BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-277F21
Chromosome6 (Build37)
Map Location 33,939,532 - 34,125,569
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrguk, Slc35b4
Upstream geneChchd3, LOC100039118, Gm1401, Exoc4
Downstream geneAkr1b3, Akr1b8, LOC664942, 2310005E10Rik, Akr1b7, Bpgm, LOC100039184, Cald1, Agbl3, Tmem140, 3110062M04Rik, 9530020G05Rik, Stra8, 2010107G12Rik, Cnot4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-277F21.bB6Ng01-277F21.g
ACCGA077906GA077907
length1,1291,055
definitionB6Ng01-277F21.b B6Ng01-277F21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(34,124,428 - 34,125,569)(33,939,532 - 33,940,587)
sequence
gaattcaatctatttaatatatttttaaataagaaagtgatatatattca
ggctagctatagaaacaaagtcagataattgcattgaatatgccactaaa
ttatgtgaaacctgtgtgttctagcttgtgagctcttggctaaaacactt
ttctcaaccatcagaggggtgggtgataacagcttcatccccatggattt
tgaaggtgaatgagaaatgcctacctcacgttggtgacttccctagcctt
ctcccttacaatttgtctcagtgcaggcgtacgttgtttttgtgagggtc
cagaaaagttctgtgtgtatccagaaatggattcctttctctttataaag
tcttttcattctttataggaacttttatttagaattttattaggatcaat
ttgtaaatgaatccaaattccttatttaactttacatatatataaatctg
catttttgcatacaactgagggttttccttaagacgtaaggaagtgggct
tattaatgcaatgtatagtacattagactgataacaacgtatgcctgatt
tgcttaagtaaactcttcacactgtcgagccgtgaaagccgacccgattc
gtccagatagcctttaaagttccttctagatatgatcttgagatttgtgg
ctttaatcttgagaaatcaccgtagaaacttctcagaaagcagaagctgt
gctttttaaatggcttccttggaacactcaggtgttaactctaaatacaa
aggctgcaaagacttgttgaaagaagggagtgttgagccatttccccccc
agttgaaaaacagattcagtttcttcttgctgacctttgtagacctagaa
ttggtgccagtgataaaggtgcaaacctttgtgcactgcgtaagcagcta
cacagtagtgagtgaggtcttgattcccttcttaaggagcttatggtcaa
ccttgaaagcatgatacatatgtgtatatgctatacacacacacacacac
acacacacacacacacatacacatagagagctatgaggcagtaaggtatt
gtgtgtctacatcagatacatctgaaagaatttattttcttagacatgat
gggtgaattcattagaaagtttaatccag
gaattcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgtaattggatcta
atgtcctcttctggtatgtcaagaacagtgtggtcatatacataaaataa
atagatacatttttttaaaaaggggggtacaacttgttaaaacaaaacaa
agcaaaatggggtttaaacctctttccactctcattgcttgtagccttca
gctctgttctgaaatgcagcatttttgacaatgtagcggagagctagcac
aagtcataagacccaagtaagcctgaaggagaagggactgggatgagggg
ttggcctcctgcctgccaggaaccagtaaagaactgagcagaagacccct
tcccacagcctgagccaagcccaccagagaacctcggcagagccactgag
ccagaaccccacactcagtctacgcttatttagctcctggccctcagacg
ctgtttagctcatagaagtcgtgtttgttggttctgaagcagctagagct
gctggaatgatttgttatgcagagatcataactaatacaagctaagaggg
aaaaatcctctagacaatcaaaggacagaattaagtaggaaaacattacc
acgctgctaattgtgttttaatgcaaggaagactttcacatcctctgagc
ggagcacagtggaatagctaccattctaaagcactctggcacttgtcaca
tgcagatttcaaccaagatagatgacagctgactggagacaatgaatgtg
gtttctctcaggtgcctagagggacttttccacagagatgccctctgctt
tgaaacttactcacagtttgagaccacctccaccatctgttttccagaaa
ggatctaagtagtctggattatgaaatagatgcataaagattaaaaaaat
taaaagtaagccaggtacagtggtatgtgccggtgaccccatcactcagg
aggtagaggtaaaggcatcaatcgagtacagagacacagtgagacttgtc
tcaaatgatcaatcaagggcctggagaggtggctcagaaggttcaagagc
actca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_34124428_34125569
seq2: B6Ng01-277F21.b_47_1175 (reverse)

seq1  CTGGATATAAAACTTTCTTATTGAATTCA-CCATCATGTCTTAAAGGGAA  49
      ||||  || |||||||| || |||||||| |||||||||||  |||   |
seq2  CTGG--ATTAAACTTTC-TAATGAATTCACCCATCATGTCT--AAG---A  42

seq1  AAATAAAATCTTTCAGATTGTTATCCTGATGTTAAGACACACAATACCTT  99
      ||||||| ||||||||||   ||| |||||||  ||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTCTTTCAGAT--GTAT-CTGATGT--AGACACACAATACCTT  87

seq1  ACCTGCTTCATTAGCTCTCTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  149
      | |||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  A-CTGCCTCA-TAGCTCTCTATGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT  135

seq1  GTGTGTGTGTATAGCATATACACATATGTATCATGCTTTCAAGGTTGACC  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTATAGCATATACACATATGTATCATGCTTTCAAGGTTGACC  185

seq1  ATAAGCTCCTTAAGAAGGGAATCAAGACCTCACTCACTACTGTGTAGCTG  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGCTCCTTAAGAAGGGAATCAAGACCTCACTCACTACTGTGTAGCTG  235

seq1  CTTACGCAGTGCAC-AAGGTTTGCACC-TTATCACTGGCACCAATTCTAG  297
      |||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACGCAGTGCACAAAGGTTTGCACCTTTATCACTGGCACCAATTCTAG  285

seq1  GTCTACAAAGGTCAGCAAGAAGAAACTGAATCTGTTTTTCAACTGGGGGG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTACAAAGGTCAGCAAGAAGAAACTGAATCTGTTTTTCAACTGGGGGG  335

seq1  GAAATGGCTCAACACTCCCTTCTTTCAACAAGTCTTTGCAGCCTTTGTAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGCTCAACACTCCCTTCTTTCAACAAGTCTTTGCAGCCTTTGTAT  385

seq1  TTAGAGTTAACACCTGAGTGTTCCAAGGAAGCCATTTAAAAAGCACAGCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTTAACACCTGAGTGTTCCAAGGAAGCCATTTAAAAAGCACAGCT  435

seq1  TCTGCTTTTCTGAGAAGTTTCTACGGTGATTTCTCAAGATTAAAGCCACA  497
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGC-TTTCTGAGAAGTTTCTACGGTGATTTCTCAAGATTAAAGCCACA  484

seq1  AATCTCAAGATCATATCTAGAAGGAACTTTAAAGGCTATCTGGACGAATC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTCAAGATCATATCTAGAAGGAACTTTAAAGGCTATCTGGACGAATC  534

seq1  GGGTCGGCTTTCACGGCTCGACAGTGTGAAGAGTTTACTTAAGCAAATCA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTCGGCTTTCACGGCTCGACAGTGTGAAGAGTTTACTTAAGCAAATCA  584

seq1  GGCATACGTTGTTATCAGTCTAATGTACTATACATTGCATTAATAAGCCC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCATACGTTGTTATCAGTCTAATGTACTATACATTGCATTAATAAGCCC  634

seq1  ACTTCCTTACGTCTTAAGGAAAACCCTCAGTTGTATGCAAAAATGCAGAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTTACGTCTTAAGGAAAACCCTCAGTTGTATGCAAAAATGCAGAT  684

seq1  TTATATATATGTAAAGTTAAATAAGGAATTTGGATTCATTTACAAATTGA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATATATATGTAAAGTTAAATAAGGAATTTGGATTCATTTACAAATTGA  734

seq1  TCCTAATAAAATTCTAAATAAAAGTTCCTATAAAGAATGAAAAGACTTTA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAATAAAATTCTAAATAAAAGTTCCTATAAAGAATGAAAAGACTTTA  784

seq1  TAAAGAGAAAGGAATCCATTTCTGGATACACACAGAACTTTTCTGGACCC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAGAGAAAGGAATCCATTTCTGGATACACACAGAACTTTTCTGGACCC  834

seq1  TCACAAAAACAACGTACGCCTGCACTGAGACAAATTGTAAGGGAGAAGGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAAACAACGTACGCCTGCACTGAGACAAATTGTAAGGGAGAAGGC  884

seq1  TAGGGAAGTCACCAACGTGAGGTAGGCATTTCTCATTCACCTTCAAAATC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGAAGTCACCAACGTGAGGTAGGCATTTCTCATTCACCTTCAAAATC  934

seq1  CATGGGGATGAAGCTGTTATCACCCACCCCTCTGATGGTTGAGAAAAGTG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGATGAAGCTGTTATCACCCACCCCTCTGATGGTTGAGAAAAGTG  984

seq1  TTTTAGCCAAGAGCTCACAAGCTAGAACACACAGGTTTCACATAATTTAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGCCAAGAGCTCACAAGCTAGAACACACAGGTTTCACATAATTTAG  1034

seq1  TGGCATATTCAATGCAATTATCTGACTTTGTTTCTATAGCTAGCCTGAAT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATATTCAATGCAATTATCTGACTTTGTTTCTATAGCTAGCCTGAAT  1084

seq1  ATATATCACTTTCTTATTTAAAAATATATTAAATAGATTGAATTC  1142
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATCACTTTCTTATTTAAAAATATATTAAATAGATTGAATTC  1129

seq1: chr6_33939532_33940587
seq2: B6Ng01-277F21.g_63_1117

seq1  GAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATTGGATCTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATTGGATCTA  50

seq1  ATGTCCTCTTCTGGTATGTCAAGAACAGTGTGGTCATATACATAAAATAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCCTCTTCTGGTATGTCAAGAACAGTGTGGTCATATACATAAAATAA  100

seq1  ATAGATACATTTTTTTAAAAAGGGGGGTACAACTTGTTAAAACAAAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGATACATTTTTTTAAAAAGGGGGGTACAACTTGTTAAAACAAAACAA  150

seq1  AGCAAAATGGGGTTTAAACCTCTTTCCACTCTCATTGCTTGTAGCCTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAAATGGGGTTTAAACCTCTTTCCACTCTCATTGCTTGTAGCCTTCA  200

seq1  GCTCTGTTCTGAAATGCAGCATTTTTGACAATGTAGCGGAGAGCTAGCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTGTTCTGAAATGCAGCATTTTTGACAATGTAGCGGAGAGCTAGCAC  250

seq1  AAGTCATAAGACCCAAGTAAGCCTGAAGGAGAAGGGACTGGGATGAGGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCATAAGACCCAAGTAAGCCTGAAGGAGAAGGGACTGGGATGAGGGG  300

seq1  TTGGCCTCCTGCCTGCCAGGAACCAGTAAAGAACTGAGCAGAAGACCCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGCCTCCTGCCTGCCAGGAACCAGTAAAGAACTGAGCAGAAGACCCCT  350

seq1  TCCCACAGCCTGAGCCAAGCCCACCAGAGAACCTCGGCAGAGCCACTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACAGCCTGAGCCAAGCCCACCAGAGAACCTCGGCAGAGCCACTGAG  400

seq1  CCAGAACCCCACACTCAGTCTACGCTTATTTAGCTCCTGGCCCTCAGACG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAACCCCACACTCAGTCTACGCTTATTTAGCTCCTGGCCCTCAGACG  450

seq1  CTGTTTAGCTCATAGAAGTCGTGTTTGTTGGTTCTGAAGCAGCTAGAGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGCTCATAGAAGTCGTGTTTGTTGGTTCTGAAGCAGCTAGAGCT  500

seq1  GCTGGAATGATTTGTTATGCAGAGATCATAACTAATACAAGCTAAGAGGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGAATGATTTGTTATGCAGAGATCATAACTAATACAAGCTAAGAGGG  550

seq1  AAAAATCCTCTAGACAATCAAAGGACAGAATTAAGTAGGAAAACATTACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATCCTCTAGACAATCAAAGGACAGAATTAAGTAGGAAAACATTACC  600

seq1  ACGCTGCTAATTGTGTTTTAATGCAAGGAAGACTTTCACATCCTCTGAGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGCTGCTAATTGTGTTTTAATGCAAGGAAGACTTTCACATCCTCTGAGC  650

seq1  GGAGCACAGTGGAATAGCTACCATTCTAAAGCACTCTGGCACTTGTCACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCACAGTGGAATAGCTACCATTCTAAAGCACTCTGGCACTTGTCACA  700

seq1  TGCAGATTTCAACCAAGATAGATGACAGCTGACTGGAGACAATGAATGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATTTCAACCAAGATAGATGACAGCTGACTGGAGACAATGAATGTG  750

seq1  GTTTCTCTCAGGTGCCTAGAGGGACTTTTCCACAGAGATGCCCTCTGCTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTCTCTCAGGTGCCTAGAGGGACTTTTCCACAGAGATGCCCTCTGCTT  800

seq1  TGAAACTTACTCACAGTTTGAGACCACCTCCACCATCTGTTTTCCAGAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTTACTCACAGTTTGAGACCACCTCCACCATCTGTTTTCCAGAAA  850

seq1  GGATCTAAAGTAGTCTGGATTATGAAATAGATGCATAAAGATTAAAAAAA  900
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATCT-AAGTAGTCTGGATTATGAAATAGATGCATAAAGATTAAAAAAA  899

seq1  TTAAAAGTAAGCCAGGTACAGTGGTATGTGCCGGTGACCCCATCACTCAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGTAAGCCAGGTACAGTGGTATGTGCCGGTGACCCCATCACTCAG  949

seq1  GAGGTAGAGGTAAGGGCATCAATCGAGTACAGAGACACAGTGAGACTTGT  1000
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTAGAGGTAAAGGCATCAATCGAGTACAGAGACACAGTGAGACTTGT  999

seq1  CTCAAAATGATCAAATCAAGGGCCTGGAGAGGTGGCTCAG-AGGTTC-AG  1048
      ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||
seq2  CTC-AAATGATC-AATCAAGGGCCTGGAGAGGTGGCTCAGAAGGTTCAAG  1047

seq1  AGCACTCA  1056
      ||||||||
seq2  AGCACTCA  1055