BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-265D04
Chromosome6 (Build37)
Map Location 143,593,747 - 143,732,772
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneAbcc9, Cmas, Gm766, EG665037, St8sia1, LOC665056, 5730419I09Rik, Etnk1, D6Ertd474e
Downstream geneSox5, 4933425H06Rik, EG665149
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-265D04.bB6Ng01-265D04.g
ACCGA068910GA068911
length1,0901,123
definitionB6Ng01-265D04.b B6Ng01-265D04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,593,747 - 143,594,846)(143,731,639 - 143,732,772)
sequence
gaattctatttaactgcattctgtttaaaaataagtgaactggggcttat
aaatctatcagctatgttgagatattatttttaacaatatcactgttgtt
cttggattcccagacatgagtaaacaccctgtcccctaattaatacaaag
aatgtaagacatttttaaatttctaaaatgggccctttttacaaatggtc
ataaagtagaacgtatcgaatgatcatgtgcgaagcagagctgaaataaa
tcaggatgcctttgtagaatgaaagctaatgttggtttcaatgtacgcaa
actgttcagggatttaaaaaacaaatctgaatccagcgatactcagttct
ctgtaagtacattcttgaaccgttttcagataattcttcgaaataggcca
cttgatagttcacaaaaattaacatggaatcaatttccattaatataaac
ccaaaccccaagaattagccactcttaaataatattcctattctttcctt
tcttaatgtattttccccaaaacagtattagctatgtattttaagagacc
tttttttttcagaaaaagcccagcctttaaaaaaataatactttcatttg
aaaagaattaatctattcagttatagttggctgtacactttaaattatat
ggctgtatgttttatgaaaagttacgttcattcattttcaaacatggggg
ccttctggttctaattaaggattaatagtgttttgataaacatttgcaat
ctgaaaatttaagattccatgctctttgaaacaactttaattgaatttct
gttaatccattttaaaatctccaagttaaacctaaaactatttctgaacc
aaaagcttatcatagcatcaaagaggaggagcgagcgtcttctcagccat
ataaagtgtatgatagggctggaaaactggctctgctggaggagaacgct
ctgctgctctggcagagacccaactttgattccctgcacaccacatctgg
cgactccagctcctgtaaactcagctacaggggtatctgatgccttgccc
tcagctctgtcatcgttgtcacatgtcccacatgtcatac
gaattcaaggcctattctggcctccatgggcactttcactcatgagcaca
aaaccacacatgaatgcacataaataagtaataaatcttaaaacaaatta
aaaacatattaccaggaacatgtaataacttatttttaaattaacaaatt
actttttaaatttgctttcatttttaatatgtccagttttcccacatgct
catctataaaacaaagccctttggggttacgcatcattgtagtggctact
gtatgcatcatggcttcttaaaacttcccacatgtgagttctttccacag
gagagatggttaaatgaccctagctatatgaatatatacatataatagga
atgaaaaccgtcttttgttagcagatcataaaaatgatttttaaaacagt
tttagggtatatacaattctcataatttacccaggaagaaatcaagtctg
taataacagcacgcatgtgtgtgcttatctaacacagtctagtgcagcca
tagaccaacgtgacatgtaagtgctcgtgtgaaagctggagaaggcttcg
ttttctacaactgggccaccatgtttccacaaagacagaaagctttttaa
gagcagagaacatgccacaactccacaccaagtagcgccacctccacagc
aggtgactcaggcagagggcagtggtggtagtggggggactacatggaac
cacatgcacagtgcacagtgtatccactgtgtgtccagaacaaggcttgg
tgagtcacatggcataaaggacgtaacattcgattttgaactcattgttg
ctgtgtttccagaagtccttttccttgacaaattctctggtaccctcata
ttaagtgagtgaggttatgtggggtcccaagctactggtcaagaaacttt
ggtccacaacggacattcacagcactacaatccacattatcttacatagg
atttgatgttgattttagtttcctttcatataattcccatttatcctccc
agatcattatcttcttaattacagggaagagctctgtatttattgttacc
taatgtaaatatttctatgctatagggagttactagtcatatgtaatgat
tttcatagaacagtgatttctaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_143593747_143594846
seq2: B6Ng01-265D04.b_46_1135

seq1  GAATTCTATTTAACTGCATTCTGTTTAAAAATAAGTGAACTGGGGCTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATTTAACTGCATTCTGTTTAAAAATAAGTGAACTGGGGCTTAT  50

seq1  AAATCTATCAGCTATGTTGAGATATTATTTTTAACAATATCACTGTTGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTATCAGCTATGTTGAGATATTATTTTTAACAATATCACTGTTGTT  100

seq1  CTTGGATTCCCAGACATGAGTAAACACCCTGTCCCCTAATTAATACAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGGATTCCCAGACATGAGTAAACACCCTGTCCCCTAATTAATACAAAG  150

seq1  AATGTAAGACATTTTTAAATTTCTAAAATGGGCCCTTTTTACAAATGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTAAGACATTTTTAAATTTCTAAAATGGGCCCTTTTTACAAATGGTC  200

seq1  ATAAAGTAGAACGTATCGAATGATCATGTGCGAAGCAGAGCTGAAATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAAGTAGAACGTATCGAATGATCATGTGCGAAGCAGAGCTGAAATAAA  250

seq1  TCAGGATGCCTTTGTAGAATGAAAGCTAATGTTGGTTTCAATGTACGCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATGCCTTTGTAGAATGAAAGCTAATGTTGGTTTCAATGTACGCAA  300

seq1  ACTGTTCAGGGATTTAAAAAACAAATCTGAATCCAGCGATACTCAGTTCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTCAGGGATTTAAAAAACAAATCTGAATCCAGCGATACTCAGTTCT  350

seq1  CTGTAAGTACATTCTTGAACCGTTTTCAGATAATTCTTCGAAATAGGCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAGTACATTCTTGAACCGTTTTCAGATAATTCTTCGAAATAGGCCA  400

seq1  CTTGATAGTTCACAAAAATTAACATGGAATCAATTTCCATTAATATAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATAGTTCACAAAAATTAACATGGAATCAATTTCCATTAATATAAAC  450

seq1  CCAAACCCCAAGAATTAGCCACTCTTAAATAATATTCCTATTCTTTCCTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAACCCCAAGAATTAGCCACTCTTAAATAATATTCCTATTCTTTCCTT  500

seq1  TCTTAATGTATTTTCCCCAAAACAGTATTAGCTATGTATTTTAAGAGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATGTATTTTCCCCAAAACAGTATTAGCTATGTATTTTAAGAGACC  550

seq1  TTTTTTTTTCAGAAAAAGCCCAGCCTTTAAAAAAATAATACTTTCATTTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTCAGAAAAAGCCCAGCCTTTAAAAAAATAATACTTTCATTTG  600

seq1  AAAAGAATTAATCTATTCAGTTATAGTTGGCTGTACACTTTAAATTATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATTAATCTATTCAGTTATAGTTGGCTGTACACTTTAAATTATAT  650

seq1  GGCTGTATGTTTTATGAAAAGTTACGTTCATTCATTTTCAAACATGGGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTGTATGTTTTATGAAAAGTTACGTTCATTCATTTTCAAACATGGGGG  700

seq1  CCTTCTGGTTCTAATTAAGGATTAATAGTGTTTTGATAAACATTTGCAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCTGGTTCTAATTAAGGATTAATAGTGTTTTGATAAACATTTGCAAT  750

seq1  CTGAAAATTTAAGATTCCATGCTCTTTGAAACAACTTTAATTGAATTTCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAAATTTAAGATTCCATGCTCTTTGAAACAACTTTAATTGAATTTCT  800

seq1  GTTAATCCATTTTAAAATCTCCAAGTTAAACCTAAAACTATTTCTGAACC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAATCCATTTTAAAATCTCCAAGTTAAACCTAAAACTATTTCTGAACC  850

seq1  AAAAGCTTATCATAGCATCAAAGAGGAGGAGCGAGCGTCTTCTCAGCCAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCTTATCATAGCATCAAAGAGGAGGAGCGAGCGTCTTCTCAGCCAT  900

seq1  ATAAAGTGTATGATAGGGCTGGAAAACTGGCTCTGCTGGAGGAGAAGGCT  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ATAAAGTGTATGATAGGGCTGGAAAACTGGCTCTGCTGGAGGAGAACGCT  950

seq1  CTGCTGCTCTGGCAGGAGACCCAACTTTGATTCCCTGCACA-CACATCTG  999
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  CTGCTGCTCTGGCA-GAGACCCAACTTTGATTCCCTGCACACCACATCTG  999

seq1  GCGACTCCCAGCTCCTGTAAACTCCAGCTACAGGGGTATCTGATGCCTTT  1049
      |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GCGACT-CCAGCTCCTGTAAACT-CAGCTACAGGGGTATCTGATGCC-TT  1046

seq1  GCCCTCAGGCTCTGTCATCGTGTGTCCACATGTTCCCCCACATGTACATA  1099
      ||||||| ||||||||||||| ||| |||||||   ||||||||| ||||
seq2  GCCCTCA-GCTCTGTCATCGT-TGT-CACATGT---CCCACATGT-CATA  1089

seq1  C  1100
      |
seq2  C  1090

seq1: chr6_143731639_143732772
seq2: B6Ng01-265D04.g_64_1186 (reverse)

seq1  TTAGAAAATCAACTGTTCTATGAAAAATCATTACATATGACTTAGTTACC  50
      |||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||| || |
seq2  TTAG-AAATC-ACTGTTCTATG-AAAATCATTACATATGAC-TAG-TAAC  45

seq1  TCCCTATTAGCATTAGAAATATTTTACATTAGGTAAACAATAAATACAGA  100
      |||||| ||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  TCCCTA-TAGCA-TAGAAATA-TTTACATTAGGT-AACAATAAATACAGA  91

seq1  GGCTCTTCCCTGTAATTTAAGAAGATAATGATCTGGGAGGATAAATGGGA  150
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -GCTCTTCCCTGTAA-TTAAGAAGATAATGATCTGGGAGGATAAATGGGA  139

seq1  ATTATATGAAAGGAAACTAAAATCAACATCAAATCCTATGTAAGATAATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATATGAAAGGAAACTAAAATCAACATCAAATCCTATGTAAGATAATG  189

seq1  TGGATTGTAGTGCTGTGAATGTCCGTTGTGGACCAAAGTTTCTTGACCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATTGTAGTGCTGTGAATGTCCGTTGTGGACCAAAGTTTCTTGACCAG  239

seq1  TAGCTTGGGACCCCACATAACCTCACTCACTTAATATGAGGGTACCAGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCTTGGGACCCCACATAACCTCACTCACTTAATATGAGGGTACCAGAG  289

seq1  AATTTGTCAAGGAAAAGGACTTCTGGAAACACAGCAACAATGAGTTCAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTCAAGGAAAAGGACTTCTGGAAACACAGCAACAATGAGTTCAAA  339

seq1  ATCGAATGTTACGTCCTTTATGCCATGTGACTCACCAAGCCTTGTTCTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCGAATGTTACGTCCTTTATGCCATGTGACTCACCAAGCCTTGTTCTGG  389

seq1  ACACACAGTGGATACACTGTGCACTGTGCATGTGGTTCCATGTAGTCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAGTGGATACACTGTGCACTGTGCATGTGGTTCCATGTAGTCCCC  439

seq1  CCACTACCACCACTGCCCTCTGCCTGAGTCACCTGCTGTGGAGGTGGCGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTACCACCACTGCCCTCTGCCTGAGTCACCTGCTGTGGAGGTGGCGC  489

seq1  TACTTGGTGTGGAGTTGTGGCATGTTCTCTGCTCTTAAAAAGCTTTCTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGGTGTGGAGTTGTGGCATGTTCTCTGCTCTTAAAAAGCTTTCTGT  539

seq1  CTTTGTGGAAACATGGTGGCCCAGTTGTAGAAAACGAAGCCTTCTCCAGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGTGGAAACATGGTGGCCCAGTTGTAGAAAACGAAGCCTTCTCCAGC  589

seq1  TTTCACACGAGCACTTACATGTCACGTTGGTCTATGGCTGCACTAGACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCACACGAGCACTTACATGTCACGTTGGTCTATGGCTGCACTAGACTG  639

seq1  TGTTAGATAAGCACACACATGCGTGCTGTTATTACAGACTTGATTTCTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAGATAAGCACACACATGCGTGCTGTTATTACAGACTTGATTTCTTC  689

seq1  CTGGGTAAATTATGAGAATTGTATATACCCTAAAACTGTTTTAAAAATCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTAAATTATGAGAATTGTATATACCCTAAAACTGTTTTAAAAATCA  739

seq1  TTTTTATGATCTGCTAACAAAAGACGGTTTTCATTCCTATTATATGTATA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGATCTGCTAACAAAAGACGGTTTTCATTCCTATTATATGTATA  789

seq1  TATTCATATAGCTAGGGTCATTTAACCATCTCTCCTGTGGAAAGAACTCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCATATAGCTAGGGTCATTTAACCATCTCTCCTGTGGAAAGAACTCA  839

seq1  CATGTGGGAAGTTTTAAGAAGCCATGATGCATACAGTAGCCACTACAATG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTGGGAAGTTTTAAGAAGCCATGATGCATACAGTAGCCACTACAATG  889

seq1  ATGCGTAACCCCAAAGGGCTTTGTTTTATAGATGAGCATGTGGGAAAACT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGTAACCCCAAAGGGCTTTGTTTTATAGATGAGCATGTGGGAAAACT  939

seq1  GGACATATTAAAAATGAAAGCAAATTTAAAAAGTAATTTGTTAATTTAAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATATTAAAAATGAAAGCAAATTTAAAAAGTAATTTGTTAATTTAAA  989

seq1  AATAAGTTATTACATGTTCCTGGTAATATGTTTTTAATTTGTTTTAAGAT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAGTTATTACATGTTCCTGGTAATATGTTTTTAATTTGTTTTAAGAT  1039

seq1  TTATTACTTATTTATGTGCATTCATGTGTGGTTTTGTGCTCATGAGTGAA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTACTTATTTATGTGCATTCATGTGTGGTTTTGTGCTCATGAGTGAA  1089

seq1  AGTGCCCATGGAGGCCAGAATAGGCCTTGAATTC  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCATGGAGGCCAGAATAGGCCTTGAATTC  1123