BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261H16
Chromosome6 (Build37)
Map Location 106,080,392 - 106,219,021
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn4
Upstream geneLOC100043716, LOC100043350
Downstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261H16.bB6Ng01-261H16.g
ACCGA066139GA066140
length1,0021,147
definitionB6Ng01-261H16.b B6Ng01-261H16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,080,392 - 106,081,126)(106,217,861 - 106,219,021)
sequence
gaattcttatctgcatgttacccagaatcctcagctagcaaatggctatt
taagtggccactcctgggtatctaagaattaaaaaaaaaaaaatcatgac
cttttcaatcatcatcaaaatgacttttcaaaaaccaaatgcacacacac
acatacacatgcacacacacgtacacacaaagagaaattatttctcttaa
tttaaattcccactgcaacctctattgtgaatgtttgcatagttatcaga
atctgggatgaatatcagggagggagaatagggaaaggtggaccattgga
ttccgtgtaatgtttacatgtatttatgatgtgctattttgctattccac
attaggctggtaatagttaacaataacatccttcaagtagctagacaaaa
cattttaaaagttttgaaatttgtagctaactcttgctactttgtgggtt
cttcttctcactcttgatcatctggtatcacccctagcactagataggag
agaaacaagaatacaggggagagggaaaatagggaaatccctgactcttt
tttctgtttccatctttgaccatggctactaacaaaccacgactaaactc
tctaaatgaccaacaactaccgagcctgcttcttggggcccttgtatatg
catatacatatatgaatatatatatgaatatatatatatatatgaataat
atatcaatcccagattccaaacatcacataactgcatgaactgtcagcat
ctggcaaaaccaaaggaaaatcatggtctgccgctggggatactctgaag
cctccccacatccctacacctagaattaaaatgaaagcacattctatgaa
tatttccatgtattttctaaaagaaacaatccttcccacagtctcactac
agaaatcaatgacaaaacaagaacatagacaaccgatttaagcatcatac
aatgtacataagcacaaaacaccacacagaacaccattccatatatgtgt
gc

gaattctctgcattggaaaccagccaccacaccatgccactttgaatatc
tctcttgcctaaatcatatagatatacatacccaatgcatgaatcactca
tctgacaaactgcacatatacgccatgtgctaaccaaatatgtagattta
cagagtgcacatttaggggaaaaaactaatttacttcctgtgctttctat
cctcccgtcttgttttcacacagctgatccaaatttcaattcacaaaagc
aaaacctccttagaaccaaaataaatactaatcttaaattcaatgtaccc
tgacagcaagtaagtttgccatgcttacttcagcatgaataaaaagcctg
catggatactcctacataagagtgtgtttataggtaccatagctcactgg
agagatgggtgtaataaacctataataaagagccttgtgttatagatttc
tctagtgtttcttatcaaatagcctatattatcttggcttgtgtattcag
cttaaaataagttttcaatacgtatctcaaaagtagaggttattttccct
tagtttcctgacatgcaagaatgtttacaggtatccctttgcccctagaa
tctagcacatgcttgtctggccacatagtttgagacattaacctacatat
ttatttttagttgttaacaatgttctatgctactgcagtctgctgtccta
ttatataatttgttttcattgtcaaattgctgctggtgaaatattccaga
taacatcaaaccactatagtcttaaactattttacatcaggtctaggttt
gtctgagagcttgcgcatttgtatttagaagtatctgaccagaacgccca
atgagctattctcctgaacactgaaacaaaccactgaggtgaaaatctgg
cagtatttctactggaggaaaaataacatggcccaatacattgtaaatag
atacttgggtgagtacagacttacggttacatgttatgagtgaactttcc
tttgctcttagcatctacttctatgtatgtattttgtaaatgaatgccat
actgcaaatttaaacatgaatactgagacctccctatgaagaatgacctt
agtattgtacctggtactggagaatctacatccgttcattacgtatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106080392_106081126
seq2: B6Ng01-261H16.b_43_777

seq1  GAATTCTTATCTGCATGTTACCCAGAATCCTCAGCTAGCAAATGGCTATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTATCTGCATGTTACCCAGAATCCTCAGCTAGCAAATGGCTATT  50

seq1  TAAGTGGCCACTCCTGGGTATCTAAGAATTAAAAAAAAAAAAATCATGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTGGCCACTCCTGGGTATCTAAGAATTAAAAAAAAAAAAATCATGAC  100

seq1  CTTTTCAATCATCATCAAAATGACTTTTCAAAAACCAAATGCACACACAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAATCATCATCAAAATGACTTTTCAAAAACCAAATGCACACACAC  150

seq1  ACATACACATGCACACACACGTACACACAAAGAGAAATTATTTCTCTTAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATACACATGCACACACACGTACACACAAAGAGAAATTATTTCTCTTAA  200

seq1  TTTAAATTCCCACTGCAACCTCTATTGTGAATGTTTGCATAGTTATCAGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAATTCCCACTGCAACCTCTATTGTGAATGTTTGCATAGTTATCAGA  250

seq1  ATCTGGGATGAATATCAGGGAGGGAGAATAGGGAAAGGTGGACCATTGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGGGATGAATATCAGGGAGGGAGAATAGGGAAAGGTGGACCATTGGA  300

seq1  TTCCGTGTAATGTTTACATGTATTTATGATGTGCTATTTTGCTATTCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCGTGTAATGTTTACATGTATTTATGATGTGCTATTTTGCTATTCCAC  350

seq1  ATTAGGCTGGTAATAGTTAACAATAACATCCTTCAAGTAGCTAGACAAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCTGGTAATAGTTAACAATAACATCCTTCAAGTAGCTAGACAAAA  400

seq1  CATTTTAAAAGTTTTGAAATTTGTAGCTAACTCTTGCTACTTTGTGGGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAAAGTTTTGAAATTTGTAGCTAACTCTTGCTACTTTGTGGGTT  450

seq1  CTTCTTCTCACTCTTGATCATCTGGTATCACCCCTAGCACTAGATAGGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTCTCACTCTTGATCATCTGGTATCACCCCTAGCACTAGATAGGAG  500

seq1  AGAAACAAGAATACAGGGGAGAGGGAAAATAGGGAAATCCCTGACTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAAGAATACAGGGGAGAGGGAAAATAGGGAAATCCCTGACTCTTT  550

seq1  TTTCTGTTTCCATCTTTGACCATGGCTACTAACAAACCACGACTAAACTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGTTTCCATCTTTGACCATGGCTACTAACAAACCACGACTAAACTC  600

seq1  TCTAAATGACCAACAACTACCGAGCCTGCTTCTTGGGGCCCTTGTATATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAATGACCAACAACTACCGAGCCTGCTTCTTGGGGCCCTTGTATATG  650

seq1  CATATACATATATGAATATATATATGAATATATATATATATATGAATAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATATACATATATGAATATATATATGAATATATATATATATATGAATAAT  700

seq1  ATATCAATCCCAGATTCCAAACATCACATAACTGC  735
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCAATCCCAGATTCCAAACATCACATAACTGC  735


seq1: chr6_106217861_106219021
seq2: B6Ng01-261H16.g_64_1210 (reverse)

seq1  AATACATTAATGAACGGATGTATGATTCT-CAGTAACAGGGTACCAAATT  49
      |||||  ||||||||||||||| |||||| ||||| || |||||   | |
seq2  AATAC-GTAATGAACGGATGTA-GATTCTCCAGTACCA-GGTAC---AAT  44

seq1  ACTTAAGGGTCATGTCTCATAAGGGAAGTCTCAGGTAATTCATGTTTTAA  99
      |||  | ||||||   |||| ||||| |||||||   ||||||| |||||
seq2  ACT--AAGGTCATTCTTCAT-AGGGAGGTCTCAG--TATTCATG-TTTAA  88

seq1  ATTTGCAAGTAATGGCATTTAATTTACAAAATACATACATAGAAGTAGAT  149
      |||||| ||| |||||| || |||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ATTTGC-AGT-ATGGCA-TTCATTTACAAAATACATACATAGAAGTAGA-  134

seq1  TGCTAAGGAGCAAAGG-AAGTTCACTCATAACATGTAACCGTAAGTCTGT  198
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAA-GAGCAAAGGAAAGTTCACTCATAACATGTAACCGTAAGTCTGT  183

seq1  ACTCACCCAAGTATCTATTTACAATGTATT-GGCCATGTTATTTTTCCTC  247
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  ACTCACCCAAGTATCTATTTACAATGTATTGGGCCATGTTATTTTTCCTC  233

seq1  CAGTAGAAATACTGCCAGATTTTCACCTCAGTGGTTTGTTTCAGTGTTCA  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAGAAATACTGCCAGATTTTCACCTCAGTGGTTTGTTTCAGTGTTCA  283

seq1  GGAGAATAGCTCATTGGGCGTTCTGGTCAGATACTTCTAAATACAAATGC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAATAGCTCATTGGGCGTTCTGGTCAGATACTTCTAAATACAAATGC  333

seq1  GCAAGCTCTCAGACAAACCTAGACCTGATGTAAAATAGTTTAAGACTATA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCTCTCAGACAAACCTAGACCTGATGTAAAATAGTTTAAGACTATA  383

seq1  GTGGTTTGATGTTATCTGGAATATTTCACCAGCAGCAATTTGACAATGAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTTGATGTTATCTGGAATATTTCACCAGCAGCAATTTGACAATGAA  433

seq1  AACAAATTATATAATAGGACAGCAGACTGCAGTAGCATAGAACATTGTTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAATTATATAATAGGACAGCAGACTGCAGTAGCATAGAACATTGTTA  483

seq1  ACAACTAAAAATAAATATGTAGGTTAATGTCTCAAACTATGTGGCCAGAC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTAAAAATAAATATGTAGGTTAATGTCTCAAACTATGTGGCCAGAC  533

seq1  AAGCATGTGCTAGATTCTAGGGGCAAAGGGATACCTGTAAACATTCTTGC  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATGTGCTAGATTCTAGGGGCAAAGGGATACCTGTAAACATTCTTGC  583

seq1  ATGTCAGGAAACTAAGGGAAAATAACCTCTACTTTTGAGATACGTATTGA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAGGAAACTAAGGGAAAATAACCTCTACTTTTGAGATACGTATTGA  633

seq1  AAACTTATTTTAAGCTGAATACACAAGCCAAGATAATATAGGCTATTTGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTATTTTAAGCTGAATACACAAGCCAAGATAATATAGGCTATTTGA  683

seq1  TAAGAAACACTAGAGAAATCTATAACACAAGGCTCTTTATTATAGGTTTA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAACACTAGAGAAATCTATAACACAAGGCTCTTTATTATAGGTTTA  733

seq1  TTACACCCATCTCTCCAGTGAGCTATGGTACCTATAAACACACTCTTATG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACACCCATCTCTCCAGTGAGCTATGGTACCTATAAACACACTCTTATG  783

seq1  TAGGAGTATCCATGCAGGCTTTTTATTCATGCTGAAGTAAGCATGGCAAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAGTATCCATGCAGGCTTTTTATTCATGCTGAAGTAAGCATGGCAAA  833

seq1  CTTACTTGCTGTCAGGGTACATTGAATTTAAGATTAGTATTTATTTTGGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTTGCTGTCAGGGTACATTGAATTTAAGATTAGTATTTATTTTGGT  883

seq1  TCTAAGGAGGTTTTGCTTTTGTGAATTGAAATTTGGATCAGCTGTGTGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGAGGTTTTGCTTTTGTGAATTGAAATTTGGATCAGCTGTGTGAA  933

seq1  AACAAGACGGGAGGATAGAAAGCACAGGAAGTAAATTAGTTTTTTCCCCT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGACGGGAGGATAGAAAGCACAGGAAGTAAATTAGTTTTTTCCCCT  983

seq1  AAATGTGCACTCTGTAAATCTACATATTTGGTTAGCACATGGCGTATATG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTGCACTCTGTAAATCTACATATTTGGTTAGCACATGGCGTATATG  1033

seq1  TGCAGTTTGTCAGATGAGTGATTCATGCATTGGGTATGTATATCTATATG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGTTTGTCAGATGAGTGATTCATGCATTGGGTATGTATATCTATATG  1083

seq1  ATTTAGGCAAGAGAGATATTCAAAGTGGCATGGTGTGGTGGCTGGTTTCC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGGCAAGAGAGATATTCAAAGTGGCATGGTGTGGTGGCTGGTTTCC  1133

seq1  AATGCAGAGAATTC  1161
      ||||||||||||||
seq2  AATGCAGAGAATTC  1147


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |