BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272P13
Chromosome6 (Build37)
Map Location 108,425,062 - 108,648,783
singlet/doubletdoublet
Overlap geneItpr1, LOC677205, Bhlhb2
Upstream geneLrrn1, Setmar, Sumf1, LOC100043718
Downstream geneArl8b, Edem1, EG627371, LOC639110, LOC100043720
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272P13.bB6Ng01-272P13.g
ACCGA074661GA074662
length1,046778
definitionB6Ng01-272P13.b B6Ng01-272P13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(108,425,062 - 108,426,098)(108,648,006 - 108,648,783)
sequence
gaattcccccgtaagacccaccattggccatgcttacccatcatgtgcca
aggtatgattggcagtcagtggtccagttcaggtgtcagtgttctgagct
tgaccttgtcaccatctgaggctgagatcctggatgtccctttggttgac
cattgctcaaacttgactgcttcaggctcatacaccttaggcccagatct
actgaatgagactcggctcaggctgaacagggcctttcttttcccaaagc
tccagggtctgggtattgtctcattggctggcattcctgtgtctcatgat
ggtgatgatgtcatgtgtccctctatcttataacagcatcattggtcaga
agggagattgactaagggaagagtaagtgatgtgtatgaatctaggccca
agcagttcatttgtggcatctttgtgacttgggggtcccactgtgctgca
aagcatagagattggtgttctgtactgtttgttcttccatgtggtgtcac
tgaccaccaccaacttcaggctccccaaaagaaataggtggcatcaattc
ctgtcatgtacactggaaaacacataagcaggacccagcactaacggtga
tcagccctcactcatccctcagatcccagtgtatggagcaggaggactgg
gaccaacgagagattgcaatacaacatgctaagtgctgtaaaggtccaaa
cagctaatacttgctgagttcccatctaaccaaccaaggttgccttctgg
tttcatggacttgccctgcctttctcttcctctccccgccactccccgac
cccccatctccatgtttctagagtaggaaaatagagctaggccctaactg
ctcgattagctaactgcacaaactacatgattttcttgctggaaatcctt
cagaactatagtcttagactttatctttcatgtatctctccgtccacttt
acaccctggggatctctgggagagtgcagcttttagtaaggtcttttata
ctgctctagggaaaatttggggcctggggggtggggggaactcgtg

gaattcttcctaacaccccggaatacttctgggggagcagaatgttttta
ggagccccttctgaggcttggctcgaaaaacctccaacaagacctgcttt
gcgatttctctgtccttttgctgaaaatgtctgtgtggatagaggcacaa
aggcccccagctgtgagattccaattctgagggtgagcaaggcccccttc
cactctccctgccttgtgcttctgtgctctctgtgaacaattagctggac
agtgtcctgctggctttcagcaggcaggcccggcacaaaagaagctgtct
gcacacaagccttcctgcacaatggacaagagggtcagactgaatggcac
agtctttggtgtttgcaagtgaagggtttatgtttcacaaaagtaatctc
tccaatgaatcctacctaagtacatgaaatgaaggaactgggaagggggg
gaggatcgtcttgaggtattctgaagccaaggaaaagggtaactttggct
gaaccaggaaatagggaggaaaatgaaggagtggtgggaagctatcttca
taccagcacaccgaagaagggaggtcaagagactagcccattctttctgc
ttctctttcctttttggttttgttttgatctttcgttttgttttgagaca
gggtctcatctagcctaggttgacctcaaactcactatgtagccaagaat
aaccttgaactcctgagcctccgagctcctgaagattcttcctatgggaa
gaacctgtgggtaatgggggttgggggt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_108425062_108426098
seq2: B6Ng01-272P13.b_53_1098

seq1  GAATTCCCCCGTAAGACCCACCATTGGCCATGCTTACCCATCATGTGCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCCCGTAAGACCCACCATTGGCCATGCTTACCCATCATGTGCCA  50

seq1  AGGTATGATTGGCAGTCAGTGGTCCAGTTCAGGTGTCAGTGTTCTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATGATTGGCAGTCAGTGGTCCAGTTCAGGTGTCAGTGTTCTGAGCT  100

seq1  TGACCTTGTCACCATCTGAGGCTGAGATCCTGGATGTCCCTTTGGTTGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCTTGTCACCATCTGAGGCTGAGATCCTGGATGTCCCTTTGGTTGAC  150

seq1  CATTGCTCAAACTTGACTGCTTCAGGCTCATACACCTTAGGCCCAGATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCTCAAACTTGACTGCTTCAGGCTCATACACCTTAGGCCCAGATCT  200

seq1  ACTGAATGAGACTCGGCTCAGGCTGAACAGGGCCTTTCTTTTCCCAAAGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAATGAGACTCGGCTCAGGCTGAACAGGGCCTTTCTTTTCCCAAAGC  250

seq1  TCCAGGGTCTGGGTATTGTCTCATTGGCTGGCATTCCTGTGTCTCATGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGGTCTGGGTATTGTCTCATTGGCTGGCATTCCTGTGTCTCATGAT  300

seq1  GGTGATGATGTCATGTGTCCCTCTATCTTATAACAGCATCATTGGTCAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGATGTCATGTGTCCCTCTATCTTATAACAGCATCATTGGTCAGA  350

seq1  AGGGAGATTGACTAAGGGAAGAGTAAGTGATGTGTATGAATCTAGGCCCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAGATTGACTAAGGGAAGAGTAAGTGATGTGTATGAATCTAGGCCCA  400

seq1  AGCAGTTCATTTGTGGCATCTTTGTGACTTGGGGGTCCCACTGTGCTGCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGTTCATTTGTGGCATCTTTGTGACTTGGGGGTCCCACTGTGCTGCA  450

seq1  AAGCATAGAGATTGGTGTTCTGTACTGTTTGTTCTTCCATGTGGTGTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCATAGAGATTGGTGTTCTGTACTGTTTGTTCTTCCATGTGGTGTCAC  500

seq1  TGACCACCACCAACTTCAGGCTCCCCAAAAGAAATAGGTGGCATCAATTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCACCACCAACTTCAGGCTCCCCAAAAGAAATAGGTGGCATCAATTC  550

seq1  CTGTCATGTACACTGGAAAACACATAAGCAGGACCCAGCACTAACGGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCATGTACACTGGAAAACACATAAGCAGGACCCAGCACTAACGGTGA  600

seq1  TCAGCCCTCACTCATCCCTCAGATCCCAGTGTATGGAGCAGGAGGACTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCCTCACTCATCCCTCAGATCCCAGTGTATGGAGCAGGAGGACTGG  650

seq1  GACCAACGAGAGATTGCAATACAACATGCTAAGTGCTGTAAAGGTCCAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAACGAGAGATTGCAATACAACATGCTAAGTGCTGTAAAGGTCCAAA  700

seq1  CAGCTAATACTTGCTGAGTTCCCATCTAACCAACCAAGGTTGCCTTCTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTAATACTTGCTGAGTTCCCATCTAACCAACCAAGGTTGCCTTCTGG  750

seq1  TTTCATGGACTTGCCCTGCCTTTCTCTTCCTCTCCCCGCCACTCCCCGAC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGGACTTGCCCTGCCTTTCTCTTCCTCTCCCCGCCACTCCCCGAC  800

seq1  CCCCCATCTCCATGTTTCTAGAGTAGGAAAATAGAGCTAGGCCCTAACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCATCTCCATGTTTCTAGAGTAGGAAAATAGAGCTAGGCCCTAACTG  850

seq1  CTCGATTAGCTAACTGCACAAACTACATGA-TTTCTTGCTGG-AATTCTT  898
      |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||
seq2  CTCGATTAGCTAACTGCACAAACTACATGATTTTCTTGCTGGAAATCCTT  900

seq1  CAGAACTATAGTCTTAGACTTTATCTTTCATGTATCTCTCCGTCCACTTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACTATAGTCTTAGACTTTATCTTTCATGTATCTCTCCGTCCACTTT  950

seq1  ACACCCTGGGGATCTCT-GGAGAGTGCAGCTTTTAGTAAGGTC-TTTATA  996
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  ACACCCTGGGGATCTCTGGGAGAGTGCAGCTTTTAGTAAGGTCTTTTATA  1000

seq1  CTGCTCTAGGGAAAA-TTGGGGC--TGGGGGTGGGGG--ACTCGTG  1037
      ||||||||||||||| |||||||   |||||||||||  |||||||
seq2  CTGCTCTAGGGAAAATTTGGGGCCTGGGGGGTGGGGGGAACTCGTG  1046


seq1: chr6_108648006_108648783
seq2: B6Ng01-272P13.g_69_846 (reverse)

seq1  ACCCCCAACCCCCATTACCCACAGGTTCTTCCCATAGGAAGAATCTTCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCCCAACCCCCATTACCCACAGGTTCTTCCCATAGGAAGAATCTTCAG  50

seq1  GAGCTCGGAGGCTCAGGAGTTCAAGGTTATTCTTGGCTACATAGTGAGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCTCGGAGGCTCAGGAGTTCAAGGTTATTCTTGGCTACATAGTGAGTT  100

seq1  TGAGGTCAACCTAGGCTAGATGAGACCCTGTCTCAAAACAAAACGAAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGTCAACCTAGGCTAGATGAGACCCTGTCTCAAAACAAAACGAAAGA  150

seq1  TCAAAACAAAACCAAAAAGGAAAGAGAAGCAGAAAGAATGGGCTAGTCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAAACAAAACCAAAAAGGAAAGAGAAGCAGAAAGAATGGGCTAGTCTC  200

seq1  TTGACCTCCCTTCTTCGGTGTGCTGGTATGAAGATAGCTTCCCACCACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGACCTCCCTTCTTCGGTGTGCTGGTATGAAGATAGCTTCCCACCACTC  250

seq1  CTTCATTTTCCTCCCTATTTCCTGGTTCAGCCAAAGTTACCCTTTTCCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCATTTTCCTCCCTATTTCCTGGTTCAGCCAAAGTTACCCTTTTCCTT  300

seq1  GGCTTCAGAATACCTCAAGACGATCCTCCCCCCCTTCCCAGTTCCTTCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCAGAATACCTCAAGACGATCCTCCCCCCCTTCCCAGTTCCTTCAT  350

seq1  TTCATGTACTTAGGTAGGATTCATTGGAGAGATTACTTTTGTGAAACATA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATGTACTTAGGTAGGATTCATTGGAGAGATTACTTTTGTGAAACATA  400

seq1  AACCCTTCACTTGCAAACACCAAAGACTGTGCCATTCAGTCTGACCCTCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCTTCACTTGCAAACACCAAAGACTGTGCCATTCAGTCTGACCCTCT  450

seq1  TGTCCATTGTGCAGGAAGGCTTGTGTGCAGACAGCTTCTTTTGTGCCGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATTGTGCAGGAAGGCTTGTGTGCAGACAGCTTCTTTTGTGCCGGG  500

seq1  CCTGCCTGCTGAAAGCCAGCAGGACACTGTCCAGCTAATTGTTCACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGCCTGCTGAAAGCCAGCAGGACACTGTCCAGCTAATTGTTCACAGAG  550

seq1  AGCACAGAAGCACAAGGCAGGGAGAGTGGAAGGGGGCCTTGCTCACCCTC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACAGAAGCACAAGGCAGGGAGAGTGGAAGGGGGCCTTGCTCACCCTC  600

seq1  AGAATTGGAATCTCACAGCTGGGGGCCTTTGTGCCTCTATCCACACAGAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATTGGAATCTCACAGCTGGGGGCCTTTGTGCCTCTATCCACACAGAC  650

seq1  ATTTTCAGCAAAAGGACAGAGAAATCGCAAAGCAGGTCTTGTTGGAGGTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCAGCAAAAGGACAGAGAAATCGCAAAGCAGGTCTTGTTGGAGGTT  700

seq1  TTTCGAGCCAAGCCTCAGAAGGGGCTCCTAAAAACATTCTGCTCCCCCAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCGAGCCAAGCCTCAGAAGGGGCTCCTAAAAACATTCTGCTCCCCCAG  750

seq1  AAGTATTCCGGGGTGTTAGGAAGAATTC  778
      ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATTCCGGGGTGTTAGGAAGAATTC  778


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |