BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-280F15
Chromosome6 (Build37)
Map Location 28,813,649 - 28,985,273
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSnd1, LOC100041367
Upstream geneGrm8, 6530409C15Rik, AA407452, LOC100041304, LOC384360, Gcc1, Arf5, Fscn3, Pax4, LOC100041350, Lrrc4
Downstream geneLep, Rbm28, D330027H18Rik, Impdh1, 2310016C08Rik, AI507611, BC048651, Calu, Opn1sw, 4921511K06Rik, Flnc, Atp6v1f, EG668210, Crim2, Irf5, Tnpo3, Tspan33, Smo, 4631427C17Rik, D330017J20Rik, 1700023L04Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-280F15.bB6Ng01-280F15.g
ACCGA080100GA080101
length863663
definitionB6Ng01-280F15.b B6Ng01-280F15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(28,813,649 - 28,814,506)(28,984,611 - 28,985,273)
sequence
gaattctcagctaagatcaagaaaaagccaagattgaagatcagagatct
aaaaacagactgtttcaaaaagataggggttgcttagcttggtcagatca
tttgaaaggtcagaaatgatgaagtctgcaaagaaattatgaaaatggca
atgaagaggtcctgagtgaccttgtgaggtaacagtgactgtaggaactg
gtccattggacagggagagtgggatggagggagtgggcacttgcagaaag
ctctggatgaggggagaaaggtgggcaggccgggttaagatctggatggt
ggtgatgggcagtagccagaaaggcagtgtagaaggtaagtgacagaagc
aggtatctacggtgacctaaaggagagagtgtatgccttgtgggtttctt
tttccctttaaaatggatgaagagagccaggtgtggtggcacacaccttt
aatcccagcacttgggaggcagaggcaggtggatttctgagttcgaggac
agccagggctacagagaaaccctgtctcaaaaaaaacaaaaaaaaacaaa
aaaaatggatggagaggaaagaaataaccatggatgccaatctaagtggg
tgtttcagtctaagcaaagtagagggcctctcagtgacattgcccgcagt
gtgtttgggtaaaggagcttgagaattgggggtctccgatggaaaactgc
cattttgaacatgacctgtaggacatctagttacttatagtccatgcaag
agatttgctagccttgggcacttgctacatagatcatacacacattgatt
tccctactccaaaattaggctgaaacctagttccgtgttccttcaaagca
tgttatagctttt
gaattctcttaggagctaggtctacaagagaaaagggaatccacagtcag
agtcagagcgatggcagctcccgatgctgcccaagcttgtgctgggtgct
ctatctggactggccatttgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtctgtc
tgtctgtctatcatctatctatctacaaaggttataaggcatcaaaggct
acctcctgtctgacctgagtggcacaccccagggagcttccctccagagg
ccaaattgaggagtctaaaggggcagagcagaaaatgtttataattccaa
gttcatgaccaggatgtgacatttcagggggaagatggtgatcaattagc
accttatagaatgctggatttaatagaaatcttttttttaaagatttgtt
tatttattctatgtatatgagtacactgatgctgtcttcagacacaccca
aagagggcatcagatcccattacagatgattgtgagccaccatgtagttg
ctgggaattgaactcaggatctctgaaagagcagccagtgctcttaacca
ctgagccctctctccagcctcttaatagtaatctttaagaccaataggaa
agaaagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagagaggg
agagggagaggga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_28813649_28814506
seq2: B6Ng01-280F15.b_35_897

seq1  GAATTCTCAGCTAAGATCAAGAAAAAGCCAAGATTGAAGATCAGAGATCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCTAAGATCAAGAAAAAGCCAAGATTGAAGATCAGAGATCT  50

seq1  AAAAACAGACTGTTTCAAAAAGATAGGGGTTGCTTAGCTTGGTCAGATCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACAGACTGTTTCAAAAAGATAGGGGTTGCTTAGCTTGGTCAGATCA  100

seq1  TTTGAAAGGTCAGAAATGATGAAGTCTGCAAAGAAATTATGAAAATGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAAAGGTCAGAAATGATGAAGTCTGCAAAGAAATTATGAAAATGGCA  150

seq1  ATGAAGAGGTCCTGAGTGACCTTGTGAGGTAACAGTGACTGTAGGAACTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGGTCCTGAGTGACCTTGTGAGGTAACAGTGACTGTAGGAACTG  200

seq1  GTCCATTGGACAGGGAGAGTGGGATGGAGGGAGTGGGCACTTGCAGAAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATTGGACAGGGAGAGTGGGATGGAGGGAGTGGGCACTTGCAGAAAG  250

seq1  CTCTGGATGAGGGGAGAAAGGTGGGCAGGCCGGGTTAAGATCTGGATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGATGAGGGGAGAAAGGTGGGCAGGCCGGGTTAAGATCTGGATGGT  300

seq1  GGTGATGGGCAGTAGCCAGAAAGGCAGTGTAGAAGGTAAGTGACAGAAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGGCAGTAGCCAGAAAGGCAGTGTAGAAGGTAAGTGACAGAAGC  350

seq1  AGGTATCTACGGTGACCTAAAGGAGAGAGTGTATGCCTTGTGGGTTTCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTATCTACGGTGACCTAAAGGAGAGAGTGTATGCCTTGTGGGTTTCTT  400

seq1  TTTCCCTTTAAAATGGATGAAGAGAGCCAGGTGTGGTGGCACACACCTTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCCTTTAAAATGGATGAAGAGAGCCAGGTGTGGTGGCACACACCTTT  450

seq1  AATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGAC  500

seq1  AGCCAGGGCTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGGGCTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAACAAAAAAAAACAAA  550

seq1  AAAAATGGATGGAGAGGAAAGAAATAACCATGGATGCCAATCTAAGTGGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATGGATGGAGAGGAAAGAAATAACCATGGATGCCAATCTAAGTGGG  600

seq1  TG-TTCAGTCTAAGCAAAGTAGAGGGCCTCTCAGTGACATTGCCCGCAGT  649
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCAGTCTAAGCAAAGTAGAGGGCCTCTCAGTGACATTGCCCGCAGT  650

seq1  GTG-TTGGGTAAAGGAGCTTGAGAATTGGGGGTCTCCGATGGAAAACTGC  698
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTGGGTAAAGGAGCTTGAGAATTGGGGGTCTCCGATGGAAAACTGC  700

seq1  CA-TTTGAACATGACCTGTAGGACATCTAGTTACTTATAGTCCATGCAAG  747
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGAACATGACCTGTAGGACATCTAGTTACTTATAGTCCATGCAAG  750

seq1  AGATTTGCTAGCCTTGGGCACTTGCTACATAGATCATACACACATTGATT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTGCTAGCCTTGGGCACTTGCTACATAGATCATACACACATTGATT  800

seq1  T-CCTACTACAAAAATAGGCTGAAACCTAGCTCCGTGTTCCTTCAAGGCA  846
      | |||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||
seq2  TCCCTACTCCAAAATTAGGCTGAAACCTAGTTCCGTGTTCCTTCAAAGCA  850

seq1  -GGTATAGCTTTT  858
       | ||||||||||
seq2  TGTTATAGCTTTT  863

seq1: chr6_28984611_28985273
seq2: B6Ng01-280F15.g_68_730 (reverse)

seq1  TCCCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCTCCCTCTCCCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTC  50

seq1  TCTCTCTCTTTCTTTCCTATTGGTCTTAAAGATTACTATTAAGAGGCTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTCTCTTTCTTTCCTATTGGTCTTAAAGATTACTATTAAGAGGCTGG  100

seq1  AGAGAGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTTCAGAGATCCTGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTTCAGAGATCCTGA  150

seq1  GTTCAATTCCCAGCAACTACATGGTGGCTCACAATCATCTGTAATGGGAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCAATTCCCAGCAACTACATGGTGGCTCACAATCATCTGTAATGGGAT  200

seq1  CTGATGCCCTCTTTGGGTGTGTCTGAAGACAGCATCAGTGTACTCATATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATGCCCTCTTTGGGTGTGTCTGAAGACAGCATCAGTGTACTCATATA  250

seq1  CATAGAATAAATAAACAAATCTTTAAAAAAAAGATTTCTATTAAATCCAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAATAAATAAACAAATCTTTAAAAAAAAGATTTCTATTAAATCCAG  300

seq1  CATTCTATAAGGTGCTAATTGATCACCATCTTCCCCCTGAAATGTCACAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCTATAAGGTGCTAATTGATCACCATCTTCCCCCTGAAATGTCACAT  350

seq1  CCTGGTCATGAACTTGGAATTATAAACATTTTCTGCTCTGCCCCTTTAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGTCATGAACTTGGAATTATAAACATTTTCTGCTCTGCCCCTTTAGA  400

seq1  CTCCTCAATTTGGCCTCTGGAGGGAAGCTCCCTGGGGTGTGCCACTCAGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCAATTTGGCCTCTGGAGGGAAGCTCCCTGGGGTGTGCCACTCAGG  450

seq1  TCAGACAGGAGGTAGCCTTTGATGCCTTATAACCTTTGTAGATAGATAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGACAGGAGGTAGCCTTTGATGCCTTATAACCTTTGTAGATAGATAGA  500

seq1  TGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAAATGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAAATGG  550

seq1  CCAGTCCAGATAGAGCACCCAGCACAAGCTTGGGCAGCATCGGGAGCTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTCCAGATAGAGCACCCAGCACAAGCTTGGGCAGCATCGGGAGCTGC  600

seq1  CATCGCTCTGACTCTGACTGTGGATTCCCTTTTCTCTTGTAGACCTAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGCTCTGACTCTGACTGTGGATTCCCTTTTCTCTTGTAGACCTAGCT  650

seq1  CCTAAGAGAATTC  663
      |||||||||||||
seq2  CCTAAGAGAATTC  663