BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262G04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,193,637 - 144,194,795
singlet/doubletsinglet
Overlap genenone
Upstream geneD6Ertd474e, Sox5
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262G04.b
ACCGA066814
length1,157
definitionB6Ng01-262G04.b
singlet/doubletsinglet---
BLAST hituniqueno hit data
sequence
gaattcatggctgcgtctaccgtagcatttccaaggactcccggcgcctg
ttctgttgaatataatgccaaataaacaacaactctaatagatagacccc
tagtatcaattattagccccgtcaatcagagactggaagcctgctacaat
ggatctgacagcgctggctattatgattgtttccacaatgttagaaatat
gtaaatgaagacacttcaagaagatttttgacacaacaggtttagcggat
agggcctcattatgtcagtcaggggaatttagtgttaaggaagcttgaat
ggacaaccaccaaggcgagcttgaagcaaatctgagcaattgggttttaa
agcctcagcacaaactggagaaaacccaaggttctatgaccctaagatta
tttctttcaggtagtccgtctctacagtttaatatcaagtgaaaaaaaat
ataccttttagactttctggatttcaaaggcatgttttagaagctcttaa
ttttgagttcttgtagattaactgctaagttattgaagtgtttctttccc
caaactagtattaactaatgcattagagatgcctgcagccagtctgcaaa
gacagctccctggtcaactgtgcctcccaggacagaggccctgtgagctc
acctccaggaaggagtggttgaccctacctacagcttcttgtctttatgg
caaatagaacatgatggagatattgtcccgtattaggaaaagtctcactg
cctccacctgggtcttctggaagaccccccttcctcaggaagaggtcagc
tgctgtgcaagagactaccacataagggattgccacagggggggggatac
caagccctccccactgagagaccgggataccgagcagcagcttgccagtc
cagcaagggccttgagagggcctccagccctgaactctgattgcagctag
aggcaaaagtccaggggagacgtgagctaaagcagtcaatcatagcgggt
gtgcaaatgaagtcgttgggaatgtgtattcataatatcctgaaaagcat
gaatctgtaggaaaaaagtacattaaggagagacaggacggatgatgagc
cagtcccctcaagcccaaacaggacaacagcttagcgggtgagctaagag
agcatgc
quality valuesOpen.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144193637_144194795
seq2: B6Ng01-262G04.b_45_1201

seq1  GAATTCATGGCTGCGTCTACCGTAGCATTTCCAAGGACTCCCGGCGCCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGCTGCGTCTACCGTAGCATTTCCAAGGACTCCCGGCGCCTG  50

seq1  TTCTGTTGAATATAATGCCAAATAAACAACAACTCTAATAGATAGACCCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGAATATAATGCCAAATAAACAACAACTCTAATAGATAGACCCC  100

seq1  TAGTATCAATTATTAGCCCCGTCAATCAGAGACTGGAAGCCTGCTACAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTATCAATTATTAGCCCCGTCAATCAGAGACTGGAAGCCTGCTACAAT  150

seq1  GGATCTGACAGCGCTGGCTATTATGATTGTTTCCACAATGTTAGAAATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCTGACAGCGCTGGCTATTATGATTGTTTCCACAATGTTAGAAATAT  200

seq1  GTAAATGAAGACACTTCAAGAAGATTTTTGACACAACAGGTTTAGCGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAATGAAGACACTTCAAGAAGATTTTTGACACAACAGGTTTAGCGGAT  250

seq1  AGGGCCTCATTATGTCAGTCAGGGGAATTTAGTGTTAAGGAAGCTTGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTCATTATGTCAGTCAGGGGAATTTAGTGTTAAGGAAGCTTGAAT  300

seq1  GGACAACCACCAAGGCGAGCTTGAAGCAAATCTGAGCAATTGGGTTTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACCACCAAGGCGAGCTTGAAGCAAATCTGAGCAATTGGGTTTTAA  350

seq1  AGCCTCAGCACAAACTGGAGAAAACCCAAGGTTCTATGACCCTAAGATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTCAGCACAAACTGGAGAAAACCCAAGGTTCTATGACCCTAAGATTA  400

seq1  TTTCTTTCAGGTAGTCCGTCTCTACAGTTTAATATCAAGTGAAAAAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTCAGGTAGTCCGTCTCTACAGTTTAATATCAAGTGAAAAAAAAT  450

seq1  ATACCTTTTAGACTTTCTGGATTTCAAAGGCATGTTTTAGAAGCTCTTAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTTTTAGACTTTCTGGATTTCAAAGGCATGTTTTAGAAGCTCTTAA  500

seq1  TTTTGAGTTCTTGTAGATTAACTGCTAAGTTATTGAAGTGTTTCTTTCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGAGTTCTTGTAGATTAACTGCTAAGTTATTGAAGTGTTTCTTTCCC  550

seq1  CAAACTAGTATTAACTAATGCATTAGAGATGCCTGCAGCCAGTCTGCAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTAGTATTAACTAATGCATTAGAGATGCCTGCAGCCAGTCTGCAAA  600

seq1  GACAGCTCCCTGGTCAACTGTGCCTCCCAGGACAGAGGCCCTGTGAGCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACAGCTCCCTGGTCAACTGTGCCTCCCAGGACAGAGGCCCTGTGAGCTC  650

seq1  ACCTCCAGGAAGGAGTGGTTGACCCTACCTACAGCTTCTTGTCTTTATGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTCCAGGAAGGAGTGGTTGACCCTACCTACAGCTTCTTGTCTTTATGG  700

seq1  CAAATAGAACATGATGGAGATATTGTCCCGTATTAGGAAAAGTCTCACTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAGAACATGATGGAGATATTGTCCCGTATTAGGAAAAGTCTCACTG  750

seq1  CCTCCACCTGGGTCTTCTGGAAGACCCCCCTTCCTCAGGAAGAGGTCAGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACCTGGGTCTTCTGGAAGACCCCCCTTCCTCAGGAAGAGGTCAGC  800

seq1  TGCTGTGCAAGAGACTACCACATAAGGGATTGCCACA-GGGGGGGGATAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGCTGTGCAAGAGACTACCACATAAGGGATTGCCACAGGGGGGGGGATAC  850

seq1  CAAGCCCTCCCCACTGAGAGACC-GGATACCGAGCAGCAGCTTGCCAGTC  898
      ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGCCCTCCCCACTGAGAGACCGGGATACCGAGCAGCAGCTTGCCAGTC  900

seq1  CAGCAA-GGCCTTGAGAGGG-CTCCAG-CCTGAACTCTGATTGCAGCTAG  945
      |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAAGGGCCTTGAGAGGGCCTCCAGCCCTGAACTCTGATTGCAGCTAG  950

seq1  AGGCAAAAGTCCAGGGGAGACGTGAGCTAAAGCAGTCAAATCATAGGCGG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |
seq2  AGGCAAAAGTCCAGGGGAGACGTGAGCTAAAGCAGTC-AATCATAG--CG  997

seq1  GGTGTGCAAATGAAGTCGTTGGGAATGGTGTATTTCATTATATCCTGAAA  1045
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||
seq2  GGTGTGCAAATGAAGTCGTTGGGAAT-GTGTA-TTCATAATATCCTGAAA  1045

seq1  AGCATGAATCCTGTAAGAAAAAAGTTACA-TAAAGAGAGACAGGACAGAT  1094
      ||||||||| ||||| |||||||| |||| ||| |||||||||||| |||
seq2  AGCATGAAT-CTGTAGGAAAAAAG-TACATTAAGGAGAGACAGGACGGAT  1093

seq1  GAGGGAGCAG-CCCCTC-AGCCCAAACAAGACAAACAGGCTAGCGGGTGA  1142
      || |   ||| |||||| |||||||||| ||| |||||  ||||||||||
seq2  GATGAGCCAGTCCCCTCAAGCCCAAACAGGAC-AACAGCTTAGCGGGTGA  1142

seq1  GCTAAAGAAGAGCATGC  1159
      |||||   |||||||||
seq2  GCTAA--GAGAGCATGC  1157


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |