BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-275B21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 96,344,948 - 96,525,134
singlet/doubletdoublet
Overlap geneC630007B19Rik
Upstream geneSuclg2, LOC665886, LOC545867, LOC100043685, 1700123L14Rik
Downstream geneC130034I18Rik, A130022J15Rik, Tmf1, Ube1c, Arl6ip5, Lmod3, Frmd4b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-275B21.bB6Ng01-275B21.g
ACCGA076241GA076242
length9801,113
definitionB6Ng01-275B21.b B6Ng01-275B21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,344,948 - 96,345,919)(96,524,013 - 96,525,134)
sequence
gaattcatattcagatcctttaatgatcacagcaattgttcacaatgaat
tctgtccacagttttaaaattcaacaagggcatggggaccttttgttgga
tgtgacagccctgttggggtagatacattacatgttttcctctttaaatg
gtttttatatggcttgggatactgtcatgattggatacatgtatgtcaat
gtggaggtaactctttgatttgtcctagaataaattaattagtgtatttt
ttgatccccagaagtgactggtgccattttttaattctaatgtgtattca
atagtaggaggaagaggactaggaatgggaggtaaagaggaaggaggaag
aggaagaacaggaggaagaagaagaaggaaggctgtgcataccatagcaa
gtgttgggggttagagaacttattttaaagtcggttctttccttccacta
tgaactcatgttctagtgatcaaactcaggtttatgtagcaagtgttttt
ttttttaacctgtggagctatcttgccagcccaaaaacatcatttgtttg
caggctgcgcttatgtttgtgattggttgtcctcagggacaacaggtatc
cagcatgcgctgtggatcagacattgtcctgagttctttgtgcatccttg
cactggatcttgccaactatcttataaactaaacagttacagatattggg
acacagggtcaggagtgggttattggcttgtctaagagtgcatagccaga
accgggatttatgacttggctctccaactttacctaatttctcttggagc
tatttgtatagtgtctcccctatatgctatgaagtcaaggtgaggacatc
tcttagcacaaagatctctcttgacttcactataccattgagagcttatg
actatgtacatgatgtcagatttttctttcttaaaaatctttctaagcaa
tctctttgtgtgctggggcaggtcaatact

gaattctcacctgaggaataccaaatggctgagaagcatctgaaaaaaaa
tgttcagcatccttaaatgaagtcccactcctaattgagaacttattggc
aatgggtagcagcaggaacagggtaagtcatgcacatagtccctagcatg
ctagccacttgcctcggtaagaaatacatccaggcttataaggacagtac
aaactgatcttgatggtttttaaaaaaaaataaagacagggaaaaaaaag
cacacaaagtagggtgtgtagagaagggagtggatcagaacgcactggga
cagtagtttatataataaaatgcattctgggggattcttaataaactaaa
acaatgagagaaaaatttaaaagggagaggcttattatcttgaaattatc
ttatcatcatattatcatatcactgatctaaaaacaaatttctatattat
ttgtatttcttaagacagggtctcactgtgtagctctggctggcctggaa
ctagctatatagatcagcctggcctgaaactcataggaaccttcctgcct
ctgactcccaggtgctatgataaaagtaatgtgccaccatatgtgggtta
aatttctgatatcattattaatattttagaattgtggaataaaccttaga
ccctgcctatgctcgggctatagctccaaagatgagctacatctttggtg
cccagatttcttaaattgatcaacattgatagacaaaattgatcaaaaat
ttttactacctgaaaatttactgtttattagtattggcctacacaatagg
cactgttatccattttacataaattaacaagttagagtctcttggcaccc
tctgggaggtcgatggtagtttaatttcagagataaagaaagaacatcag
caacaataagctaactgtgtaagttatgcataaccagatgaggattcgac
atgtctggaccatcactgaagccacaggaagtgagtaaagctaactaatt
cttcaaaaccctttagatcccaatgtgatagcttagattaagtctatata
gttttaatatgtgtgaatgatctttgtccttgtgtgattgaatattttct
cttcactggtggc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_96344948_96345919
seq2: B6Ng01-275B21.b_45_1024

seq1  GAATTCATATTCAGATCCTTTAATGATCACAGCAATTGTTCACAATGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATATTCAGATCCTTTAATGATCACAGCAATTGTTCACAATGAAT  50

seq1  TCTGTCCACAGTTTTAAAATTCAACAAGGGCATGGGGACCTTTTGTTGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCACAGTTTTAAAATTCAACAAGGGCATGGGGACCTTTTGTTGGA  100

seq1  TGTGACAGCCCTGTTGGGGTAGATACATTACATGTTTTCCTCTTTAAATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACAGCCCTGTTGGGGTAGATACATTACATGTTTTCCTCTTTAAATG  150

seq1  GTTTTTATATGGCTTGGGATACTGTCATGATTGGATACATGTATGTCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTTATATGGCTTGGGATACTGTCATGATTGGATACATGTATGTCAAT  200

seq1  GTGGAGGTAACTCTTTGATTTGTCCTAGAATAAATTAATTAGTGTATTTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGAGGTAACTCTTTGATTTGTCCTAGAATAAATTAATTAGTGTATTTT  250

seq1  TTGATCCCCAGAAGTGACTGGTGCCATTTTTTAATTCTAATGTGTATTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGATCCCCAGAAGTGACTGGTGCCATTTTTTAATTCTAATGTGTATTCA  300

seq1  ATAGTAGGAGGAAGAGGACTAGGAATGGGAGGTAAAGAGGAAGGAGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTAGGAGGAAGAGGACTAGGAATGGGAGGTAAAGAGGAAGGAGGAAG  350

seq1  AGGAAGAACAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAAGGCTGTGCATACCATAGCAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAAGAACAGGAGGAAGAAGAAGAAGGAAGGCTGTGCATACCATAGCAA  400

seq1  GTGTTGGGGGTTAGAGAACTTATTTTAAAGTCGGTTCTTTCCTTCCACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTGGGGGTTAGAGAACTTATTTTAAAGTCGGTTCTTTCCTTCCACTA  450

seq1  TGAACTCATGTTCTAGTGATCAAACTCAGGTTTATGTAGCAAGTGTTTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACTCATGTTCTAGTGATCAAACTCAGGTTTATGTAGCAAGTGTTTTT  500

seq1  TTTTTTAACCTGTGGAGCTATCTTGCCAGCCCAAAAACATCATTTGTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAACCTGTGGAGCTATCTTGCCAGCCCAAAAACATCATTTGTTTG  550

seq1  CAGGCTGCGCTTATGTTTGTGATTGGTTGTCCTCAGGGACAACAGGTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGCTGCGCTTATGTTTGTGATTGGTTGTCCTCAGGGACAACAGGTATC  600

seq1  CAGCATGCGCTGTGGATCAGACATTGTCCTGAGTTCTTTGTGCATCCTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCATGCGCTGTGGATCAGACATTGTCCTGAGTTCTTTGTGCATCCTTG  650

seq1  CACTGGATCTTGCCAACTATCTTATAAACTAAACAGTTACAGATATTGGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGGATCTTGCCAACTATCTTATAAACTAAACAGTTACAGATATTGGG  700

seq1  ACACAGGGTCAGGAGTGGGTTATTGGCTTGTCTAAGAGTGCATAG-CAGA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  ACACAGGGTCAGGAGTGGGTTATTGGCTTGTCTAAGAGTGCATAGCCAGA  750

seq1  ACCGGGATTTATGACTTGGCTCTCCAACTTTACCTAATTTCTCTTGGAGC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGGGATTTATGACTTGGCTCTCCAACTTTACCTAATTTCTCTTGGAGC  800

seq1  TATTTGTATAGTGTCTCCCCTATATGCTATGAAGTCAAGGTGAGGACATC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGTATAGTGTCTCCCCTATATGCTATGAAGTCAAGGTGAGGACATC  850

seq1  TCTTAGCACAAAGATCTCTCTTGACTTCACTATACCA-TGAGAGCTTATG  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TCTTAGCACAAAGATCTCTCTTGACTTCACTATACCATTGAGAGCTTATG  900

seq1  ACTATGTACATGATGTCAGATTTT--CTTCTT-AAAATCTTTCT-AGCAA  944
      ||||||||||||||||||||||||   ||||| ||||||||||| |||||
seq2  ACTATGTACATGATGTCAGATTTTTCTTTCTTAAAAATCTTTCTAAGCAA  950

seq1  TCTC-TTGTGTGTTGGGGCA-GTCAATACT  972
      |||| ||||||| ||||||| |||||||||
seq2  TCTCTTTGTGTGCTGGGGCAGGTCAATACT  980


seq1: chr6_96524013_96525134
seq2: B6Ng01-275B21.g_64_1176 (reverse)

seq1  GCCA-CAGTGAAGAGAAAATTATTCAACCACACAAGAAC-AAGATCCATT  48
      |||| |||||||||||||| ||||||| |||||||| || ||||||   |
seq2  GCCACCAGTGAAGAGAAAA-TATTCAATCACACAAGGACAAAGATC--AT  47

seq1  TCACACATTATTAAAACTAATATAGACTTTAATCTAAAGCTAATCACATT  98
      ||||||| |||||||||| |||||||| ||||||| ||||| ||||||||
seq2  TCACACA-TATTAAAACT-ATATAGAC-TTAATCT-AAGCT-ATCACATT  92

seq1  GGGATCTAAAGGGGTTTTGAAGAATTAGTTAGCTTTACTCACTTCCTGTG  148
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATCTAAA-GGGTTTTGAAGAATTAGTTAGCTTTACTCACTTCCTGTG  141

seq1  GCTTCAGTGATGGTCCAGACATGTCGAATCCTCATCTGGTTTATGCATAA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  GCTTCAGTGATGGTCCAGACATGTCGAATCCTCATCTGG-TTATGCATAA  190

seq1  CCTTACACAGTTAGCTTATTGTTGCTGATGTTCTTTCTTTATCTCTGAAA  248
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -CTTACACAGTTAGCTTATTGTTGCTGATGTTCTTTCTTTATCTCTGAAA  239

seq1  TTAAACTACCATCGACCTCCCAGAGGGTGCCAAGAGACTCTAACTTGTTA  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAACTACCATCGACCTCCCAGAGGGTGCCAAGAGACTCTAACTTGTTA  289

seq1  ATTTATGTAAAATGGATAACAGTGCCTATTGTGTAGGCCAATACTAATAA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATGTAAAATGGATAACAGTGCCTATTGTGTAGGCCAATACTAATAA  339

seq1  ACAGTAAATTTTCAGGTAGTAAAAATTTTTGATCAATTTTGTCTATCAAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTAAATTTTCAGGTAGTAAAAATTTTTGATCAATTTTGTCTATCAAT  389

seq1  GTTGATCAATTTAAGAAATCTGGGCACCAAAGATGTAGCTCATCTTTGGA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCAATTTAAGAAATCTGGGCACCAAAGATGTAGCTCATCTTTGGA  439

seq1  GCTATAGCCCGAGCATAGGCAGGGTCTAAGGTTTATTCCACAATTCTAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATAGCCCGAGCATAGGCAGGGTCTAAGGTTTATTCCACAATTCTAAA  489

seq1  ATATTAATAATGATATCAGAAATTTAACCCACATATGGTGGCACATTACT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAATAATGATATCAGAAATTTAACCCACATATGGTGGCACATTACT  539

seq1  TTTATCATAGCACCTGGGAGTCAGAGGCAGGAAGGTTCCTATGAGTTTCA  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATCATAGCACCTGGGAGTCAGAGGCAGGAAGGTTCCTATGAGTTTCA  589

seq1  GGCCAGGCTGATCTATATAGCTAGTTCCAGGCCAGCCAGAGCTACACAGT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAGGCTGATCTATATAGCTAGTTCCAGGCCAGCCAGAGCTACACAGT  639

seq1  GAGACCCTGTCTTAAGAAATACAAATAATATAGAAATTTGTTTTTAGATC  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGACCCTGTCTTAAGAAATACAAATAATATAGAAATTTGTTTTTAGATC  689

seq1  AGTGATATGATAATATGATGATAAGATAATTTCAAGATAATAAGCCTCTC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATATGATAATATGATGATAAGATAATTTCAAGATAATAAGCCTCTC  739

seq1  CCTTTTAAATTTTTCTCTCATTGTTTTAGTTTATTAAGAATCCCCCAGAA  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTTAAATTTTTCTCTCATTGTTTTAGTTTATTAAGAATCCCCCAGAA  789

seq1  TGCATTTTATTATATAAACTACTGTCCCAGTGCGTTCTGATCCACTCCCT  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCATTTTATTATATAAACTACTGTCCCAGTGCGTTCTGATCCACTCCCT  839

seq1  TCTCTACACACCCTACTTTGTGTGCTTTTTTTTCCCTGTCTTTATTTTTT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACACACCCTACTTTGTGTGCTTTTTTTTCCCTGTCTTTATTTTTT  889

seq1  TTTAAAAACCATCAAGATCAGTTTGTACTGTCCTTATAAGCCTGGATGTA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAACCATCAAGATCAGTTTGTACTGTCCTTATAAGCCTGGATGTA  939

seq1  TTTCTTACCGAGGCAAGTGGCTAGCATGCTAGGGACTATGTGCATGACTT  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTACCGAGGCAAGTGGCTAGCATGCTAGGGACTATGTGCATGACTT  989

seq1  ACCCTGTTCCTGCTGCTACCCATTGCCAATAAGTTCTCAATTAGGAGTGG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTGTTCCTGCTGCTACCCATTGCCAATAAGTTCTCAATTAGGAGTGG  1039

seq1  GACTTCATTTAAGGATGCTGAACATTTTTTTTCAGATGCTTCTCAGCCAT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCATTTAAGGATGCTGAACATTTTTTTTCAGATGCTTCTCAGCCAT  1089

seq1  TTGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1122
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGTATTCCTCAGGTGAGAATTC  1113


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |