BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268J06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 20,317,437 - 20,344,740
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream genenone
Downstream geneLOC100040838, Kcnd2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268J06.bB6Ng01-268J06.g
ACCGA071399GA071400
length1,1401,171
definitionB6Ng01-268J06.b B6Ng01-268J06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,317,437 - 20,318,580)(20,343,554 - 20,344,740)
sequence
gaattcattttctttggtaatttgtggaggttgaggtatcactgaggaat
ccaactttggttcaaactccttgaggtcactgcttctctgtaatgtcact
ccactttccaaaaccagcctacatagtggttccatttgttctactctctt
ttagaaaaaacaaaaacaaaaaacaaaaaataagcaaaacctacagtttt
tcacagtcagcatgtgctgtggcttgagtttctgatcatagccattctga
ttggtatacggtagaatctgagagtcattttgatttgcattttatttagt
tgatgactaaggatgttgaacaatttatttaagtgcttctcagccactag
agattcctctgttgagaattctttgtttaggtctgtacctcaatttcttt
tgagttatgtggcttttggacttctaacttcttgagttctttatgtattt
ttgatattaaccctctgtcagatgtggggttagtgaagattatttcccaa
tctgtaggttgagttttgttctattgatagggttcttttgtattacagaa
ggttttcagtttcaagtggtctcttttatcttagaacttgatacactggt
tttgagaatggtatgaccgtacacgtgagcaacctcaaaattttacctac
aaaggggctggatataaatttaactcaaaaatcattagtcattttatttt
atacaaatgattaatgggataagaacaaaattagggaagcaacacccttc
acaatagccacaaataatataaaatatattgatgtaactctaaccaagca
aacaagatctgtatgacaagaacttcaaggctctgagcaaagaaatcatc
tcagaagatggaaagatgccccatgctcatggatatacagtaggattaac
ataatgaaaatggtcactttaccaaaagcaaattacagattcagtggaat
ctccatcaaaattccaacacattttcttcacaggcatggaaagagcaatt
ctcatttttgtatggaaagcaaaaaaccacagataggcaaatatttcacc
aacttaaaagaaattcttgtgggagtcaccatactgaactcaagctgact
gaagagcatgtgtgatattatggtgcagagaacaatacag

gaattctttttaacgcaaatatctactttatatattacctcagcatttcc
ataatagatggataaaagctttgagggctagggttgagtgttatgactta
gattcgtgtctcaatgtttgtgtattttcaaagatgcagggattagacct
gggtttggtaaaatgattttcatcatgaagattctgacttcataatttaa
taatattattataaaatgatattgttaaaattattattgctattataagt
tatataaagtgcttcttatggaatttattattataagttgttgaataaaa
tgattgtagaaactgtaaggtcagactcagttggaggaaagcaggtcact
gtgtttttttctagaaagatattctttgaattctataactccccattttt
ctgcttgctggctaataggaggtgaatagttttgctctagctcatggtcc
ccatgtgatattcatccttgcttctgattcaaggcaattatgcctgttca
ccatgcactaaacaattaggagataagaaaatctttcatgagttaaggtg
ctttctcatatatctgtccaaggcgatgaaaaggcttacatatgtgatgt
gtctattggaaataatctatttatacttacttaaattccctctactgtat
tatgtagtgcgagaacacacagcaaaaagcacatcacaagaagtcacacg
taaaccacgatgcacacattatgtatagagtcactactcttacatttgcc
attatcatttgtcagtatcaccttagagttgttttacatcgtcatttctt
gctcaatctttagtattgataactttactgacaaacgctattctccaagt
ggcaatgctgaaatgtttagaataggtacatatctattttctttaagcca
ggagtcatcccttctttcaccttgagcagctcaatacaggaatgcagctt
ttaaacaaaggtacagagcacaaatagccagggagattcttaagagtgca
cactgctgagcatctcaaaattattgatctgaagaaagcaaatggacacc
acattgatcggaaggacgaaagcaagtgcaaacgaaaaaattcagtcctg
tccagagtgggttgcacttgcagtactgagccaccagttagataaagcat
agaaaggacctttttttaagg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_20317437_20318580
seq2: B6Ng01-268J06.b_46_1185

seq1  GAATTCATTTTCTTTGGTAATTTGTGGAGGTTGAGGTATCACTGAGGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATTTTCTTTGGTAATTTGTGGAGGTTGAGGTATCACTGAGGAAT  50

seq1  CCAACTTTGGTTCAAACTCCTTGAGGTCACTGCTTCTCTGTAATGTCACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACTTTGGTTCAAACTCCTTGAGGTCACTGCTTCTCTGTAATGTCACT  100

seq1  CCACTTTCCAAAACCAGCCTACATAGTGGTTCCATTTGTTCTACTCTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTTCCAAAACCAGCCTACATAGTGGTTCCATTTGTTCTACTCTCTT  150

seq1  TTAGAAAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAATAAGCAAAACCTACAGTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAAAAAACAAAAACAAAAAACAAAAAATAAGCAAAACCTACAGTTTT  200

seq1  TCACAGTCAGCATGTGCTGTGGCTTGAGTTTCTGATCATAGCCATTCTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTCAGCATGTGCTGTGGCTTGAGTTTCTGATCATAGCCATTCTGA  250

seq1  TTGGTATACGGTAGAATCTGAGAGTCATTTTGATTTGCATTTTATTTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATACGGTAGAATCTGAGAGTCATTTTGATTTGCATTTTATTTAGT  300

seq1  TGATGACTAAGGATGTTGAACAATTTATTTAAGTGCTTCTCAGCCACTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATGACTAAGGATGTTGAACAATTTATTTAAGTGCTTCTCAGCCACTAG  350

seq1  AGATTCCTCTGTTGAGAATTCTTTGTTTAGGTCTGTACCTCAATTTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTCCTCTGTTGAGAATTCTTTGTTTAGGTCTGTACCTCAATTTCTTT  400

seq1  TGAGTTATGTGGCTTTTGGACTTCTAACTTCTTGAGTTCTTTATGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTTATGTGGCTTTTGGACTTCTAACTTCTTGAGTTCTTTATGTATTT  450

seq1  TTGATATTAACCCTCTGTCAGATGTGGGGTTAGTGAAGATTATTTCCCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATTAACCCTCTGTCAGATGTGGGGTTAGTGAAGATTATTTCCCAA  500

seq1  TCTGTAGGTTGAGTTTTGTTCTATTGATAGGGTTCTTTTGTATTACAGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTAGGTTGAGTTTTGTTCTATTGATAGGGTTCTTTTGTATTACAGAA  550

seq1  GGTTTTCAGTTTCAAGTGGTCTCTTTTATCTTAGAACTTGATACACTGGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTTCAGTTTCAAGTGGTCTCTTTTATCTTAGAACTTGATACACTGGT  600

seq1  TTTGAGAATGGTATGACCGTACACGTGAGCAACCTCAAAATTTTACCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGAATGGTATGACCGTACACGTGAGCAACCTCAAAATTTTACCTAC  650

seq1  AAAGGGGCTGGATATAAATTTAACTCAAAAATCATTAGTCATTTTATTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGCTGGATATAAATTTAACTCAAAAATCATTAGTCATTTTATTTT  700

seq1  ATACAAATGATTAATGGGATAAGAACAAAATTAGGGAAGCAACACCCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACAAATGATTAATGGGATAAGAACAAAATTAGGGAAGCAACACCCTTC  750

seq1  ACAATAGCCACAAATAATATAAAATATATTGATGTAACTCTAACCAAGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGCCACAAATAATATAAAATATATTGATGTAACTCTAACCAAGCA  800

seq1  AACAAGATCTGTATGACAAGAACTTCAAGGCTCTGAGCAAAGAAATCATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAGATCTGTATGACAAGAACTTCAAGGCTCTGAGCAAAGAAATCATC  850

seq1  TCAGAAGATGGAAAGATGCCCCATGCTCATGGATATACAGTAGGATTAAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAAGATGGAAAGATGCCCCATGCTCATGGATATACAGTAGGATTAAC  900

seq1  ATAATGAAAATGGTCACTTTACCAAAAGCAAATTACAGATTCAGTGGAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGAAAATGGTCACTTTACCAAAAGCAAATTACAGATTCAGTGGAAT  950

seq1  CTCCATCAAAATTCCAACACA-TTTCTTCACAGGCATGGAAAGAGCAATT  999
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATCAAAATTCCAACACATTTTCTTCACAGGCATGGAAAGAGCAATT  1000

seq1  CTCAATTTTGTATGGAAAAGCAAAAAACCACAGGATAGGCAAAATAATTC  1049
      |||| |||||||||| |||||||||||||||| ||||||| ||||| |||
seq2  CTCATTTTTGTATGG-AAAGCAAAAAACCACA-GATAGGC-AAATATTTC  1047

seq1  ACAAACTTAAAAGAAATTCTGTTGGGAGTCACCATACCTGACCTCAAGCT  1099
      || |||||||||||||||||  |||||||||||||| |||| ||||||||
seq2  ACCAACTTAAAAGAAATTCTTGTGGGAGTCACCATA-CTGAACTCAAGCT  1096

seq1  GGACTGAAGAGCAATTGTGATATTTATTGGTGCAGAGA--CATACAG  1144
       ||||||||||||  |||||||||   |||||||||||   ||||||
seq2  -GACTGAAGAGCATGTGTGATATT--ATGGTGCAGAGAACAATACAG  1140


seq1: chr6_20343554_20344740
seq2: B6Ng01-268J06.g_65_1235 (reverse)

seq1  CCTTAAAA----GT-CTTTCTATGCTTTTATCTTTACTGTGTGCTTCAGT  45
      ||||||||    || |||||||||| |||||| | |||| |||  |||||
seq2  CCTTAAAAAAAGGTCCTTTCTATGC-TTTATC-TAACTG-GTGGCTCAGT  47

seq1  TATCTTGGCAAGGTGCACCCCACTTCTTTGACAGAACTGATTTTTTTTTC  95
        |    |||| ||||| ||||||   | ||||| ||||| ||||||   
seq2  ACT----GCAA-GTGCAACCCACT--CTGGACAGGACTGAATTTTTT---  87

seq1  TGTTTCCACCTGCTTTTCCTTCTTTCCGATCAATGTGTTGTTCCATTTGC  145
       |||| ||| ||||||  | || |||||||||||||| || |||||||||
seq2  CGTTTGCACTTGCTTT--CGTCCTTCCGATCAATGTGGTG-TCCATTTGC  134

seq1  TTTTTCTTCAGATCAAT-ATTTTGAGATGCTTCAGCAGTGTGCACTCTTT  194
        ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  --TTTCTTCAGATCAATAATTTTGAGATGC-TCAGCAGTGTGCACTC-TT  180

seq1  AAGAATCTCCCTTGGCTATTTGTGCTCTGTACCTTTGTTTAAAAGCTGCA  244
      ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATCTCCC-TGGCTATTTGTGCTCTGTACCTTTGTTTAAAAGCTGCA  229

seq1  TTCCTGTATTGAGCTGCTCAAGGTGAAAGAAGGGATGACTCCTGGCTTTA  294
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCCTGTATTGAGCTGCTCAAGGTGAAAGAAGGGATGACTCCTGGCTTAA  279

seq1  AGAAAAATAGATATGTACCTATTCTAAACATTTCAGCATTGCCACTTGGA  344
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AG-AAAATAGATATGTACCTATTCTAAACATTTCAGCATTGCCACTTGGA  328

seq1  GAATAGCGTTTGTCAGTAAAGTTATCAATACTAAAGATTGAGCAAGAAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAGCGTTTGTCAGTAAAGTTATCAATACTAAAGATTGAGCAAGAAAT  378

seq1  GACGATGTAAAACAACTCTAAGGTGATACTGACAAATGATAATGGCAAAT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACGATGTAAAACAACTCTAAGGTGATACTGACAAATGATAATGGCAAAT  428

seq1  GTAAGAGTAGTGACTCTATACATAATGTGTGCATCGTGGTTTACGTGTGA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGAGTAGTGACTCTATACATAATGTGTGCATCGTGGTTTACGTGTGA  478

seq1  CTTCTTGTGATGTGCTTTTTGCTGTGTGTTCTCGCACTACATAATACAGT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGTGATGTGCTTTTTGCTGTGTGTTCTCGCACTACATAATACAGT  528

seq1  AGAGGGAATTTAAGTAAGTATAAATAGATTATTTCCAATAGACACATCAC  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGAATTTAAGTAAGTATAAATAGATTATTTCCAATAGACACATCAC  578

seq1  ATATGTAAGCCTTTTCATCGCCTTGGACAGATATATGAGAAAGCACCTTA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGTAAGCCTTTTCATCGCCTTGGACAGATATATGAGAAAGCACCTTA  628

seq1  ACTCATGAAAGATTTTCTTATCTCCTAATTGTTTAGTGCATGGTGAACAG  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCATGAAAGATTTTCTTATCTCCTAATTGTTTAGTGCATGGTGAACAG  678

seq1  GCATAATTGCCTTGAATCAGAAGCAAGGATGAATATCACATGGGGACCAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATTGCCTTGAATCAGAAGCAAGGATGAATATCACATGGGGACCAT  728

seq1  GAGCTAGAGCAAAACTATTCACCTCCTATTAGCCAGCAAGCAGAAAAATG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTAGAGCAAAACTATTCACCTCCTATTAGCCAGCAAGCAGAAAAATG  778

seq1  GGGAGTTATAGAATTCAAAGAATATCTTTCTAGAAAAAAACACAGTGACC  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGTTATAGAATTCAAAGAATATCTTTCTAGAAAAAAACACAGTGACC  828

seq1  TGCTTTCCTCCAACTGAGTCTGACCTTACAGTTTCTACAATCATTTTATT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCCTCCAACTGAGTCTGACCTTACAGTTTCTACAATCATTTTATT  878

seq1  CAACAACTTATAATAATAAATTCCATAAGAAGCACTTTATATAACTTATA  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACAACTTATAATAATAAATTCCATAAGAAGCACTTTATATAACTTATA  928

seq1  ATAGCAATAATAATTTTAACAATATCATTTTATAATAATATTATTAAATT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCAATAATAATTTTAACAATATCATTTTATAATAATATTATTAAATT  978

seq1  ATGAAGTCAGAATCTTCATGATGAAAATCATTTTACCAAACCCAGGTCTA  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGTCAGAATCTTCATGATGAAAATCATTTTACCAAACCCAGGTCTA  1028

seq1  ATCCCTGCATCTTTGAAAATACACAAACATTGAGACACGAATCTAAGTCA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGCATCTTTGAAAATACACAAACATTGAGACACGAATCTAAGTCA  1078

seq1  TAACACTCAACCCTAGCCCTCAAAGCTTTTATCCATCTATTATGGAAATG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTCAACCCTAGCCCTCAAAGCTTTTATCCATCTATTATGGAAATG  1128

seq1  CTGAGGTAATATATAAAGTAGATATTTGCGTTAAAAAGAATTC  1187
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGGTAATATATAAAGTAGATATTTGCGTTAAAAAGAATTC  1171


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |