BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269D01
Chromosome6 (Build37)
Map Location 99,057,091 - 99,266,024
singlet/doubletdoublet
Overlap geneFoxp1
Upstream geneGm765, LOC666019, LOC665963, LOC665979
Downstream geneEif4e3, Gpr27, Prok2, LOC384466, LOC626503, LOC100043703, Rybp
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269D01.bB6Ng01-269D01.g
ACCGA071853GA071854
length1,1131,066
definitionB6Ng01-269D01.b B6Ng01-269D01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(99,264,909 - 99,266,024)(99,057,091 - 99,058,164)
sequence
gaattcctaagaagaaccaacaccgatccatgcaagaggtgacacaaagt
gtcagtccccaagacacttccagcccgctgcaaagccaagtgtagccaag
ttcttggacaagtttttaaaattgtatagctaatgtttccttgccttgga
caaatccagaaagctaaaaatagtaaataaaaagaatttctaatcccttc
tgtccgactaattcttcttgatctttcctgcagcttgttttatgtgctta
aggactagggcaggttaattttcctgtcttgcttatttcatgccatgtcc
caatcatctccatagctttattcttaatggcgacaaagtattcctttgtc
aggctggactatgttcacttgcttctgttccagttttgattgatggttta
ggtaaaacagagtcctaagaatttattcattttacgtctcaaatcgtctt
gtacacagcaatgttaaaataaaacattagctgggatacagattcttgca
ttatcttctctctgttatgtatctgtatgttgccgtctaaaataacaaat
aagaaaaacaagccaaatcttggttgtaacaattctccgttctcagggaa
caatgggggagtacactgcttgttttctttctgtgtgtcttgtgactgga
catttagttcttaccttaaaaattgcttagcaaagcacacccccctcccc
aatcaaggaaagcagtttgggtctaatttacaaagcctttgtgcctgcct
ttggaagtctaagagaatattattccccggttcttagagttgtgattcca
cttatattttaaactatatatagatgtatatatatatattacgtatataa
agtctctttaaagttttaaggtacctctatttcagatcaacagaggcatt
tgatcatattaagagcaagaactttaggtcttcttattgttggaaatatt
gcttacagttttgtcccagccagtgctgtatgtggcttgcagacacaggg
agagtggctgagggaaggaatctctgcagtgtgtcagagttcggcaggaa
gctggctctgttctacagctggtggtatctgaaccttgtcacatgaggct
gttctcttaacag

gaattcacacgtcatcaatcacagaaggcttcgtgtctactgcgagcgga
gcatgggcctttgcgatgagaagggacagagctgaacctccctttcctga
caccccacacagtccagctggagtgagagctaagatgcaggcagagacct
gctactaagaaagataagagaaccacaatccaagaacaacttgaaccact
gcctggattttaccctaatggcattaagtcatctgggaactcatctatga
gcaggtgatagttaagatagagcagagaaggaaccagacaagaaaagaag
cagagggaaggtcccgggagctggaacagagataacaaagaaaagagaca
cttactgaacagttagtgatataccactctccagtcaactaatacaacgt
cttgttctcttagaacacacagacatacacaggtcacaaatatgcatatt
attaaacggtctagtaagtgcaaaacacatcttgatggcggaaaccgaaa
cacttcctaaaattatcaaagcatttacatatttactatggaaacataac
tagttcaggctagctcttgtttctgtctttacctttgttcaagtcaccat
gtaacagggtaggcagaattctaagatgagcctaggtgcacattcagacc
tccaggacagattgccaccccttcccaggaagttcatcagtcactatagc
ggtgttgatgctgagggaatcagaggctgtaaacaaggccatgatcagca
ggccgtgagataggagcttatctgaaggggccctcagcatcacgtgaacc
cttttaactggcatttggagatcagagatggaagatgtcagagatcagaa
gtgcaagaaagatcggatacactgtcactggcttctttgtgatgagctag
ctgggtcatggggcaagagatgataggagactctaaagatgggtacagcc
ttgggatcagttcacgatcggcaagggaatcagaaccttcacatgaagtc
atactccgcaccaaacatcctcagcagaccaagccagcgaagacttcact
atgttctgctgatctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_99264909_99266024
seq2: B6Ng01-269D01.b_47_1159 (reverse)

seq1  CTGTTAAGAGAACAGCCTCAATGTGACAAAGGTTCAGGATA-CAACAGCT  49
      ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| || |||||
seq2  CTGTTAAGAGAACAGCCTC-ATGTGAC-AAGGTTCA-GATACCACCAGCT  47

seq1  GTAGAACAGAGCCCAGCTTCCTG-CGAACTCTGACACACTGCAGAGAATT  98
      ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||
seq2  GTAGAACAGAG-CCAGCTTCCTGCCGAACTCTGACACACTGCAGAG-ATT  95

seq1  CCTTCCCTCAGCCACTCTCCCTGTGTCTGCAAGCCACATACAGCACTGGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCCCTCAGCCACTCTCCCTGTGTCTGCAAGCCACATACAGCACTGGC  145

seq1  TGGGACAAAACTGTAAGCAATATTTCCAACAATAAGAAGACCTAAAGTTC  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACAAAACTGTAAGCAATATTTCCAACAATAAGAAGACCTAAAGTTC  195

seq1  TTGCTCTTAATATGATCAAATGCCTCTGTTGATCTGAAATAGAGGTACCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTCTTAATATGATCAAATGCCTCTGTTGATCTGAAATAGAGGTACCT  245

seq1  TAAAACTTTAAAGAGACTTTATATACGTAATATATATATATACATCTATA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAACTTTAAAGAGACTTTATATACGTAATATATATATATACATCTATA  295

seq1  TATAGTTTAAAATATAAGTGGAATCACAACTCTAAGAACCGGGGAATAAT  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTAAAATATAAGTGGAATCACAACTCTAAGAACCGGGGAATAAT  345

seq1  ATTCTCTTAGACTTCCAAAGGCAGGCACAAAGGCTTTGTAAATTAGACCC  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTCTTAGACTTCCAAAGGCAGGCACAAAGGCTTTGTAAATTAGACCC  395

seq1  AAACTGCTTTCCTTGATTGGGGAGGGGGGTGTGCTTTGCTAAGCAATTTT  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTGCTTTCCTTGATTGGGGAGGGGGGTGTGCTTTGCTAAGCAATTTT  445

seq1  TAAGGTAAGAACTAAATGTCCAGTCACAAGACACACAGAAAGAAAACAAG  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTAAGAACTAAATGTCCAGTCACAAGACACACAGAAAGAAAACAAG  495

seq1  CAGTGTACTCCCCCATTGTTCCCTGAGAACGGAGAATTGTTACAACCAAG  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGTACTCCCCCATTGTTCCCTGAGAACGGAGAATTGTTACAACCAAG  545

seq1  ATTTGGCTTGTTTTTCTTATTTGTTATTTTAGACGGCAACATACAGATAC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGCTTGTTTTTCTTATTTGTTATTTTAGACGGCAACATACAGATAC  595

seq1  ATAACAGAGAGAAGATAATGCAAGAATCTGTATCCCAGCTAATGTTTTAT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACAGAGAGAAGATAATGCAAGAATCTGTATCCCAGCTAATGTTTTAT  645

seq1  TTTAACATTGCTGTGTACAAGACGATTTGAGACGTAAAATGAATAAATTC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAACATTGCTGTGTACAAGACGATTTGAGACGTAAAATGAATAAATTC  695

seq1  TTAGGACTCTGTTTTACCTAAACCATCAATCAAAACTGGAACAGAAGCAA  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGACTCTGTTTTACCTAAACCATCAATCAAAACTGGAACAGAAGCAA  745

seq1  GTGAACATAGTCCAGCCTGACAAAGGAATACTTTGTCGCCATTAAGAATA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAACATAGTCCAGCCTGACAAAGGAATACTTTGTCGCCATTAAGAATA  795

seq1  AAGCTATGGAGATGATTGGGACATGGCATGAAATAAGCAAGACAGGAAAA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTATGGAGATGATTGGGACATGGCATGAAATAAGCAAGACAGGAAAA  845

seq1  TTAACCTGCCCTAGTCCTTAAGCACATAAAACAAGCTGCAGGAAAGATCA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACCTGCCCTAGTCCTTAAGCACATAAAACAAGCTGCAGGAAAGATCA  895

seq1  AGAAGAATTAGTCGGACAGAAGGGATTAGAAATTCTTTTTATTTACTATT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGAATTAGTCGGACAGAAGGGATTAGAAATTCTTTTTATTTACTATT  945

seq1  TTTAGCTTTCTGGATTTGTCCAAGGCAAGGAAACATTAGCTATACAATTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCTTTCTGGATTTGTCCAAGGCAAGGAAACATTAGCTATACAATTT  995

seq1  TAAAAACTTGTCCAAGAACTTGGCTACACTTGGCTTTGCAGCGGGCTGGA  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAACTTGTCCAAGAACTTGGCTACACTTGGCTTTGCAGCGGGCTGGA  1045

seq1  AGTGTCTTGGGGACTGACACTTTGTGTCACCTCTTGCATGGATCGGTGTT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCTTGGGGACTGACACTTTGTGTCACCTCTTGCATGGATCGGTGTT  1095

seq1  GGTTCTTCTTAGGAATTC  1116
      ||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTTCTTAGGAATTC  1113


seq1: chr6_99057091_99058164
seq2: B6Ng01-269D01.g_66_1131

seq1  GAATTCACACGTCATCAATCACAGAAGGCTTCGTGTCTACTGCGAGCGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACGTCATCAATCACAGAAGGCTTCGTGTCTACTGCGAGCGGA  50

seq1  GCATGGGCCTTTGCGATGAGAAGGGACAGAGCTGAACCTCCCTTTCCTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGGCCTTTGCGATGAGAAGGGACAGAGCTGAACCTCCCTTTCCTGA  100

seq1  CACCCCACACAGTCCAGCTGGAGTGAGAGCTAAGATGCAGGCAGAGACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCCCACACAGTCCAGCTGGAGTGAGAGCTAAGATGCAGGCAGAGACCT  150

seq1  GCTACTAAGAAAGATAAGAGAACCACAATCCAAGAACAACTTGAACCACT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTACTAAGAAAGATAAGAGAACCACAATCCAAGAACAACTTGAACCACT  200

seq1  GCCTGGATTTTACCCTAATGGCATTAAGTCATCTGGGAACTCATCTATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGATTTTACCCTAATGGCATTAAGTCATCTGGGAACTCATCTATGA  250

seq1  GCAGGTGATAGTTAAGATAGAGCAGAGAAGGAACCAGACAAGAAAAGAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGTGATAGTTAAGATAGAGCAGAGAAGGAACCAGACAAGAAAAGAAG  300

seq1  CAGAGGGAAGGTCCCGGGAGCTGGAACAGAGATAACAAAGAAAAGAGACA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGGAAGGTCCCGGGAGCTGGAACAGAGATAACAAAGAAAAGAGACA  350

seq1  CTTACTGAACAGTTAGTGATATACCACTCTCCAGTCAACTAATACAACGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACTGAACAGTTAGTGATATACCACTCTCCAGTCAACTAATACAACGT  400

seq1  CTTGTTCTCTTAGAACACACAGACATACACAGGTCACAAATATGCATATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTTCTCTTAGAACACACAGACATACACAGGTCACAAATATGCATATT  450

seq1  ATTAAACGGTCTAGTAAGTGCAAAACACATCTTGATGGCGGAAACCGAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAACGGTCTAGTAAGTGCAAAACACATCTTGATGGCGGAAACCGAAA  500

seq1  CACTTCCTAAAATTATCAAAGCATTTACATATTTACTATGGAAACATAAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTCCTAAAATTATCAAAGCATTTACATATTTACTATGGAAACATAAC  550

seq1  TAGTTCAGGCTAGCTCTTGTTTCTGTCTTTACCTTTGTTCAAGTCACCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCAGGCTAGCTCTTGTTTCTGTCTTTACCTTTGTTCAAGTCACCAT  600

seq1  GTAACAGGGTAGGCAGAATTCTAAGATGAGCCTAGGTGCACATTCAGACC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAACAGGGTAGGCAGAATTCTAAGATGAGCCTAGGTGCACATTCAGACC  650

seq1  TCCAGGACAGATTGCCACCCCTTCCCAGGAAGTTCATCAGTCACTATAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGACAGATTGCCACCCCTTCCCAGGAAGTTCATCAGTCACTATAGC  700

seq1  GGTGTTGATGCTGAGGGAATCAGAGGCTGTAAACAAGGCCATGATCAGCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGTTGATGCTGAGGGAATCAGAGGCTGTAAACAAGGCCATGATCAGCA  750

seq1  GGCCGTGAGATAGGAGCTTATCTGAAGGGGCCCTCAGCATCACGTGAACC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCGTGAGATAGGAGCTTATCTGAAGGGGCCCTCAGCATCACGTGAACC  800

seq1  CTTTTAACTGGCATTTGGAGATCAGAGATGGAAGATGTCAGAGATCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAACTGGCATTTGGAGATCAGAGATGGAAGATGTCAGAGATCAGAA  850

seq1  GTGCAAGAAAGATCGGATACACTGTCACTGGCTTCTTTGTGATGAGCTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAGAAAGATCGGATACACTGTCACTGGCTTCTTTGTGATGAGCTAG  900

seq1  CT-GGTCATGGGGCAAGAGATGATAGGAGACTCTAAAGATGGGTACAGCC  949
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTCATGGGGCAAGAGATGATAGGAGACTCTAAAGATGGGTACAGCC  950

seq1  TT-GGATCAGGTTCACGATCGGCAAGGGAATCAGAACCTTCAACCATGAA  998
      || |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||
seq2  TTGGGATCA-GTTCACGATCGGCAAGGGAATCAGAACCTTCA--CATGAA  997

seq1  GTCCATACCTCCGCACCAAACAATCTTCAGCAAGAACCCAAGCCAGCGAA  1048
      || |||| ||||||||||||| ||| ||||| |||  |||||||||||||
seq2  GT-CATA-CTCCGCACCAAAC-ATCCTCAGC-AGA--CCAAGCCAGCGAA  1041

seq1  GACCTTCACCTATG-TCTGCTGATCTC  1074
      || ||||| ||||| ||||||||||||
seq2  GA-CTTCA-CTATGTTCTGCTGATCTC  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |