BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267K03
Chromosome6 (Build37)
Map Location 105,996,571 - 106,126,199
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCntn4
Upstream geneLOC384470, LOC100043716, LOC100043350
Downstream geneIl5ra, Trnt1, Crbn, Ppia-ps6_1128.1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267K03.bB6Ng01-267K03.g
ACCGA070701GA070702
length1,0051,119
definitionB6Ng01-267K03.b B6Ng01-267K03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(106,125,196 - 106,126,199)(105,996,571 - 105,997,703)
sequence
gaattctacttttcctggtttctttttctgtatattctgatacaatacaa
aattcctccagtcccttcagcaatggctttgctagttattatacactggg
ccccatgatagatcactgatgaagccacagaagagggactcagcacatca
ctgaaatgctaaacctagtcatatattcatctacttctgacacttggcta
aattaaaattatataggcattcaaatggcattgattcagcccatgtggta
gggacagttttaggtggagagtacagaaacattgaaagaaagaccttgtc
ttcagtgagttcacagattatttgtgaaaggcaagtaaacccgtaatgat
aactcagcacaaagcttcgaatgagtctgttaaggaaagtcgtggagata
gatagagggaaaagggatctagtaatggataaggcaaggtcttgaagaaa
ttatttcagaggggctacatgaggtcaaatagtggagaaaagctttctaa
tcttaactatcaggaaaatcaacagtcaaaaaaccatgatctcagacaac
atcaggtttgtaaagacacaaaatagtgaaaagtgtactctgccacactg
ccttgagctctcatctttgacataacattctccagctgggtgattcattt
ataaaataaactgtacctataagtgtaaaacttagtgcttattgtaaaga
ttaaggagaatagatatgagcttcttagcaagggtaccatccttgagttg
gatctggatggaatactattaagttatcctggataaagacagctgtaaac
aagtttttattggagtcagaaaggaaaaacgggtgctgaagatcaattct
tccatcagtcttcatggtataataaaggttttaaacttgggctggaaaga
tagcctagtcggtaaaaaaaaattccttccagattaagaacctgaatctg
cctcaggtacaggggaacaccagggccaagaagtgggagtgggttgggtg
gggga

gaattccaaacataaacactcattaaaattatttttaggaggaagatgtt
catttgtgtgccactaaacttcaaaggataagaaaaaataaattccacgg
gtaaagatagattcttgttaatagcagatagtgtttgtaaagctctccat
gtgcatgcagtgtcttcacagacactttgctttcttttcttgctgctgtg
ttctaataagggaaaggacggagggacacttcattttagattccatctag
aagggatacagtccaccaagacagagaagatgaggtggaagtatgagctg
ttcacagttttgccttagcctggaagcagaaagagaaggttcctggtcaa
gaatactagacttgtttccttctaatttaccttgatattcttattggaac
tccagccccccagatgtgctatctacttcagagtgggactcaccacctca
gataaaagttttaggaaacacccacataaacacaccctgatgtgtgtttc
tgtggtagctttaaaactagtcaaactgacaataaagattagatgtctac
cagaagtaatcgaaggagtgagacagattgcatgttcgacaaaaggtcaa
tgaagatcatttgcatccagcaagctcttgcagaagcagatcttataaat
gctgtagaattcacgtgattttgattgcattaagtaaaaattaattaatt
aattagttaattaattaatttaaaaaataagccagcggtggtagtccatg
cctttggttccagtcctcaggaagcagagggatgaaggtctctcagagtt
agaggccagcttgttctacagaggaagatcctggatatgaattagccagg
ctacactggagggataaaagaaaagaaataaagaaatttaatctaaggga
tgtgaggccttgaagcttttcaacaagtcgattatatttaattcttcagt
tgaaataagactttgttcataatacaaaagataataaatagcttcgatag
atttgtgtagcttgagagctggtattatgaatgctcaaacaaaaggatca
gtgacctgaaccataatgataggaactatattggccacttttctagacat
ttggagggaaaaaaatcat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_106125196_106126199
seq2: B6Ng01-267K03.b_45_1049 (reverse)

seq1  TCCCCCACCC-ACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTA-C  48
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCCCCCACCCAACCCACTCCCACTTCTTGGCCCTGGTGTTCCCCTGTACC  50

seq1  TGAGGCAGATTCAGGTTCTTAATCTTGGAAGGAATTTTTTTTTACCGACT  98
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCAGATTCAGGTTCTTAATC-TGGAAGGAATTTTTTTTTACCGACT  99

seq1  AGGCTATCTTTCCAGCCCAAGTTTAAAACCTTTATTATACCATGAAGACT  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATCTTTCCAGCCCAAGTTTAAAACCTTTATTATACCATGAAGACT  149

seq1  GATGGAAGAATTGATCTTCAGCACCCGTTTTTCCTTTCTGACTCCAATAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGAAGAATTGATCTTCAGCACCCGTTTTTCCTTTCTGACTCCAATAA  199

seq1  AAACTTGTTTACAGCTGTCTTTATCCAGGATAACTTAATAGTATTCCATC  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTGTTTACAGCTGTCTTTATCCAGGATAACTTAATAGTATTCCATC  249

seq1  CAGATCCAACTCAAGGATGGTACCCTTGCTAAGAAGCTCATATCTATTCT  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCAACTCAAGGATGGTACCCTTGCTAAGAAGCTCATATCTATTCT  299

seq1  CCTTAATCTTTACAATAAGCACTAAGTTTTACACTTATAGGTACAGTTTA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATCTTTACAATAAGCACTAAGTTTTACACTTATAGGTACAGTTTA  349

seq1  TTTTATAAATGAATCACCCAGCTGGAGAATGTTATGTCAAAGATGAGAGC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATAAATGAATCACCCAGCTGGAGAATGTTATGTCAAAGATGAGAGC  399

seq1  TCAAGGCAGTGTGGCAGAGTACACTTTTCACTATTTTGTGTCTTTACAAA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGGCAGTGTGGCAGAGTACACTTTTCACTATTTTGTGTCTTTACAAA  449

seq1  CCTGATGTTGTCTGAGATCATGGTTTTTTGACTGTTGATTTTCCTGATAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGATGTTGTCTGAGATCATGGTTTTTTGACTGTTGATTTTCCTGATAG  499

seq1  TTAAGATTAGAAAGCTTTTCTCCACTATTTGACCTCATGTAGCCCCTCTG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGATTAGAAAGCTTTTCTCCACTATTTGACCTCATGTAGCCCCTCTG  549

seq1  AAATAATTTCTTCAAGACCTTGCCTTATCCATTACTAGATCCCTTTTCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAATTTCTTCAAGACCTTGCCTTATCCATTACTAGATCCCTTTTCCC  599

seq1  TCTATCTATCTCCACGACTTTCCTTAACAGACTCATTCGAAGCTTTGTGC  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTCCACGACTTTCCTTAACAGACTCATTCGAAGCTTTGTGC  649

seq1  TGAGTTATCATTACGGGTTTACTTGCCTTTCACAAATAATCTGTGAACTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATCATTACGGGTTTACTTGCCTTTCACAAATAATCTGTGAACTC  699

seq1  ACTGAAGACAAGGTCTTTCTTTCAATGTTTCTGTACTCTCCACCTAAAAC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAAGACAAGGTCTTTCTTTCAATGTTTCTGTACTCTCCACCTAAAAC  749

seq1  TGTCCCTACCACATGGGCTGAATCAATGCCATTTGAATGCCTATATAATT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCCTACCACATGGGCTGAATCAATGCCATTTGAATGCCTATATAATT  799

seq1  TTAATTTAGCCAAGTGTCAGAAGTAGATGAATATATGACTAGGTTTAGCA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATTTAGCCAAGTGTCAGAAGTAGATGAATATATGACTAGGTTTAGCA  849

seq1  TTTCAGTGATGTGCTGAGTCCCTCTTCTGTGGCTTCATCAGTGATCTATC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGTGATGTGCTGAGTCCCTCTTCTGTGGCTTCATCAGTGATCTATC  899

seq1  ATGGGGCCCAGTGTATAATAACTAGCAAAGCCATTGCTGAAGGGACTGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGGCCCAGTGTATAATAACTAGCAAAGCCATTGCTGAAGGGACTGGA  949

seq1  GGAATTTTGTATTGTATCAGAATATACAGAAAAAGAAACCAGGAAAAGTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATTTTGTATTGTATCAGAATATACAGAAAAAGAAACCAGGAAAAGTA  999

seq1  GAATTC  1004
      ||||||
seq2  GAATTC  1005


seq1: chr6_105996571_105997703
seq2: B6Ng01-267K03.g_66_1184

seq1  GAATTCCAAACATAAACACTCATTAAAATTATTTTTAGGAGGAAGATGTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAACATAAACACTCATTAAAATTATTTTTAGGAGGAAGATGTT  50

seq1  CATTTGTGTGCCACTAAACTTCAAAGGATAAGAAAAAATAAATTCCACGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGTGCCACTAAACTTCAAAGGATAAGAAAAAATAAATTCCACGG  100

seq1  GTAAAGATAGATTCTTGTTAATAGCAGATAGTGTTTGTAAAGCTCTCCAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGATAGATTCTTGTTAATAGCAGATAGTGTTTGTAAAGCTCTCCAT  150

seq1  GTGCATGCAGTGTCTTCACAGACACTTTGCTTTCTTTTCTTGCTGCTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCATGCAGTGTCTTCACAGACACTTTGCTTTCTTTTCTTGCTGCTGTG  200

seq1  TTCTAATAAGGGAAAGGACGGAGGGACACTTCATTTTAGATTCCATCTAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAATAAGGGAAAGGACGGAGGGACACTTCATTTTAGATTCCATCTAG  250

seq1  AAGGGATACAGTCCACCAAGACAGAGAAGATGAGGTGGAAGTATGAGCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATACAGTCCACCAAGACAGAGAAGATGAGGTGGAAGTATGAGCTG  300

seq1  TTCACAGTTTTGCCTTAGCCTGGAAGCAGAAAGAGAAGGTTCCTGGTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACAGTTTTGCCTTAGCCTGGAAGCAGAAAGAGAAGGTTCCTGGTCAA  350

seq1  GAATACTAGACTTGTTTCCTTCTAATTTACCTTGATATTCTTATTGGAAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTAGACTTGTTTCCTTCTAATTTACCTTGATATTCTTATTGGAAC  400

seq1  TCCAGCCCCCCAGATGTGCTATCTACTTCAGAGTGGGACTCACCACCTCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGCCCCCCAGATGTGCTATCTACTTCAGAGTGGGACTCACCACCTCA  450

seq1  GATAAAAGTTTTAGGAAACACCCACATAAACACACCCTGATGTGTGTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAGTTTTAGGAAACACCCACATAAACACACCCTGATGTGTGTTTC  500

seq1  TGTGGTAGCTTTAAAACTAGTCAAACTGACAATAAAGATTAGATGTCTAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTAGCTTTAAAACTAGTCAAACTGACAATAAAGATTAGATGTCTAC  550

seq1  CAGAAGTAATCGAAGGAGTGAGACAGATTGCATGTTCGACAAAAGGTCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTAATCGAAGGAGTGAGACAGATTGCATGTTCGACAAAAGGTCAA  600

seq1  TGAAGATCATTTGCATCCAGCAAGCTCTTGCAGAAGCAGATCTTATAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATCATTTGCATCCAGCAAGCTCTTGCAGAAGCAGATCTTATAAAT  650

seq1  GCTGTAGAATTCACGTGATTTTGATTGCATTAAGTAAAAATTAATTAATT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTAGAATTCACGTGATTTTGATTGCATTAAGTAAAAATTAATTAATT  700

seq1  AATTAGTTAATTAATTAATTTAAAAAATAAGCCAGCGGTGGTAGTCCATG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAGTTAATTAATTAATTTAAAAAATAAGCCAGCGGTGGTAGTCCATG  750

seq1  CCTTTGGTTCCAGTCCTCAGGAAGCAGAGGGATGAAGGTCTCTCAGAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGTTCCAGTCCTCAGGAAGCAGAGGGATGAAGGTCTCTCAGAGTT  800

seq1  AGAGGCCAGCTTGTTCTACAGAGGAAGATCCTGGATATGAATTAGCCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGCCAGCTTGTTCTACAGAGGAAGATCCTGGATATGAATTAGCCAGG  850

seq1  CTACACTGGAGGGATAAAAGAAAAGAAATAAAGAAATTTAATCTAAGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACACTGGAGGGATAAAAGAAAAGAAATAAAGAAATTTAATCTAAGGGA  900

seq1  TGTGAGGCCTTGAAGCTTTTCAACAAGTCGATTATAATTTAATTCTTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGTGAGGCCTTGAAGCTTTTCAACAAGTCGATTAT-ATTTAATTCTTCAG  949

seq1  GTTTGAAATAAGACTTTGTTCATAATACAAAAAGATAAATAAATAGCTTC  1000
        |||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  --TTGAAATAAGACTTTGTTCATAATAC-AAAAGAT-AATAAATAGCTTC  995

seq1  GAATAGATTTGTGTAGCTTGAGAGCTGGTATTATGAATTGCTCAAACAAA  1050
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  G-ATAGATTTGTGTAGCTTGAGAGCTGGTATTATGAA-TGCTCAAACAAA  1043

seq1  AGGATCAGTTGACCTGAAACCAATAAATGATAGGAAACTATATTGG-CAC  1099
      |||||||| ||||||| |||||   ||||||||| ||||||||||| |||
seq2  AGGATCAG-TGACCTG-AACCA--TAATGATAGG-AACTATATTGGCCAC  1088

seq1  TTTTCTAAGGACATTTTGGAGGGAAAAAAATCAT  1133
      |||||||  |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTA--GACA-TTTGGAGGGAAAAAAATCAT  1119


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |