BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272C22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 102,992,672 - 103,125,185
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneEG666084, Cntn3, EG666123
Downstream geneChl1, LOC666141, LOC100043345
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272C22.bB6Ng01-272C22.g
ACCGA074073GA074074
length9751,128
definitionB6Ng01-272C22.b B6Ng01-272C22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(103,124,224 - 103,125,185)(102,992,672 - 102,993,805)
sequence
gaattccaatacttaatctctgcaaagcctccatctgctccttaaactct
taagtgccagaaatcctgtactgcacacttcgttatccacccctatggtc
ttaagcaataaacatacttcaaagctctttaatctatattgcatatacca
ctctcttagtaagtcatctctggtgatttctaattagccgttcttacacc
ttttgactttctgtccagtagtcccatcatatttttctgaggtctattga
ttatttgttttctgacacagggtatttccctgtagtccaaactggcccag
aagtcacagcaaccttcctgcctcagcttcacatgtactaggtttacagg
catcagccaccaagtagcctcataaatgttcttatcctttaaatatatgt
gactaatcactacaatcactgtcttagaagtatgttctaatcccttgtcc
tttgtcattcatcattgttcctagcatattcccagatatggttagttaca
agaatgtattatttaaggtctatatctcaaatcactgagtactgtggtgg
tggtggtggaggggtagcaaggccaacatgtctcatgttaaatccataaa
caaaatctcaagttggctttcagtactcatattgaactttcacattgtcc
taatcagttcattgcctggttcaatcttaattccactgtaaattcttctc
ttcccttcagcttcattatcttctactactaccttttgtttagctagatg
cattgttttaactaccttctaaaaaaagaaaaaaggtcagaataatacat
ttacattcttctcaaactcagcctgccaattaacagaggtttctgtttgt
atactcatgttttttcaatccctatttgacattacagtagtgactttcct
gaggacaatgttcccccctttccctgaaaggtttttaaatttgtagatca
tcaatgtctccccaaacacttctta

gaattctttcagccatttacttgataaatgtagaaatggacttacaggtg
cagtgacaactaattatcattgtgggaataaagttttacaatataacttc
cagctagagcagctgagacttctgtttgtgctgtaacacaaaagaagccc
tgtgaaggtgttcattatcaacttgacagtaactagaagcacctgcgaga
agggcctctgcaaatgtcaatgaaggagtatcttgattatgttaatggat
gtgagaagacctatctgtgagtattttaattacagtgaacctcccataga
cttagatatttgaatacttggtatccagtaagtggcactctctgggtagg
tttagcatgcttggccttgatggatgaactgtgtcaatgggggtgggctg
tgaagttttaaagatagtcaccatttggagggccctttctttgctacaag
cttgcaatttaagatatgagcctgtagcttgtcactccagctttcatgcc
tcttgtcatacctaccacttctctgcaatgatgttggacctctggaacca
taagtcccaataaattatcccttttatatcctgcagtgtaatgatgtttt
gtgtcagcaagataaaagttatactgcatcttatttgtatctgtaccatt
ccatggacagagaagagaagagtgcaagtgaagagagggagagagtgagc
acctgcatgcgcgcattaattaccctattcttctgatgacatatgaagtg
tgactaggcatgttaagctctagttgccttgacactctcaccctgatgga
agggtaacttgaactatgaactaaaagaaatccttttaaagttaagagtc
aaagctgcagaaaagaaactaacacaagttctaaaaacatagcagaagaa
tcagaataatgcagtgagttgcaaggactcagtgagttgtaatcgagttt
tcactagttatctacatgacattgaccaaggttctaatctgtacttcagt
tatctgagctctgagatacatgcagtataatgtttcccctgtgactccct
cgtggggggatttatgagatacgaagcatattgtacatacaacaaagcct
taaaaaatcataatagtagttaaaatac
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_103124224_103125185
seq2: B6Ng01-272C22.b_46_1015 (reverse)

seq1  AGTG-TTGGGGAGACATTGATGATCTACAAATATAAAAACC-TTCAGGGA  48
      |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||
seq2  AGTGTTTGGGGAGACATTGATGATCTACAAATTTAAAAACCTTTCAGGGA  50

seq1  AA-GGGGGAACATTGTCCTCA-GAAAGTCACTACTGTAATGTC-AATAGG  95
      || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  AAGGGGGGAACATTGTCCTCAGGAAAGTCACTACTGTAATGTCAAATAGG  100

seq1  GATTG-AAAAACATGAGTATAC-AACAGAAACCTCTGTTAATTGGCAGGC  143
      ||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTGAAAAAACATGAGTATACAAACAGAAACCTCTGTTAATTGGCAGGC  150

seq1  TGAGTTTGAGAAGAATGTAAATGTATTATTCTGACC-TTTTTCTTTTTTT  192
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGAGTTTGAGAAGAATGTAAATGTATTATTCTGACCTTTTTTCTTTTTTT  200

seq1  AGAAGGTAGTTAAAACAATGCATCTAGCTAAACAAAAGGTAGTAGTAGAA  242
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGTAGTTAAAACAATGCATCTAGCTAAACAAAAGGTAGTAGTAGAA  250

seq1  GATAATGAAGCTGAAGGGAAGAGAAGAATTTACAGTGGAATTAAGATTGA  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATGAAGCTGAAGGGAAGAGAAGAATTTACAGTGGAATTAAGATTGA  300

seq1  ACCAGGCAATGAACTGATTAGGACAATGTGAAAGTTCAATATGAGTACTG  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCAATGAACTGATTAGGACAATGTGAAAGTTCAATATGAGTACTG  350

seq1  AAAGCCAACTTGAGATTTTGTTTATGGATTTAACATGAGACATGTTGGCC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCCAACTTGAGATTTTGTTTATGGATTTAACATGAGACATGTTGGCC  400

seq1  TTGCTACCCCTCCACCACCACCACCACAGTACTCAGTGATTTGAGATATA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTACCCCTCCACCACCACCACCACAGTACTCAGTGATTTGAGATATA  450

seq1  GACCTTAAATAATACATTCTTGTAACTAACCATATCTGGGAATATGCTAG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTAAATAATACATTCTTGTAACTAACCATATCTGGGAATATGCTAG  500

seq1  GAACAATGATGAATGACAAAGGACAAGGGATTAGAACATACTTCTAAGAC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACAATGATGAATGACAAAGGACAAGGGATTAGAACATACTTCTAAGAC  550

seq1  AGTGATTGTAGTGATTAGTCACATATATTTAAAGGATAAGAACATTTATG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATTGTAGTGATTAGTCACATATATTTAAAGGATAAGAACATTTATG  600

seq1  AGGCTACTTGGTGGCTGATGCCTGTAAACCTAGTACATGTGAAGCTGAGG  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTACTTGGTGGCTGATGCCTGTAAACCTAGTACATGTGAAGCTGAGG  650

seq1  CAGGAAGGTTGCTGTGACTTCTGGGCCAGTTTGGACTACAGGGAAATACC  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAAGGTTGCTGTGACTTCTGGGCCAGTTTGGACTACAGGGAAATACC  700

seq1  CTGTGTCAGAAAACAAATAATCAATAGACCTCAGAAAAATATGATGGGAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTCAGAAAACAAATAATCAATAGACCTCAGAAAAATATGATGGGAC  750

seq1  TACTGGACAGAAAGTCAAAAGGTGTAAGAACGGCTAATTAGAAATCACCA  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGGACAGAAAGTCAAAAGGTGTAAGAACGGCTAATTAGAAATCACCA  800

seq1  GAGATGACTTACTAAGAGAGTGGTATATGCAATATAGATTAAAGAGCTTT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGACTTACTAAGAGAGTGGTATATGCAATATAGATTAAAGAGCTTT  850

seq1  GAAGTATGTTTATTGCTTAAGACCATAGGGGTGGATAACGAAGTGTGCAG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTATGTTTATTGCTTAAGACCATAGGGGTGGATAACGAAGTGTGCAG  900

seq1  TACAGGATTTCTGGCACTTAAGAGTTTAAGGAGCAGATGGAGGCTTTGCA  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAGGATTTCTGGCACTTAAGAGTTTAAGGAGCAGATGGAGGCTTTGCA  950

seq1  GAGATTAAGTATTGGAATTC  962
      ||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTAAGTATTGGAATTC  970


seq1: chr6_102992672_102993805
seq2: B6Ng01-272C22.g_67_1194

seq1  GAATTCTTTCAGCCATTTACTTGATAAATGTAGAAATGGACTTACAGGTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTCAGCCATTTACTTGATAAATGTAGAAATGGACTTACAGGTG  50

seq1  CAGTGACAACTAATTATCATTGTGGGAATAAAGTTTTACAATATAACTTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTGACAACTAATTATCATTGTGGGAATAAAGTTTTACAATATAACTTC  100

seq1  CAGCTAGAGCAGCTGAGACTTCTGTTTGTGCTGTAACACAAAAGAAGCCC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAGAGCAGCTGAGACTTCTGTTTGTGCTGTAACACAAAAGAAGCCC  150

seq1  TGTGAAGGTGTTCATTATCAACTTGACAGTAACTAGAAGCACCTGCGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAAGGTGTTCATTATCAACTTGACAGTAACTAGAAGCACCTGCGAGA  200

seq1  AGGGCCTCTGCAAATGTCAATGAAGGAGTATCTTGATTATGTTAATGGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCCTCTGCAAATGTCAATGAAGGAGTATCTTGATTATGTTAATGGAT  250

seq1  GTGAGAAGACCTATCTGTGAGTATTTTAATTACAGTGAACCTCCCATAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGAAGACCTATCTGTGAGTATTTTAATTACAGTGAACCTCCCATAGA  300

seq1  CTTAGATATTTGAATACTTGGTATCCAGTAAGTGGCACTCTCTGGGTAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGATATTTGAATACTTGGTATCCAGTAAGTGGCACTCTCTGGGTAGG  350

seq1  TTTAGCATGCTTGGCCTTGATGGATGAACTGTGTCAATGGGGGTGGGCTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGCATGCTTGGCCTTGATGGATGAACTGTGTCAATGGGGGTGGGCTG  400

seq1  TGAAGTTTTAAAGATAGTCACCATTTGGAGGGCCCTTTCTTTGCTACAAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTTAAAGATAGTCACCATTTGGAGGGCCCTTTCTTTGCTACAAG  450

seq1  CTTGCAATTTAAGATATGAGCCTGTAGCTTGTCACTCCAGCTTTCATGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAATTTAAGATATGAGCCTGTAGCTTGTCACTCCAGCTTTCATGCC  500

seq1  TCTTGTCATACCTACCACTTCTCTGCAATGATGTTGGACCTCTGGAACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCATACCTACCACTTCTCTGCAATGATGTTGGACCTCTGGAACCA  550

seq1  TAAGTCCCAATAAATTATCCCTTTTATATCCTGCAGTGTAATGATGTTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTCCCAATAAATTATCCCTTTTATATCCTGCAGTGTAATGATGTTTT  600

seq1  GTGTCAGCAAGATAAAAGTTATACTGCATCTTATTTGTATCTGTACCATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCAGCAAGATAAAAGTTATACTGCATCTTATTTGTATCTGTACCATT  650

seq1  CCATGGACAGAGAAGAGAAGAGTGCAAGTGAAGAGAGGGAGAGAGTGAGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGACAGAGAAGAGAAGAGTGCAAGTGAAGAGAGGGAGAGAGTGAGC  700

seq1  ACCTGCATGCGCGCATTAATTACCCTATTCTTCTGATGACATATGAAGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGCATGCGCGCATTAATTACCCTATTCTTCTGATGACATATGAAGTG  750

seq1  TGACTAGGCATGTTAAGCTCTAGTTGCCTTGACACTCTCACCCTGATGGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTAGGCATGTTAAGCTCTAGTTGCCTTGACACTCTCACCCTGATGGA  800

seq1  AGGGTAACTTGAACTATGAACTAAAAGAAATCCTTTTAAAGTTAAGAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTAACTTGAACTATGAACTAAAAGAAATCCTTTTAAAGTTAAGAGTC  850

seq1  AAAGCTGCAGAAAAAGAAACTAACACAAGTTCTAAAAACATAGCAGAAGA  900
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTGCAG-AAAAGAAACTAACACAAGTTCTAAAAACATAGCAGAAGA  899

seq1  ATCAGAATAATGCAGTGAGTTGCAAGGACTCAGTGAGTTGTAATCGAGTT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGAATAATGCAGTGAGTTGCAAGGACTCAGTGAGTTGTAATCGAGTT  949

seq1  TTCACTAGTTATCTACATGACATTGACCAAGGTTCTTAATCTGTACCTCA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||
seq2  TTCACTAGTTATCTACATGACATTGACCAAGGTTC-TAATCTGTACTTCA  998

seq1  GTTATCTGAGCTCTGAGATACATGCAGTAATAATGTTTCCCCTGTGACTC  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTGAGCTCTGAGATACATGCAGT-ATAATGTTTCCCCTGTGACTC  1047

seq1  CCTCGTGGGGGATTTAATGAGATAAGGAGGCATATGTAACATACAACAAA  1100
      |||||||||||  || ||||||| | || ||||||   ||||||||| ||
seq2  CCTCGTGGGGGGATTTATGAGAT-ACGAAGCATATTGTACATACAAC-AA  1095

seq1  AGCTTAAAAAAATCAATAATAGTAGTTAAAATAC  1134
      ||| | |||||||| |||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTAAAAAATC-ATAATAGTAGTTAAAATAC  1128


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |