BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-286L24
Chromosome6 (Build37)
Map Location 36,090,927 - 36,256,913
singlet/doubletdoublet
Overlap gene9330158H04Rik
Upstream geneNup205, 1810058I24Rik, Slc13a4, BC064033, 1700065J11Rik, Mtpn, LOC100039312, LOC100039327
Downstream geneChrm2, EG620863, LOC100039370, Ptn, LOC100039514, Dgki, EG665024
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-286L24.bB6Ng01-286L24.g
ACCGA084863GA084864
length1,1501,102
definitionB6Ng01-286L24.b B6Ng01-286L24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(36,255,779 - 36,256,913)(36,090,927 - 36,092,031)
sequence
gaattcagatagacagcacagacatgtctgaaccaactccagcttatcac
cctctgacagtgtcaaatctcagatcgacaagcttcatggattcttgcat
acatccccaaggttttctacgatactgtacaggaatttgacagaccctca
ttcacttgcatcttgggaatgacacagggtgaatgataatagttattctc
aaccaaaagcagaaagaaactccagaatagaagccttcccaccttcatcc
tggtgtggacagccctggggttgtattttgatgctaattctgctctcatg
ggaggtgttgtcaatgaggagtcacatactcaggtaacttctggtgaacc
aatctcctaatgcatacaggagccagttactgggtaagtaggcgggcttc
caggttggacagaggaagaaagaaagcaggagagcagccttttagatagg
gatagtgtgaggacaaaatgaagctataagtgtttcctggtttcagtggc
agatccaccaggattcaccatgagaggatttagatttaataaggcttgca
agttaggattttagttgttgtgctcagcaattgagttaccattgtttatg
aactatgtttgtgttgcattttccttcacgcagtgtcctatctgggttca
agagagaaaggtatggctgcaaagcatgagttgggggtagagatcatgga
gctctgagtagagtctttgagtcagagtctccacgagataaaacaagtgg
gccattgcccaccaacgcaaggctggccagaccgccagggctgagagtgg
cagggcatagcccaggaacatgctgtccatttttaatatttcccacaaca
tcatcctttctctctgggtgtattatcagtgttgttaggatcagaacctg
ggaactagcaggcctaacaagctaagttttgtttacccatttttcaagac
ccaattaaatttgacaagaagtaatgaagagccaaaaacatattatttca
tgtggccaccttggagggagaattacataaaaaagggtctcatgacatcc
taacctccaatctagggattcacaacatgattgttttaaggttcaaatag
caggcaagaagttattgtactggtagcctaggtcttgttcaaggtgtggt

gaattcactcttggaattcttcaagcagagaaatggccactgaaagtcca
acatattgaatttcccccctaaagtaagaggcaaataacattactaattt
agtacctaagacaaataactgaaataatgaggacagggtttctcttagtt
tagtaaggttattcctagtgtctcttatagatcctttttggttgtatatt
tattaataaacgggtagcatatagtgagctgtgccagtacagagggaaat
gtatatgctaatttgatgaagctttgccattcattatatcaaatacttct
ttttcaataattgaggtaaagaaaagaaatgcttatttaatttgctggtg
aggatacaagaaagtgataatatgtcatgtcaccgtcactgtttagaatg
atagtctgagcaatgtattgacacaggaaatacaatttggtgttaatata
aagtatctctttattgacatttctgaaggatgtggtgactgcttctaagt
ttgcaagtctccagggtcaccatactgaactgatcctgcagttgagacca
tagtaagtaagagtggaatgagagtgtatgtgatgccccagaaacagtgc
ttctcagtcagggacttcagagaacatgtgagcatgtttgcattgctcca
gtgctttggatatcttcagaatgactggtcagtggagctaacaatcctct
aatgttgcatacaactcgaccagcaagaaaaacgcaatcaccagttcttc
ttaaagcagtttactcaggcagcttctctcttcaaatcccccgagccttg
gggtacaagcattttttatgcactcaagccacaaccacgccctcaaccca
tcaccacaggtctcatcacctcaccaggcaggcttgctcagccaatcagg
gattagggcgagccatccaccaaatatggcctgtttactgcctggcacaa
aatttattgttccagctggccaggagtctgaatgcttcccacattctccc
tttttaatattctttgagcaagctctgtgggtgaagaatagagtctgatc
ccagtgttgcagaattaggccatgttacagattggactctttagcctcac
ag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr6_36255779_36256913
seq2: B6Ng01-286L24.b_50_1199 (reverse)

seq1  ACCACACCTTGACCAGGA-CTA-GCTACCAGTACA--TACTTCTTGCTTT  46
      |||||||||||| || || ||| ||||||||||||   ||||||||| | 
seq2  ACCACACCTTGAACAAGACCTAGGCTACCAGTACAATAACTTCTTGCCTG  50

seq1  CTATTTAAACCT--AAAC-ATCATG-TGTGAATCCCTAAGATGGA-GTTA  91
      |||||| |||||  |||| |||||| ||||||||||||   |||| ||||
seq2  CTATTTGAACCTTAAAACAATCATGTTGTGAATCCCTAGATTGGAGGTTA  100

seq1  GGATGTCATGAGACC--TTTTTATGTATTCCTCCCTCCAAAGTGGCCACA  139
      |||||||||||||||  |||||||||| | |||||||||| |||||||||
seq2  GGATGTCATGAGACCCTTTTTTATGTAATTCTCCCTCCAAGGTGGCCACA  150

seq1  TTGAAT-ATATGTTTTT-GCTCTTCATTACTTCTTGTC-AATTTAATTGG  186
      |  ||| |||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGAAATAATATGTTTTTGGCTCTTCATTACTTCTTGTCAAATTTAATTGG  200

seq1  GTTCTTG-AAAATGGGTAAAC-AAACTTAGCTTGTTAGGCCTGCTAGTTC  234
      | ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  G-TCTTGAAAAATGGGTAAACAAAACTTAGCTTGTTAGGCCTGCTAGTTC  249

seq1  CCAGGTTCTGATCCTAACAACACTGATAATACACCCAGAGAGAAAGGATG  284
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGTTCTGATCCTAACAACACTGATAATACACCCAGAGAGAAAGGATG  299

seq1  ATGTTGTGGGAAATATTAAAAATGGACAGCATGTTCCTGGGCTATGCCCT  334
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGTGGGAAATATTAAAAATGGACAGCATGTTCCTGGGCTATGCCCT  349

seq1  GCCACTCTCAGCCCTGGCGGTCTGGCCAGCCTTGCGTTGGTGGGCAATGG  384
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCACTCTCAGCCCTGGCGGTCTGGCCAGCCTTGCGTTGGTGGGCAATGG  399

seq1  CCCACTTGTTTTATCTCGTGGAGACTCTGACTCAAAGACTCTACTCAGAG  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCACTTGTTTTATCTCGTGGAGACTCTGACTCAAAGACTCTACTCAGAG  449

seq1  CTCCATGATCTCTACCCCCAACTCATGCTTTGCAGCCATACCTTTCTCTC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCATGATCTCTACCCCCAACTCATGCTTTGCAGCCATACCTTTCTCTC  499

seq1  TTGAACCCAGATAGGACACTGCGTGAAGGAAAATGCAACACAAACATAGT  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACCCAGATAGGACACTGCGTGAAGGAAAATGCAACACAAACATAGT  549

seq1  TCATAAACAATGGTAACTCAATTGCTGAGCACAACAACTAAAATCCTAAC  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATAAACAATGGTAACTCAATTGCTGAGCACAACAACTAAAATCCTAAC  599

seq1  TTGCAAGCCTTATTAAATCTAAATCCTCTCATGGTGAATCCTGGTGGATC  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGCCTTATTAAATCTAAATCCTCTCATGGTGAATCCTGGTGGATC  649

seq1  TGCCACTGAAACCAGGAAACACTTATAGCTTCATTTTGTCCTCACACTAT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTGAAACCAGGAAACACTTATAGCTTCATTTTGTCCTCACACTAT  699

seq1  CCCTATCTAAAAGGCTGCTCTCCTGCTTTCTTTCTTCCTCTGTCCAACCT  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTATCTAAAAGGCTGCTCTCCTGCTTTCTTTCTTCCTCTGTCCAACCT  749

seq1  GGAAGCCCGCCTACTTACCCAGTAACTGGCTCCTGTATGCATTAGGAGAT  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGCCCGCCTACTTACCCAGTAACTGGCTCCTGTATGCATTAGGAGAT  799

seq1  TGGTTCACCAGAAGTTACCTGAGTATGTGACTCCTCATTGACAACACCTC  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTCACCAGAAGTTACCTGAGTATGTGACTCCTCATTGACAACACCTC  849

seq1  CCATGAGAGCAGAATTAGCATCAAAATACAACCCCAGGGCTGTCCACACC  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGAGAGCAGAATTAGCATCAAAATACAACCCCAGGGCTGTCCACACC  899

seq1  AGGATGAAGGTGGGAAGGCTTCTATTCTGGAGTTTCTTTCTGCTTTTGGT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGAAGGTGGGAAGGCTTCTATTCTGGAGTTTCTTTCTGCTTTTGGT  949

seq1  TGAGAATAACTATTATCATTCACCCTGTGTCATTCCCAAGATGCAAGTGA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAATAACTATTATCATTCACCCTGTGTCATTCCCAAGATGCAAGTGA  999

seq1  ATGAGGGTCTGTCAAATTCCTGTACAGTATCGTAGAAAACCTTGGGGATG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGGTCTGTCAAATTCCTGTACAGTATCGTAGAAAACCTTGGGGATG  1049

seq1  TATGCAAGAATCCATGAAGCTTGTCGATCTGAGATTTGACACTGTCAGAG  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCAAGAATCCATGAAGCTTGTCGATCTGAGATTTGACACTGTCAGAG  1099

seq1  GGTGATAAGCTGGAGTTGGTTCAGACATGTCTGTGCTGTCTATCTGAATT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATAAGCTGGAGTTGGTTCAGACATGTCTGTGCTGTCTATCTGAATT  1149

seq1  C  1135
      |
seq2  C  1150

seq1: chr6_36090927_36092031
seq2: B6Ng01-286L24.g_69_1170

seq1  GAATTCACTCTTGGAATTCTTCAAGCAGAGAAATGGCCACTGAAAGTCCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTTGGAATTCTTCAAGCAGAGAAATGGCCACTGAAAGTCCA  50

seq1  ACATATTGAATTTCCCCCCTAAAGTAAGAGGCAAATAACATTACTAATTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATATTGAATTTCCCCCCTAAAGTAAGAGGCAAATAACATTACTAATTT  100

seq1  AGTACCTAAGACAAATAACTGAAATAATGAGGACAGGGTTTCTCTTAGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTACCTAAGACAAATAACTGAAATAATGAGGACAGGGTTTCTCTTAGTT  150

seq1  TAGTAAGGTTATTCCTAGTGTCTCTTATAGATCCTTTTTGGTTGTATATT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGGTTATTCCTAGTGTCTCTTATAGATCCTTTTTGGTTGTATATT  200

seq1  TATTAATAAACGGGTAGCATATAGTGAGCTGTGCCAGTACAGAGGGAAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAATAAACGGGTAGCATATAGTGAGCTGTGCCAGTACAGAGGGAAAT  250

seq1  GTATATGCTAATTTGATGAAGCTTTGCCATTCATTATATCAAATACTTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATATGCTAATTTGATGAAGCTTTGCCATTCATTATATCAAATACTTCT  300

seq1  TTTTCAATAATTGAGGTAAAGAAAAGAAATGCTTATTTAATTTGCTGGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCAATAATTGAGGTAAAGAAAAGAAATGCTTATTTAATTTGCTGGTG  350

seq1  AGGATACAAGAAAGTGATAATATGTCATGTCACCGTCACTGTTTAGAATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATACAAGAAAGTGATAATATGTCATGTCACCGTCACTGTTTAGAATG  400

seq1  ATAGTCTGAGCAATGTATTGACACAGGAAATACAATTTGGTGTTAATATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTGAGCAATGTATTGACACAGGAAATACAATTTGGTGTTAATATA  450

seq1  AAGTATCTCTTTATTGACATTTCTGAAGGATGTGGTGACTGCTTCTAAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATCTCTTTATTGACATTTCTGAAGGATGTGGTGACTGCTTCTAAGT  500

seq1  TTGCAAGTCTCCAGGGTCACCATACTGAACTGATCCTGCAGTTGAGACCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCAAGTCTCCAGGGTCACCATACTGAACTGATCCTGCAGTTGAGACCA  550

seq1  TAGTAAGTAAGAGTGGAATGAGAGTGTATGTGATGCCCCAGAAACAGTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAAGTAAGAGTGGAATGAGAGTGTATGTGATGCCCCAGAAACAGTGC  600

seq1  TTCTCAGTCAGGGACTTCAGAGAACATGTGAGCATGTTTGCATTGCTCCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAGTCAGGGACTTCAGAGAACATGTGAGCATGTTTGCATTGCTCCA  650

seq1  GTGCTTTGGATATCTTCAGAATGACTGGTCAGTGGAGCTAACAATCCTCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTTGGATATCTTCAGAATGACTGGTCAGTGGAGCTAACAATCCTCT  700

seq1  AATGTTGCATACAACTCGACCAGCAAGAAAAACGCAATCACCAGTTCTTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTTGCATACAACTCGACCAGCAAGAAAAACGCAATCACCAGTTCTTC  750

seq1  TTAAAGCAGTTTACTCAGGCAGCTTCTCTCTTCAAATCCCCCGAGCCTTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAGCAGTTTACTCAGGCAGCTTCTCTCTTCAAATCCCCCGAGCCTTG  800

seq1  GGGTACAAGCATTTTTTATGCACTCAAGCCACAACCACG-CCTCAACCAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  GGGTACAAGCATTTTTTATGCACTCAAGCCACAACCACGCCCTCAACCCA  850

seq1  TCACCACAGGTCTCATCACCTCACCAGGCAGGCTTGCTCAGCCAATCAGG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACAGGTCTCATCACCTCACCAGGCAGGCTTGCTCAGCCAATCAGG  900

seq1  GATTAAGGGCGAGCCATCCACCAAATATGGGCTTGTTTACTGCCTGGCAC  949
      |||| ||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||
seq2  GATT-AGGGCGAGCCATCCACCAAATAT-GGCCTGTTTACTGCCTGGCAC  948

seq1  -AAATTTA-TGTTCAGGCTGGCCAGGGAGTCTGGAATGGCTTCCCACAAT  997
       ||||||| |||||  |||||||| ||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  AAAATTTATTGTTCCAGCTGGCCA-GGAGTCT-GAAT-GCTTCCCAC-AT  994

seq1  TCTCCCTTTT--ATATTCTTTTGAAGCAAGCTCTGTGGGTGAAG-ATAGA  1044
      ||||||||||  |||||||||   |||||||||||||||||||| |||||
seq2  TCTCCCTTTTTAATATTCTTT--GAGCAAGCTCTGTGGGTGAAGAATAGA  1042

seq1  GGTCTGATCCCCAGTG-TGCAGAAATAGGGGCCATG-TACAGGATTGACT  1092
       ||||||| ||||||| ||||||| ||  ||||||| |||||  | ||||
seq2  -GTCTGAT-CCCAGTGTTGCAGAATTA--GGCCATGTTACAGATTGGACT  1088

seq1  C-TTAGGCTCACAG  1105
      | |||| |||||||
seq2  CTTTAGCCTCACAG  1102