BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267A06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 96,180,114 - 96,359,133
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC630007B19Rik
Upstream geneLOC435912, Suclg2, LOC665886, LOC545867, LOC100043685, 1700123L14Rik
Downstream geneC130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3, Frmd4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267A06.bB6Ng01-267A06.g
ACCGA070260GA070261
length1,200924
definitionB6Ng01-267A06.b B6Ng01-267A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,180,114 - 96,181,318)(96,358,213 - 96,359,133)
sequence
gaattccacaaagtcttaattctaatctaacatcttattttccaatttaa
acgcatcaagctcaggaccatttggattcagttccaagcaagaccctgtg
tcccactgctaagggacttcagagtgtaatgaacagaaaattgtgctcag
atcctggggttaatggctggaaggtgcaacttcaccaaccacaactttat
tatccaagcaacaatttcattaagtaggcaagcaactcacaagggggctg
tgagcaggaagatgttctgttttaaaggtcataagctggcttcccgaaga
cttaaataagtcaaaaaaaaaaaaaagatgtgatctgcagtgcagcttta
tgcattgtctgagtacacttccttcagtggtatgccctaggatccctcct
gctcttggatccaccccttgcaagctgtcttacactccacagagtggtat
ctatgggcttatgcagactgagtggctaagtccttatctcttgtcattcc
aattttccttgaatcactcagtagcatggtttagcacaaagggaactatt
tccagaacacaaaaccaaataatcaactttgatggacagctcatttctag
gaaaagtaactgactttctagagcaagtgaaaatacgtgacttttgtctt
ttatcacttaaatgtatttaacacgaataaattgtgctgaaagaaactct
ggtagtgggtactagccttgttctcatgttcagaataccatcattctcta
agaatgtcaacattgtggggattcttggttatcacaatacacaatatgca
cagtacacaataaacaggctaacagtgcataaagtaataagaaagtctaa
atatttagcagatggtccaaacatgtcaagcactgaactcctaagtaaag
tctcaataaatattcatgatcattgccatctctcctacatagatgagtta
gtcagaatgaggggaagttaagcaaaaatgatatagtcaggatttacacc
ccctagccttttttacttgtggtatgaagtggatgagttacactaactga
aaggttgctacatccatctagacctttcagaagaatgctgtaactgggca
tgattgtgcatacttctaatccttaactggtagcctagtaggaagaatag
attgtattccagcttggctaccttgtcaatgggccatgaaaacctttgtt

gaattctatggagtgaaactgggaaacactcccatcgtttggctattgct
gtgggaataaacagacttgacaattttatgtgtatacattttccttttat
acacacacacacacatatacaagtccatacatacataccccactgtgaac
accctgtcactttaacttttgtggaagactaaatggtctatttttaattt
aaaaaacacatcttagaacttataatcaagataaaagcatggatttttct
atcaggaagcatgaaaaaagagttgctttaaaaagctaccaacccaccgt
gtcttcgctataggatttataatcagcaccacagtaagggagatgcgatg
gtttcctttcactttagtaagtgctgtaggattgattaaaggttctctaa
ataattaactctttccatatggttgcattttaaatgcatcgtgtttacag
tgcatttcatgggtcactggcccttggcaatagcccccttaaactctcag
agcaaatttatgcagttagatgactgacgctgaaggaataaaactatggc
tcagagagggtaggtgacttgactgaggatacacagtgaggaaacagaag
atgcagggatcggacctagagctgaggaaacagaagagtcaggcctggag
ctgctgagttaaattcagatcctttcctgtacagctgtgtagtgaccgcc
catttctattgtgaccactgcacccaggaagcatagctaggtgatttttg
atgcagtttgattttatctaactggaatataaatttaaagcagtagtata
ataaatatcttttctacaataaaaagatgtagcaagattttatcgaaagg
acccagatggtagctgtctcttgtgagactatgccggggtctagcaaaca
cagaagtggatgctctcagtcagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_96180114_96181318
seq2: B6Ng01-267A06.b_46_1245

seq1  GAATTCCACAAAGTCTTAATTCTAATCTAACATCTTATTTTCCAATTTAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACAAAGTCTTAATTCTAATCTAACATCTTATTTTCCAATTTAA  50

seq1  ACGCATCAAGCTCAGGACCATTTGGATTCAGTTCCAAGCAAGACCCTGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCATCAAGCTCAGGACCATTTGGATTCAGTTCCAAGCAAGACCCTGTG  100

seq1  TCCCACTGCTAAGGGACTTCAGAGTGTAATGAACAGAAAATTGTGCTCAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTGCTAAGGGACTTCAGAGTGTAATGAACAGAAAATTGTGCTCAG  150

seq1  ATCCTGGGGTTAATGGCTGGAAGGTGCAACTTCACCAACCACAACTTTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGGTTAATGGCTGGAAGGTGCAACTTCACCAACCACAACTTTAT  200

seq1  TATCCAAGCAACAATTTCATTAAGTAGGCAAGCAACTCACAAGGGGGCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAAGCAACAATTTCATTAAGTAGGCAAGCAACTCACAAGGGGGCTG  250

seq1  TGAGCAGGAAGATGTTCTGTTTTAAAGGTCATAAGCTGGCTTCCCGAAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGCAGGAAGATGTTCTGTTTTAAAGGTCATAAGCTGGCTTCCCGAAGA  300

seq1  CTTAAATAAGTCAAAAAAAAAAAAAAGATGTGATCTGCAGTGCAGCTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAATAAGTCAAAAAAAAAAAAAAGATGTGATCTGCAGTGCAGCTTTA  350

seq1  TGCATTGTCTGAGTACACTTCCTTCAGTGGTATGCCCTAGGATCCCTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTGTCTGAGTACACTTCCTTCAGTGGTATGCCCTAGGATCCCTCCT  400

seq1  GCTCTTGGATCCACCCCTTGCAAGCTGTCTTACACTCCACAGAGTGGTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTGGATCCACCCCTTGCAAGCTGTCTTACACTCCACAGAGTGGTAT  450

seq1  CTATGGGCTTATGCAGACTGAGTGGCTAAGTCCTTATCTCTTGTCATTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGCTTATGCAGACTGAGTGGCTAAGTCCTTATCTCTTGTCATTCC  500

seq1  AATTTTCCTTGAATCACTCAGTAGCATGGTTTAGCACAAAGGGAACTATT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTCCTTGAATCACTCAGTAGCATGGTTTAGCACAAAGGGAACTATT  550

seq1  TCCAGAACACAAAACCAAATAATCAACTTTGATGGACAGCTCATTTCTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGAACACAAAACCAAATAATCAACTTTGATGGACAGCTCATTTCTAG  600

seq1  GAAAAGTAACTGACTTTCTAGAGCAAGTGAAAATATGTGACTTTTGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  GAAAAGTAACTGACTTTCTAGAGCAAGTGAAAATACGTGACTTTTGTCTT  650

seq1  TTATCACTTAAATGTATTTAACACGAATAAATTGTGCTGAAAGAAACTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATCACTTAAATGTATTTAACACGAATAAATTGTGCTGAAAGAAACTCT  700

seq1  GGTAGTGGGTACTAGCCTTGTTCTCATGTTCAGAATACCATCATTCTCTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGTGGGTACTAGCCTTGTTCTCATGTTCAGAATACCATCATTCTCTA  750

seq1  AGAATGTCAACATTGT-GGGATTCTTGGTTATCACAATACACAATATGCA  799
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATGTCAACATTGTGGGGATTCTTGGTTATCACAATACACAATATGCA  800

seq1  CAGTACACAATAAACA-GCTAACAGTGCATAAAGTAATAAGAAAGTCTAA  848
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTACACAATAAACAGGCTAACAGTGCATAAAGTAATAAGAAAGTCTAA  850

seq1  ATATTTAGCAGATGGTCCAAACATGTCAAGCACTGAACTCCTAAGTAAGG  898
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ATATTTAGCAGATGGTCCAAACATGTCAAGCACTGAACTCCTAAGTAAAG  900

seq1  TCTCAATAAATATTCATGATCATTGCCATCTCTCCTACATAGATGAGTTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCAATAAATATTCATGATCATTGCCATCTCTCCTACATAGATGAGTTA  950

seq1  GTCAGAATGAGGGGAAGTTAAGCAAAAATGATATAGTCAGGATTTACA-C  997
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GTCAGAATGAGGGGAAGTTAAGCAAAAATGATATAGTCAGGATTTACACC  1000

seq1  CCCTAGCCTTTTTTACTTGTGGTATGGAGTGGAATGAAGTTACACTAACT  1047
      |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||
seq2  CCCTAGCCTTTTTTACTTGTGGTATGAAGTGG-ATG-AGTTACACTAACT  1048

seq1  GAAAGGTTGCTACATTCCATCTAGACCTTTCAAGAAGAATGCTGTAAACT  1097
      |||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||
seq2  GAAAGGTTGCTACA-TCCATCTAGACCTTTC-AGAAGAATGCTGT-AACT  1095

seq1  GGGCATGA-TGTGCATACTTCTAATCCCTATAACTGGAAAGCTAAGGTAG  1146
      |||||||| ||||||||||||||||||   ||||||| |  |||  ||||
seq2  GGGCATGATTGTGCATACTTCTAATCC--TTAACTGGTAGCCTA--GTAG  1141

seq1  GAAGATATAGAATATGTATCCAGCTTGGGCTACCTTGTCAA--GGGCATG  1194
      ||||| ||||| | | | |||||||| ||||||||||||||  || ||||
seq2  GAAGA-ATAGATTGTAT-TCCAGCTT-GGCTACCTTGTCAATGGGCCATG  1188

seq1  AAAA-CTTTGTT  1205
      |||| |||||||
seq2  AAAACCTTTGTT  1200

seq1: chr6_96358213_96359133
seq2: B6Ng01-267A06.g_70_993 (reverse)

seq1  GCTGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGACCCCGGCATAGTCTC  50
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACTGAGAGCATCCACTTCTGTGTTTGCTAGACCCCGGCATAGTCTC  50

seq1  ACAAGAGACAGCTA-CATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTACATC-  98
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACAAGAGACAGCTACCATCTGGGTCCTTTCGATAAAATCTTGCTACATCT  100

seq1  TTTTATTGTAGAAAAGATATTTATTATACTACTGCTTTAAATTTATATTC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTGTAGAAAAGATATTTATTATACTACTGCTTTAAATTTATATTC  150

seq1  CAGTTAGATAAAATCAAAACTGCATC-AAAATCACCTAGCTATGCTTCCT  197
      ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTAGATAAAATC-AAACTGCATCAAAAATCACCTAGCTATGCTTCCT  199

seq1  GGGTGCAGTGGTCACAATAG-AATGGGCGGTCACTACACAGCTGTACAGG  246
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGCAGTGGTCACAATAGAAATGGGCGGTCACTACACAGCTGTACAGG  249

seq1  AAAGGATCTGAATTTAACTCAGCAGCTCCAGGCCTGACTCTTCTGTTTCC  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGATCTGAATTTAACTCAGCAGCTCCAGGCCTGACTCTTCTGTTTCC  299

seq1  TCAGCTCTAGGTCCGATCCCTGCATCTTCTGTTTCCTCACTGTGTATCCT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCTCTAGGTCCGATCCCTGCATCTTCTGTTTCCTCACTGTGTATCCT  349

seq1  CAGTCAAGTCACCTACCCTCTCTGAGCCATAGTTTTATTCCTTCAGCGTC  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCAAGTCACCTACCCTCTCTGAGCCATAGTTTTATTCCTTCAGCGTC  399

seq1  AGTCATCTAACTGCATAAATTTGCTCTGAGAGTTTAAGGGGGCTATTGCC  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATCTAACTGCATAAATTTGCTCTGAGAGTTTAAGGGGGCTATTGCC  449

seq1  AAGGGCCAGTGACCCATGAAATGCACTGTAAACACGATGCATTTAAAATG  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGCCAGTGACCCATGAAATGCACTGTAAACACGATGCATTTAAAATG  499

seq1  CAACCATATGGAAAGAGTTAATTATTTAGAGAACCTTTAATCAATCCTAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATATGGAAAGAGTTAATTATTTAGAGAACCTTTAATCAATCCTAC  549

seq1  AGCACTTACTAAAGTGAAAGGAAACCATCGCATCTCCCTTACTGTGGTGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTACTAAAGTGAAAGGAAACCATCGCATCTCCCTTACTGTGGTGC  599

seq1  TGATTATAAATCCTATAGCGAAGACACGGTGGGTTGGTAGCTTTTTAAAG  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTATAAATCCTATAGCGAAGACACGGTGGGTTGGTAGCTTTTTAAAG  649

seq1  CAACTCTTTTTTCATGCTTCCTGATAGAAAAATCCATGCTTTTATCTTGA  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTCTTTTTTCATGCTTCCTGATAGAAAAATCCATGCTTTTATCTTGA  699

seq1  TTATAAGTTCTAAGATGTGTTTTTTAAATTAAAAATAGACCATTTAGTCT  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAAGTTCTAAGATGTGTTTTTTAAATTAAAAATAGACCATTTAGTCT  749

seq1  TCCACAAAAGTTAAAGTGACAGGGTGTTCACAGTGGGGTATGTATGTATG  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACAAAAGTTAAAGTGACAGGGTGTTCACAGTGGGGTATGTATGTATG  799

seq1  GACTTGTATATGTGTGTGTGTGTGTATAAAAGGAAAATGTATACACATAA  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTGTATATGTGTGTGTGTGTGTATAAAAGGAAAATGTATACACATAA  849

seq1  AATTGTCAAGTCTGTTTATTCCCACAGCAATAGCCAAACGATGGGAGTGT  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGTCAAGTCTGTTTATTCCCACAGCAATAGCCAAACGATGGGAGTGT  899

seq1  TTCCCAGTTTCACTCCATAGAATTC  921
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAGTTTCACTCCATAGAATTC  924