BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272O15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,623,748 - 144,764,907
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933425H06Rik, EG665149
Upstream geneSox5
Downstream geneBcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras, LOC100039495, LOC100042866, LOC546917, 1700073E17Rik, Ifltd1, LOC100042879, Tuba3b, Rassf8
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272O15.bB6Ng01-272O15.g
ACCGA074621GA074622
length7491,166
definitionB6Ng01-272O15.b B6Ng01-272O15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,764,157 - 144,764,907)(144,623,748 - 144,624,922)
sequence
gaattctcctgctttagcctccttactgggattatatatacaacacctat
ctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatctatct
tctctctctctctctctctctctctctctctcacacacacacacacacac
acacacacacacacacacagagagagagagagagagagagagagagagag
agagagagagagatttctcctgtttttctttatttcaaaatatagttaaa
cacatgtaatcagacataaataattctgggaatgaagtcaggtgttctgc
aaaagcagtgcaccttcttagttctcatgccaccctcagtccctcaaata
tatttacatgggtcaatcaaacctcacccgatgaaggtgaagatatcaag
ggctatccagagccatctccagcatcctttaacttgtttgtcagcaatat
ggcactgaggactccagcacctccttactgagaagtagagtagacaagat
aatgaaggacagacagtcatgggatgctggcaaggagaacttggctttta
aagctcaaagagagaaagtaaaactagtttatactggagtgggtgtttgt
ttattctacttatcggaagttagagccgaccgtcatgcccagtgagtgac
cttaaatctccatagttgagtagaagttaatggaccatttgctgataaat
gtttcccagagaataagccagctccccagttggtgtgtgcgtgtgtgtg
gaattctgcatgaagacagtgtagggcgtggaccatttccagctttctgg
ctggttgagcacagaatggggatggatggctgcaatgctgatagagctgc
ttagagatgctgctactggtgccaaggatccagctgggcacacggatgag
gatggtgtcaaggatacatggatgacgagggtgctgcctgtcattcgctg
cgttgcactgtgctgtggatcttgtatctcatttaacactcaactatacc
tctgtggggcagacactctgtacatttctcttctgtatgagagaactgag
ctccagcagggcagaggttcagaactgaaggcccatcactactttatgat
agggcaggaattacacatggactctctgacctcagaactcctaagcctac
ctttggatgtgtttgagtctcatggtgataagaatacccggcctgcactc
actggtgattgtgaaacaggcactgtccctttaaacattattttattttc
tcatctactgctgtggagcaaggtgtggcgtattccaattttgaattttg
ttcccgttgagtttttgttgttttcttctttgtttacttttgagatcagt
gtcactctgtaactctgcctggcctggaactccatgaaaccaccctgcct
gagcttcctaagcactgggatgacaagagcaagccaccacatccatcttg
agtctaactctcagagaagatggcagtgaacaggagcccggagaccaggc
tgacggcagatctcctttcagcacaatggtcagagaaggggtgggatgct
gatgaaagccatgcagcctaaacagaaatgatgttagccaggagccaaat
gaacttaggaggcagatgattggacaaaaagcaccaaatatctaccaagt
ttttaaaagtacttcaacacatctatgattagaaattatttcttgaccac
tagaagtaactccaaattacttcttatagaaggcacagtacacagagctg
tgaagatacagtcatggcagctgtcataaggtgggtacataccttcatgt
tacccacttattcagccactgttattctttaggttacacttagttaatag
actaggtctcattgtgctgcacttcagaatgcctgagtttgatggatctg
caaccttgggtctttc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144764157_144764907
seq2: B6Ng01-272O15.b_51_799 (reverse)

seq1  CACACACACGCACACACCAACTGGGGAGCTGGCTTATTCTCTGGGAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACGCACACACCAACTGGGGAGCTGGCTTATTCTCTGGGAAACA  50

seq1  TTTATCAGCAAATGGTCCATTAACTTCTACTCAACTATGGAGATTTAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCAGCAAATGGTCCATTAACTTCTACTCAACTATGGAGATTTAAGG  100

seq1  TCACTCACTGGGCATGACGGTCGGCTCTAACTTCCGATAAGTAGAATAAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCACTGGGCATGACGGTCGGCTCTAACTTCCGATAAGTAGAATAAA  150

seq1  CAAACACCCACTCCAGTATAAACTAGTTTTACTTTCTCTCTTTGAGCTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACACCCACTCCAGTATAAACTAGTTTTACTTTCTCTCTTTGAGCTTT  200

seq1  AAAAGCCAAGTTCTCCTTGCCAGCATCCCATGACTGTCTGTCCTTCATTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGCCAAGTTCTCCTTGCCAGCATCCCATGACTGTCTGTCCTTCATTA  250

seq1  TCTTGTCTACTCTACTTCTCAGTAAGGAGGTGCTGGAGTCCTCAGTGCCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTACTCTACTTCTCAGTAAGGAGGTGCTGGAGTCCTCAGTGCCA  300

seq1  TATTGCTGACAAACAAGTTAAAGGATGCTGGAGATGGCTCTGGATAGCCC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTGACAAACAAGTTAAAGGATGCTGGAGATGGCTCTGGATAGCCC  350

seq1  TTGATATCTTCACCTTCATCGGGTGAGGTTTGATTGACCCATGTAAATAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATATCTTCACCTTCATCGGGTGAGGTTTGATTGACCCATGTAAATAT  400

seq1  ATTTGAGGGACTGAGGGTGGCATGAGAACTAAGAAGGTGCACTGCTTTTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGAGGGACTGAGGGTGGCATGAGAACTAAGAAGGTGCACTGCTTTTG  450

seq1  CAGAACACCTGACTTCATTCCCAGAATTATTTATGTCTGATTACATGTGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACACCTGACTTCATTCCCAGAATTATTTATGTCTGATTACATGTGT  500

seq1  TTAACTATATTTTGAAATAAAGAAAAACAGGAGAAATCTCTCTCTCTCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||
seq2  TTAACTATATTTTGAAATAAAGAAAAACAGGAGAAA--TCTCTCTCTCTC  548

seq1  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTG  598

seq1  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  650
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAG  648

seq1  AAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATA  698

seq1  GATAGGTGTTGTATATATAATCCCAGTAAGGAGGCTAAAGCAGGAGAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGGTGTTGTATATATAATCCCAGTAAGGAGGCTAAAGCAGGAGAATT  748

seq1  C  751
      |
seq2  C  749

seq1: chr6_144623748_144624922
seq2: B6Ng01-272O15.g_65_1230

seq1  GAATTCTGCATGAAGACAGTGTAGGGCGTGGACCATTTCCAGCTTTCTGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGCATGAAGACAGTGTAGGGCGTGGACCATTTCCAGCTTTCTGG  50

seq1  CTGGTTGAGCACAGAATGGGGATGGATGGCTGCAATGCTGATAGAGCTGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTTGAGCACAGAATGGGGATGGATGGCTGCAATGCTGATAGAGCTGC  100

seq1  TTAGAGATGCTGCTACTGGTGCCAAGGATCCAGCTGGGCACACGGATGAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGATGCTGCTACTGGTGCCAAGGATCCAGCTGGGCACACGGATGAG  150

seq1  GATGGTGTCAAGGATACATGGATGACGAGGGTGCTGCCTGTCATTCGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGTGTCAAGGATACATGGATGACGAGGGTGCTGCCTGTCATTCGCTG  200

seq1  CGTTGCACTGTGCTGTGGATCTTGTATCTCATTTAACACTCAACTATACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTGCACTGTGCTGTGGATCTTGTATCTCATTTAACACTCAACTATACC  250

seq1  TCTGTGGGGCAGACACTCTGTACATTTCTCTTCTGTATGAGAGAACTGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGGGGCAGACACTCTGTACATTTCTCTTCTGTATGAGAGAACTGAG  300

seq1  CTCCAGCAGGGCAGAGGTTCAGAACTGAAGGCCCATCACTACTTTATGAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAGCAGGGCAGAGGTTCAGAACTGAAGGCCCATCACTACTTTATGAT  350

seq1  AGGGCAGGAATTACACATGGACTCTCTGACCTCAGAACTCCTAAGCCTAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCAGGAATTACACATGGACTCTCTGACCTCAGAACTCCTAAGCCTAC  400

seq1  CTTTGGATGTGTTTGAGTCTCATGGTGATAAGAATACCCGGCCTGCACTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGGATGTGTTTGAGTCTCATGGTGATAAGAATACCCGGCCTGCACTC  450

seq1  ACTGGTGATTGTGAAACAGGCACTGTCCCTTTAAACATTATTTTATTTTC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGTGATTGTGAAACAGGCACTGTCCCTTTAAACATTATTTTATTTTC  500

seq1  TCATCTACTGCTGTGGAGCAAGGTGTGGCGTATTCCAATTTTGAATTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTACTGCTGTGGAGCAAGGTGTGGCGTATTCCAATTTTGAATTTTG  550

seq1  TTCCCGTTGAGTTTTTGTTGTTTTCTTCTTTGTTTACTTTTGAGATCAGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGTTGAGTTTTTGTTGTTTTCTTCTTTGTTTACTTTTGAGATCAGT  600

seq1  GTCACTCTGTAACTCTGCCTGGCCTGGAACTCCATGAAACCACCCTGCCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACTCTGTAACTCTGCCTGGCCTGGAACTCCATGAAACCACCCTGCCT  650

seq1  GAGCTTCCTAAGCACTGGGATGACAAGAGCAAGCCACCACATCCATCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTTCCTAAGCACTGGGATGACAAGAGCAAGCCACCACATCCATCTTG  700

seq1  AGTCTAACTCTCAGAGAAGATGGCAGTGAACAGGAGCCCGGAGACCAGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTAACTCTCAGAGAAGATGGCAGTGAACAGGAGCCCGGAGACCAGGC  750

seq1  TGACGGCAGATCTCCTTTCAGCACAATGGTCAGAGAAGGGGTGGGATGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACGGCAGATCTCCTTTCAGCACAATGGTCAGAGAAGGGGTGGGATGCT  800

seq1  GATGAAAGCCATGCAGCCTAAACAGAAATGATGTTAGCCAGGAGCCAAAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAAAGCCATGCAGCCTAAACAGAAATGATGTTAGCCAGGAGCCAAAT  850

seq1  GAACTTAGGAGGCAGATGATTGGACAAAAAGCACCCAAATATCTACCAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  GAACTTAGGAGGCAGATGATTGGACAAAAAGCA-CCAAATATCTACCAAG  899

seq1  TTTTTAAAAGTACTTCAACACATCTATGATTAGAAATTATTTCTTGACCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTAAAAGTACTTCAACACATCTATGATTAGAAATTATTTCTTGACCA  949

seq1  CTAGAAGTAACTCCAAATAACTTC-TATAGAAGGCACAGTACACAGAGCT  999
      |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGTAACTCCAAATTACTTCTTATAGAAGGCACAGTACACAGAGCT  999

seq1  GTGGAAGATACAGTCATGGCAGCTGTCCATAAGGTGGGTAACCATAACTT  1049
      || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||| |||
seq2  GT-GAAGATACAGTCATGGCAGCTGT-CATAAGGTGGGTA--CATACCTT  1045

seq1  CATGTTACCCACTTATTCAAGGCCACTGTTA-TCTTAGGGTTACACTTAG  1098
      |||||||||||||||||||  |||||||||| ||||  ||||||||||||
seq2  CATGTTACCCACTTATTCA--GCCACTGTTATTCTTTAGGTTACACTTAG  1093

seq1  TTAATAAGACTA-GTCTCATTGTGCTGCACTTCAGGAAAATGCTGTGGGT  1147
      ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||   |||||  || | 
seq2  TTAAT-AGACTAGGTCTCATTGTGCTGCACTTCAG---AATGC-CTGAG-  1137

seq1  TTTGTTGTGTCTGC-ACCTTGGGTCTTTC  1175
      |||| ||  ||||| ||||||||||||||
seq2  TTTGATGGATCTGCAACCTTGGGTCTTTC  1166