BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-282A06
Chromosome6 (Build37)
Map Location 3,025,641 - 3,123,399
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100039896
Upstream geneLOC100039885
Downstream geneLOC100040185, EG667335, Samd9l, AI987662, Ccdc132, Calcr, LOC100039942, Tfpi2, Gngt1, Gng11, 4930528H21Rik, Bet1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-282A06.bB6Ng01-282A06.g
ACCGA081343GA081344
length1,1691,066
definitionB6Ng01-282A06.b B6Ng01-282A06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(3,122,218 - 3,123,399)(3,025,641 - 3,026,703)
sequence
gaattcctacctggctctgtgctcttctggtctggtctgtatcttcagca
cactgctctccactctggtatcatcctccagggaccacagtgcctacaag
agcactggaaacacacaaaaggaaaggccctgttaggagaaatctacagg
acccatgctggtctgtgctggcacaggccttcaggctgattctgccagag
taatccattgctccattcacacacccttttctagcacccttgcccagcct
caggacactgtcttctgctgtcagcatgtagtccaactttgaaggactcc
acttaggagggaagacaggattggatttttctctaagacagtagctacat
tgccaccaaacccctgagcatggatagtaatttgttgaggtaagggggca
gtcttaaaagtacaaaataactatgggctttcccacctacacaccatttc
ctgaataattacttggaggcttattattaatgtaaaaggcctaggccaca
acttaggcttgtttcctgtctagcttgtaacatatttaacccacttaaac
tataatatgtctgacaagaggcaaattacctctccttgatttcctgtgtc
aatcttccttggagtttgtccagagtaaatctcccacctctgactatctc
ctgtagttacaatccctctactggaacccccccccccactcgatttcctg
gcctttgctgataagtttaactcctggtacacagggtgactcacaacagc
tctaatttcagctccatgtatacatcacctctgtcctccatggctacttt
tactcacatgcatttgaaaaagttgcatctccgacatttatggtaacacc
acctttggctgtctatagaattccacaaaggaatctgatggagagtacaa
gccatgagactcagaagacaaaacccataccctaatagcaataattgtaa
ccaagtacatttctttatggtgtgctctagagataatctcttgtgtactg
tctggagtaatatatgtcattaaaagatgctgctgtgagtctcatcagca
tgctactctgtgatgagggtaggacagttttcacaatcatagaaagataa
cactgtatcataaattaaatccctaactttgcatgtcgaagtgaagacaa
gtattttttggttataggc

gaattccactgtatgtgtatagaataatttatacacattgggtatagaat
catgaaatgcttttagcatgaactatcctgaaggaggttgctgtgagttt
tgctttaattgaattccagtgcacataggaatgcttttcaaagaagcagc
ttctgtgaagcatcactacacattggaatttgcctttcttaataaaactt
cagaacatttaaaaatgactataatagtagcaatgtttccagtagaagta
tcagagggctgctctttgatctaatttcattcatatcatgcaggcagaat
ttaacattgatttttaatacatgttttgaaaaataatataattctatttt
ctcgtggctgctcctaaaacatgaagaaatatgtatttttctttatgatt
tttgttcacaaaaaatatttttcccaaaaaaaaatttactctggggctat
agagatagaagacaagaacaactcttgtttctgtggagcactcagttgag
tccccagaaccaacttggtagataagtcgtcctaggtgatctcaaaccca
ctttcggactcgatggccactactcaggcatgtgttgcagatacacttgt
atgcacaagatattcatacacattaaagacaatataaaaaagctatctac
cttgtcactggatagcttcttccttttgagttccatcagcaataactcag
aatcctgacaaattctaaatgcttaaacagacagaaatgtcttcttcctg
tttgctgaaaccttttgagtacctgcagtagaaagacagggcatcaagtg
gagggatggggttgcgaccccatagtcaaaaactctgatcccagaattgt
ttcctgtctaaaagaaatgaagggattaaaaatgaggagagccttaggga
aaggaaggttcagtaaccggcccaaattgaatccagttcaggggaggccc
aaacatgacactattacctgatgctatggtggtgcttaaaaacaggagcc
ttagcatgactgcctctctaagtccaacaagcaagataaaagagttagaa
tgcagatctttgcacc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_3122218_3123399
seq2: B6Ng01-282A06.b_44_1212 (reverse)

seq1  GCCTATAACC-AAAAATAATTGTCTATCACCTTCTGACATTGGAAAAATT  49
      |||||||||| ||||||| |||||| ||| |||| |||||  | ||| ||
seq2  GCCTATAACCAAAAAATACTTGTCT-TCA-CTTC-GACAT--GCAAAGTT  45

seq1  AAGAATTTATTTAATTGATACAGTTGTTATCTTTCTATGATTGTGAAAAC  99
      | | ||||| || | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATTTAATTTA-TGATACAG-TGTTATCTTTCTATGATTGTGAAAAC  93

seq1  TTGGTCTACCCTCATCACAGAGTTAGGCAATGGCTGATGAGACTCACAGC  149
       ||  ||||||||||||||||||   |||   ||||||||||||||||||
seq2  -TGTCCTACCCTCATCACAGAGT--AGCA--TGCTGATGAGACTCACAGC  138

seq1  AGCATCTTTTAATTGACATATATTACCTCCAGACAGTACACAAGAGATTA  199
      |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCATCTTTTAA-TGACATATATTA-CTCCAGACAGTACACAAGAGATTA  186

seq1  TCTCTAGAGCACACCATAAAGAAATGTACTTGGTTACAATTATTGCTATT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTAGAGCACACCATAAAGAAATGTACTTGGTTACAATTATTGCTATT  236

seq1  AGGGTATGGGTTTTGTCTTCTGAGTCTCATGGCTTGTACTCTCCATCAGA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTATGGGTTTTGTCTTCTGAGTCTCATGGCTTGTACTCTCCATCAGA  286

seq1  TTCCTTTGTGGAATTCTATAGACAGCCAAAGGTGGTGTTACCATAAATGT  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTTTGTGGAATTCTATAGACAGCCAAAGGTGGTGTTACCATAAATGT  336

seq1  CGGAGATGCAACTTTTTCAAATGCATGTGAGTAAAAGTAGCCATGGAGGA  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGAGATGCAACTTTTTCAAATGCATGTGAGTAAAAGTAGCCATGGAGGA  386

seq1  CAGAGGTGATGTATACATGGAGCTGAAATTAGAGCTGTTGTGAGTCACCC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGGTGATGTATACATGGAGCTGAAATTAGAGCTGTTGTGAGTCACCC  436

seq1  TGTGTACCAGGAGTTAAACTTATCAGCAAAGGCCAGGAAATCGAGTGGGG  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTACCAGGAGTTAAACTTATCAGCAAAGGCCAGGAAATCGAGTGGGG  486

seq1  GGGGGGGTTCCAGTAGAGGGATTGTAACTACAGGAGATAGTCAGAGGTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGTTCCAGTAGAGGGATTGTAACTACAGGAGATAGTCAGAGGTGG  536

seq1  GAGATTTACTCTGGACAAACTCCAAGGAAGATTGACACAGGAAATCAAGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATTTACTCTGGACAAACTCCAAGGAAGATTGACACAGGAAATCAAGG  586

seq1  AGAGGTAATTTGCCTCTTGTCAGACATATTATAGTTTAAGTGGGTTAAAT  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGTAATTTGCCTCTTGTCAGACATATTATAGTTTAAGTGGGTTAAAT  636

seq1  ATGTTACAAGCTAGACAGGAAACAAGCCTAAGTTGTGGCCTAGGCCTTTT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTACAAGCTAGACAGGAAACAAGCCTAAGTTGTGGCCTAGGCCTTTT  686

seq1  ACATTAATAATAAGCCTCCAAGTAATTATTCAGGAAATGGTGTGTAGGTG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTAATAATAAGCCTCCAAGTAATTATTCAGGAAATGGTGTGTAGGTG  736

seq1  GGAAAGCCCATAGTTATTTTGTACTTTTAAGACTGCCCCCTTACCTCAAC  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGCCCATAGTTATTTTGTACTTTTAAGACTGCCCCCTTACCTCAAC  786

seq1  AAATTACTATCCATGCTCAGGGGTTTGGTGGCAATGTAGCTACTGTCTTA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACTATCCATGCTCAGGGGTTTGGTGGCAATGTAGCTACTGTCTTA  836

seq1  GAGAAAAATCCAATCCTGTCTTCCCTCCTAAGTGGAGTCCTTCAAAGTTG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAAATCCAATCCTGTCTTCCCTCCTAAGTGGAGTCCTTCAAAGTTG  886

seq1  GACTACATGCTGACAGCAGAAGACAGTGTCCTGAGGCTGGGCAAGGGTGC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACATGCTGACAGCAGAAGACAGTGTCCTGAGGCTGGGCAAGGGTGC  936

seq1  TAGAAAAGGGTGTGTGAATGGAGCAATGGATTACTCTGGCAGAATCAGCC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAAAAGGGTGTGTGAATGGAGCAATGGATTACTCTGGCAGAATCAGCC  986

seq1  TGAAGGCCTGTGCCAGCACAGACCAGCATGGGTCCTGTAGATTTCTCCTA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGGCCTGTGCCAGCACAGACCAGCATGGGTCCTGTAGATTTCTCCTA  1036

seq1  ACAGGGCCTTTCCTTTTGTGTGTTTCCAGTGCTCTTGTAGGCACTGTGGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGGCCTTTCCTTTTGTGTGTTTCCAGTGCTCTTGTAGGCACTGTGGT  1086

seq1  CCCTGGAGGATGATACCAGAGTGGAGAGCAGTGTGCTGAAGATACAGACC  1149
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGAGGATGATACCAGAGTGGAGAGCAGTGTGCTGAAGATACAGACC  1136

seq1  AGACCAGAAGAGCACAGAGCCAGGTAGGAATTC  1182
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCAGAAGAGCACAGAGCCAGGTAGGAATTC  1169


seq1: chr6_3025641_3026703
seq2: B6Ng01-282A06.g_68_1133

seq1  GAATTCCACTGTATGTGTATAGAATAATTTATACACATTGGGTATAGAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCACTGTATGTGTATAGAATAATTTATACACATTGGGTATAGAAT  50

seq1  CATGAAATGCTTTTAGCATGAACTATCCTGAAGGAGGTTGCTGTGAGTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGAAATGCTTTTAGCATGAACTATCCTGAAGGAGGTTGCTGTGAGTTT  100

seq1  TGCTTTAATTGAATTCCAGTGCACATAGGAATGCTTTTCAAAGAAGCAGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTAATTGAATTCCAGTGCACATAGGAATGCTTTTCAAAGAAGCAGC  150

seq1  TTCTGTGAAGCATCACTACACATTGGAATTTGCCTTTCTTAATAAAACTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTGAAGCATCACTACACATTGGAATTTGCCTTTCTTAATAAAACTT  200

seq1  CAGAACATTTAAAAATGACTATAATAGTAGCAATGTTTCCAGTAGAAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAACATTTAAAAATGACTATAATAGTAGCAATGTTTCCAGTAGAAGTA  250

seq1  TCAGAGGGCTGCTCTTTGATCTAATTTCATTCATATCATGCAGGCAGAAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGGGCTGCTCTTTGATCTAATTTCATTCATATCATGCAGGCAGAAT  300

seq1  TTAACATTGATTTTTAATACATGTTTTGAAAAATAATATAATTCTATTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACATTGATTTTTAATACATGTTTTGAAAAATAATATAATTCTATTTT  350

seq1  CTCGTGGCTGCTCCTAAAACATGAAGAAATATGTATTTTTCTTTATGATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGTGGCTGCTCCTAAAACATGAAGAAATATGTATTTTTCTTTATGATT  400

seq1  TTTGTTCACAAAAAATATTTTTCCCAAAAAAAAATTTACTCTGGGGCTAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTCACAAAAAATATTTTTCCCAAAAAAAAATTTACTCTGGGGCTAT  450

seq1  AGAGATAGAAGACAAGAACAACTCTTGTTTCTGTGGAGCACTCAGTTGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATAGAAGACAAGAACAACTCTTGTTTCTGTGGAGCACTCAGTTGAG  500

seq1  TCCCCAGAACCAACTTGGTAGATAAGTCGTCCTAGGTGATCTCAAACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGAACCAACTTGGTAGATAAGTCGTCCTAGGTGATCTCAAACCCA  550

seq1  CTTTCGGACTCGATGGCCACTACTCAGGCATGTGTTGCAGATACACTTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCGGACTCGATGGCCACTACTCAGGCATGTGTTGCAGATACACTTGT  600

seq1  ATGCACAAGATATTCATACACATTAAAGACAATATAAAAAAGCTATCTAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCACAAGATATTCATACACATTAAAGACAATATAAAAAAGCTATCTAC  650

seq1  CTTGTCACTGGATAGCTTCTTCCTTTTGAGTTCCATCAGCAATAACTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGTCACTGGATAGCTTCTTCCTTTTGAGTTCCATCAGCAATAACTCAG  700

seq1  AATCCTGACAAATTCTAAATGCTTAAACAGACAGAAATGTCTTCTTCCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCTGACAAATTCTAAATGCTTAAACAGACAGAAATGTCTTCTTCCTG  750

seq1  TTTGCTGAAACCTTTTGAGTACCTGCAGTAGAAAGACAGGGCATCAAGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTGAAACCTTTTGAGTACCTGCAGTAGAAAGACAGGGCATCAAGTG  800

seq1  GAGGGATGGGGTTGCGACCCCATAGTCAAAAACTCTGAT-CCAGAATTG-  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| 
seq2  GAGGGATGGGGTTGCGACCCCATAGTCAAAAACTCTGATCCCAGAATTGT  850

seq1  TTCCTGTCTAAAAGAAATGAAGGGATAAAAAATGAGGAGAGCCTAAGGGA  898
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||
seq2  TTCCTGTCTAAAAGAAATGAAGGGATTAAAAATGAGGAGAGCCTTAGGGA  900

seq1  AAGG-AGGTTCAGTAACCGGCCCAAATTGAAATCCAGTTCAGGGGGAGGC  947
      |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| 
seq2  AAGGAAGGTTCAGTAACCGGCCCAAATTG-AATCCAGTTCA-GGGGAGG-  947

seq1  CCCAAACATGACACTATTA-CTGATGCTATGGT-GTGCTTAAAAACAGGA  995
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CCCAAACATGACACTATTACCTGATGCTATGGTGGTGCTTAAAAACAGGA  997

seq1  GCC-TAGCATGACTGCCCTCTCAAAGGCCCAACAAGC-AGATAAAAGAGT  1043
      ||| ||||||||||| |||||| || | ||||||||| ||||||||||||
seq2  GCCTTAGCATGACTG-CCTCTCTAA-GTCCAACAAGCAAGATAAAAGAGT  1045

seq1  CAG-ATGCAGATACTTGCACC  1063
       || ||||||||  |||||||
seq2  TAGAATGCAGATCTTTGCACC  1066


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |