BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-279B22
Chromosome6 (Build37)
Map Location 93,613,385 - 93,739,236
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMagi1
Upstream genePrickle2, A730049H05Rik, LOC384461, LOC100043253, LOC665831
Downstream geneLOC100043262, LOC665856, Slc25a26, Lrig1, LOC625941
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-279B22.bB6Ng01-279B22.g
ACCGA079182GA079183
length8731,063
definitionB6Ng01-279B22.b B6Ng01-279B22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(93,613,385 - 93,614,252)(93,738,170 - 93,739,236)
sequence
gaattctgagaaagaccacaaaccgccctgaccttgctaggattctctgt
gatgttaataactgtgacgttaatagctgacccataagttcaaaatgtac
tattgctttgctgacaaaatcataataacccactatgggggcaagcaaag
tgagtcactaggccagaggtagtcactatgaaaaccaaccaatgcctgaa
aaggttacttgctacaccaattagaataagccagttaccctgttgctcaa
atctgccccttacaaaggtataaaaagtgtgttctttcattgttctgggt
ctctcccctggcctgcatgctgagaggggagtccccattatgttggaata
ataacgtgtggtttgtagcgatggtgatctctgtggtctttgtgagtgag
ggtcttgtgacaacacaactaatgtatcatgtagcactgcttatatcata
aacagtaattaagccctttattgcctacttgttctgtcttcttagagtct
gaattatcttcccagtgatgcttatgtctagcgtcttccataggcagtgt
aaagtcacaggaacacgcaattctttctgctctaagttctacaatggatc
acactttttctcagtctttgaacctagttgctgatgcagtagtggaccac
gcagaatactttcctcaaatctcaacttcattccattagtagaggaaggt
acacattttcatttatttcaaaggaatctagaaagagagacaaataaatt
cacaataaaaaatgaagagtcttctgcatacgagttatagttgttacgtt
ggtatttttggggggggggggggactcctaacactggggaaaaaatatct
ctgagttttttttttttattggg

gaattccagagctacgaggagccactcagggtaaatacttcttatctact
caatggtggtagaattatactgttggccaaagtacactattatttggaaa
cccataaacattaagaaagcaatttttgggactggagagacagatcagtg
agtatgtcttggctgctcaagattgaggagctaagttcaagtcactgata
ggagtaaaattaagactttaaagaactcacccgctaccttactttatgtc
catacattctttggtgaactgtctgaaacatggttcttgtatgaactgag
tctttttcaatttggtactttaaaaaaagtccctttaaatatatacctca
atcttgttgtttgtagcaaggaaccatattagtatttagtagtaggtctg
ggggtcttggggcacatttctgcatgggaagttcaacttccagaagaatg
tcagaaatgagtgtgtgttgacttctgtggagttaaggatgagtcttttt
attcttgctaattactcaatttatattgatatctattaatttcaagatga
tttctggtattgtttgatgacttttctgttctagatttctattaacctgt
acttttagatataagttgtgagacttgatttgaattggtttaagaaggaa
agtgattttaaggaatgaagcagttgagtagcctgatggacagccctggt
ttcagacatgaatcttaggcaatgtccaccacctttcctctctactcttc
tctgtgtaggtcttactaagacatatggcccctggcataccaagtgtaaa
tacctgtctgtctacctgattatctcagcatcaacaagctgccagttgct
ctaccagagtttgtacacctgatgtgctgcttagttttatgttagcttga
cacaagctagtcattgaagagagggactcttaagttaagaaaatgactcc
agtatgatttgcttgtagcaagtctgtagtgcattttcttggttaacatt
tgtatgtgaggccactgttctggggcagtgccacctcctgggcaggtgat
cctgggttatatc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_93613385_93614252
seq2: B6Ng01-279B22.b_43_915

seq1  GAATTCTGAGAAAGACCACAAACCGCCCTGACCTTGCTAGGATTCTCTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAGAAAGACCACAAACCGCCCTGACCTTGCTAGGATTCTCTGT  50

seq1  GATGTTAATAACTGTGACGTTAATAGCTGACCCATAAGTTCAAAATGTAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTTAATAACTGTGACGTTAATAGCTGACCCATAAGTTCAAAATGTAC  100

seq1  TATTGCTTTGCTGACAAAATCATAATAACCCACTATGGGGGCAAGCAAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGCTTTGCTGACAAAATCATAATAACCCACTATGGGGGCAAGCAAAG  150

seq1  TGAGTCACTAGGCCAGAGGTAGTCACTATGAAAACCAACCAATGCCTGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTCACTAGGCCAGAGGTAGTCACTATGAAAACCAACCAATGCCTGAA  200

seq1  AAGGTTACTTGCTACACCAATTAGAATAAGCCAGTTACCCTGTTGCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTACTTGCTACACCAATTAGAATAAGCCAGTTACCCTGTTGCTCAA  250

seq1  ATCTGCCCCTTACAAAGGTATAAAAAGTGTGTTCTTTCATTGTTCTGGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCCCCTTACAAAGGTATAAAAAGTGTGTTCTTTCATTGTTCTGGGT  300

seq1  CTCTCCCCTGGCCTGCATGCTGAGAGGGGAGTCCCCATTATGTTGGAATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCCTGGCCTGCATGCTGAGAGGGGAGTCCCCATTATGTTGGAATA  350

seq1  ATAACGTGTGGTTTGTAGCGATGGTGATCTCTGTGGTCTTTGTGAGTGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACGTGTGGTTTGTAGCGATGGTGATCTCTGTGGTCTTTGTGAGTGAG  400

seq1  GGTCTTGTGACAACACAACTAATGTATCATGTAGCACTGCTTATATCATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCTTGTGACAACACAACTAATGTATCATGTAGCACTGCTTATATCATA  450

seq1  AACAGTAATTAAGCCCTTTATTGCCTACTTGTTCTGTCTTCTTAGAGTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGTAATTAAGCCCTTTATTGCCTACTTGTTCTGTCTTCTTAGAGTCT  500

seq1  GAATTATCTTCCCAGTGATGCTTATGTCTAGCGTCTTCCATAGGCAGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTATCTTCCCAGTGATGCTTATGTCTAGCGTCTTCCATAGGCAGTGT  550

seq1  AAAGTCACAGGAACACGCAATTCTTTCTGCTCTAAGTTCTACAATGGATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTCACAGGAACACGCAATTCTTTCTGCTCTAAGTTCTACAATGGATC  600

seq1  ACACTTTTTCTCAGTCTTTGAACCTAGTTGCTGATGCAGTAGTGGACCAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTTTTCTCAGTCTTTGAACCTAGTTGCTGATGCAGTAGTGGACCAC  650

seq1  GCAGAATACTTTCCTCAAATCTCAACTTCATTCCATTAGTAGAGGAAGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATACTTTCCTCAAATCTCAACTTCATTCCATTAGTAGAGGAAGGT  700

seq1  ACACATTTTCATTTATTTCAAAGGAATCTAGAAAGAGAGACAAATAAATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATTTTCATTTATTTCAAAGGAATCTAGAAAGAGAGACAAATAAATT  750

seq1  CACAATAAAAAATGAAGAGTCTTCTGCATACGAGTTATAGTTGTTACGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAATAAAAAATGAAGAGTCTTCTGCATACGAGTTATAGTTGTTACGTT  800

seq1  GGTATTTTT---GGGGGGGGGGGACTCCTAACAGT-GGGAGAGAGTATCT  846
      |||||||||   ||||||||||||||||||||| | |||| | | |||||
seq2  GGTATTTTTGGGGGGGGGGGGGGACTCCTAACACTGGGGAAAAAATATCT  850

seq1  CTGAG-TCTTTTTTTTTCTTGGG  868
      ||||| | ||||||||| |||||
seq2  CTGAGTTTTTTTTTTTTATTGGG  873


seq1: chr6_93738170_93739236
seq2: B6Ng01-279B22.g_64_1126 (reverse)

seq1  GATATAACCCAGGATCACCTGCCCAGGA-GTGGCACTGCCCCCAGACAGT  49
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||
seq2  GATATAACCCAGGATCACCTGCCCAGGAGGTGGCACTGCCCCAGAACAGT  50

seq1  TGGCCCTCACATACCAATTGTTAACCAAGAAAATGCACTACAGACTTGCC  99
        | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  --GGCCTCACATA-CAAATGTTAACCAAGAAAATGCACTACAGACTTG-C  96

seq1  TACAAGCAAATCATACTGGAGTCATTTTCTTAACTTAAGAGTCCCTCTTC  149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACAAGCAAATCATACTGGAGTCATTTTCTTAACTTAAGAGTCCCTC-TC  145

seq1  TTCAATGACTAGCTTGTGTCAAGCTAACATAAAACTAAGCAGCACATCAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATGACTAGCTTGTGTCAAGCTAACATAAAACTAAGCAGCACATCAG  195

seq1  GTGTACAAACTCTGGTAGAGCAACTGGCAGCTTGTTGATGCTGAGATAAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTACAAACTCTGGTAGAGCAACTGGCAGCTTGTTGATGCTGAGATAAT  245

seq1  CAGGTAGACAGACAGGTATTTACACTTGGTATGCCAGGGGCCATATGTCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGACAGACAGGTATTTACACTTGGTATGCCAGGGGCCATATGTCT  295

seq1  TAGTAAGACCTACACAGAGAAGAGTAGAGAGGAAAGGTGGTGGACATTGC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGACCTACACAGAGAAGAGTAGAGAGGAAAGGTGGTGGACATTGC  345

seq1  CTAAGATTCATGTCTGAAACCAGGGCTGTCCATCAGGCTACTCAACTGCT  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGATTCATGTCTGAAACCAGGGCTGTCCATCAGGCTACTCAACTGCT  395

seq1  TCATTCCTTAAAATCACTTTCCTTCTTAAACCAATTCAAATCAAGTCTCA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCTTAAAATCACTTTCCTTCTTAAACCAATTCAAATCAAGTCTCA  445

seq1  CAACTTATATCTAAAAGTACAGGTTAATAGAAATCTAGAACAGAAAAGTC  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACTTATATCTAAAAGTACAGGTTAATAGAAATCTAGAACAGAAAAGTC  495

seq1  ATCAAACAATACCAGAAATCATCTTGAAATTAATAGATATCAATATAAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAACAATACCAGAAATCATCTTGAAATTAATAGATATCAATATAAAT  545

seq1  TGAGTAATTAGCAAGAATAAAAAGACTCATCCTTAACTCCACAGAAGTCA  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTAATTAGCAAGAATAAAAAGACTCATCCTTAACTCCACAGAAGTCA  595

seq1  ACACACACTCATTTCTGACATTCTTCTGGAAGTTGAACTTCCCATGCAGA  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACTCATTTCTGACATTCTTCTGGAAGTTGAACTTCCCATGCAGA  645

seq1  AATGTGCCCCAAGACCCCCAGACCTACTACTAAATACTAATATGGTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCCCCAAGACCCCCAGACCTACTACTAAATACTAATATGGTTCCT  695

seq1  TGCTACAAACAACAAGATTGAGGTATATATTTAAAGGGACTTTTTTTAAA  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTACAAACAACAAGATTGAGGTATATATTTAAAGGGACTTTTTTTAAA  745

seq1  GTACCAAATTGAAAAAGACTCAGTTCATACAAGAACCATGTTTCAGACAG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCAAATTGAAAAAGACTCAGTTCATACAAGAACCATGTTTCAGACAG  795

seq1  TTCACCAAAGAATGTATGGACATAAAGTAAGGTAGCGGGTGAGTTCTTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCACCAAAGAATGTATGGACATAAAGTAAGGTAGCGGGTGAGTTCTTTA  845

seq1  AAGTCTTAATTTTACTCCTATCAGTGACTTGAACTTAGCTCCTCAATCTT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCTTAATTTTACTCCTATCAGTGACTTGAACTTAGCTCCTCAATCTT  895

seq1  GAGCAGCCAAGACATACTCACTGATCTGTCTCTCCAGTCCCAAAAATTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCAGCCAAGACATACTCACTGATCTGTCTCTCCAGTCCCAAAAATTGC  945

seq1  TTTCTTAATGTTTATGGGTTTCCAAATAATAGTGTACTTTGGCCAACAGT  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTAATGTTTATGGGTTTCCAAATAATAGTGTACTTTGGCCAACAGT  995

seq1  ATAATTCTACCACCATTGAGTAGATAAGAAGTATTTACCCTGAGTGGCTC  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTCTACCACCATTGAGTAGATAAGAAGTATTTACCCTGAGTGGCTC  1045

seq1  CTCGTAGCTCTGGAATTC  1067
      ||||||||||||||||||
seq2  CTCGTAGCTCTGGAATTC  1063


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |