BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286I07
Chromosome6 (Build37)
Map Location 42,261,359 - 42,374,173
singlet/doubletdoublet
Overlap geneClcn1, 6330503C03Rik, Zyx, Epha1, Tas2r143, Tas2r135
Upstream gene1810049H19Rik, Try10, Prss3, EG436523, EG386551, LOC100040233, Prss1, Prss2, Tcrb-V13, Ephb6, Trpv6, Trpv5, 1700034O15Rik, Kel, Olfr459, Pip, Sval2, Sval1, Sval3, Sva, Tas2r139, Tas2r144, Gstk1, Tmem139, Casp2
Downstream geneTas2r126, Olfr458, Olfr457, Olfr456, LOC232745, EG546896, Eapa2, BC011487, 3321401G04Rik, LOC100039918, GA_x5J8B7W6337-801345-802245, Olfr453, Olfr38, Olfr452, Olfr451-ps1, Olfr450, Olfr449, Olfr448, Olfr447, Olfr446, GA_x5J8B7W6337-1014614-1015483, Olfr444, EG622841, Igk-V, Olfr443-ps1, GA_x5J8B7W6337-1183223-1183810, Olfr441, Olfr440-ps1, GA_x5J8B7W6337-1221999-1222591, Olfr438, Olfr437, Olfr13, GA_x5J8B7W6337-1270568-1271367, Olfr435, Olfr434, LOC665745, Olfr47, Arhgef5, Nobox, Tpk1, LOC665747
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286I07.bB6Ng01-286I07.g
ACCGA084695GA084696
length1,1431,107
definitionB6Ng01-286I07.b B6Ng01-286I07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,261,359 - 42,262,499)(42,373,034 - 42,374,173)
sequence
gaattcacaggtatctatctgtcttcctctgcctcccaaatgccaggatt
taaggtgtgcactaacatttcttactgtaccaagaagattgaacaccagg
tagtcatgaatttggctactcaatacctgttagaaataaaatgcatcctg
gtacaaaatactgattatatatttctagtgtatatctttctcaaacacac
atagaggagacattattgaggaataattcaataaaagtaaatatttagta
tattttgagagatgataaccttgacaacaccaggatgttgattttgacaa
aaaatatattgagccaatacagaaattacacaaagaatttcatgtgaaaa
aattcacctgctctcccagctatgatttaaatgtaacatagagagagcct
tggcttataactggtgctgaactttttataagacccggcagcaacatcct
ctccccctggaacagaagctggagttgtctctgggatgtggtcagcacac
aaacactagagtccactaatgactgcctatggagcccttggcagacttag
cacagtgcatctgtacttcatctgcaaaatgtagatagagagaaaattgt
tacgaggattctatgagctaaaactgaacagcaattcgaattatgcccag
cacagatgaagttattggcaaatattctctgaaaatggtgtcactattac
tggggaaaggcaaaaacaatcaaacaaagctgagaagtcctgggatgatc
ttggagcaagaaaacaggtcctatgtaagtcctgcagccccatcctcttt
gtacccttttggataagtgtctactcatgctaaaagtcctttaggctaca
catgaccataggagtttaaagtatacatggctgtgtccagaaatttccac
agggcatgacacatggagggaggctcactgatgactccatactaaatgca
agacatcctttactgatactctcctaagctaggagtgcagatttgacaaa
cagagttgaagtgacatcacccagaaagtaggactaaagaacattcttag
attcatttataatgcttgagaagaaatggcttagcctgtatttgtgtcct
tagtgatttgggtaatagaccaacaaacaaaccagccaaaaca

gaattcttagtcatcagtgaggcaggaagaggacttccagactcagatta
gaatcaaaatcaacccaggaagataagcagggtttctgaccatgcagacc
acaaagtcctggcctacagaaatatgagctaataagtgggcgctgtttaa
accatggagcttgttatgtgtttcatagcaatagcgaacaaattctgtct
ctttaccaagttctctgaagcctacagtacagaccattgactagtgttaa
tatgaccaggaaaagcatattactcatctctgggttaatcttcacatttt
aaataagaatttaaggtaactttgcaaatatatttatccaaatgcttgga
aagggtattggcaccagcatatttcaattggaaaatatcaccctcctttg
gattttaatgacacttatgaaatgtgtaaaatgctaagcagttaatctcc
attgtcacagtttatttccagaacagataatgggataggaatcagcacaa
tcatatataatcacacacacatatatacaaaagaatatacatgacttctt
caagctcactaaaggaagatcttctaactagatttcgatttttttctgtt
atgaatcctacattctgcccattatgtcagagtcatcaaatctacttcac
tgtatgcatgatagacagaacagacagatattactgaaatgatataaaac
tatgcaaaataaaagacttataataagattgcttaatgtgacagccaact
aacatagtgcctgggccagtctctgataataaagcattcatctgtagtag
tgccaaataaacaggaagtattgtcaagctacctgaacacatgctgcttg
gagcatgatgttacagggcagaaaatcaggctgagtacacagggaggatc
agcctacccattctctttgaatttctacaacaaccctcacacagtagttc
cacatgagcaaatgaaagatctgctgatctgtgccgtctgctgcctttga
tcagtgaggtaaaggtactgtgatgacagttagaaacaccactgtattta
atcatctgaatcattacattttgtgcggatgtgaattagttctattagtg
actgact
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_42261359_42262499
seq2: B6Ng01-286I07.b_48_1190

seq1  GAATTCACAGGTATCTATCTGTCTTCCTCTGCCTCCCAAATGCCAGGATT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGTATCTATCTGTCTTCCTCTGCCTCCCAAATGCCAGGATT  50

seq1  TAAGGTGTGCACTAACATTTCTTACTGTACCAAGAAGATTGAACACCAGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTGTGCACTAACATTTCTTACTGTACCAAGAAGATTGAACACCAGG  100

seq1  TAGTCATGAATTTGGCTACTCAATACCTGTTAGAAATAAAATGCATCCTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATGAATTTGGCTACTCAATACCTGTTAGAAATAAAATGCATCCTG  150

seq1  GTACAAAATACTGATTATATATTTCTAGTGTATATCTTTCTCAAACACAC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACAAAATACTGATTATATATTTCTAGTGTATATCTTTCTCAAACACAC  200

seq1  ATAGAGGAGACATTATTGAGGAATAATTCAATAAAAGTAAATATTTAGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAGGAGACATTATTGAGGAATAATTCAATAAAAGTAAATATTTAGTA  250

seq1  TATTTTGAGAGATGATAACCTTGACAACACCAGGATGTTGATTTTGACAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGAGAGATGATAACCTTGACAACACCAGGATGTTGATTTTGACAA  300

seq1  AAAATATATTGAGCCAATACAGAAATTACACAAAGAATTTCATGTGAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATTGAGCCAATACAGAAATTACACAAAGAATTTCATGTGAAAA  350

seq1  AATTCACCTGCTCTCCCAGCTATGATTTAAATGTAACATAGAGAGAGCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACCTGCTCTCCCAGCTATGATTTAAATGTAACATAGAGAGAGCCT  400

seq1  TGGCTTATAACTGGTGCTGAACTTTTTATAAGACCCGGCAGCAACATCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTTATAACTGGTGCTGAACTTTTTATAAGACCCGGCAGCAACATCCT  450

seq1  CTCCCCCTGGAACAGAAGCTGGAGTTGTCTCTGGGATGTGGTCAGCACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCTGGAACAGAAGCTGGAGTTGTCTCTGGGATGTGGTCAGCACAC  500

seq1  AAACACTAGAGTCCACTAATGACTGCCTATGGAGCCCTTGGCAGACTTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACACTAGAGTCCACTAATGACTGCCTATGGAGCCCTTGGCAGACTTAG  550

seq1  CACAGTGCATCTGTACTTCATCTGCAAAATGTAGATAGAGAGAAAATTGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTGCATCTGTACTTCATCTGCAAAATGTAGATAGAGAGAAAATTGT  600

seq1  TACGAGGATTCTATGAGCTAAAACTGAACAGCAATTCGAATTATGCCCAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACGAGGATTCTATGAGCTAAAACTGAACAGCAATTCGAATTATGCCCAG  650

seq1  CACAGATGAAGTTATTGGCAAATATTCTCTGAAAATGGTGTCACTATTAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGATGAAGTTATTGGCAAATATTCTCTGAAAATGGTGTCACTATTAC  700

seq1  TGGGGAAAGGCAAAAACAATCAAACAAAGCTGAGAAGTCCTGGGATGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGAAAGGCAAAAACAATCAAACAAAGCTGAGAAGTCCTGGGATGATC  750

seq1  TTGGAGCAAGAAAACAGGTCCTATGTAAGTCCTGCAGCCCCATCCTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGAGCAAGAAAACAGGTCCTATGTAAGTCCTGCAGCCCCATCCTCTTT  800

seq1  GTACCCTTTTGGATAAGTGTCTACTCATGCTAAAAGTCCTTTAGGCTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACCCTTTTGGATAAGTGTCTACTCATGCTAAAAGTCCTTTAGGCTACA  850

seq1  CATGACCATAGGAGTTTAAAGTATACATGGCTGTGTCCAGAAATTTCCAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCATAGGAGTTTAAAGTATACATGGCTGTGTCCAGAAATTTCCAC  900

seq1  AGGGCATGACACATGGAGGGAGGCTCACTGATGACTCCATACTAAATGCA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCATGACACATGGAGGGAGGCTCACTGATGACTCCATACTAAATGCA  950

seq1  AGGACATCCTTTACTGATACTCTCCTAAGGCTA-GAGTGCAGATTTGACA  999
      | |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||
seq2  A-GACATCCTTTACTGATACTCTCCTAA-GCTAGGAGTGCAGATTTGACA  998

seq1  AACAGAGTTGAAGTGACATCACCCAGAAAGTAGGACTAAAGAACA-TCTT  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  AACAGAGTTGAAGTGACATCACCCAGAAAGTAGGACTAAAGAACATTCTT  1048

seq1  AGATTCATTTATAATGCTGGAGA--GAATGGCTTAG-CTGTATTTGTGT-  1094
      |||||||||||||||||| ||||   |||||||||| |||||||||||| 
seq2  AGATTCATTTATAATGCTTGAGAAGAAATGGCTTAGCCTGTATTTGTGTC  1098

seq1  CTTAGTGATTTGGTTAATAGACCAACAAAACAAAACCAAGCAAAACA  1141
      ||||||||||||| |||||||||||||||   ||||||  |||||||
seq2  CTTAGTGATTTGGGTAATAGACCAACAAA--CAAACCAGCCAAAACA  1143


seq1: chr6_42373034_42374173
seq2: B6Ng01-286I07.g_66_1172 (reverse)

seq1  AGTCAGTCACTAATAGAATTTTATTTTCACATCGGCACAAAAATGTAAAT  50
      |||||||||||||||||| |     |||||||| |||| |||||||||  
seq2  AGTCAGTCACTAATAGAACT---AATTCACATCCGCAC-AAAATGTAA--  44

seq1  GGAATCAGGATGAAATAAATACAGTGGTGTTTCTAAACTGTTCCATCACA  100
       || ||| |||| | ||||||||||||||||||| ||||||  |||||||
seq2  TGATTCA-GATG-ATTAAATACAGTGGTGTTTCT-AACTGT--CATCACA  89

seq1  GTACCCTTTACCCTTCACTGGATCCAAAAGGGCAGCCAGAACGGGCACAG  150
      ||| ||||||||  ||||| ||||   || ||||| ||||   |||||||
seq2  GTA-CCTTTACC--TCACT-GATC---AAAGGCAG-CAGA--CGGCACAG  129

seq1  ATTCCAGGCAGGATCTTTCCATTTTTGCTCATTGTTGGAACCTACTGTGT  200
      ||  || ||| ||||||||    |||||||||   ||||| |||||||||
seq2  AT--CA-GCA-GATCTTTC---ATTTGCTCAT--GTGGAA-CTACTGTGT  169

seq1  GAGGGTTGTTGTAGAAATTCAAAAGAGAATGGGTAGGCTGATCCTCCCTG  250
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGTTGTTGTAGAAATTC-AAAGAGAATGGGTAGGCTGATCCTCCCTG  218

seq1  TGTACTCAGCCCTGATTTTCTGCCCTGTAACATCATGCTCCAAGCAGCAT  300
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACTCAG-CCTGATTTTCTGCCCTGTAACATCATGCTCCAAGCAGCAT  267

seq1  GTGTTCAGGTAGCTTGACAATACTTCCTGTTTATTTGGCACTACTACAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTCAGGTAGCTTGACAATACTTCCTGTTTATTTGGCACTACTACAGA  317

seq1  TGAATGCTTTATTATCAGAGACTGGCCCAGGCACTATGTTAGTTGGCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGCTTTATTATCAGAGACTGGCCCAGGCACTATGTTAGTTGGCTGT  367

seq1  CACATTAAGCAATCTTATTATAAGTCTTTTATTTTGCATAGTTTTATATC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATTAAGCAATCTTATTATAAGTCTTTTATTTTGCATAGTTTTATATC  417

seq1  ATTTCAGTAATATCTGTCTGTTCTGTCTATCATGCATACAGTGAAGTAGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGTAATATCTGTCTGTTCTGTCTATCATGCATACAGTGAAGTAGA  467

seq1  TTTGATGACTCTGACATAATGGGCAGAATGTAGGATTCATAACAGAAAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGATGACTCTGACATAATGGGCAGAATGTAGGATTCATAACAGAAAAA  517

seq1  AATCGAAATCTAGTTAGAAGATCTTCCTTTAGTGAGCTTGAAGAAGTCAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGAAATCTAGTTAGAAGATCTTCCTTTAGTGAGCTTGAAGAAGTCAT  567

seq1  GTATATTCTTTTGTATATATGTGTGTGTGATTATATATGATTGTGCTGAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATTCTTTTGTATATATGTGTGTGTGATTATATATGATTGTGCTGAT  617

seq1  TCCTATCCCATTATCTGTTCTGGAAATAAACTGTGACAATGGAGATTAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATCCCATTATCTGTTCTGGAAATAAACTGTGACAATGGAGATTAAC  667

seq1  TGCTTAGCATTTTACACATTTCATAAGTGTCATTAAAATCCAAAGGAGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTAGCATTTTACACATTTCATAAGTGTCATTAAAATCCAAAGGAGGG  717

seq1  TGATATTTTCCAATTGAAATATGCTGGTGCCAATACCCTTTCCAAGCATT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTTCCAATTGAAATATGCTGGTGCCAATACCCTTTCCAAGCATT  767

seq1  TGGATAAATATATTTGCAAAGTTACCTTAAATTCTTATTTAAAATGTGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATAAATATATTTGCAAAGTTACCTTAAATTCTTATTTAAAATGTGAA  817

seq1  GATTAACCCAGAGATGAGTAATATGCTTTTCCTGGTCATATTAACACTAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAACCCAGAGATGAGTAATATGCTTTTCCTGGTCATATTAACACTAG  867

seq1  TCAATGGTCTGTACTGTAGGCTTCAGAGAACTTGGTAAAGAGACAGAATT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGGTCTGTACTGTAGGCTTCAGAGAACTTGGTAAAGAGACAGAATT  917

seq1  TGTTCGCTATTGCTATGAAACACATAACAAGCTCCATGGTTTAAACAGCG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCGCTATTGCTATGAAACACATAACAAGCTCCATGGTTTAAACAGCG  967

seq1  CCCACTTATTAGCTCATATTTCTGTAGGCCAGGACTTTGTGGTCTGCATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTATTAGCTCATATTTCTGTAGGCCAGGACTTTGTGGTCTGCATG  1017

seq1  GTCAGAAACCCTGCTTATCTTCCTGGGTTGATTTTGATTCTAATCTGAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGAAACCCTGCTTATCTTCCTGGGTTGATTTTGATTCTAATCTGAGT  1067

seq1  CTGGAAGTCCTCTTCCTGCCTCACTGATGACTAAGAATTC  1140
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGAAGTCCTCTTCCTGCCTCACTGATGACTAAGAATTC  1107


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |