BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-268H05
Chromosome6 (Build37)6 (Build37)
Map Location 5,807,754 - 5,807,927109,996,283 - 109,997,326
singlet/doubletsingletsinglet
Overlap geneDync1i1
Upstream geneLOC100040018, Ppp1r9a, Pon1, Pon3, Pon2, Asb4, Pdk4
Downstream geneSlc25a13, EG667462, EG667468, LOC667471, LOC100040096, Shfm1, LOC545826
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268H05.bB6Ng01-268H05.g
ACCGA071303GA071304
length2141,044
definitionB6Ng01-268H05.b B6Ng01-268H05.g
singlet/doubletsingletsinglet
BLAST hituniqueunique
Map location.(5,807,754 - 5,807,927)(109,996,283 - 109,997,326)
sequence
attttaccaatatttatttgtctgtgtgtttgggcatgtctacatgtctg
caggtgtgcatgtgtatacatgcttttatatatatatatatatatatata
tatatatatatatatatatatatatgtgtgtgtgtatatatatatatata
tatatacatatatatatatatacacacacacacacacacacacacatata
tatatatatatata
gaattcacctgtaactaaaatgacttttgtctaaatgaatatctgttggc
tttcctctttttctcctttgtatttggttcacatttttctttcctatcat
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tgctatagtttacttataattaatattatgagtctcataaatgatataat
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acaaacatgtaaaagttacatatgtcatatgccccttcgaattttgtttt
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tgtgcttgttggtgggtcttttaactgtcatagaaatctttgttctatat
acacagttttaaattattctaattctgtacatagaatactgagttgatgt
tattacatttaaaatacttttatttcagttttctgttaccaaactatacg
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tatacaaaaactccttcttgctttagtgttccagcatttcaactgtgata
ggttgagaagtaagttttgtgctattcattttgttaaggttatactaaga
atagctatttctacttgatacatttgattatttcaaaatttatcttacat
ccattctctcacatctctaggaaagtttctaacatacacagaagacacta
acgctatccacagtctagtgacgataatgctttttcattgtttggctcaa
cagctgcttatacttccagctaaagaggatatgtagccttttctggcctt
tattggaacctgtgcatgttgtacacgtacttacatacacacac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_5807754_5807927
seq2: B6Ng01-268H05.b_132_263 (reverse)

seq1  TATATATATATATATATATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATATATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TGTATATATATATGTATGTATGTATATATATATAAATTATATATATATAC  100
                    ||| ||||||||||||||     |||||||||||||
seq2  --------------TATATATGTATATATATA-----TATATATATATAC  81

seq1  ATACATACACACACATATATACATACACACCACACATATATATGCATATA  150
            ||||||||||||||               ||||||||  |||||
seq2  ------ACACACACATATAT---------------ATATATAT--ATATA  108

seq1  TATATATATATATATATATATATA  174
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATATATATATATATATATA  132

seq1: chr6_109996283_109997326
seq2: B6Ng01-268H05.g_66_1109

seq1  GAATTCACCTGTAACTAAAATGACTTTTGTCTAAATGAATATCTGTTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGTAACTAAAATGACTTTTGTCTAAATGAATATCTGTTGGC  50

seq1  TTTCCTCTTTTTCTCCTTTGTATTTGGTTCACATTTTTCTTTCCTATCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCTCTTTTTCTCCTTTGTATTTGGTTCACATTTTTCTTTCCTATCAT  100

seq1  CATTTTAAGTAATCTGTATGCTCCTTATTCTTGATTTAGGACCTTTACTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAAGTAATCTGTATGCTCCTTATTCTTGATTTAGGACCTTTACTT  150

seq1  TAATATTTTCGGAAGGATTATATAGCAAATGCAGCATGAATCTGTTTTTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATTTTCGGAAGGATTATATAGCAAATGCAGCATGAATCTGTTTTTG  200

seq1  TGCTATAGTTTACTTATAATTAATATTATGAGTCTCATAAATGATATAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTATAGTTTACTTATAATTAATATTATGAGTCTCATAAATGATATAAT  250

seq1  ATTTCAAAGTTTCAAATCCTCTTATTTCCCATCTTTCATACTATTGTTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAAAGTTTCAAATCCTCTTATTTCCCATCTTTCATACTATTGTTTT  300

seq1  ACAAACATGTAAAAGTTACATATGTCATATGCCCCTTCGAATTTTGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAACATGTAAAAGTTACATATGTCATATGCCCCTTCGAATTTTGTTTT  350

seq1  TCTGCCTTCTTTAATCCTTTGTTCTGAGGAGACATTAAAGAAGCAAAACC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCCTTCTTTAATCCTTTGTTCTGAGGAGACATTAAAGAAGCAAAACC  400

seq1  ACTGTTATCTTTAACAGTGTATTAACTTAGGTATTTTTTCCTTTCATTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTTATCTTTAACAGTGTATTAACTTAGGTATTTTTTCCTTTCATTTT  450

seq1  AATTTGTTCTTAAAAGTGAAAAGTTTTCCATAGCATTTCTGGTGTGTATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGTTCTTAAAAGTGAAAAGTTTTCCATAGCATTTCTGGTGTGTATG  500

seq1  TGTGCTTGTTGGTGGGTCTTTTAACTGTCATAGAAATCTTTGTTCTATAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGCTTGTTGGTGGGTCTTTTAACTGTCATAGAAATCTTTGTTCTATAT  550

seq1  ACACAGTTTTAAATTATTCTAATTCTGTACATAGAATACTGAGTTGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAGTTTTAAATTATTCTAATTCTGTACATAGAATACTGAGTTGATGT  600

seq1  TATTACATTTAAAATACTTTTATTTCAGTTTTCTGTTACCAAACTATACG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACATTTAAAATACTTTTATTTCAGTTTTCTGTTACCAAACTATACG  650

seq1  TTTATTTTTATATTAAATATGCAAACAATATTCCTTTTATTTCATGATCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTTTATATTAAATATGCAAACAATATTCCTTTTATTTCATGATCT  700

seq1  TATACAAAAACTCCTTCTTGCTTTAGTGTTCCAGCATTTCAACTGTGATA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACAAAAACTCCTTCTTGCTTTAGTGTTCCAGCATTTCAACTGTGATA  750

seq1  GGTTGAGAAGTAAGTTTTGTGCTATTCATTTTGTTAAGGTTATACTAAGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGAGAAGTAAGTTTTGTGCTATTCATTTTGTTAAGGTTATACTAAGA  800

seq1  ATAGCTATTTCTACTTGATACATTTGATTATTTCAAAATTTATCTTACAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTATTTCTACTTGATACATTTGATTATTTCAAAATTTATCTTACAT  850

seq1  CCATTCTCTCACATCTCTAGGAAAGTTTCTAACATACACAGAAGACACTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCTCTCACATCTCTAGGAAAGTTTCTAACATACACAGAAGACACTA  900

seq1  AGGCTATCCACAGTCTAGTGACGATAATGCTTTTTCATTGTTTGGCTC-A  949
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  ACGCTATCCACAGTCTAGTGACGATAATGCTTTTTCATTGTTTGGCTCAA  950

seq1  CAGCTGCTTATACTTCCAGCTAAAGAGGATATTGTAGCCTTTTCTGGCCT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGCTTATACTTCCAGCTAAAGAGGATA-TGTAGCCTTTTCTGGCCT  999

seq1  TTATTGGAACCTGTGCATG-TGTACACGTACATACATACCACACAC  1044
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| |||||||
seq2  TTATTGGAACCTGTGCATGTTGTACACGTACTTACATA-CACACAC  1044