BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273I02
Chromosome6 (Build37)
Map Location 144,076,832 - 144,223,621
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSox5
Upstream geneEtnk1, D6Ertd474e
Downstream gene4933425H06Rik, EG665149, Bcat1, Lrmp, Casc1, Lyrm5, Kras, LOC100039495, LOC100042866
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273I02.bB6Ng01-273I02.g
ACCGA075061GA075062
length7541,069
definitionB6Ng01-273I02.b B6Ng01-273I02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,076,832 - 144,077,585)(144,222,549 - 144,223,621)
sequence
gaattctttatcctttctggcagctgacacatgggtcttcccagtgtggc
caccgcaacaagccatctgtccagccatatagacgctggaacgaggaagg
agtggcacttgttaacattctcccaaatttgcagaaacctacagctgtga
gcgtggcagttgtgatgataggtgacaagagaggtgatcggatgggtgcc
ttttatccccactaataaattagatccttggtaaataaaaattttaaaaa
cccatatttaaatactagggcatgtggaaagacaataaagaaatgatcat
caaatttagacaattatctttccctcataattctacttgaatctttacct
tctgaaagacccctgatacttctgacgtatccgggagtgacccccgtgtg
gtagtcaagaacccatgaaaatgccagcccaggaagaaggcagtcttccc
atccttcctgccccaggagaatgagggcttgctctgcaagcatcattgcc
tgccagaggaacacagtgtggccattttcattgagcttcatatgtatgaa
gcctgagtcccaggactggaacctgcccaacactgctctactcaccagct
cagagacaatccacatacacgggcctcttacaaaagtccattgctatcca
tttattatacgtagtagcatcaaacagggagagataatgagaaagctccc
atagagcacctagggaccttgaatgccgacaggaggtgggttggaggggg
gggg
gaattcaactttcataaataccaagaagaccatcagttttttatcttcac
gatttattcttgttttaaattatttgtagtgatgtgtatcagttggcgat
ggcaggcagatatacacctgattgctagaagagagcagccaattctcttg
atctggaattagagatggttgcaagttgccaggtatgggtaccgggaact
gaacctgtgtcctctggagaggaaggaagggttattagccagcgagctct
gtcctaacacttagagtagtgcttctgagccaggtttgtgtatagaaaag
gaactcaccaatgagtgagtagtggctggcccccatggcttcttacagag
actttcttttgatcaaagatgctaataagaagtatatgccatgggcagac
tatttgctgttctttatatcctgactgtgggggaaacagccgatgaaatt
aaacactgtgagaacagttgaagagaagtagtgtgcatgcaaatccagct
aacctgtaggattctcggcggctgctcccgaggaaaacagcccagaactt
taacctttataaatgaccaagtcagtttttatggatatgaagaaaattaa
tattaaattatctataggaacttgaaaatatttcaataacatcagcagct
tgaaatattccacaactccttagactggcatgttttattatgattattat
gcttgttatattatgatgccctctaaccctaccatatacatagtgggtac
tattgaagacaaattgtgcaagaggataaacattgcatgatttatcaatt
taactgttttattactaagctatagatataatcacatggaagtcactatt
tattgcatgttaatgtccatgtgcatacattaaaccatgaacaccatagc
gtcctaaattcttattttgtgcatttgcatctcatgtaagcatttagtcc
tttacattatagaaatattgtgcatccacttctatactaaattatctgtg
gtatatgttctcatatttaaaaatgtactttgtgtaatgtatacatgtta
tataattttaaatgatcaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_144076832_144077585
seq2: B6Ng01-273I02.b_45_798

seq1  GAATTCTTTATCCTTTCTGGCAGCTGACACATGGGTCTTCCCAGTGTGGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTTATCCTTTCTGGCAGCTGACACATGGGTCTTCCCAGTGTGGC  50

seq1  CACCGCAACAAGCCATCTGTCCAGCCATATAGACGCTGGAACGAGGAAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCGCAACAAGCCATCTGTCCAGCCATATAGACGCTGGAACGAGGAAGG  100

seq1  AGTGGCACTTGTTAACATTCTCCCAAATTTGCAGAAACCTACAGCTGTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGCACTTGTTAACATTCTCCCAAATTTGCAGAAACCTACAGCTGTGA  150

seq1  GCGTGGCAGTTGTGATGATAGGTGACAAGAGAGGTGATCGGATGGGTGCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGGCAGTTGTGATGATAGGTGACAAGAGAGGTGATCGGATGGGTGCC  200

seq1  TTTTATCCCCACTAATAAATTAGATCCTTGGTAAATAAAAATTTTAAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATCCCCACTAATAAATTAGATCCTTGGTAAATAAAAATTTTAAAAA  250

seq1  CCCATATTTAAATACTAGGGCATGTGGAAAGACAATAAAGAAATGATCAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATATTTAAATACTAGGGCATGTGGAAAGACAATAAAGAAATGATCAT  300

seq1  CAAATTTAGACAATTATCTTTCCCTCATAATTCTACTTGAATCTTTACCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATTTAGACAATTATCTTTCCCTCATAATTCTACTTGAATCTTTACCT  350

seq1  TCTGAAAGACCCCTGATACTTCTGACGTATCCGGGAGTGACCCCCGTGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAAAGACCCCTGATACTTCTGACGTATCCGGGAGTGACCCCCGTGTG  400

seq1  GTAGTCAAGAACCCATGAAAATGCCAGCCCAGGAAGAAGGCAGTCTTCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGTCAAGAACCCATGAAAATGCCAGCCCAGGAAGAAGGCAGTCTTCCC  450

seq1  ATCCTTCCTGCCCCAGGAGAATGAGGGCTTGCTCTGCAAGCATCATTGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTTCCTGCCCCAGGAGAATGAGGGCTTGCTCTGCAAGCATCATTGCC  500

seq1  TGCCAGAGGAACACAGTGTGGCCATTTTCATTGAGCTTCATATGTATGAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGAGGAACACAGTGTGGCCATTTTCATTGAGCTTCATATGTATGAA  550

seq1  GCCTGAGTCCCAGGACTGGAACCTGCCCAACACTGCTCTACTCACCAGCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGAGTCCCAGGACTGGAACCTGCCCAACACTGCTCTACTCACCAGCT  600

seq1  CAGAGACAATCCACATACACGGGCCTCTTACAAAAGTCCATTGCTATCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGACAATCCACATACACGGGCCTCTTACAAAAGTCCATTGCTATCCA  650

seq1  TTTATTATACGTAGTAGCATCAAACAGGGAGAGATAATGAGAAAGCTCCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTATACGTAGTAGCATCAAACAGGGAGAGATAATGAGAAAGCTCCC  700

seq1  ATAGAGCACCTAGGGACCTTGAATGCCGACAGGAGGTGGGTTGGAGGGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGCACCTAGGGACCTTGAATGCCGACAGGAGGTGGGTTGGAGGGGG  750

seq1  GGGG  754
      ||||
seq2  GGGG  754

seq1: chr6_144222549_144223621
seq2: B6Ng01-273I02.g_67_1135 (reverse)

seq1  TTGATCATTTTAAAATTATAT-ACATGTATAACATTTACACAAAGTACAT  49
      ||||||| ||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||||||||
seq2  TTGATCA-TTTAAAATTATATAACATGTAT-ACA-TTACACAAAGTACAT  47

seq1  TTTTAAATATGAGAACATATACCACAGATAATTTAGTATAGAAGTGGATT  99
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTTTAAATATGAGAACATATACCACAGATAATTTAGTATAGAAGTGGA-T  96

seq1  GCACAATATTTCTATAATGTAAAGGACTAAATGCTTACATGAGATGCAAA  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAATATTTCTATAATGTAAAGGACTAAATGCTTACATGAGATGCAAA  146

seq1  TGCACAAAATAAGAATTTTAGGACGCTATGGTGTTCATGGTTTAATGTAT  199
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACAAAATAAGAA-TTTAGGACGCTATGGTGTTCATGGTTTAATGTAT  195

seq1  GCACATGGACATTAACATGCAATAAATAGTGACTTCCATGTGATTATATC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACATGGACATTAACATGCAATAAATAGTGACTTCCATGTGATTATATC  245

seq1  TATAGCTTAGTAATAAAACAGTTAAATTGATAAATCATGCAATGTTTATC  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTAGTAATAAAACAGTTAAATTGATAAATCATGCAATGTTTATC  295

seq1  CTCTTGCACAATTTGTCTTCAATAGTACCCACTATGTATATGGTAGGGTT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTGCACAATTTGTCTTCAATAGTACCCACTATGTATATGGTAGGGTT  345

seq1  AGAGGGCATCATAATATAACAAGCATAATAATCATAATAAAACATGCCAG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGGCATCATAATATAACAAGCATAATAATCATAATAAAACATGCCAG  395

seq1  TCTAAGGAGTTGTGGAATATTTCAAGCTGCTGATGTTATTGAAATATTTT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGGAGTTGTGGAATATTTCAAGCTGCTGATGTTATTGAAATATTTT  445

seq1  CAAGTTCCTATAGATAATTTAATATTAATTTTCTTCATATCCATAAAAAC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTCCTATAGATAATTTAATATTAATTTTCTTCATATCCATAAAAAC  495

seq1  TGACTTGGTCATTTATAAAGGTTAAAGTTCTGGGCTGTTTTCCTCGGGAG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTGGTCATTTATAAAGGTTAAAGTTCTGGGCTGTTTTCCTCGGGAG  545

seq1  CAGCCGCCGAGAATCCTACAGGTTAGCTGGATTTGCATGCACACTACTTC  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCGCCGAGAATCCTACAGGTTAGCTGGATTTGCATGCACACTACTTC  595

seq1  TCTTCAACTGTTCTCACAGTGTTTAATTTCATCGGCTGTTTCCCCCACAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTCAACTGTTCTCACAGTGTTTAATTTCATCGGCTGTTTCCCCCACAG  645

seq1  TCAGGATATAAAGAACAGCAAATAGTCTGCCCATGGCATATACTTCTTAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATATAAAGAACAGCAAATAGTCTGCCCATGGCATATACTTCTTAT  695

seq1  TAGCATCTTTGATCAAAAGAAAGTCTCTGTAAGAAGCCATGGGGGCCAGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATCTTTGATCAAAAGAAAGTCTCTGTAAGAAGCCATGGGGGCCAGC  745

seq1  CACTACTCACTCATTGGTGAGTTCCTTTTCTATACACAAACCTGGCTCAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTACTCACTCATTGGTGAGTTCCTTTTCTATACACAAACCTGGCTCAG  795

seq1  AAGCACTACTCTAAGTGTTAGGACAGAGCTCGCTGGCTAATAACCCTTCC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCACTACTCTAAGTGTTAGGACAGAGCTCGCTGGCTAATAACCCTTCC  845

seq1  TTCCTCTCCAGAGGACACAGGTTCAGTTCCCGGTACCCATACCTGGCAAC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCTCCAGAGGACACAGGTTCAGTTCCCGGTACCCATACCTGGCAAC  895

seq1  TTGCAACCATCTCTAATTCCAGATCAAGAGAATTGGCTGCTCTCTTCTAG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAACCATCTCTAATTCCAGATCAAGAGAATTGGCTGCTCTCTTCTAG  945

seq1  CAATCAGGTGTATATCTGCCTGCCATCGCCAACTGATACACATCACTACA  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATCAGGTGTATATCTGCCTGCCATCGCCAACTGATACACATCACTACA  995

seq1  AATAATTTAAAACAAGAATAAATCGTGAAGATAAAAAACTGATGGTCTTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAATTTAAAACAAGAATAAATCGTGAAGATAAAAAACTGATGGTCTTC  1045

seq1  TTGGTATTTATGAAAGTTGAATTC  1073
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTTATGAAAGTTGAATTC  1069