BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286B17
Chromosome6 (Build37)
Map Location 31,080,060 - 31,184,295
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100038973, AB041803
Upstream geneNrf1, Ube2h, Zc3hc1, 2410127E18Rik, 2700094F01Rik, 1700025E21Rik, Cpa2, Cpa4, Cpa5, Cpa1, Tsga14, Mest, Copg2, Copg2, Tsga13, Klf14
Downstream geneMkln1, Podxl, EG619959, LOC620104, 1700012A03Rik, Plxna4
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286B17.bB6Ng01-286B17.g
ACCGA084386GA084387
length1,1231,122
definitionB6Ng01-286B17.b B6Ng01-286B17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,183,161 - 31,184,295)(31,080,060 - 31,081,199)
sequence
gaattcaagttgtgccaactttatttaatgcttgctcctcagcagaacga
tattgtcagttgattctatataaattgaagtttgccattactccctatgt
tatgtccctgtgccactaatttggtcatctgtattgggaaaacattattg
atgttgccatcgaaggctcacaagacacgctagaaattgataatacatag
ccaatggagagagggtaggaaccaaagctggagtaggagtgctccatatg
gcattgctagtgaatacagaggccagcctggaacaggaaagctgggccgt
gaaaggcctgttgtctcacaccacgataaaaacgcaggaagcttttatca
tgaaggagatcagccttattctagcaggtctctcatgagggcacctgcaa
tgtgcctcacgggggagaacacatctggtgtcagcagtagaatacagatg
cctgtgcatggcagctagacagagctgagatcaacaagacattcagccat
ggtgaaacaggctagtgctcagagaagcaggccactggcggaagactggc
gttcgacacacaacgcccaaaggcagagggagggacagagcttgtgtggc
cgaagctcagaattagtagggaccataatatatgcaacctttaggtgtct
gtttggaagggagaatcatgtatttttcaacccagttacgattggcattt
aagtgctgcggtgagggatgctgtgaagctaggcccttaggtaggcggag
cttcataggcaactcagcagctggttgctatggacaactggccagctgcc
ttaccggaatgctccggtgacatatcgcttctgcttttattttcgcccaa
atgttccttatgaggcttgtgggtttctagacatggtctgtgactctgac
ttctaggttactctgccctgcctgactgtgcctctcgtgtgcgaagaagc
tgtatacctttatgttgctccacagcaacaactgctgaaacgtaccagtt
gttcctgtgtcccaaggagtagtgatttatatatacccccttatttatcc
cactctcgtagcagttattattatccccacttgatttaaggaaaatgaag
tcatatgccttatattatcagcc
gaattcatctttcctcaggaacatgactgccaggtaacctattccgagtc
tgacttcactcctggcgcatgcgtaatgctgtgtgaatgggtgtgaagag
caggtgtgcatccatggagcaatgctggccaccactggagcacagcacgc
tgagagaacctctcatgtgtctgtatgcaaatgtaagaagacttaaccgc
cgaggctggtgggcactgaggtgaacacacagtgtgtttctgccttggtg
tgactgaggactgtaccaaggtttttggctgcaactagtactcctaattg
aattacaaggaagaaagcacatgatcttagaaaaacacaaatagaattaa
aatgcagagcgaatacgtgagtctatttcacatgtatggaatcagaaaga
ctatggcttgaaaggtcatcaagaagagaggggagcaatgatcaaatcct
cccatgttaagtaagaaggtgctgggagtacaagactcttgtgaaaggct
ggccaaaggcaggtggtgtgtgagttggccatgtttgaccaaatgtgtgc
aaaccaaaagtctacaaccttggaaggcttttgtgtgttggtcctgctaa
gaagcagtttgccagggaagtggctattcagtctggctggtgactcaggt
ggttagaacacaggggcagggatcagaatggtgtcatggtgtgtggtcag
cctgtggtgtctgagcatgaacagctgtgaactttccacaggcttggggc
ctgctaaaaggcggcacaggccagagagtaaggcagcctagcagagcaat
gggctctttagacctctgttctccaataaaaaagactctttaggggagag
ttaaggagtacaatcggaaaacccttacgattagcatagctaattctaat
ttacttataagaatgattatggaatctcatgttatcattcttatccatct
taacatttcacattgccagagtgaattgaacagagcagtggttctcaccc
cttcggggacggattgaccttcaatggtgctagacatctgcatatgggca
ttatgattttacagtgcaaatttacaggttatgaaatagcacgaaatagt
ttttatgctggcggtcaccaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_31183161_31184295
seq2: B6Ng01-286B17.b_47_1169 (reverse)

seq1  GGCTGATTATATAAACCATATGAATTTCATTTTCCTTAATTCAAAGTGGG  50
      ||||||| ||||||  |||||| | |||||||||||||| || |||||||
seq2  GGCTGATAATATAAGGCATATG-ACTTCATTTTCCTTAAATC-AAGTGGG  48

seq1  GATAATAATAACTGCCTACGAAGGAGGTTGGGGATTAAATAAGGGGGTAT  100
      |||||||||||||| ||||||  |||  ||||   |||||||||||||||
seq2  GATAATAATAACTG-CTACGA--GAG--TGGG--ATAAATAAGGGGGTAT  91

seq1  ATATAAATCACCTACTCCTTGGGACACAGGGAACAACTGGTACGTTTCAG  150
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  ATATAAATCA-CTACTCCTTGGGACACA-GGAACAACTGGTACGTTTCAG  139

seq1  CAGTTGTTGCTGTGGAGCAACATAAAGGTATACAGCTTCTTCGCACACGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTTGCTGTGGAGCAACATAAAGGTATACAGCTTCTTCGCACACGA  189

seq1  GAGGCACAGTCAGGCAGGGCAGAGTAACCTAGAAGTCAGAGTCACAGACC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCACAGTCAGGCAGGGCAGAGTAACCTAGAAGTCAGAGTCACAGACC  239

seq1  ATGTCTAGAAACCCACAAGCCTCATAAGGAACATTTGGGCGAAAATAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTAGAAACCCACAAGCCTCATAAGGAACATTTGGGCGAAAATAAAA  289

seq1  GCAGAAGCGATATTGTCACCGGAGCATTCCGGTAAGGCAGCTGGCCAGTT  350
      |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAAGCGATA-TGTCACCGGAGCATTCCGGTAAGGCAGCTGGCCAGTT  338

seq1  GTCCATAGCAACCAGCTGCTGAGTTGCCTATGAAGCTCCGCCTACCTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCATAGCAACCAGCTGCTGAGTTGCCTATGAAGCTCCGCCTACCTAAG  388

seq1  GGCCTAGCTTCACAGCATCCCTCACCGCAGCACTTAAATGCCAATCGTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTAGCTTCACAGCATCCCTCACCGCAGCACTTAAATGCCAATCGTAA  438

seq1  CTGGGTTGAAAAATACATGATTCTCCCTTCCAAACAGACACCTAAAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGTTGAAAAATACATGATTCTCCCTTCCAAACAGACACCTAAAGGTT  488

seq1  GCATATATTATGGTCCCTACTAATTCTGAGCTTCGGCCACACAAGCTCTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATATTATGGTCCCTACTAATTCTGAGCTTCGGCCACACAAGCTCTG  538

seq1  TCCCTCCCTCTGCCTTTGGGCGTTGTGTGTCGAACGCCAGTCTTCCGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTCCCTCTGCCTTTGGGCGTTGTGTGTCGAACGCCAGTCTTCCGCCA  588

seq1  GTGGCCTGCTTCTCTGAGCACTAGCCTGTTTCACCATGGCTGAATGTCTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCCTGCTTCTCTGAGCACTAGCCTGTTTCACCATGGCTGAATGTCTT  638

seq1  GTTGATCTCAGCTCTGTCTAGCTGCCATGCACAGGCATCTGTATTCTACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGATCTCAGCTCTGTCTAGCTGCCATGCACAGGCATCTGTATTCTACT  688

seq1  GCTGACACCAGATGTGTTCTCCCCCGTGAGGCACATTGCAGGTGCCCTCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGACACCAGATGTGTTCTCCCCCGTGAGGCACATTGCAGGTGCCCTCA  738

seq1  TGAGAGACCTGCTAGAATAAGGCTGATCTCCTTCATGATAAAAGCTTCCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGACCTGCTAGAATAAGGCTGATCTCCTTCATGATAAAAGCTTCCT  788

seq1  GCGTTTTTATCGTGGTGTGAGACAACAGGCCTTTCACGGCCCAGCTTTCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTTTTTATCGTGGTGTGAGACAACAGGCCTTTCACGGCCCAGCTTTCC  838

seq1  TGTTCCAGGCTGGCCTCTGTATTCACTAGCAATGCCATATGGAGCACTCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCAGGCTGGCCTCTGTATTCACTAGCAATGCCATATGGAGCACTCC  888

seq1  TACTCCAGCTTTGGTTCCTACCCTCTCTCCATTGGCTATGTATTATCAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTCCAGCTTTGGTTCCTACCCTCTCTCCATTGGCTATGTATTATCAAT  938

seq1  TTCTAGCGTGTCTTGTGAGCCTTCGATGGCAACATCAATAATGTTTTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGCGTGTCTTGTGAGCCTTCGATGGCAACATCAATAATGTTTTCCC  988

seq1  AATACAGATGACCAAATTAGTGGCACAGGGACATAACATAGGGAGTAATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACAGATGACCAAATTAGTGGCACAGGGACATAACATAGGGAGTAATG  1038

seq1  GCAAACTTCAATTTATATAGAATCAACTGACAATATCGTTCTGCTGAGGA  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAACTTCAATTTATATAGAATCAACTGACAATATCGTTCTGCTGAGGA  1088

seq1  GCAAGCATTAAATAAAGTTGGCACAACTTGAATTC  1135
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGCATTAAATAAAGTTGGCACAACTTGAATTC  1123

seq1: chr6_31080060_31081199
seq2: B6Ng01-286B17.g_67_1188

seq1  GAATTCATCTTTCCTCAGGAACATGACTGCCAGGTAACCTATTCCGAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATCTTTCCTCAGGAACATGACTGCCAGGTAACCTATTCCGAGTC  50

seq1  TGACTTCACTCCTGGCGCATGCGTAATGCTGTGTGAATGGGTGTGAAGAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTTCACTCCTGGCGCATGCGTAATGCTGTGTGAATGGGTGTGAAGAG  100

seq1  CAGGTGTGCATCCATGGAGCAATGCTGGCCACCACTGGAGCACAGCACGC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTGTGCATCCATGGAGCAATGCTGGCCACCACTGGAGCACAGCACGC  150

seq1  TGAGAGAACCTCTCATGTGTCTGTATGCAAATGTAAGAAGACTTAACCGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGAACCTCTCATGTGTCTGTATGCAAATGTAAGAAGACTTAACCGC  200

seq1  CGAGGCTGGTGGGCACTGAGGTGAACACACAGTGTGTTTCTGCCTTGGTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGGCTGGTGGGCACTGAGGTGAACACACAGTGTGTTTCTGCCTTGGTG  250

seq1  TGACTGAGGACTGTACCAAGGTTTTTGGCTGCAACTAGTACTCCTAATTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGAGGACTGTACCAAGGTTTTTGGCTGCAACTAGTACTCCTAATTG  300

seq1  AATTACAAGGAAGAAAGCACATGATCTTAGAAAAACACAAATAGAATTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACAAGGAAGAAAGCACATGATCTTAGAAAAACACAAATAGAATTAA  350

seq1  AATGCAGAGCGAATACGTGAGTCTATTTCACATGTATGGAATCAGAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGCAGAGCGAATACGTGAGTCTATTTCACATGTATGGAATCAGAAAGA  400

seq1  CTATGGCTTGAAAGGTCATCAAGAAGAGAGGGGAGCAATGATCAAATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGCTTGAAAGGTCATCAAGAAGAGAGGGGAGCAATGATCAAATCCT  450

seq1  CCCATGTTAAGTAAGAAGGTGCTGGGAGTACAAGACTCTTGTGAAAGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCATGTTAAGTAAGAAGGTGCTGGGAGTACAAGACTCTTGTGAAAGGCT  500

seq1  GGCCAAAGGCAGGTGGTGTGTGAGTTGGCCATGTTTGACCAAATGTGTGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCAAAGGCAGGTGGTGTGTGAGTTGGCCATGTTTGACCAAATGTGTGC  550

seq1  AAACCAAAAGTCTACAACCTTGGAAGGCTTTTGTGTGTTGGTCCTGCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAAAAGTCTACAACCTTGGAAGGCTTTTGTGTGTTGGTCCTGCTAA  600

seq1  GAAGCAGTTTGCCAGGGAAGTGGCTATTCAGTCTGGCTGGTGACTCAGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCAGTTTGCCAGGGAAGTGGCTATTCAGTCTGGCTGGTGACTCAGGT  650

seq1  GGTTAGAACACAGGGGCAGGGATCAGAATGGTGTCATGGTGTGTGGTCAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAGAACACAGGGGCAGGGATCAGAATGGTGTCATGGTGTGTGGTCAG  700

seq1  CCTGTGGTGTCTGAGCATGAACAGCTGTGAACTTTCCACAGGCTTGGGGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGGTGTCTGAGCATGAACAGCTGTGAACTTTCCACAGGCTTGGGGC  750

seq1  CTGCT-AAAGGCGGCACAGGCCAGAGAGTAAGGCAGCCTAGCAGAGCAAT  799
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAAAGGCGGCACAGGCCAGAGAGTAAGGCAGCCTAGCAGAGCAAT  800

seq1  GGGCTCTTTAGACCTCTGTTCTCCAATAAAAAAGACTCTTTAGGGGAGAG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTCTTTAGACCTCTGTTCTCCAATAAAAAAGACTCTTTAGGGGAGAG  850

seq1  TTAAGGAGTACAATCGGAAAACCCTTACGATTAGCATAGCTAATTCTAAT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGAGTACAATCGGAAAACCCTTACGATTAGCATAGCTAATTCTAAT  900

seq1  TTACTTATAAGAATGATTAATGGATCTCATGTTATCATTCTTATCCATCT  949
      |||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTATAAGAATGATTATGGAATCTCATGTTATCATTCTTATCCATCT  950

seq1  TAACATTTCACATTTGCCCAGAGTGAATTGAACCAGAGCAGTGGTCCTCA  999
      ||||||||||||||   ||||||||||||||| |||||||||||| ||| 
seq2  TAACATTTCACATT--GCCAGAGTGAATTGAA-CAGAGCAGTGGTTCTC-  996

seq1  ACCCCTTCGGGGACCGAATGACCCTTTCAAAGGGTTGCCTAAGACCATCT  1049
      |||||||||||||| || |||||  ||||| ||  |||   ||| |||||
seq2  ACCCCTTCGGGGACGGATTGACC--TTCAATGG--TGC--TAGA-CATCT  1039

seq1  GCATATTGGGCATTAATGATTTTTAACAGTGCCAAAATTACA-GTTATGA  1098
      ||||| |||||||| ||||||||  |||||| |||| ||||| |||||||
seq2  GCATA-TGGGCATT-ATGATTTT--ACAGTG-CAAATTTACAGGTTATGA  1084

seq1  AATAGCAACGAAAATAG-TTTTATGGTTGGGGGGGTCACCACA  1140
      |||||| ||| |||||| ||||||| |   || ||||||||||
seq2  AATAGC-ACG-AAATAGTTTTTATGCT---GGCGGTCACCACA  1122