacacactgt
gtgtaaagaagttacatatgtgaatgtctaaatgctaatttgttttccta
acacatagtatggctagccaatacttagccctatgttcatcatgagatga
attcctttatttgtttaaagctttaatagagcatgattatttccctgtaa
actaatagcaacttgggcttctaactccagagacaggcagggcatggcaa
gagagaaaaccacacagaggcatggaggagtggttgtagagaggctggtc
cccagttgctcattctcaacagcccacagagttctcagctctgagagtgg
gagaatttggcatttgagtatgcagagatggaggaggcatgcaaagccag
aaatgtcctgtgtgggctgctagccttccctgagcactagaatacccagc
agccaacctgggaaggagaaagctacaggccacaagaagactccccccag
ctctgttcctagcacccctcccccacattgtccagggaagccatttcctc
atgctagagtgcactgctatttggaggatcttccaagacaccttgtgtca
tctaaacccccaccaaatcccctttccaggagacgttctggaaatcgctg
ttcataggagtcaaagagtaccaatccagacagatgaaagatttctcccc
tcggtaaatctaacgaactgggctcggaccacctgtcctcaatacaccaa
ttaagcagagttgtaaaagcaagaatgggggctttctcatgtggccatga
tggagtgagaagaggacgactaagaggcccagtgacctcccagaacacct
ctagtttaggagaactcgaggccttagttcagcaagaagacagaaatagg
ctcagttagcattctggcagggtgtggaatcctccgatcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93470734_93471850
seq2: B6Ng01-260N21.b_46_1159

seq1  GAATTCCTGTTACTACCTGGGTATAAAACTTCCAGATCTTTTCCCCAAGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGTTACTACCTGGGTATAAAACTTCCAGATCTTTTCCCCAAGT  50

seq1  TTATTATATGCACAGACCCACACAGAGGTATGTATAGTCACACTAAATGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATATGCACAGACCCACACAGAGGTATGTATAGTCACACTAAATGC  100

seq1  ATACAAATTAAGGATACATTTTATTACACTAAATCAATGTGAGATCATGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATTAAGGATACATTTTATTACACTAAATCAATGTGAGATCATGC  150

seq1  TGTATATAACATTTATAATCTTTGTTTCTTGTTCTACATGGGAATATCTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATAACATTTATAATCTTTGTTTCTTGTTCTACATGGGAATATCTT  200

seq1  CCTATATAAAAAATGTTCATATGCTGGATTATTTTAATAGGCAACTTGAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATATAAAAAATGTTCATATGCTGGATTATTTTAATAGGCAACTTGAA  250

seq1  TTCTTTTATATAGGTCTACCATGACTCCTTCAACCAATCTTTCTTACAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTTATATAGGTCTACCATGACTCCTTCAACCAATCTTTCTTACAGG  300

seq1  ACATTTAGATTTCTCCCCATTAATGGTTTGTTGCTATATAAAAAAACACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTTAGATTTCTCCCCATTAATGGTTTGTTGCTATATAAAAAAACACA  350

seq1  ATGATGAATATCAAGAAAATAAAATATTTTCCCCAGTACTGCTTAAATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATGAATATCAAGAAAATAAAATATTTTCCCCAGTACTGCTTAAATTC  400

seq1  TCTGGGTAAATTTCTTGATGTGGAATTTATGTCCACGTGTGCATATAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGTAAATTTCTTGATGTGGAATTTATGTCCACGTGTGCATATAATG  450

seq1  CCAAGCAGTCTCTAATGGTCCCCACGTCGATCCAGAATGATCTGCCTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGCAGTCTCTAATGGTCCCCACGTCGATCCAGAATGATCTGCCTGAG  500

seq1  TTCTTTGGAGGAAATAAATCTCCTCTAAATATGTCTCCTGAGATACCACA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTTGGAGGAAATAAATCTCCTCTAAATATGTCTCCTGAGATACCACA  550

seq1  AGTGAGAATGCTAAACCAATCATTGAGCCAAAGACCTTCTTACATCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAGAATGCTAAACCAATCATTGAGCCAAAGACCTTCTTACATCCCAG  600

seq1  AAAGGGCCCAAGTTCAAAGACAGAGCGAGAGAGCAGACATGGCTGGGCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGCCCAAGTTCAAAGACAGAGCGAGAGAGCAGACATGGCTGGGCAC  650

seq1  AGCCTGCTCATTCACCCTATAAGCAAAGGATGAGCACATACTATGTGCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTGCTCATTCACCCTATAAGCAAAGGATGAGCACATACTATGTGCCA  700

seq1  GGCATCATGTGACCAATCAATGTTCCCTGTCTTGCGTTTTGACCTTAAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATCATGTGACCAATCAATGTTCCCTGTCTTGCGTTTTGACCTTAAAG  750

seq1  TTGGTCTTCAGGGAGTGGCAGTTGCTGTATGAGAATCATGTTCAGGGTAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTCTTCAGGGAGTGGCAGTTGCTGTATGAGAATCATGTTCAGGGTAC  800

seq1  CACAAAACACAAAGAATAAGGTGACAAGCTCTGTGCAAACTGCTAGCAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAACACAAAGAATAAGGTGACAAGCTCTGTGCAAACTGCTAGCAGC  850

seq1  CTGGATCCCAGGGTAACATATCCATCTTTAGCCTAAATGAATACAAGCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGATCCCAGGGTAACATATCCATCTTTAGCCTAAATGAATACAAGCTG  900

seq1  TCCAGGTGAACAAGCAGACAGGAGAGAGATGCTGCTGTGAGAGGGGTTAC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTGAACAAGCAGACAGGAGAGAGATGCTGCTGTGAGAGGGGTTAC  950

seq1  ATAGGTGAGGTCTCAGGGGCTGACTGGCTTGAGCATAGTGTGCTCTGTGA  1000
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGA-GTCTCAGGGGCTGACTGGCTTGAGCATAGTGTGCTCTGTGA  999

seq1  AATGCTACATAAGTCATGGTTACTGTAGAGAAAGCACAAACTCCATCTGC  1050
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||
seq2  AATGCTACATAAGTCATGGTTACTGTAGAG-AAGCAC-AACT-CATCTGC  1046

seq1  ACACAGGGTCCCCAGTGGGGGATGTGACCTGGATAAACCTGTAAAACTCT  1100
      ||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||
seq2  ACACA-GGTCCCAGGTGGGGGATGTGACCTGGATAAA-CTGTTAAACTCT  1094

seq1  --GATACACCATG-TTCAGG  1117
         |||||||||| ||||||
seq2  TGAATACACCATGTTTCAGG  1114


seq1: chr6_93610825_93611973
seq2: B6Ng01-260N21.g_66_1206 (reverse)

seq1  ATGATCGGAGGAT--CACACCTTGGCAGGATTGCTAAACTGAGCCTATTT  48
      |||||||||||||  |||||| || || || |||| ||||||||||||||
seq2  ATGATCGGAGGATTCCACACCCTGCCA-GAATGCT-AACTGAGCCTATTT  48

seq1  CTTGCTCTCTGCTGAAACCTAA-GCCTCGAG-TCTCCTAAACCTAGGAGG  96
      ||  ||   |||||||  |||| |||||||| ||||||||| ||| ||||
seq2  CTGTCTTCTTGCTGAA--CTAAGGCCTCGAGTTCTCCTAAA-CTA-GAGG  94

seq1  TTGTCTGGGAGGTCACTGGGCTTCTTTAGTTCGTCCTCTTCTCACT-CAT  145
      |  |||||||||||||||||| || |||| |||||||||||||||| |||
seq2  TGTTCTGGGAGGTCACTGGGCCTC-TTAG-TCGTCCTCTTCTCACTCCAT  142

seq1  CATGGCCACATTGAGAAAGCCCCCATTCTTTGCTTTTTACAACTCTTGCT  195
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||
seq2  CATGGCCACA-TGAGAAAGCCCCCATTC-TTGC-TTTTACAACTC-TGCT  188

seq1  TAATTGGTGTATTGAGGACAGGTGGTCCGAGCCCAGTTCGTTAGATTTAC  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTGGTGTATTGAGGACAGGTGGTCCGAGCCCAGTTCGTTAGATTTAC  238

seq1  CGAGGGGAGAAATCTTTCATCTTGTCTGGATTGGTACTCTTTGACTCCTA  295
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGGGAGAAATCTTTCATC-TGTCTGGATTGGTACTCTTTGACTCCTA  287

seq1  TGAACAGCGATTTCCAGAACGTCTCCTGGAAAGGGGATTTGGTGGGGGTT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACAGCGATTTCCAGAACGTCTCCTGGAAAGGGGATTTGGTGGGGGTT  337

seq1  TAGATGACACAAGGTGTCTTGGAAGATCCTCCAAATAGCAGTGCACTCTA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGATGACACAAGGTGTCTTGGAAGATCCTCCAAATAGCAGTGCACTCTA  387

seq1  GCATGAGGAAATGGCTTCCCTGGACAATGTGGGGGAGGGGTGCTAGGAAC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGAGGAAATGGCTTCCCTGGACAATGTGGGGGAGGGGTGCTAGGAAC  437

seq1  AGAGCTGGGGGGAGTCTTCTTGTGGCCTGTAGCTTTCTCCTTCCCAGGTT  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCTGGGGGGAGTCTTCTTGTGGCCTGTAGCTTTCTCCTTCCCAGGTT  487

seq1  GGCTGCTGGGTATTCTAGTGCTCAGGGAAGGCTAGCAGCCCACACAGGAC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGCTGGGTATTCTAGTGCTCAGGGAAGGCTAGCAGCCCACACAGGAC  537

seq1  ATTTCTGGCTTTGCATGCCTCCTCCATCTCTGCATACTCAAATGCCAAAT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGGCTTTGCATGCCTCCTCCATCTCTGCATACTCAAATGCCAAAT  587

seq1  TCTCCCACTCTCAGAGCTGAGAACTCTGTGGGCTGTTGAGAATGAGCAAC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCACTCTCAGAGCTGAGAACTCTGTGGGCTGTTGAGAATGAGCAAC  637

seq1  TGGGGACCAGCCTCTCTACAACCACTCCTCCATGCCTCTGTGTGGTTTTC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACCAGCCTCTCTACAACCACTCCTCCATGCCTCTGTGTGGTTTTC  687

seq1  TCTCTTGCCATGCCCTGCCTGTCTCTGGAGTTAGAAGCCCAAGTTGCTAT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTGCCATGCCCTGCCTGTCTCTGGAGTTAGAAGCCCAAGTTGCTAT  737

seq1  TAGTTTACAGGGAAATAATCATGCTCTATTAAAGCTTTAAACAAATAAAG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTACAGGGAAATAATCATGCTCTATTAAAGCTTTAAACAAATAAAG  787

seq1  GAATTCATCTCATGATGAACATAGGGCTAAGTATTGGCTAGCCATACTAT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTCATGATGAACATAGGGCTAAGTATTGGCTAGCCATACTAT  837

seq1  GTGTTAGGAAAACAAATTAGCATTTAGACATTCACATATGTAACTTCTTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTAGGAAAACAAATTAGCATTTAGACATTCACATATGTAACTTCTTT  887

seq1  ACACACAGTGTGTCCACATTGCAACAGAGGGTTCTATAAGGAAACAGTTA  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGTGTGTCCACATTGCAACAGAGGGTTCTATAAGGAAACAGTTA  937

seq1  GGGCTAAGTGACATCATAAGGACAGGACTTAATCAGACAGAGCTGTTGTC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTAAGTGACATCATAAGGACAGGACTTAATCAGACAGAGCTGTTGTC  987

seq1  CTTTCCAGGAAGTGACACTAGGAGAAAAGCAGTAGAAGACAGCAGAGAAG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCAGGAAGTGACACTAGGAGAAAAGCAGTAGAAGACAGCAGAGAAG  1037

seq1  TCACTTGCAAGTGAAGAAGTGTTGGAAAATAAATGTCTGTTCCATCACCA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTTGCAAGTGAAGAAGTGTTGGAAAATAAATGTCTGTTCCATCACCA  1087

seq1  ACTCCACGGTAGTCTATAGGAGCAACCTGAGAAGACTGATGCACTACAGA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACGGTAGTCTATAGGAGCAACCTGAGAAGACTGATGCACTACAGA  1137

seq1  ATTC  1149
      ||||
seq2  ATTC  1141


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |